심판청구가 적법한지 여부(각하)

[주 문] 청구인의 심사청구를 각하한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2002.7.15.부터 2006.3.21.까지 울산광역시 ○○군 ○○읍 ○○리 150-12번지외 2필지 토지 44,349㎡와 그 지상건축물 2,346.64㎡ 및 구축물(도크, 지하수, 저장탱크 등, 토지와 건축물을 포함하여 이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 취득하고 각각의 취득가액(붙임 참조)을 과세표준으로 지방세법 제112조제1항 및 같은 법 제131조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 614,312,400원, 농어촌특별세 114,844,960원, 등록세 70,666,400원, 지방교육세 14,133,260원, 합계 813,957,020원을 2002.9.9.부터 2006.4.10.까지 신고한 다음 2002.9.18.부터 2006.4.14.까지 납부하자 이를 수납하여 각각 징수결정하였다. ※ 붙임: 이 사건 부동산에 대한 신고(부과) 납부현황

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 2001.3.13. 설립된 법인으로서 울산광역시 울주군 온산읍 산임리 일원에서 액체화학화물 보세저장 보관·운송 및 판매업, 화학제품 수입·제조 및 판매업 등을 영위할 목적으로 2001.12.13. 울산광역시장으로부터 산업단지개발사업자 지정을 받았고, 그 후 2002.5.17. 울산지방해양수산청장으로부터 산업단지개발사업 실시계획 승인을 받은 다음 2002.12.9. 공사에 착공하여 약 2년 2개월의 공사기간을 걸쳐 2004.12.13. 사업용 재산(토지, 건물, 저장탱크)을 취득하였는바, 첫째, 조세특례제한법 제119조제3항제1호 및 같은 법 제120조제3항에서 창업중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일로부터 2년 이내에 취득하는 사업용 재산 및 이에 관한 등기에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다고 규정하고 있으므로, 타인으로부터 매매, 수증 등 일반적인 취득의 경우에는 장기간을 요하지 아니하여 창업일로부터 2년 이내에 사업용 재산을 취득 등기하여야만 취득세 등을 면제받을 수 있다고 할 것이나, 공사기간이 장기간을 요할 경우에는 허가기간, 공사기간 등 제반사항을 고려하여 창업일로부터 2년 이내에 착공이 이루어졌다면 비록 준공이 창업일부터 2년 이후에 이루어졌다 하더라도 이는 창업일로부터 2년 이내에 취득한 것으로 봄이 중소기업의 창업을 지원하려는 입법취지에도 부합될 뿐만 아니라 종전 행정자치부 심사결정례에서도 이를 인정한 사례가 있음에도, 단지 창업일로부터 2년이 경과하여 부동산을 취득 등기하였다고 하여 처분청이 이 사건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하므로 취소되어야 하겠고, 둘째, 이 사건 부동산에 대한 취득 등기가 조세특례제한법에 의한 취득세 등의 면제대상에 해당된다고 보아 관련법령의 규정에 의하여 감면신청을 하였고, 조세특례제한법시행령 제116조제12항에서 지방세의 감면을 받고자 하는 자는 관할관청에 감면신청을 하도록 규정하고 있을 뿐 그 신청기간에 대하여 제한을 두는 등 별도의 규정을 두고 있지 아니하므로, 지방세법상 소멸시효가 완성되기 전에는 조세특례제한법상 감면요건을 충족하는 경우 그 기한에 제한을 받지 아니한다 하겠고, 그렇다면 처분청의 감면불가 통지를 받은 때로부터 90일 이내에 심사청구를 한 이상 이 사건 심사청구는 청구기간을 경과하여 제기되었으므로본안심의 대상이 아니라는 처분청의 견해 또한 배척되어야 한다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 창업중소기업이 창업일부터 2년 이내에 공사에 착공하였으나 그 준공은 2년 이후에 이루어진 경우 이를 창업일부터 2년 이내에 당해 사업을 영위하기 위하여 취득 등기하는 사업용 재산에 해당되는 것으로 볼 수 있는지 여부에 있다 하겠으나, 먼저 이 사건 심사청구가 적법하게 청구 되었는지 여부에 대하여 살펴본다. 조세특례제한법 제119조제3항 본문 및 제1호에서 창업중소기업, 창업벤처중소기업 및 고용창출형창업기업(수도권과밀억제권역내에 소재하는 고용창출형창업기업을 제외한다. 이하 이 조, 제102조 및 제121조에서 같다)이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일(창업벤처중소기업의 경우에는 벤처기업으로 확인받은 날을 말한다. 이하 같다)부터 2년 이내에 취득하는 사업용 재산에 관한 등기에 대하여는 등록세를 면제하되, 다만, 등기일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용·처분(임대를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)하는 경우 또는 정당한 사유없이 최초 사용일부터 2년간 당해 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 목적으로 사용하거나 처분하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다고 규정하고 있고, 같은 법 제120조제3항에서 창업중소기업, 창업벤처중소기업 및 고용창출형창업기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일부터 2년 이내에 취득하는 사업용 재산에 대하여는 취득세를 면제하되, 다만, 취득일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용·처분(임대를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)하는 경우 또는 정당한 사유없이 최초 사용일부터 2년간 당해 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 목적으로 사용하거나 처분하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제116조제12항에서 법 제119조 내지 제121조의 규정에 의하여 지방세의 감면을 받고자 하는 자는 그 감면사유를 증명하는 서류를 갖추어 관할 시장(특별시·광역시 및 구가 설치된 시를 제외한다)·군수·구청장에게 신청하여야 한다고 규정하고 있는 한편, 구 지방세법(2005.12.31. 