학교법인이 운영하는 병원을 전문대학의 간호학과 학생들의 현장실습장으로 사용하고 있는 경우 사업소세 과세대상에 해당하는지 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 부산광역시 부산 ○○구 ○○동 873-5번지 소재 “○○병원”을 운영하고 있는 청구인이 최근 5년간 사업소세 신고납부하지 아니한데 대하여 지방세법 제248조제1항의 세율을 적용하여 2001년 10월부터 2006년 6월까지 종업원할 사업소세 182,548,660원 및 2002년부터 2006년까지 재산할 사업소세 14,242,400원, 합계 196,791,060원(가산세포함)을 2006.11.6. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 고등교육법 제4조의 규정에 의하여 1967.12.1. 설립된 학교법인으로 ○○대학(이전의 ○○간호전문대학)과 간호학과의 부속병원(실습병원)으로 ○○병원을 운영하고 있으며, 청구인이 운영하는 ○○대학 간호학과는 비록 3년제이나, 의사의 경우와 동일하게 현장실습교육과 이에 따른 성적평가가 없으면 자격을 취득할 수 없으며, 본 병원을 간호전문대학 학생들의 교육을 위한 교육기관으로 보아야 함은 대법원 판례(대법원 1982.12.28. 선고 81누256판결, 대법원 1986.7.22. 선고 86누36판결, 대법원 1987.10.13. 선고 87누641판결) 및 행정자치부 심사결정례(내무부 심사 97-570, 1997.11.26)에서 간호대학의 부속병원도 간호대학의 학생들의 교육에 이용되고 있는 이상 교육사업에 사용되는 것으로 보아야하므로 본 병원이 수익사업을 영위하는 것으로 보아 사업소세 등을 부과하는 것은 부당하다고 판시하고 있고, 또한, 관련법령을 살펴보면, 지방세법 제245조의2제1항 본문에서 비과세대상 비영리사업자의 범위를 대통령령(지방세법시행령 제79조)에 위임하고 있고, 동조 동항 단서에서 수익사업의 범위를 대통령령(지방세법시행령 제208조 및 제78조의2)에 위임하고 있으므로 간호대학의 부속병원은 위 대법원 판례 및 행정자치부 심사결정례에 의하여 지방세법시행령 제78조의2의 “의과대학등의 부속병원”에 해당하므로 사업소세 과세대상이 아님이 분명하고, 또한 처분청이 과세이유로 하고 있는 지방세법시행령 제209조제2호는 지방세법 제245조의2제1항제5호의 위임을 받은 규정으로 본 병원에 적용할 조항이 아님은 행자자치부 심사결정례에 의하여도 알 수 있고, 예비적 청구이유로서 국세기본법 제18조제3항에서는 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니하는 것으로 규정하고 있고, 처분청은 위 행정자치부 심사결정례가 있은 후에는 이 사건 사업소세를 부과하기 전까지는 청구인을 사업소세가 비과세되는 사업자라고 인정하여 약 10년간 사업소세를 부과한 적이 없었으므로 신의성실의 원칙을 적용하여 볼 때 처분청의 이 사건 사업소세 부과처분은 부당하다고 주장하며 그 취소를 구하였다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 학교법인이 운영하는 병원을 전문대학의 간호학과 학생들의 현장실습장으로 사용하고 있는 경우 사업소세 과세대상에 해당하는지 여부에 관한 것이라 하겠다. 먼저 관계법령을 보면,지방세법 제245조의2제1항에서 “다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 사업소세를 부과하지 아니한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 관계되는 재산할 및 종업원할은 그러하지 아니하다”라고 규정하고, 그 제5호에서 “기타 대통령령으로 정하는 사업자”라고 규정하고 있고, 같은법시행령 제207조에서 “법 제245조의2제1항제1호에서 『대통령령으로 정하는 비영리사업자』라 함은 제79조제1항제1호 내지 제7호의 규정에 의한 사업자를 말한다”라고 규정한 후, 같은법시행령 제79조제1항제2호에서 “……고등교육법에 의한 학교를 경영하는 자……”라고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제208조제1항에서 “법 제245조의2제1항제1호 단서의 규정에서 『대통령령이 정하는 수익사업』이라 함은 제78조의2제1항의 규정에 의한 사업을 말하고 『대통령령이 정하는 수익사업에 관계되는 재산할 및 종업원할』이라 함은 수익사업에만 직접 제공되고 있는 사업소와 종업원을 기준으로 부과하는 재산할과 종업원할을 말한다. 다만, 이 경우 비과세 대상사업과 수익사업에 건축물이 겸용되거나 종업원이 겸직하는 때에는 주된 용도 또는 직무에 따라 과세한다.”라고 규정하고 있고, 같은법시행령 제78조의2제2항제1호에서 “고등교육법 제4조의 규정에 의하여 설립된 의과대학등의 부속병원이 경영하는 의료업”이라고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제209조에서 “법 제245조의2제1항제5호에서 『기타 대통령령으로 정하는 사업자』라 함은 다음 각호의 사업을 경영하는 자를 말한다.”