연구 및 인력개발비에 대한 세액공제와 준비금 사용액 동시 인정여부

1.○○세무서장이 2005.12.21 청구법인에게 한 법인세 2000사업연도 49,464,800원, 2002사업연도 620,681,250원 및 2004사업연도 3,874,860원의 부과처분과 2001사업연도 112,934,370원 및 2003사업연도 99,218,800원의 환급처분은 처분청이 연구.인력개발비에 대한 세액공제대상으로 보아 2002사업연도에 일시 환입한 1,710,000,000원 중 716,240,575원에 대하여는 조세특례제한법 제10조 제1항 제1호 의 규정에 의한 연구.인력개발비 세액공제사용 분으로 보지 아니하고 같은법 제9조 제2항 제1호의 규정에 의거 연구 및 인력개발준비금 사용액으로 처리하는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 재경정한다. 2.○○세무서장이 2005.12.10 및 2006.1.4 청구법인에게 한 법인세(원천분) 2000사업연도 43,904,140원, 2001사업연도 37,533,210원, 2002사업연도 55,887,110원, 2003사업연도 60,149,310원, 2004사업연도 53,762,340원, 2005사업연도(1~9월) 31,574,440원 및 부가가치세 2000년 2기 53,574,030원, 2001년 1기 33,526,540원, 2001년 2기 50,463,400원, 2002년 1기 59,771,260원, 2002년 2기 79,834,740원, 2003년 1기 68,299,540원, 2003년 2기 111,291,270원, 2004년 1기 87,847,670원, 2004년 2기 78,224,210원, 2005년 1기 58,491,840원 및 2005년 2기 25,135,940원의 부과처분은 이를 취소한다.

청구법인은 1969.4.16부터 원양어업 및 수산물 수출입업 등을 영위하는 상장법인으로서, 1998~2000사업연도 중 지출한 기술개발비 1,710,000,000원(이하 “쟁점기술비”라 한다)을 조세감면규제법 제9조 제1항 제1호의 규정에 의한 세액공제를 받음과 동시에 같은법 제8조의 규정에 의하여 손금산입한 기술개발준비금의 사용액에 포함하여 법인세를 신고하였고, 2000~2005년 중 어류몰이 조업에 필요한 헬리콥터를 미국령 괌에 본점을 둔 ○○헬리콥터사로부터 임차하고 그 대가로 12,905,137,177원(이하 “쟁점금액”라 한다)을 지급하였다.

○○지방국세청장은 청구법인이 쟁점기술비를 기술 및 인력개발비에 대한 세액공제에 사용하였으므로 동 상당액만큼은 기술개발준비금 사용액에 해당되지 않은 것으로 보아 2002사업연도에 동 상당액에 해당하는 준비금을 일시 임의환입으로 익금산입하고, 쟁점금액에 대해서는 ○○헬리콥터사의 국내원천소득으로서 원천 징수대상에 해당되고 아울러 쟁점금액(과세분 제외)에 대하여 부가가치세 대리납부의무가 있는 것으로 보아 그 과세자료를 처분청에 통보하였다. 이에 따라 처분청은 2005.12.21 및 2006.1.4 청구법인에게 법인세 2000사업연도 93,368,940원, 2001사업연도 37,533,210원, 2002사업연도 384,783,030원, 2003사업연도 60,149,310원, 2004사업연도 57,637,200원, 2005사업연도 31,574,440원 합계 665,046,130원 및 부가가치세 2000.2기 53,574,030원, 2001.1기 33,526,540원, 2001.2기 50,463,400원, 2002.1기 59,771,260원, 2002.2기 79,834,740원, 2003.1기 68,299,540원, 2003.2기 111,291,270원, 2004.1기 87,847,670원, 2004.2기 78,224,210원, 2005.1기 58,491,840원 및 2005.2기 25,135,940원 합계 706,460,440원을 결정 고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2006.3.9 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인이 쟁점기술비를 세액공제와 준비금에 중복하여 적용한 것은 담당자가 법령개정내용을 알지 못하여 종전과 같이 신고한 것이고, 조특법상 준비금과 세액공제의 입법취지가 납세자에게 보다 많은 세액의 감면혜택을 줌으로써 연구.인력개발을 촉진하고자 하는데 있으며 법 문언에 세액공제 우선 적용의 규정이 없는데도 2000.12.29 조특법 제9조 제2항 제1호의 “세액공제를 적용받는”에서 “적용받은”으로 변경된 것을 두고 그 이전의 기술개발비용은 세액공제에만 우선 적용되어야 하는 것으로 해석하는 것은 지나친 유추해석으로 조세법률주의에 위배되며, 동 규정의 개정은 불분명한 문구를 좀 더 명확하게 하여 준비금과 세액공제를 선택적으로 적용할 수 있도록 확인적 취지에서 개정한 것이므로, 세액공제 대상액이나 준비금의 사용액 중 하나를 선택하여 적용할 수 있는 것인 바 이 건 세액공제를 부인 결정하고 준비금 사용분을 인정하여야 한다.

