아파트형 공장을 분양받은 자가 공장 이외의 용도로 사용하겠다고 하여 취득세 등을 신고납부한 경우 공장 이외의 다른 용도로 분양한 것으로 볼 수 있는지와 취득세 과세표준 산정이 적정한지 여부(경정)

[주 문] 처분청이 2006.7.18. 청구인에게 부과 고지한 취득세 55,843,900원, 농어촌특별세 4,692,020원, 등록세 21,961,310원, 지방교육세 4,056,180원, 합계 86,553,410원(가산세 포함)을 취득세 13,418,770원, 농어촌특별세 1,127,430원, 등록세 5,018,470원, 지방교육세 926,860원, 합계 20,491,530원(가산세 포함)으로 경정한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2005.6.10. 서울특별시 ○○구 ○○동2가 300-4번지상에 아파트형 공장용 건축물 21,939.85㎡(이하 “이 사건 아파트형 공장”이라 한다)과 근린생활시설 4,611.05㎡(이 사건 아파트형 공장을 포함하여 이하 “이 사건 건축물”이라 한다)를 신축 취득한데 대하여 2005.7.11. 이 사건 아파트형 공장에 대하여는 서울특별시세감면조례 제19조제1항의 규정에 의하여 취득세와 등록세를 면제하고, 근린생활시설 부분에 대하여는 그 부분에 대하여 안분계산한 취득가액을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등을 신고납부하자 이를 수납하여 징수결정하였으나, 그 후 2006.4월 서울특별시 세무조사 결과 청구인이 이 사건 건축물 취득에 따른 취득세 등을 신고납부하면서 건설자금이자를 과세표준에서 누락하였을 뿐만 아니라 이 사건 아파트형 공장을 분양받은 자가 그 일부(면적 2,731.06㎡, 이하 “쟁점 아파트형 공장”이라 한다)를 취득과 동시에 다른 용도로 사용하고 있어 이를 청구인이 공장 이외의 다른 용도로 분양한 것으로 보아 누락한 건설자금이자(830,440,613원)와 쟁점 아파트형 공장에 대하여 안분계산한 취득가액(20,015,372,445원)을 합한 금액(20,845,813,058원)을 과세표준으로 지방세법 제112조제1항 및 같은 법 제131조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 55,843,900원, 농어촌특별세 4,692,020원, 등록세 21,961,310원, 지방교육세 4,056,180원, 합계 86,553,410원(가산세 포함)을 2006.7.18. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 첫째, 서울특별시세감면조례 제19조제1항 단서의 취지는 아파트형 공장을 신축한 자가 분양·임대 및 매각에 있어 공장 이외의 용도로 분양 임대 및 매각한 경우에 기 감면받은 취득세 등을 추징한다는 것이지 신축한 자가 공장용도로 분양하였음에도 불구하고 분양받은 자가 임의로 용도를 변경한 경우까지 추징한다는 의미는 아니라 할 것으로, 청구인은 이 사건 아파트형 공장 분양계약에 있어 업종을 제조업으로 특정하고, 수분양자의 사업자등록증을 교부받아 업태가 제조업인지를 확인하는 등 아파트형 공장 본래의 용도에 맞도록 분양하였으므로, 수분양자들이 당초 계약과 달리 분양 이후 임의로 용도를 변경하여 공장 이외의 용도로 사용하였다고 하여 그 책임을 분양자에게 전가시키는 것은 법규를 확대해석한 것으로서 조세법률주의에 어긋나는 처분이라 하겠고, 둘째, 청구인은 2003년부터 2005년까지 차입한 금원에 대한 금융이자로서 1,081,169,503원을 지급하였다고는 하나, 법인세법시행령 제52조제1항에서 건설자금에 충당한 차입금의 이자의 범위에 고정자산의 건설 등에 소요된 것인지 여부가 분명하지 아니한 차입금은 제외하도록 규정하고 있는바, 이 사건 건축물 착공후부터 준공시까지 시설자금으로 차입금을 사용한 금원에 대한 금융이자만이 건설자금이자로 보아야 하고 나머지 금원은 제외되어야 할 것임에도, 처분청이 운전자금으로 소요된 금액에 대한 지급이자까지 건설자금이자로 보아 취득세 과세표준에 산입한 것은 부당하므로 이 사건 취득세 등은 취소되어야 한다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 아파트형 공장을 분양받은 자가 공장 이외의 용도로 사용하겠다고 하여 취득세 등을 신고납부한 경우 이를 아파트형 공장을 분양한 자가 공장 이외의 다른 용도로 분양한 것으로 볼 