부동산 등기가 대도시내 지점설치에 따른 부동산등기에 해당되는지 여부(취소)

[주 문] 처분청이 2006년 3월 24일 청구인에게 부과고지한 등록세 153,360,000원,지방교육세 28,116,000원, 합계 181,476,000원(가산세 포함)을 취소한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이2002.10.31.서울특별시 ○○구 ○○동 154-8번지 토지 394.6㎡ 및 같은 동 154-9번지 토지 457.1㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)을 취득하고 2002.11.13 소유권이전등기를 하면서 일반세율을 적용하여 등록세를 신고납부한데 대하여 이 사건 부동산 등기는 대도시내 지점설치 후 5년 이내에 취득하는 부동산 등기로서 등록세 중과대상에 해당한다고 보아 그 과세표준액을 411,650,000원으로 하여 구 지방세법(2002.12.30. 법률 제6838호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제138조제1항의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 기 납부한 세액을 차감한 등록세 153,360,000원,지방교육세 28,116,000원, 합계 181,476,000원(가산세 포함)을 2006.3.24. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 1993.3.12. 사업장소재지를 서울특별시 ○○구 ○○동 154-8번지로 하고, 종목을 의약품·임대로 하는 사업장(이하 “서울지점”이라 한다.)을 설치하여 부가가치세법의 규정에 의한 사업자등록을 하였으며, 법인결산보고서(1994년～2001년)에 의하면, 서울지점의 임차보증금, 전화가입권, 서울지점에서 지급한 어음할인료현황이 확인되고 있고, 1995년～2000년 주민세 및 사업소세를 납부한 사실이 확인되는 등 사업장을 변경하거나 폐지한 사실이 없이 인적·물적 시설을 갖추고 영업을 계속하고 있었음에도, 강남세무서장이 1996.9.20. 직권으로 사업자등록을 말소하였으나, 이는 청구인에게 귀책사유 없이 일방적으로 이루어진 결정이므로 최초 사업자등록일1993.3.12.부터 계속적으로 지점이 존속한 것으로 보아야 하고, 2000.8.2.자사업자등록신청은 사업자등록의 변경에 해당되는 것으로 지방세법 제138조의 대도시로의 인구집중 등 중과세 입법취지에 비춰볼 때도 중과세하는 것은 부당하다고 주장하며 이 사건 등록세 등의 부과처분의 취소를 구하였다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은이 사건 부동산 등기가 대도시내 지점설치에 따른 부동산등기에 해당되는지 여부에 관한 것이라 하겠다. 먼저 관계법령을 보면,구 지방세법 제138조제1항 본문 및 제3호에서 수도권정비계획법 제6조제1항제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(대도시) 내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산 등기에 대하여는 등록세를 일반세율의 100분의 300으로 중과세 한다고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제102조제2항에서 ‘법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기’라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입 이전에 취득하는 일체의 부동산등기를 말한다고 규정하고 있고, ‘지점 등’에 대하여는 같은법시행규칙 제55조의2에서 법인세법·부가가치세법 또는 소득세법의 규정에 의하여 등록된 사업장(...)으로서 인적·물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은1987.12.3. 목적사업을 의약품 동물약품 등 생산 및 판매업 등으로 하고, 본점소재지를 충남○○군○○리 404-10번지로 하여 설립된 법인으로서 이 사건 토지에서 1993.3.12.개업하여 사업자등록(등록번호 211-85-16754, 업태 도매·부동산, 종목 의약품·임대)을 하고1996.9.20. 폐업된 사실을 강남세무서장이 2006.5.19. 발행한 폐업사실증명원에 의하여 알 수 있고, 그 후, 청구인은 같은 장소에서 2000.7.20. 개업하여 사업자등록(사업자등록번호 211-85-32813, 업태 도매·부동산·서비스, 종목 무역·임대·오파)하였으며, 이 사건 토지를2002.11.13. 청구외 강○○으로부터 취득등기한 사실을제출된 관련 증빙자료에 의하여 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 강남세무서장이 종전의 서울지점의 사업등록을 직권말소한 것은 청구인에게 귀책사유가 없이 일방적으로 이루어진 결정이므로 서울지점이 계속적으로 존속한 것으로 보아야 한다고 주장하는바, 청구인과 처분청이 제출한 관련자료에 의하면, 1993.3.12. 서울지점을 설치하여 부가가치세법의 규정에 의한 사업자등록을 하였으며, 법인결산보고서(1994년～2001년)에 의하면, 서울지점의 임차보증금, 전화가입권, 서울지점에서 지급한 어음할인료현황이 확인되고 있고, 서울특별시장은 지방세 실사조사(2001.6.28.～2001.8.31.)를 실시하여 1995년～2000년 주민세 및 사업소세를 부과고지한 사실이 있고, 강남구청장은 2001.8.20. 1996년～2000년 사업소세(종업원할)과세예고를 한 사실이 있고, 서울지점에서 추진한 수출관련 문서(계약서, 확약서 등)에서 사업장, 전화번호, 팩스번호가 모두 서울로 기재되어 있어 계약체결 당시에 서울지점이 존재하고 있었음이 확인되는 등 사업장을 변경하거나 폐지한 사실이 없이 인적·물적 시설을 갖추고 영업을 계속하고 있었음을 알 수 있고, 그런데, 청구외 강남세무서장은 1996.9.20. 직권으로 사업자등록을 말소하였는바, 이는 행정착오에 해당하는 것으로 관할 세무서에 부가가치세 과세표준 신고, 갑근세원천징수 보고 등을 본점 사업자등록번호로 신고를 하여 사업장이 폐지된 것으로 오인될 소지가 있었지만, 서울지점을 폐지하거나 휴지한 사실은 없었는데도 강남세무서장이 서울지점 사업자등록번호로 아무런 신고가 없었다는 사실을 서울지점이 폐업된 것으로 보아 서울지점의 사업자등록을 직권 말소한 것은 잘못이라 할 것이고, 강남세무서장의 서울지점에 대한 사업자등록 직권말소는 청구인에게 귀책사유가 없이 일방적으로 이루어진 결정이므로 최초 사업자등록일1993.3.12.부터 계속적으로 지점이 존속한 것으로 보아야 하고, 2000.8.2.자사업자등록신청은 사업자등록의 변경에 해당되는 것으로 보아야 할 것인데도 처분청은 2000.8.2.을 서울지점 설치일로 보아 이로부터 5년 이내에 취득등기한 것으로 판단한 것은 법리해석의 잘못이 있다고 판단된다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2006. 12. 27. 행 정 자 치 부 장 관