(2) 청구법인이 원양의 공해상에서 참치잡이 조업과 관련하여 괌에 소재한 헬기회사로부터 어류몰이 작업지원용역을 제공받고 지급한 수수료는 법인세법상 국내원천대상소득이 아니고, 또한 어류몰이지원서비스가 공해상에서 이루어졌기 때문에 부가가치세법상 대리납부과세대상이 되는 용역의 공급이 아니다

• 나. 처분청 의견

(1) 구 조세감면규제법 제78조의 규정에 의하면 중소기업과 중소기업이 아닌 자도 준비금사용액과 세액공제의 중복 적용이 가능하다가 중소기업이 아닌 자의 경우 1998.4.10 조세감면규제법이 개정되어 1998.1.1 이후 개시하는 사업연도부터 손금에 산입하는 분부터는 준비금을 설정한 후 동 준비금을 기술개발비에 지출하고 이에 대해 구 조특법 제10조에 의한 연구.인력개발비에 대한 세액공제를 받는 경우 그 비용에 대해 기술개발비 등에 지출한 비용으로 보지 아니하기 때문에 세액공제를 받은 비용은 전액 3년이 되는 날이 속하는 과세연도에 익금산입하고 이자상당액을 가산하여 징수하게 되는 것으로 중소기업이 아닌 자는 연구 및 인력개발준비금과 연구인력 개발비에 대한 세액공제를 중복하여 적용할 수 없으므로, 구 조특법 제10조의 세액공제를 적용받는 연구개발비는 준비금 미사용액으로 쟁점금액을 2002사업연도 일시환입하여 익금(유보)산입한 처분은 잘못이 없다.

(2) 청구법인이 괌에 본점을 두고 있는 ○○헬리콥터사와 항공기서비스계약을 체결하고 원양(공해)에서 헬기로 어류몰이 지원용역에 대한 대가로 지급한 임차료는 법인세법 제93조 제4호 의 선박항공기 등의 임대용역에 해당함은 물론, 한국표준산업분류 및 표준소득률에 의하더라도 항공기임대용역에 해당되므로 쟁점금액은 국내원천소득으로 원천징수대상이고, 청구법인의 원양어선에 어류몰이서비스를 제공하는 것은 부가가치세법 제34조 의 규정에 의한 대리납부과세 대상용역에 해당한다.

• 가. 쟁 점

(1) 연구.인력개발비 세액공제와 연구 및 인력개발준비금의 사용액으로 적용할 수 있는 지출액에 대해 세액공제를 먼저 받은 것으로 보아야 하는지 아니면 납세자가 유리한 것을 선택하여 적용할 수 있는지 여부

(2) 공해상에서 어류조업을 위하여 괌 소재의 국외사업자로부터 조종사를 포함한 헬리콥터를 임차하고 지급한 대가가 법인세법상 국내원천소득에 해당하는지와 부가가치세법상 대리납부의 대상에 해당하는지 여부

• 나. 쟁점1에 대하여 본다 (1)관련법령

○ 구 조세감면규제법(1997.12.13 법률 제5417호로 개정된 것)

○ 제4조 【중소기업투자준비금의 손금산입】

④ 제2항 제2호 또는 제3항의 규정에 의하여 투자준비금을 익금에 산입하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당가산액을 소득세 또는 법인세에 가산하여 징수한다.