수 있는지와 취득세 과세표준 산정이 적정한지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면, 서울특별시세감면조례 제19조제1항 본문에서 산업집적활성화및공장설립에관한법률 제2조제6호의 규정에 의한 아파트형 공장을 설립할 목적으로 취득하는 부동산(이미 아파트형 공장용으로 사용하던 부동산을 승계취득하는 경우는 제외한다)에 대하여는 취득세를 면제하며, 그 부동산을 취득한 날부터 2년 이내에 등기하는 경우에는 등록세를 면제한다고 하면서, 그 단서에서 다만, 그 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유없이 건축공사에 착공하지 아니하거나 건축물의 사용승인서교부일로부터 5년 이내에 정당한 사유없이 공장 또는 벤처기업 이외의 용도로 분양·임대하거나 매각하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세 및 등록세를 추징한다고 규정하고 있고, 같은 조 제2항 본문에서 아파트형 공장에 입주하여 사업을 영위하고자 하는 중소기업기본법 제2조의 규정에 의한 중소기업자가 산업집적활성화및공장설립에관한법률 제28조의5제1항제1호 및 제2호의 규정에 의한 사업 또는 벤처기업을 영위할 목적으로 아파트형 공장 설립자로부터 최초로 분양받아 취득하는 아파트형 공장용 부동산에 대하여는 취득세를 면제하고, 취득한 날부터 2년 이내에 등기하는 경우에는 등록세를 면제한다고 하면서, 그 단서에서 다만, 그 취득한 날부터 1년 이내에 정당한 사유없이 당해 사업 또는 벤처기업용에 직접 사용하지 아니하는 경우와 5년 이내에 매각하거나 다른 용도에 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있으며, 산업집적활성화및공장설립에관한법률 제2조제6호에서 “아파트형 공장”이라 함은 동일 건축물안에 다수의 공장이 동시에 입주할 수 있는 다층형 집합건축물로서 대통령령이 정하는 것을 말한다고 규정하고 있고, 같은 법 제28조의5제1항 본문 및 제1호 내지 제3호에서 아파트형 공장에 입주할 수 있는 시설은 제조업, 연구개발업 그 밖에 대통령령이 정하는 사업을 영위하기 위한 시설, 벤처기업육성에관한특별조치법 제2조제1항의 규정에 의한 벤처기업을 영위하기 위한 시설, 기타 입주업체의 생산활동을 지원하기 위한 시설로서 대통령령이 정하는 시설로 한다고 규정하고 있으며, 같은 조 제2항에서 제1항제1호의 규정에 의하여 아파트형 공장에 입주할 수 있는 시설의 범위 및 규모는 대통령령으로 정한다고 규정하고 있고, 같은법시행령 제36조의4제1항 본문 및 제2호·제5호에서 법 제28조의5제1항제1호에서 “대통령령이 정하는 사업”이라 함은 제6조제2항 및 동조 제3항의 규정에 의한 지식산업 및 정보통신산업과 기타 특정 산업의 집단화 및 지역경제의 발전을 위하여 아파트형 공장에의 입주가 필요하다고 시장·군수 또는 구청장이나 관리기관이 인정하는 사업을 말한다고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제6조제2항 본문에서 법 제2조제11호에서 “지식산업”이라 함은 창의적 정신활동에 의하여 고부가가치의 지식서비스를 창출하는 산업으로서 다음 각호의 산업을 말한다고 하면서, 그 제1호 내지 제9호에서 자연과학 연구개발업, 고등교육법 제25조에 따른 연구소의 연구개발업, 기술개발촉진법 제7조제1항 각호에 따른 기관 또는 단체(동법 제7조제1항제4호에 따른 대학을 제외한다)의 연구개발업, 건축기술 및 엔지니어링 서비스업, 과학 및 기술서비스업, 광고물 작성업, 영화 및 비디오 제작업, 오디오 기록매체 출판업, 전문 디자인업이라고 규정하고 있고, 같은 조 제3항 본문에서 법 제2조제11호에서 “정보통신산업”이라 함은 정보의 수집·가공·저장·검색·송신·수신 및 그 활용과 이에 관련되는 기기·기술·역무 그 밖에 정보화를 촉진하기 위한 산업으로서 다음 각호의 산업을 말한다고 하면서, 그 제1호 내지 제6호에서 컴퓨터시스템 설계 및 자문업, 소프트웨어 자문·개발 및 공급업, 자료처리 및 컴퓨터시설 관리업, 데이터베이스 및 온라인 정보제공업, 기타 컴퓨터 운영 관련업, 전기 통신업이라고 규정하고 있는 한편, 지방세법 제111조제1항 본문에서 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다고 하면서, 그 단서에서 다만, 연부로 취득하는 경우에는 