학교용지를 교환취득한 후 과세기준일 현재 직접 사용하지 아니한 경우, 정기분 재산세 등을 부과한 처분이 적법한지 여부(취소)

[주 문] 처분청이 청구인에게 2006.9.10. 부과고지한 재산세 11,096,250원, 도시계획세 3,441,370원, 지방교육세 2,219,250원, 합계 16,756,870원을 취소한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이2003.10.1. 서울특별시 ○○구 ○○동 295-1번지 학교용지 6,612.1㎡(이하 “이 사건 토지”라고 한다)에 대하여 교사이전신축부지용도로 교환취득하여 취득세·재산세 등 관련 세액을 비과세 받았으나, 2006년도 정기분 재산세 과세기준일 현재 이 사건 토지중 1,923.9㎡(이하 “이 사건 쟁점토지”라고 한다)를 학교용도로 직접 사용하지 않는 것으로 보아 그 시가표준액(원)을 과세표준으로 지방세법 제188조제1항 등의 세율을 적용하여 산출한재산세 11,096,250원, 도시계획세 3,441,370원, 지방교육세 2,219,250원, 합계 16,756,870원을 2006.9.10. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 이 사건 토지를 노후된○○여자고교 이전용도로○○학원으로부터 교환취득후 관할교육청과의 학교이전(위치변경)계획의 승인절차를 수행하였음은 물론 도시관리계획변경절차를 관할관청과 진행하였으나, 관할관청의 지연처리로 유예기간이 지나서도 학교신축을 할 수 없는 상황에 있으며, 또한 이 사건 토지는 학교용지이므로 다른 용도로 사용할 여지가 없을뿐더러 기존○○학교생들이 취득시부터 계속 운동장 및 휴식공간등으로 활용하였고, 특히, 유예기간이 종료될 시점부터○○고교 배드민턴 선수들이 사용하고 있으므로 이 사건 쟁점토지에 대한 2006년 재산세 부과처분은 잘못이라고주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 학교법인이 교사이전용 학교용지를 교환취득하였으나, 관할관청의 도시계획시설변경절차 지연으로 과세기준일 현재 직접 사용하지 아니한 경우, 정기분 재산세 등을 부과한 처분이 적법한지의 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면, 지방세법 제186조에서 그 제1호의 제사·종교·자선·학술·기예 그 밖의 공익사업을 목적으로 하는 대통령령이 정하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하는 부동산에 규정하는 재산(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 재산세를 부과하지 아니하지만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 당해 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 당해 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대하여는 그러하지 아니하다고 하고, 같은 법시행령 제136조제2항에서 법 제186조제1호에서 "대통령령이 정하는 비영리사업자"라 함은 제79조의 규정에 의한 비영리사업자를 말한다고 하며, 같은 법시행령 제79조제1항에서 법 제107조제1호에서 "대통령령으로 정하는 비영리사업자"라 함은 그 제2호의 초·중등교육법 및 고등교육법에 의한 학교를 경영하는 자 및 평생교육법에 의한 교육시설을 운영하는 평생교육단체를 말한다고 하고, 같은 법시행령 제143조제1항에서 종합토지세의 과세대상토지가 공부상 등재현황과 사실상의 현황이 다를 경우에는 사실상의 현황에 의하여 종합토지세를 부과한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 살펴보면, 2003.2.21.