○ 같은법 제8조 【기술개발준비금의 손금산입】

① 제조업.광업 또는 대통령령이 정하는 사업을 영위하는 내국인이 기술의 개발 또는 혁신에 소요되는 비용에 충당하기 위하여 기술개발준비금을 손금으로 계상한 때에는 당해 과세연도의 수입금액에 다음 각호의 율을 곱하여 산출한 금액의 범위안에서 당해 과세연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.

1. 대통령령이 정하는 자본재산업(이하 “자본재산업”이라 한다) 및 기술집약적인 산업에 있어서는 100분의 5

2. 제1호외의 산업에 있어서는 100분의 3

② 제1항의 규정에 의하여 손금에 산입한 기술개발준비금은 다음 각호에 따라 이를 익금에 산입한다.

1. 당해 준비금을 손금에 산입한 과세연도종료일 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도종료일까지 기술개발비 등 대통령령이 정하는 비용에 지출한 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액계산에 있어서 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 당해 과세연도의 월수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다.

2. 손금에 산입한 준비금이 제1호의 규정에 의하여 익금에 산입할 금액을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 준비금은 그 준비금을 손금에 산입한 과세연도 종료일 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입한다.

④ 제2항 제2호 및 제3항의 규정에 의하여 기술개발준비금을 익금에 산입하는 경우에는 제4조 제4항의 규정을 준용한다.

○ 같은법 제9조 【기술 및 인력개발비에 대한 세액공제】

① 제조업.광업 또는 대통령령이 정하는 사업을 영위하는 내국인이 각 과세연도에 기술 및 인력개발을 위하여 지출한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 “기술.인력개발비”라 한다) 이 있는 경우에는 다음 각호의 방법중 하나를 선택하여 세액공제를 적용받을 수 있다.

1. 당해 과세연도의 기술.인력개발비의 지출액이 당해 과세연도의 개시일부터 소급하여 2년간 지출한 기술.인력개발비의 연평균지출액을 초과하는 경우 당해 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제하는 방법

○ 조세감면규제법(1998.4.10 법률 제5534호로 개정된 것)

○ 제8조【기술개발준비금의 손금산입】

② 제1항의 규정에 의하여 손금에 산입한 기술개발준비금은 다음 각호에 따라 이를 익금에 산입한다.

1. 당해 준비금을 손금에 산입한 과세연도종료일 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도종료일까지 기술개발비 등 대통령령이 정하는 비용(중소기업이 아닌 자의 경우에는 제9조 제1항 규정에 의한 세액공제를 적용받는 비용을 제외한다)에 지출한 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액계산에 있어서 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 당해 과세연도의 월수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다.

○ 부칙(1998.4.10 법률 제5534호)

○ 제3조 【준비금 등에 관한 적용례】

① 제8조.제23조.제28조 및 제48조의 개정규정은 1998년 1월 1일 이후 최초로 개시하는 과세연도에 손금에 산입하는 분부터 적용한다.

○ 조세특례제한법(2000.12.29 법률 제6297호로 개정된 것)

○ 제9조 【연구 및 인력개발준비금의 손금산입】

② 제1항의 규정에 의하여 손금에 산입한 연구 및 인력개발준비금은 다음 각호에 따라 이를 익금에 산입한다.

1. 당해 준비금을 손금에 산입한 과세연도 종료일 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도 종료일까지 연구 및 인력개발비 등 대통령령이 정하는 비용(중소기업이 아닌 자의 경우에는 제10조 제1항의 규정에 의한 세액공제를 적용받은 경우 당해 비용을 제외한다)에 소요된 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액계산에 있어서 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 당해 과세연도의 월수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다.

○ 같은법 제10조【연구.인력개발비에 대한 세액공제】

① 내국인(괄호 생략)이 2003년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 “연구. 인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호의 방법 중 하나를 선택하여 세액공제를 적용받을 수 있다. 다만, 중소기업이 아닌 자에 대하여는 제1호의 규정만 적용한다

1. 당해 과세연도에 발생한 연구. 인력개발비가 당해 과세연도의 개시일 부터 소급하여 4년간 발생한 연구. 인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 당해 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제하는 방법

2. 당해 과세연도에 발생한 연구.인력개발비에 100분의 15를 곱하여 계산한 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제하는 방법