연부금액으로 한다고 규정하고 있고, 같은 조 제5항 본문 및 제3호에서 판결문·법인장부 중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득(증여·기부 기타 무상취득을 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항의 규정에 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액에 의한다고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제82조의2제1항 본문 및 제2호에서 법 제111조제5항제3호에서 “법인장부 중 대통령령이 정하는 것”이라 함은 법인이 작성한 원장·보조장·출납전표, 결산서를 말한다고 규정하고 있고, 같은법시행령 제82조의3제1항 본문에서 취득세의 과세표준이 되는 취득가격은 과세대상 물건의 취득시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용[소개수수료, 설계비, 연체료, 할부이자 및 건설자금에 충당한 금액의 이자등 취득에 소요된 직접·간접비용(부가가치세를 제외한다)을 포함하되, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우에는 연체료 및 할부이자를 제외한다]을 말한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 1967.2.13. 부동산 임대업 등을 목적으로 설립된 법인으로서 2005.6.10. 이 사건 아파트형 공장을 신축 취득한 후 청구외 (주)○○섬유 등에게 이를 분양하였으나 쟁점 아파트형 공장을 분양받은 청구외 ○○화성(주) 등 11개 업체가 이를 아파트형 공장 이외의 용도로 사용하겠다고 하면서 취득세 등을 신고납부하였고, 이에 처분청은 청구인이 쟁점 아파트형 공장을 당초부터 공장 이외의 용도로 분양한 것으로 보아 그 해당 부분에 대하여 면제한 취득세 등을 추징한 사실과 청구인은 2003.6.20. 처분청으로부터 이 사건 건축물에 대한 건축허가서를 교부받은 다음 2003.8.11. 건축공사에 착공하여 2005.6.10. 사용승인을 받는 과정에서 2003.8.27. 금융기관(중소기업은행)으로부터 3,000,000,000원(중소기업자금대출, 이하 “1차 차입금”이라 한다)을, 2003.9.25.부터 여러 회에 걸쳐 같은 금융기관으로부터 9,600,000,000원(지방구조조정시설자금대출, 이하 “2차 차입금”이라 한다)을 차입하였고, 법인장부상 이 사건 건축물 신축공사가 개시된 2003년도의 경우 발생이자 중 1차 차입금을 차입하기 이전에 발생한 이자의 일부(85,546,461원)를 비용처리(손익계정 대체)하고 그 외 지급이자 128,530,467원은 전액 건설자금이자(분양제조계정 대체)로, 건축물 사용이 승인된 2005년도의 경우 발생이자 중 291,854,788원을 건설자금이자로 처리한 사실은 제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 첫째, 아파트형 공장을 당해 용도로 분양하였음에도 피분양자가 용도를 변경하여 공장 이외의 용도로 사용하였다는 사유로 공장 이외의 용도로 분양한 것으로 판단한 것은 조세법규를 확대해석한 것이라고 주장하고 있고 이에 처분청은 분양받은 자가 이를 취득과 동시에 다른 용도로 사용하고 있는 것은 분양자가 당초부터 공장용도로 분양한 것이 아니라고 판단하고 있으므로 이에 관하여 보면, 서울특별시세감면조례 제19조제1항 본문에서 산업집적활성화및공장설립에관한법률 제2조제6호의 규정에 의한 아파트형 공장을 설립할 목적으로 취득하는 부동산(이미 아파트형 공장용으로 사용하던 부동산을 승계취득하는 경우 제외)에 대하여는 취득세를 면제하고, 그 부동산을 취득한 날부터 2년 이내에 등기하는 경우에는 등록세를 면제한다고 하면서, 그 단서에서 다만, 그 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유없이 건축공사에 착공하지 아니하거나 건축물의 사용승인서 교부일로부터 5년 이내에 정당한 사유없이 공장 또는 벤처기업 이외의 용도로 분양·임대하거나 매각하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세 및 등록세를 추징한다고 규정하고 있는바, 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세 