부터 3.20.까지 청구인의 학교에 대하여 (주)○○구조에서 정밀안전진단실시한 결과 ○○여자고교(2개동 1966년도 신축)는 D급 평가건물로서 건물주위 석축옹벽이 붕괴우려 등으로 시급히 철거후 재건축하여야 할 것으로, 동신중학교(1개동 1974년도에, 다른 1개동 2001년도 신축)는 한개동은 D급평가로서 철거후 재건축으로 나머지 한개동은 A급 진단평가를 받았고, 2003.7.25. 청구인은 관할교육청(서울시교육감)에게 기본재산교환에 관한 허가재신청을 하였으며, 2003.9.29. 관할교육청은 기본재산을 교환허가(행정 81423-2290)하면서 이 사건 토지로 학교위치이전의 가능성 여부는 관련 법령에 따라야 할 것 및 이전시 현부지에 대하여 학교용지해제는 불가하다는 방침도 통보하였고, 여기서 교환 내역은 청구인의 수익용 재산인 경북울진군기성면황보리 산45-1번지 등 9필지 임야 1,004.234㎡ 및 현금 147,887천원과 광문학원의 교육용 기본재산인 이 사건 토지와 교환하기로 되어 있으며,2003.10.1. 청구인은 이 사건 토지를 교환으로 취득하였고,2003.11.6. 청구인은 관할교육청에게 이 사건 토지로 학교위치변경계획 승인을 신청하였으며,2003.12.9. 관할교육청은 위 승인신청서를 이 사건 토지상 교사신축비용을 기존 부지를 학교용지에서 해제후 이를 매각한 자금으로 충당할 계획이나 기존 부지는 이미 통보한 바와 같이 학교용지해제불가방침이므로 반려하였고,2004.9.21. 청구인은 (주)○○엔지니어링건축사사무소와○○중학교 및○○여자고교 신축공사 설계 및 감리용역을 체결하였으며, 2004.10.1. 및 12.17. 청구인은 관할교육청에게 현 부지상○○여자고교 및 동신중학교는 열악한 환경(유흥업소 밀집,고층건물신축에 따른 소음 등) 및 교사건물의 부족함은 물론 노후 등으로 붕괴위험 상존하므로 동신중학교는 현 부지일부에, ○○여자고교 및 ○○중학교(신설)는 이 사건 토지에 신축이전하는 내용으로학교위치변경계획 승인을 각각 신청하였고, 2004.10.6. 및 10.8. 국정감사 및 감사원행정감사에서 현재 학교는 유해환경 및 건물붕괴위험이 있으므로 이에 대한 관할교육감에게 조치요구하였으며,2005.2.24. 관할관청(강동구청장)은 지구단위계획 변경 및 진입로 확보 및 설계상 문제점 등은 서울시 교육청의 승인후 심의할 사항이라고 청구인에게 학교위치변경계획승인신청전 검토사항을 회시하였고, 2005.3.8.청구인은 관할교육청에게 이 사건 토지로 학교위치변경계획 승인을 재신청하였으며,2005.6.20. 관할관청은 ○○여자고교는 2008.1.1. 개교예정으로 이 사건 토지로, 동신중학교는 현 학교부지에서 개축하도록 하는 ○○여자고교위치변경계획을 승인(행정과-10116)하였고,2005.7.25. 청구인은 관할관청에게 대상지는 서교위고시 제5호(‘87.2.17.)로 도시계획시설(학교)로 결정된 지역으로서 관할 교육청으로부터 이전승인되므로 제1종 지구단위계획 결정(변경)제안서를 제출하였으며(천호동 447-9번지 일대계획),2005.7.27. 관할관청은 동신중학교부지 진입로의 폭이 5미터 미만이므로 등하교시 통행불편이 야기되므로 제1종 지구단위계획 결정(변경)제안서의 보완을 통보하였고, 2005.8.31. 청구인은 관할관청에게 대상지는 서교위고시 제5호(‘87.2.17.)