(2) 사실관계 및 판단 (가) 청구법인의 법인세 신고서(기술 및 인력개발비 지출에 관한 사용명세서, 기술개발준비금조정명세서 등)및 이 건 조사관련 서류 등에 의하면, 청구법인은 1998~2000사업연도 중에 지출한 기술개발비용 1,710,000,000원 (쟁점기술비, 장부상에는 1,724,436,154원으로 나타나나 1,710,000,000원에 대하여만 경정)에 대하여 2000.12.29 법률 제6297호로 개정되기 전의 조세감면규제법 제9조에서 규정하는 기술 및 인력개발비(이후 법 개정에 따라 연구. 인력개발비로 명칭이 변경)에 대한 세액공제제도의 적용대상으로 하여 동 지출비용이 과거 4년간 지출한 기술. 인력개발비 평균지출액을 초과하는 금액의 50%를 세액공제금액으로 함과 동시에 같은 법 제8조에서 규정하는 기술개발준비금제도(이후 법 개정에 따라 연구 및 인력개발준비금으로 명칭이 변경)의 적용대상으로 하여 1998년과 1999년에 각각 설정한 1,210,000,000원과 8,500,000,000원의 준비금 사용금액으로 하여 각사업연도 법인세를 신고한 것으로 확인되고, 처분청은 이에 대하여 쟁점기술비가 기술. 인력개발비 세액공제를 적용받는 비용에 포함되었으므로 이에 상당한 금액만큼 기술개발준비금의 사용액으로 보지 아니하고 동 금액을 2002 사업연도에 일시에 전액 임의환입(익금산입) 유보처분하고 이자 상당액을 가산하여 법인세 151,668,450원(환급금을 제외한 고지세액)을 경정고지한 것으로 확인되며, 청구법인은 조세감면규제법상 중소기업에 해당하지 아니한 사실에 대하여는 다툼이 없다. (나) 처분청이 쟁점기술비에 대하여 위 중복적용신고분의 선택적용을 배제하고 세액공제를 적용받는 대상으로 하면서 기술 개발준비금의 사용기준에 해당하는 비용에서 제외하여 쟁점기술비를 일시 환입하여 경정한 처분에 대해, 청구법인은 세법에 연구. 인력개발비에 대한 감면제도로 연구 및 인력개발준비금에 대한 손금산입제도와 연구. 인력개발비 세액공제제도를 두고 이에 모두 해당되는 비용이 발생할 경우 납세자가 임의로 선택하여 할 수 있도록 한 것은 동 투자에 대하여 납세자에게 보다 많은 세액 감면혜택을 줌으로써 연구. 인력개발을 촉진하려는 데에 있으므로, 쟁점기술비에 대하여 기술 및 인력개발비의 세액공제를 적용받는 대상이 아니라 손금에 산입한 개술개발준비금을 사용한 것으로 보는 비용으로 인정하여야 한다는 주장이고, 쟁점기술비에 대한 신고 및 경정내용은 아래 표와 같다. <기술개발준비금 설정.사용액의 신고내용> (단위): 원) 연도 세액공제받은연구개발비 준비금설정액 준비금사용액 임의환입액 미사용액 1998 922,159,961 1,210,000,000 1,008,195,579 1999 821,669,428 8,500,000,000 2000 839,926,612 716,240,575 3,000,000,000 2002 5,000,000,000 계 2,583,756,001 9,710,000,000 6,724,436,154 3,000,000,000 0 <위 신고에 대한 처분청의 경정내용> (단위): 원) 설정액 사용대상액 임의환입액 3년내사용 미사용 (기말잔액) 1998 1,210,000,000 1,210,000,000 1,210,000,000 1999 8,500,000,000 9,710,000,000 9,710,000,000 2000 9,710,000,000 3,000,000,000 6,710,000,000 2001 6,710,000,000 6,710,000,000 2002 6,710,000,000 5,000,000,000 1,710,000,000 (다) 2000.12.29 법률 제6297호로 되기 전의 조세특례제한법 제9조 