라고 규정하면서 그 제2호에서 “고등교육법 제4조의 규정에 의하여 설립된 의과대학(한의과대학·치과대학 및 수의과대학을 포함한다)의 부속병원”이라고 각각 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은1967.12.1. 문교부장관으로부터 사립학교법 제10조에 의하여 설립학교명을○○간호학교로 하여 학교법인○○학원 설립 허가를 받은 후, 1967.12.19. 목적사업을 교육이념에 입각하여 국가 산업 발전에 필요한 전문지식과 이론을 교수, 연구하고 재능을 연마하여 국가발전에 필요한 전문직업인 양성으로 하고, 주사무소 소재지를 부산광역시 부산○○구○○동 873-44번지로 하여 법인설립을 하여 부속병원○○병원을 운영하고 있으며,처분청은 청구인이 부속병원으로 운영하고 있는 ○○병원에 대하여 지방세법 제245조의2제5호 및 같은법시행령 제209조제2호의 기타 비과세사업자에 해당되지 않는 것으로 보아 이 사건 사업소세를 부과고지한 사실을 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 고등교육법 제4조의 규정에 의하여 설립된 학교법인으로서 비영리사업자에 해당되고, 고등교육법 제4조의 규정에 의거 간호전문대학을 설치 운영하고 있으며, 간호전문대학 부설 ○○병원은 간호전문대학생들의 현장교육 및 실험실습장으로 사용되고 있어 동병원 운영을 지방세법 제78조의2제2항제1호의 규정에 의한 수익사업에 해당되지 아니하므로 사업소세의 비과세 대상이라고 주장하나, 지방세법 제245조의2제1항제1호 및 같은법시행령 제207조, 제208조제1항, 제78조의2, 제79조제1항제2호의 규정을 종합해 보면, 학술·기타 공익사업을 목적으로 하는 비영리사업자에 대하여는 사업소세를 비과세하지만,대통령령이 정하는 수익사업에 관계되는 재산할 및 종업원할에 대하여는 그러하지 아니하며,고등교육법 제4조의 규정에 의하여 설립된 의과대학등의 부속병원이 경영하는 의료업에 대하여는 수익사업으로 보지 아니한다고 규정하고 있는바, 여기서 말하는 “의과대학등”이라 함은 고등교육법 제2조에서는 대학과 전문대학을 서로 다른 종류의 학교로 구분하고 있으므로 고등교육법 제2조제1호의 대학을 의미한다 할 것이고, 고등교육법 부칙(법률 제5439호, 1997.12.13) 제2조에서는 대학등에 관한 경과조치로서 “이 법 시행당시 종전의 교육법에 의한 대학·교육대학·사범대학·종합교원양성대학·대학원대학·전문대학 및 기술대학과 이에 준하는 각종학교는 각각 이 법에 의한 대학·교육대학·사범대학·종합교원양성대학·대학원대학·전문대학 및 기술대학과 이에 준하는 각종학교로 본다.”라고 규정하고 있으므로 간호전문대학은 고등교육법 제2조제4호의 전문대학으로서 의과대학에 포함되지 않는다 할 것이고, 법인세법 제3조제1항제1호 및 법인세법시행령 제2조제1항제3호의 규정에 의하면 고등교육법에 의한 학교를 경영하는 사업을 수익사업에서 제외되는 것으로 규정하고 있는바, 여기에서 학교를 경영하는 사업에는 병원을 경영하는 사업은 포함되지 않는다 할 것이므로 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단되고, 또한, 지방세법 제245조의2제1항제5호 및 같은법시행령 제209조제2호에서는 사업소세를 부과하지 않는 사업자를 “고등교육법 제4조의규정에 의하여 설립된 의과대학(한의과대학·치과대학 및 수의과대학을포함한다)의 부속병원”으로 규정하고 있으므로 청구인은 위 규정의 의과대학에 포함되지 않는 것이 분명하므로 사업소세 비과세사업자에 포함되지 않는 것으로 판단된다. 한편, 청구인은 처분청이 약 10년간 청구인에 대하여 사업소세를 과세하지 아니함으로써 비과세 관행이 성립되었으며 국세기본법 제18조제3항의 신의성실의 원칙에 따라 이 사건 사업소세 부과처분은 부당하다고 주장하나, 일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 과세관청이 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하는바(대법원 2002. 11. 26. 선고 2001두9103 판결 참조), 이러한 신의성실의 원칙이나국세기본법 제18조제3항에서 규정하는 조세관행 존중의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의의 관념에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용된다 할 것이고(대법원 2004. 2. 13. 선고 2002두12144 판결, 대법원 2002. 10. 25. 선고 2001두1253 판결 참조), 또한, 신의성실의 원칙이나 국세기본법 제18조제3항이 정하는 소급과세금지의 원칙의 적용요건 및 비과세관행의 존재에 대한 증명책임의 소재는 납세자에게 있다 할 것인데(대법원 2006.6.29. 선고 2005두2858 판결), 청구인이 주장하는 행정자치부의 심사결정례는 처분청의 청구인에 대한 공적인 견해표명이라고 볼 수 없고, 청구인은 소급과세금지의 원칙의 적용요건 및 비과세관행의 존재를 입증하는 자료를 찾을 수 없으므로 처분청의 이 사건 사업소세의 부과처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2007. 2. 26. 행 정 자 치 부 장 관