주상복합건축물의 상가부분의 부속토지에 대하여 등록세 중과세대상으로 볼 수 있는지 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2003.5.29. 서울특별시 ○○구 ○○동 282-2번지외 2필지 토지 4,217㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다.)를 취득한 다음 2005.7.22. 위 지상에 지하2·지상14층의 주상복합건축물 22,610.19㎡(공동주택 20,265.97㎡ 및 상가 2,344.22㎡, 이하 “이 사건 건물”이라 한다.)를 신축취득하므로 토지 및 건물에 대하여 취득세 등을 일반세율로 신고납부하였으나, 그 후 세무조사에서 이 사건 건물에 소요된 신축비용에서 급수공사비 114,186,327원이 누락된 것과 신축비용 공제금액에 포함된 것을 확인하고 그 합계금액(228,372,654원)을 과세표준으로 지방세법 제112조제1항 등의 세율을 적용하여 산출한 취득세 6,092,060원, 농어촌특별세 502,140원, 등록세 51,129,320원, 지방교육세 9,459,020원, 합계 67,182,810원(가산세 포함)을, 이 사건 건물중 상가부분은 대도시내로의 전입한 법인이 5년내 취득하는 부동산으로서 등록세 중과세대상으로 보아 이 사건 토지중 상가부분 부속토지(이하 “이 사건 쟁점토지”라고 한다.)에 대하여 그 안분 취득가액(1,827,874,892원)을 과세표준으로 같은 법 제138조제1항의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 등록세 131,606,980원, 지방교육세 24,127,930원, 합계 155,734,910원(가산세 포함)을 2006.11.16. 각각 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 지방세법 제138조제1항제3호의 취지는 법인이 대도시내에서 그 목적사업 수행을 위하여 필수적으로 소요되는 사무소 등으로서 계속적으로 그 업무에 사용되는 고정재산적 성질을 가지는 부동산의 취득에 관한 등기에 대하여 중과세하는 것이라 할 것일 뿐만 아니라 지방세법 제102조제2항에서 등록세 중과대상인 대도시 전입이전에 취득하는 일체의 부동산등기라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입과 관련하여 그 이전에 취득하는 부동산등기를 뜻하는 것이므로 그 부동산의 전부가 반드시 당해 법인 또는 지점의 업무에 사용되는 것은 아니라 하더라도 그 설립·설치·전입과 아무런 관련 없이 취득한 부동산등기는 포함되지 아니하므로(대법원 94누11804, 1995. 4.28.선고) 대도시내에서 설립 또는 대도시외에서 전입전 5년이내의 법인이 인·물적 시설이 소요되는 본·지점 등 사업장용으로 사용하기 위한 부동산 등기가 아닌 상가나 오피스텔 등을 건축하여 분양하기 위하여 취득·등기하는 부동산은 등록세 중과세대상이 아니라고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 중과세예외대상인 주택건설업자가 본점전입전에 토지를 취득한 다음 주상복합건축물을 신축한 경우, 그 상가부분의 부속토지에 대하여 등록세 중과세대상으로 볼 수 있는 지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면, 지방세법 제138조제1항에서 그 제3호의 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 하지만, 수도권정비계획법 제6조제1항제1호의 규정에 의한 과밀억제권역안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용부동산에 관한 등기에 대하여는 그러하지 아니하다고 하고, 같은 법시행령 제101조제1항에서 법 제138조제1항 단서에서 "대통령령이 정하는 업종"이라 함은 그 제5호의 주택법 제9조의 규정에 의하여 건설교통부에 등록된 주택건설사업(주택건설용으로 취득·등기하는 부동산에 한하며, 부동산을 취득한 후 3년이내에 주택건설에 착공하는 경우에 한한다)에 해당하는 업종을 말한다고 하며, 같은 법시행령 제102조제2항에서 ‘법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기’라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입 이전에 취득하는 일체의 부동산등기를 말하고, ‘그 설립·설치·전입 이후의 부동산 등기’라 함은 법인 또는 지점 등이 설립·설치·전입 이후의 5년이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산 등기를 말한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 살펴보면, 1996.9.2. 