제2항 제1호 에 의하면, 내국인이 연구 및 인력개발준비금을 손금에 산입한 과세연도 종료일 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 연구 및 인력개발비 등 대통령령이 정하는 비용(중소기업이 아닌 자의 경우에는 제10조 제1항의 규정에 의한 연구 및 인력 개발비에 대한 세액공제를 적용받는 경우 당해 비용을 제외한다)에 소요된 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액계산에 있어서 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 당해 과세연도의 월수를 산출한 금액을 익금에 산입 (균등 환입) 하도록 규정하고 있고, 같은 법 제10조에 제1항에 의하면, 중소기업이 아닌 내국인이 연구 및 인력개발비 지출액이 있는 경우에는 당해 과세연도의 개시일 부터 소급하여 4년간 발생한 연구. 인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액을 당해 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제받을 수 있다고 규정하고 있어 기술개발준비금의 사용기준에 해당하는 비용과 기술. 인력개발비 세액공제를 적용받는 비용이 중복되는 경우에 같은 법 제117조에서 규정하는 조세중복지원의 배제에 해당되지 아니하므로 동시에 적용을 받을 수 있었으나, 1998.4.10 법 개정에 따라 중소기업이 아닌 자의 경우 1998.1.1이후 개시하는 사업연도부터 손금에 산입하는 분부터는 기술개발준비금을 설정한 후 기술. 인력개발비에 지출한 비용을 동 준비금 사용액으로 보기 위해서는 법 제9조의 세액공제를 적용받지 아니하여야 하고, 세액공제를 받은 비용에 대하여는 지출비용 전액을 준비금 설정 연도로부터 3년이 되는 날이 속하는 과세연도에 일시 환입 익금산입하고 이에 대해서는 이자상당액을 가산하여 징수하게 되므로 결국 청구법인과 같이 중소기업이 아닌 자의 경우에는 기술개발준비금과 기술. 인력개발비에 대한 세액공제를 중복하여 적용할 수 없다고 해석된다. (라) 살피건대, 중소기업이 아닌 청구법인이 쟁점기술비의 적용대상사업연도(1998년~2000년도) 법인세 신고시 쟁점기술비를 기술개발준비금 사용액으로 하기 위하여는 쟁점기술비에 대한 세액공제를 적용할 수 없다 할 것이고, 쟁점기술비에 대한 세액공제를 적용받고자 한다면 기술개발준비금 사용액으로 신고하지 아니하면 가능한 것이므로, 청구법인의 이 건 신고당시에는 그 규정 중 유리한 어느 하나를 선택할 수 있다 할 것이다. 그런데, 이 건의 경우 청구법인이 세액공제와 준비금에 대한 손금산입을 모두 선택하여 신고당시의 의사가 불명확하고 1999사업 연도분은 준비금에 대한 손금산입을 선택하였다 하더라도 국세부과 제척기간이 도과해 당해 과세연도 기술개발비에 대한 세액공제를 추징할 수 없을 뿐만 아니라 청구법인의 귀책사유로 선택 적용을 하지 아니하였다고 볼 수 있으므로 이 건 경정처분이 타당하다 할 것이나, 국세부과제척기간이 도과하지 아니한 2000사업연도분에 대하여는 청구법인에게 선택권을 인정하는 것이 조세감면제도의 취지에 부합된다 할 것이므로, 청구법인이 연구 및 인력개발비 세액공제와 준비금 사용액에 포함하여 신고한 쟁점개발비 1,710,000,000원(1999년 1,008,195,579원, 2000년 716,240,575원 합계 1,724,436,154원과의 차액 14,436,154원은 과다사용액으로 처리) 중 716,240,575원에 대하여는 기술개발비 세액공제를 적용받는 사용액으로 보지 아니하고 기술개발준비금의 손금산입으로 보는 것이 타당하다 하겠다.