로 도시계획시설(학교)로 결정된 지역으로서 관할 교육청으로부터 이전승인되므로 제1종 지구단위계획 결정(변경)제안서를 제출하였으며(고덕동 295-1번지 일대계획),2005.11.2. 관할관청은 청구인에게 동신중학교 부지가 고층건물과 인접하고 운동장의 폭이 좁아서 환경이 열악하지만 원안대로 도시관리계획을 입안하여 서울시에 상신할 것이라는 내용으로 도시계획시설 변경에 대하여 회시하였고,2005.11.17. 관할관청은 동신중학교 부지는 고등학교부지를 중학교부지로, 천호동 447-9번지 일대 15,133㎡을 4,958.7㎡로 축소변경 및 같은 동 447-11번지상 15미터 학교진입로 신설, ○○여자고교부지 6,612.1㎡는 ○○고교부지를 22,321.6㎡에서 15,709.5㎡로 축소변경함과 동시에 신설하는 내용으로 도시관리계획안 열람공고하였으며, 2005.12.2. 관할관청은 청구인에게 기존 학교부지(○○학원)를 효율적으로 개발될 수 있도록 분할되는 획지를 정형화할 것 및 기존 학교부지(○○학원) 축소부분에 대한 개발방안 제시 및 대규모 획지의 재건축에 따른 개발밀도 상향으로 부족되는 공간면적 확보 등에 대한 주민제안서관련 협의 공문을 통보하였고,2005.12.15. 관할관청은 ○○여자고교 및 ○○중학교 학부모·교사 등에게 동 학교부지가 천호·성내 균형발전촉진지구에서 제척됨을 회시하였는데, 그 효과는 위 지구에서 제척되므로 장기간의 심의절차 없이 곧바로 학교이전 등이 가능하다고 하였으며, 2006.1.31. 관할관청은 청구인에게 도시관리계획안(천호동 447-9일대 및 고덕동 295-1일대)에 대하여 서울시 검토의견에 대한 조치계획서를 제출할 것을 요구하면서 아울러 도시계획시설 변경(학교변경) 및 녹지 변경(출입구 녹지 해제 등)에 따른 재입안 및 재열람공고가 필요하다는 것도 통보하였고, 2006.2.20. 청구인은 관할관청에게 서울시가 요구한 조치계획서를 제출하였으며,2006.3.10. 관할관청은 학교신축부지에 대하여 대지내 공지 및 도로 결정 및 건축물 규모결정 및 획지 등에 관한 결정 등에 대한 내용으로 위 도시관리계획안 열람공고하였고,2006.6.7. 관할관청에서 청구인에게 존치하는 학교부지는 교육환경이 우선시 되지 아니한 획지계획이며, 교사계획의 북향배치 등 건축계획이 전반적으로 불합리하다는 내용의 서울시도시건축공동위원회 심의결과(부결)를 통보하였으며, 2006.8.14. 처분청은 이 사건 토지에 대하여 청구인 및 광문학원 관계자의 입회하 현지사실조사를 실시한 결과 이 사건 토지중 이 사건 쟁점토지는○○학원에서 테니스장으로 사용하다가 폐쇄방치하였고, 나머지(4,688.2㎡)는○○학원에서 운동장으로 사용하는 것을 확인하였고, 2006.11.9. 청구인은 관할관청에 천호 및 고덕지구단위계획에 따른 주민제안서를 제출하였으며, 2006.12.7. 관할관청은 천호 및 고덕지구 제1종지구단위계획의 도시관리계획안 열람공고하였고, 여기서 천호지구안은 특별계획구역으로 하면서 고등학교를 중학교로, 고덕지구안은○○고교부지를 축소하면서 이 사건 토지에 새로운 지번으로 각각 변경한 사실을 제출된 관계 증빙자료를 통해 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 기존 학교의 유해환경 및 건물붕괴 등으로 교사이전용 학교용지를 교환취득하였으나, 관할관청의 도시계획시설변경절차가 지연되어서 교사신축행위를 하지 못한 것일 뿐만 아니라 위 학교용지는 학교용도이외는 사용하지 못하므로 이에 대하여 재산세를 부과한 처분이 부당하다는 주장에 대하여 