청구인은 토목건축공사업 및 부동산 임대분양사업 등을 목적으로 본점을 대도시외의 지역(경기도 ○○시 ○○면 초원지리 523-3번지)에서 법인을 설립하였고, 그후 본점이전 현황을 보면, 2001.3.10. 서울특별시 ○○구 ○○동 86-5번지로 이전하였으며, 2003.3.29. 서울특별시 ○○구 ○○동 282-19번지로 이전하였고, 2006.4.18. 서울특별시 ○○구 ○○동 61-3번지로 이전하였으며, 2003.4.17. 청구인은 관할관청에게 주택촉진건설법 제6조에 의거 주택건설사업자로 등록하였고, 2003.5.29. 청구인은 이 사건 토지를 계약금액 17,630,000,000원에 취득하면서 취득세 등을 일반세율로 신고납부하였으며, 이 사건 토지는 같은 동 282-2번지 및 282-3번지 및 282-19번지로서 매매계약서상 주상복합건축물 신축용도로 매입하면서 원활한 건축행위를 위하여 특약사항이 기재되어 있고, 2005.7.22. 청구인은 이 사건 건물(주택 136세대 및 상가)을 신축취득하면서 취득세 등을 각각 일반세율로 신고납부한 사실을 제출된 관계 증빙자료를 통해 알 수 있다. 이에 대하여청구인은 본점 전입 전에상가 등을 건축하여 분양하기 위하여 취득·등기하는 부동산은 전입과 관련 없는 부동산인데도 이 사건 건물 중 상가 부분의 부속토지(이 사건 쟁점토지)에 대하여 등록세를 중과세한 처분은 부당하다고 주장하므로, 먼저, 이 사건 쟁점토지가 지방세 시행령 제101조제1항제5호의 중과세예외대상에 해당하는 지를 보면, 같은 법 제138조제1항제3호 및 같은 법시행령 제101조제1항제5호에서 대도시내에서의 법인의 설립 이후의 5년내 취득하는 부동산등기에 대하여는 중과세하지만 주택법 제9조에 의하여 관할관청에 등록된 주택건설사업에 대하여는 취득 후 3년이내에 주택건설에 착공한 다음 주택건설용으로 취득·등기하는 부동산에 한하여 중과세제외업종으로 규정하고 있는 바, 청구인의 경우, 1996.9월 본점소재지를 대도시외 지역에서 설립된 법인이고, 2003.4월 구주택건설촉진법(현행 주택법) 제6조에 의하여 관할관청에 주택건설사업자로 등록하였으며, 2003.5월 이 사건 토지를 매매계약서상 주상복합건축물 신축용도로 매입한다는 특약사항이 있고, 2005.7월 이 사건 건물을 주택 136세대 20,265.97㎡ 및 상가 2,344.22㎡로 신축취득한 사실을 볼 때, 청구인이 이 사건 토지를 취득당시는 등록세 중과세예외대상에 해당된다고 할 것이나, 그 후 이 사건 토지상에 신축한 이 사건 건물중 상가가 포함되어 있어서 그 부속토지(이 사건 쟁점토지)는 주상복합건축물중 상가시설이 포함된 부분에 대한 부속토지는 주택건설용으로 취득·등기된 것이 아니므로 중과세대상이 된다고 할 것(행정자치부 심사결정 제2006-1052호, 2006.11.27.)이고, 다음으로 청구인은 이 사건 토지는 본점전입과 관련 없는 분양용 부동산이므로 중과세대상이 아니라고 하나, 지방세법 제138조제1항제3호 및 같은 법시행령 102조제2항에서 대도시내로의 법인 전입이후 5년이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산 등기에 대하여는 등록세를 중과세한다고 규정하고 있고, 등록세 중과대상인 대도시내 법인 전입이후에 취득하는 부동산 등기라 함은 전입이후 5년 이내에 취득하는 고정자산 또는 상품용 자산으로서의 사업용 부동산 등기 뿐만 아니라 비업무용 또는 비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다(행정자치부 심사결정 제2006-324호, 2006.7.31.)고 하는 바, 청구인은 2001.3월 대도시내로 법인의 본점 전입 후 2003.5월에 이 사건 토지를, 2005.7월에 이 사건 건물을 각각 취득한 것이 확인되고 있어서 이들은 대도시내 법인의 본점전입 후 5년이내에 취득한 부동산에 해당됨은 물론 이 사건 건물 중 상가부분은 등록세 중과제외대상이 아니어서 처분청에서 그 부속토지(이 사건 쟁점토지)에 대하여 등록세를 중과세한 처분은 잘못이 없다고 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2007. 1. 29. 행 정 자 치 부 장 관