• 다. 쟁점(2)에 대하여 본다. (1)관련법령

○ 법인세법(2003.12.30 법률 제7005호로 개정된 것)

○ 제93조【국내원천소득】 외국법인의 국내원천소득은 다음 각호와 같이 구분한다. 1.~3. 생략

4. 거주자. 내국법인 또는 외국법인의 국내사업장이나 소득세법 제120조 에서 규정하는 비거주자의 국내사업장에 선박, 항공기, 등록된 자동차나 건설기계 또는 산업상. 상업상. 과학상의 기계. 설비. 장치 그 밖에 대통령령이 정하는 용구를 임대함으로 인하여 발생하는 소득

5. 외국법인이 영위하는 사업에서 발생하는 소득(조세조약에 따라 국내원천사업소득으로 과세할 수 있는 소득을 포함한다)으로서 대통령령이 정하는 것. 다만, 제6호의 규정에 의한 소득을 제외한다.

○ 같은법 시행령 제132조【국내원천소득의 범위】

① 법 제93조 제4호에서 “대통령령이 정하는 용구”라 함은 운반구.공구.기구 및 비품을 말한다.

② 법 제93조 제5호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 소득세법 제19조 에 규정된 사업 중 국내에서 영위하는 사업에서 발생하는 다음 각호의 소득을 말한다.

7. 외국법인이 국내 및 국외에 걸쳐 선박에 의한 국제운송업을 영위하는 경우에는 국내에서 승선한 여객이나 선적한 화물에 관련하여 발생하는 수입금액을 기준으로 하여 판정한 그 법인의 국내업무에서 발생하는 소득

8. 외국법인이 국내 및 국외에 걸쳐 항공기에 의한 국제 운송업을 영위하는 경우에는 국내에서 탑승한 여객이나 적재한 화물과 관련하여 발생하는 수입금액과 경비, 국내업무용 고정자산의 가액 기타 그 국내업무가 당해 운송업에 대한 소득의 발생에 기여한 정도 등을 고려하여 재정경제부령이 정하는 방법에 의하여 계산한 그 법인의 국내업무에서 발생하는 소득

○ 소득세법시행령 제29조 【사업의 범위】 법 제19조 각호의 규정에 의한 사업의 범위에 관하여는 이 영에 특별한 규정이 있는 것을 제외하고는 한국표준산업분류를 기준으로 한다. 다만, 재정경제부령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

○ 법인세법시행령 제2조 【수익사업의 범위】

① 법인세법(이하 “법”이라 한다) 제3조 제2항 제1호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하 “한국표준산업분류” 라 한다)에 의한 각 사업 중 수익이 발생하는 것을 말한다. 다만, 다음 각호의 사업을 제외한다.

○ 부가가치세법 제2조 【납세의무자】

① 영리목적의 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 재화(제1조에 규정하는 재화를 말한다. 이하 같다) 또는 용역(제1조에 규정하는 용역을 말한다. 이하 같다)을 공급하는 자(이하 “사업자”라 한다)는 이 법에 의하여 부가가치세를 납부할 의무가 있다.

② 제1항의 규정에 의한 납세의무자에게 개인. 법인 (국가. 지방 자치단체와 지방자치단체조합을 포함한다)과 법인격 없는 사단. 재단. 기타 단체를 포함한다.

○ 같은법 제34조【대리납부】

① 다음 각 호의 1에 해당하는 자로부터 용역의 공급을 받는 자(공급받은 당해 용역을 과세사업에 공하는 경우를 제외한다)는 그 대가를 지급하는 때에 부가가치세를 징수하고 제18조 제2항 및 제19조 제2항의 규정을 준용하여 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업장 또는 주소지 관할세무서장에게 납부하여야 한다.

1. 소득세법 제120조 또는 법인세법 제94조 의 규정에 의한 국내사업장(이하 이 조에서 “국내사업장”이라 한다)이 없는 비거주자 또는 외국법인

2. 국내사업장이 있는 비거주자 또는 외국법인

○ 법인세법 제94조 【외국법인의 국내사업장】

① 외국법인이 국내에 사업의 전부 또는 일부를 수행하는 고정된 장소를 가지고 있는 경우에는 국내사업장이 있는 것으로 한다.