살펴보면, 지방세법 제186조제1호 및 같은 법시행령 제136조 등에서 학교법인이 학교용도로 직접 사용하는 토지에 대해 재산세를 부과하지 아니하지만 그 사업에 직접사용하지 아니한 경우는 부과한다고 되어 있고, 여기서 토지를 직접 사용한다는 것이란 토지 자체로만 그 용도로 사용되는 경우를 제외하고는 그 지상물의 실제 사용관계에 따라서 판단하여야 하지만 실제 사용하지 않더라도 그 지상 건축물을 착공하여 건축 중인 경우 그 부속 토지는 이를 그 사업에 직접 사용하고 있는 것으로 본다고 규정하고 있는데, 청구인의 경우, 청구인이 운영하는 기존 학교는 교육위해환경 및 건물노후화로 붕괴위험 등으로 이전하여야 할 사정이 상존하던 중 광문학교가 운동장의 일부(테니스장 등)로 사용하고 있는 학교용지를 2003.9월 관할 교육청의 승인을 얻어 청구인의 수익재산과 2003.10월 교환취득한 다음 2003.11월부터 2005.6월까지 수차례의 반려 및 보완 등의 학교위치변경절차를 거쳐 이를 승인받았고, 2005.7월부터 2006.6월까지 관할 관청(서울시장, 강동 구청장)에서 도시계획시설변경절차를 진행하여 관련 시도시계획심의위원회의 부결심의는 있었으나 이를 보완하여 2006.11월 재상정하여 도시관리계획안 공람절차를 밟고 있으며, 이 사건 토지의 경우, 1970.2월 고시된 도시계획시설(학교)로서 기존 광문고교가 학교부지로 사용하고 있는 것의 일부(테니스장 및 휴식공간)로서, 그 곳은 학교부지 후면에 위치하여 광문고교의 운동장과 야산 및 담장으로 둘러싸여 있어서 출입하려면 부득이 광문고교의 정문을 통해서만 할 수 있는 지형을 가지고 있어 학교이외의 용도로 사용하기가 곤란한 것으로 보이고, 이 사건 토지의 이용 상황은 그중 이 사건 쟁점 토지는 광문학원에서 테니스장으로, 나머지 토지는 휴식공간으로 각각 사용하였으나 취득후 이 사건 쟁점 토지는 테니스장으로 사용하지 않아 일부 광문고교생들이 휴식공간과 함께 족구장 등으로 사용한 정황이 있으며, 2006.5월부터는 ○○여자고교생들이 특활시간에 배드민턴장으로도 함께 사용하고 있고, 나머지 토지는 광문고교생들이 휴식공간으로 사용하고 있는 것들을 볼 수 있는데, 위와 같이 학교를 이전하려는 일련의 과정이나 이 사건 토지의 지형 및 이용 상황 등 제반사항을 종합하여 볼 때, 이 사건 토지 전체를 비록 당초 목적대로 교사를 신축하여○○여자고교로 사용하지 못하였지만 취득시부터 유예기간동안 학교이전절차를 취하여 신축의 준비과정에 있음은 물론 광문고교생들이 종전과 같이 휴식 및 체육공간으로 활용하고 있었으며, 특히,○○여자고교 개발활동누가기록부 및 초과근무명령서에서 유예기간이 종료될 시점부터는○○여자고교생들도 광문고교생들과 함께 특활활동시간에 배드민턴 훈련장으로 사용하고 있는 사실이 확인되는 점과 종합토지세(현행 토지분 재산세)는 보유하는 토지에 담세력을 인정하여 과세하는 수익세적 성격을 지닌 재산세로서 당해 토지를 보유하는 동안 매년 독립적으로 과세기준일 현재의 토지의 현황이나 이용상황에 따라 구분되는 것이므로(대법원판례 98두4364, 1998.5.8. 선고), 지방세법 제194조의17(현행 법 제143조제1항)의 종합토지세 현황부과 원칙에 따라 과세기준일 현재 사실상의 현황에 따라 과세대상물건을 기준으로 판단하여야 할 것(행정자치부 심사결정 제2004-285호, 2004.7.29. 등 다수)에 비추어 처분청에서 이 사건 재산세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2007. 1. 29. 행 정 자 치 부 장 관