요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유없이 확장해석이나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다(대법원 판결 2001두5521, 2002.7.26) 할 것으로, 청구인의 경우 이 사건 아파트형 공장을 분양할 당시 아파트형 공장의 입주요건을 구비한 자와 분양계약을 체결하면서 분양계약서상에 피분양자는 아파트형 공장에 부적절한 업종으로 변경할 수 없을 뿐만 아니라 아파트형 공장에 입주 불가능한 업종으로 계약을 변경하여 입주하거나 임대를 할 수 없다고 명시하는 등 피분양자로 하여금 아파트형 공장에 부적합한 용도로 변경할 수 없도록 분양계약을 체결하였고, 서울특별시세감면조례 제19조제1항 단서에서 아파트형 공장을 분양받은 자가 공장 이외의 용도에 사용하는 경우 이를 분양한 자에게 면제받은 취득세 등을 추징한다고 규정하고 있지 아니한 이상, 쟁점 아파트형 공장을 분양받은 청구외 ○○화성(주) 등이 이에 대한 취득신고를 하면서 임의로 그 용도를 변경하여 다른 용도로 사용하겠다고 하였다 하여 분양자인 청구인에게 그 책임을 물어 이미 면제한 취득세 등을 부과할 수는 없다(같은 취지의 행정자치부 심사결정례 제2001-310호, 2001.6.25) 하겠으나, 다만, 쟁점 아파트형 공장 중 10층 3호(면적 150.74㎡)의 경우 청구인은 2004.3.29. 소프트웨어개발 서비스를 목적사업으로 하는 청구외 (주)○○티넷과 분양계약을 체결하였다고는 하나 2004.9.30. 청구외 (주)○○티넷이 산업집적활성화및공장설립에관한법률 제28조의5제1항제1호, 같은법시행령 제6조제2항제1호 내지 제9호 및 제3항제1호 내지 제6호, 같은법시행령 제36조의4제1항제2호에서 규정하고 있는 업종이 아닌 기장대리서비스업을 영위하고 있는 청구외 김홍계에게 이에 대한 권리의무를 승계키로 하고 작성한 권리의무승계계약서상에 청구인의 인감이 날인되어 있는 점, 10층 5호(면적 167.47㎡)의 경우 피분양자인 청구외 오○○이 청구인과 분양계약을 체결한 그 다음 날인 2004.3.30. 계측주변기기 제조업을 목적사업에 추가하였다고는 하나 당초 계약체결 당시 청구외 오○○은 도매(무역)업을 영위하는 자에 해당되어 아파트형 공장에 입주할 수 있는 업종에 해당되지 아니한 점에 비추어 이에 해당하는 부분에 대하여는 청구인이 공장 이외의 용도로 분양하였다고 봄이 타당하다 하겠으므로, 이 부분에 대하여 면제한 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다 하겠고, 둘째, 청구인은 2003년부터 2005년까지의 차입금에 대하여 1,081,169,503원의 금융이자를 지급하였다고는 하나, 이 사건 건축물 착공후부터 준공시까지 시설자금으로 차입금을 사용한 금원에 대한 이자만이 건설자금이자로서 취득세 과세표준에 해당된다 할 것임에도, 운전자금으로 소요된 금액에 대한 지급이자까지 건설자금이자로 보아 취득세 과세표준에 산입한 것은 부당하다고 주장하므로 이에 관하여 보면, 지방세법시행령 제82조의3제1항에서 취득세의 과세표준이 되는 취득가격은 과세대상 물건의 취득시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용을 말한다고 하면서 건설자금에 충당한 금액의 이자 등 취득에 소요된 직·간접비용을 포함한다고 규정하고 있는바, 청구인의 경우 2003년도에 발생한 지급이자 214,076,928원 중 이 사건 건축물을 착공한 시점인 2003.8월 이후 지급한 이자 128,530,467원을 전부 분양제조원가 계정으로 대체하고, 차액 85,546,461원만을 이 사건 건축물의 원가를 구성하지 않는다고 보아 비용으로 처리하였으며, 2005년도에도 이 사건 건축물의 사용승인 시점인 2005.6월까지 발생한 지급이자 291,854,788원 전부를 분양제조원가 계정으로 대체하는 등 청구인이 금융기관(기업은행)으로부터 대출받은 차입금 전액에 대한 지급이자를 건설자금이자로 회계처리하여 분양제조원가에 포함한 이상, 이는 이 사건 건축물을 신축하면서 발생한 건설자금에 충당한 금액의 이자에 해당된다고 봄이 타당하다 하겠으므로, 처분청이 이를 취득세 과세표준에 포함하여 산출한 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2006. 12. 27. 행 정 자 치 부 장 관