(2) 사실관계 및 판단 (가) 이 건 조사관련 서류 등에 의하면, 청구법인은 남태평양 등의 공해상에서 참치조업을 하면서 미국령 괌에 본점을 둔 미국법인 ○○헬리콥터사로부터 ‘목측에 의한 어군탐지’ 및 ‘어류몰이’ 등의 용역을 제공받고 2000년에서 2005년의 기간 동안 그 대가 12,905,137,177원(이하 “쟁점금액”이라 한다) 전액을 지급하였으며, 처분청은 국내원천 항공기임대소득으로서 보아 법인세법상 원천징수대상에 해당하고, 또한 2000년 2기~2005년 2기 부가가치세 과세기간에 지급한 대가 11,907,315,611원 중에서 면세사업 관련 금액 6,422,368,220원을 부가가치세 대리납부대상으로 보아 각 과세기간에 대한 과세표준으로 결정하고 이 건 법인세 및 부가가치세를 과세하였음이 확인된다. (단위: 원) 연도 대가지급액 원천세액(2%) VAT과표 VAT세액 비고 2000년 1,955,643,132 43,904,148 487,036,700 53,574,030 2001년 1,706,055,076 37,533,211 763,544,930 83,989,940 2002년 2,540,323,464 55,887,115 1,269,145,590 139,606,000 2003년 2,734,059,891 60,149,316 1,632,643,840 179,590,810 2004년 2,443,743,183 53.762.349 1,509,744,530 166,071,880 2005년 1,485,3152,431 32.676.876 760,252,630 83,627,780 계 12,905,137,177 283,913,006 6,422,368,220 706,460,440 ※ 가산세 포함세액임 (나) 한미조세조약 제2조에 의하면, “미국이라 함은 미합중국을 의미하며, 지리적 의미로 사용되는 경우에 미국의 제 주와 콜롬비아 특별구를 의미하고 미국의 영해를 포함한다.”고 정의하고 있어 괌은 미국에 병합된 영토가 아닌 자치령이므로 괌은 한미조세조약의 적용을 받지 아니하여 국내법(법인세법 제93조 4호)의 규정에 따라 과세한 것으로 보인다. (다) 먼저, 미국령 괌에 소재한 ○○헬리콥터사가 청구법인으로부터 지급 받은 대가가 법인세법 제93조 제4항 에 의한 “항공기 임대”로 인하여 발생한 국내원천소득에 해당하는지 아니면 국내원천소득으로 보지 아니하는 “서비스업” 등의 사업소득으로부터 발생한 소득인지에 대하여 본다. 청구법인과 ○○헬리콥터사간에 체결한 항공기서비스계약서의 주요내용을 보면, 임차인(청구법인)은 선망선을 운영함에 있어서 항공기 정비를 포함하여 자격을 갖춘 항공기사와 기계공이 갖춰진 어로탐지 활동에 적합한 항공기를 임차하기를 원하고, 계약기간동안 항공기와 함께 임대인은 항공기를 유지 및 작동할 수 있도록 임차인에게 자격과 실력을 갖춘 조종사와 정비사를 제공해야 하며, 임대인은 어떠한 목적으로도 임차인의 피고용인, 중개인, 대리로 간주되지 않음을 명시적으로 동의하고 임차인은 계약상 시간 장소 결과를 제외하고는 조종사와 정비사에게 지시를 하거나 명령을 내릴 수 없다고 되어 있어 청구법인이 조업활동에 적합한 항공기와 조종사를 임차하여 필요한 용역을 제공받는 것임을 알 수 있다. 처분청은 한국표준산업분류표에서 “71 기계장비 및 소비용품 임대업”에서 “71129 그 외 기타운송장비 임대업”이란 승용자동차 콘테이너를 제외한 기타운송장비를 운전자 없이 리스 또는 임대하는 산업활동을 말한다고 하면서 조종사가 딸린 항공운송장비임대(62)는 71129 임대업에서 제외하도록 규정하였는데 이는 “62 항공운송업”을 따로 정하였기 때문이며 “62200 부정기 항공운송업”은 부정기적으로 항공여객 또는 화물을 운송하는 산업활동(운전자가 딸린 항공기 임대활동을 포함)을 말한다고 규정하면서 항공기(운전자가 딸린 항공기 임대활동을 포함) 을 이용하여 직접 특정용역사업을 수행할 경우에는 부정기 항공운송업에서 제외하도록 하여 그 용역사업내용에 따라 각각 분류하도록 되어 있는 바 이는 항공기(조종사 딸린 항공기 임대)를 임차한 후 본래의 임차에 부합하는 항공여객 또는 화물을 운송하는 산업활동이라면 부정기 항공운송업에 해당하나 이 건 헬리콥터가 공해상에서 청구법인의 선박에 어류몰이 등 특정용역사업을 수행하는 경우에는 “항공기 임대”를 의미하는 것으로 보아야 한다는 의견이다. 