법률 제7843호로 개정되기 전의 것) 제72조제1항에서 이 법에 의한 처분(신고납부 또는 수정신고납부를 한 경우에는 그 신고납부를 한 때에 처분이 있었던 것으로 본다. 이하 이 절에서 같다)으로서 위법 또는 부당한 처분을 받았거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 이 절의 규정에 의한 이의신청 및 심사청구를 할 수 있다고 규정하고 있고, 같은 법 제73조제1항에서 이의신청을 하고자 할 때에는 그 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 통지를 받은 날)부터 90일 이내에 대통령령이 정하는 바에 따라 불복의 사유를 구비하여 도세{도세 중 공동시설세 및 시·군세에 부가하여 징수하는 지방교육세와 특별시세·광역시세 중 도시계획세·공동시설세 및 구세(군세를 포함한다)에 부가하여 징수하는 지방교육세를 제외한다}에 있어서는 도지사에게, 시·군세{도세 중 공동시설세 및 시·군세에 부가하여 징수하는 지방교육세와 특별시세·광역시세 중 도시계획세·공동시설세 및 구세(군세를 포함한다)에 부가하여 징수하는 지방교육세를 포함한다}에 있어서는 시장·군수에게 이의신청을 하여야 한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제74조제1항에서 심사청구를 하고자 할 때에는 이의신청에 대한 결정의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 도지사의 결정에 대하여는 행정자치부장관에게, 시장·군수의 결정에 대하여는 도지사 또는 행정자치부장관에게 각각 심사청구를 하여야 한다고 규정하고 있고, 지방세법(2005.12.31. 법률 제7843호로 개정된 것) 제74조제3항에서 이의신청을 거치지 아니하고 심사청구를 하고자 할 때에는 당해 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 통지를 받은 날)부터 90일 이내에 도세[도세 중 공동시설세 및 시·군세에 부가하여 징수하는 지방교육세와 특별시세·광역시세 중 도시계획세·공동시설세 및 구세(군세를 포함한다)에 부가하여 징수하는 지방교육세를 제외한다]에 있어서는 행정자치부장관에게, 시·군세[도세 중 공동시설세 및 시·군세에 부가하여 징수하는 지방교육세와 특별시세·광역시세 중 도시계획세·공동시설세 및 구세(군세를 포함한다)에 부가하여 징수하는 지방교육세를 포함한다]에 있어서는 도지사 또는 행정자치부장관에게 심사청구를 하여야 한다고 규정하고 있는바, 청구인의 경우 이 사건 부동산 취득 및 이에 관한 등기가 조세특례제한법 제119조제3항제1호 및 같은 법 제120조제3항의 규정에 의한 취득세와 등록세의 면제대상에 해당된다고 판단하였다면, 그 취득 등기 당시 관련 소명자료를 첨부하여 조세특례제한법시행령 제116조제12항(2003.12.30. 대통령령 제18176호로 개정되기 전의 항번은 제11항)의 규정에 의하여 감면신청을 하여 처분청으로부터 취득세와 등록세를 감면받았어야 하고, 이러한 감면신청에 대하여 처분청에 받아들여지지 아니하면 신고납부한 경우에는 신고납부일, 보통고지한 경우에는 그 고지서 수령일부터 각각 90일 이내에 울산광역시장에게 이의신청을 하거나 행정자치부장관에게 심사청구를 하여 이에 대한 구제를 받았어야 하겠고, 더구나 대법원 판례(같은 취지의 대법원 판결 2001두10639, 2003.6.27. ; 88누4591, 1990.3.27)에서 조세특례제한법령에서 지방세의 감면을 받고자 하는 자는 그 감면사유를 증명하는 서류를 갖추어 관할관청에 신청하여야 한다고 규정하고 있더라도 이러한 감면신청에 관한 규정은 면제처리의 편의를 위한 사무처리절차를 규정한 것에 불과할 뿐 그 신청이 면제의 요건이라고 볼 수는 없는 것이므로 법령에 의한 취득세와 등록세는 법률상 당연히 면제되는 것이지 과세관청의 조세면제처분에 의하여 비로소 면제되는 것은 아니라 하겠으며, 따라서 면제신청을 거부하는 취지의 통지를 가리켜 심사청구의 대상이 되는 행정처분이라고 할 수는 없다고 판시하고 있으므로, 청구인은 당초 이 사건 부동산 취득·등기 당시 조세특례제한법령에 의한 감면신청을 하지 아니하고 있다가 그 신고납부일 또는 납세고지서 수령일부터 90일이 경과한 2006.10.31. 처분청에 지방세 과세면제 신청을 하였고, 이에 처분청이 그 다음 날인 2006.11.1. “창업일부터 2년이 경과한 이후에 이 사건 부동산을 취득 등기하였으므로 감면대상에 해당되지 아니한다”는 감면불가 통지(지방세과-19998)를 하자 이에 불복하여 2006.11.30. 행정자치부장관에게 심사청구를 제기하였으므로 이 사건 심사청구는 본안 심의대상이 될 수 없는 것이라 할 것이다. 따라서 청구인의 심사청구는 본안 심의를 거치지 아니하고 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2007. 1. 29. 행 정 자 치 부 장 관