이에 대해 청구법인이 한국표준산업분류를 담당하는 통계청장에게 질의하여 회신 받은 내용을 보면 “원양어선에게 헬리콥터와 함께 어로탐지능력이 있는 헬리콥터 조종사 및 정비사를 일정기간(1년 단위) 임대하는 형식의 서비스를 제공하여 주는 사업” 에 대해서는 사업체의 주된 활동에 따라 분류될 수 있는데 운전자를 딸려 헬리콥터를 임대하고 동 운전자가 헬리콥터를 이용하여 어로어업과 밀접히 관련된 서비스를 직접 제공하는 것이 주된 산업활동인 경우에는 어업관련서비스업(05220)으로, 또한 운전자를 딸려 헬리콥터를 임대하고 동 운전자는 어로어업 등 특정분야 종사자를 운송하는 것이 주된 산업활동인 경우에는 부정기 항공운송업(62200)으로 분류하고 있음을 알 수 있어 처분청의 의견과 같이 항공기의 임대가 아닌 어로서비스업이나 부정기 항공업으로 보아야 할 것이고 청구법인의 관계자도 이 건 심리시에 항공기의 임차 조업방식에 관하여 의견을 진술한 바 있다. 그렇다면 청구법인이 괌에 본점을 둔 ○○헬리콥터사로부터 어업에 필요한 서비스를 제공 받고 그 대가를 지급한 쟁점금액은 법인세법 제93조 제4호 의 규정에 의한 선박 항공기 등의 임대용역으로 볼 수 있는 국내원천소득이 아니어서 원천징수대상에 해당하지 아니하는데도 처분청이 쟁점금액에 대해 국내원천소득으로서 원천징수대상으로 보아 과세한 이 건 처분은 부당한 것으로 판단된다. (라) 또한 처분청은 원양어업을 영위하는 청구법인이 남태평양 공해상에서 조업 중인 어선에 어류몰이 용도로 시용하기 위하여 국내사업장이 없는 미국령 괌소재 법인으로부터 헬기를 임차하고 그 대가를 지급하는 때에는 부가가치세법 제34조 의 규정에 의한 대리납부대상으로 보아 이 건 부가가치세를 과세하였는 바 그 과세근거로 부가가치세법 기본통칙에서 우리나라 국적의 항공기 또는 선박에서 이루어지는 거래는 국외거래로 보지 아니한다고 규정하고 해양법에 관한 국제연합협약 제94조 제1호에서 모든 국가는 자국기를 게양한 선박에 대하여 행정적. 기술적. 사회적 사항에 관하여 유효하게 자국의 관할권을 행사하고 통제한다고 규정하고 있으며 서비스 약정서에 조업이 개시되어 헬기의 용역이 필요한 때면 원양어선에게 이륙하여 어류몰이 등을 하고 동 임무를 마치면 선박 갑판 위 계류장으로 돌아와 항시 대기하는 것으로 계약기간동안 헬기는 선장의 관리. 통제를 받는 것으로 어로서비스 제공 장소가 공해상이 아니라 원양어선이므로 쟁점금액 중 과세사업에 공한 분을 제외한 6,422,368,220원은 부가가치세 대리납부대상에 해당한다는 의견이나, 앞서 살펴 본바와 같이 청구법인의 어류몰이 행태를 보면 국내사업장이 없는 외국법인인 ○○헬리콥터사로부터 임차한 헬리콥터가 청구법인의 선박에서 용역을 제공하는 것이 아니라 주로 공해상에서 작업을 수행하고 있으며 위 기본통칙은 선박에서 이루어지는 용역거래에 한정적으로 적용하여야 하므로(위 임차 헬리콥터의 수행 작업을 우리나라 법규를 적용을 받는 것으로 보기 어려움) 청구법인과 같은 사업자가 국외의 법인으로부터 항공기를 임차하여 공해상에서 어업을 영위하는 경우 그 용역은 국외에서 제공 받는 것으로 봄이 타당하다 할 것이므로 이는 부가가치세법 제34조 의 규정에 의한 부가가치세 대리납부대상에 해당하지 않는데도 처분청이 이 건 어로서비스의 제공 장소가 공해상이 아니라 원양어선이라 하여 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 부당한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.