대도시내 지점설치에 따른 부동산등기에 해당되는지 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이2001.8.3. 서울특별시 ○○구 ○○동 734-15번지 토지 1,239.5㎡ 및 그 지상 건물 1,746.1㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)을 취득 등기하면서 등록세를 일반세율로 신고납부한데 대하여 이 사건 부동산 등기는 대도시내 지점설치에 따른 부동산 등기로서 등록세 중과세대상에 해당한다고 보아 구 지방세법(2002.12.30. 법률 제6838호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제138조제1항의 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 신고납부한 세액을 차감한 등록세 288,720,000원 지방교육세 52,932,000원 합계 341,652,000원(가산세 포함)을 2006.8.21. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인이 2001.8.3. 취득한 이 사건 부동산은 청구인의 지점(주유소)을 설치하기위하여 취득한 것이 아니고, 본점을 이전하기 위하여 취득한 것으로서 2001.11.23. 본점 이전등기를 마치고 실제 본점을 이전하였으며, 2002.10.24. 이 사건 부동산을 매각한 이후에도 본점사무실로 임차하여 사용하고 있는바, 이 사건 부동산은 대도시내에서 신설되어 5년이 경과된 청구인이 본점을 이전하기 위하여 취득한 부동산으로서 이 사건 부동산에 부설된 주유소를 임대하기 전까지 일시적으로 직접 운영을 하기 위하여 사업자등록 및 지점등기를 하였다하더라도 주유소를 직접 운영하기 위하여 이 사건 부동산을 취득한 것이 아니므로 이 사건 부동산 등기는 등록세 중과대상인 지점설치에 따른 부동산에 해당되지 아니하고, 이 사건 부동산을 본점 이전과 지점설치 양자를 위하여 취득한 것으로 본다하더라도 법인설립 후 5년이 경과된 법인이 당해 대도시 내에 있는 종전의 본점을 폐쇄하고 사실상 본점을 이전한 것은 등록세 중과대상이 아니고, 다만, 새로운 지점설치를 위하여 취득한 부동산 등기는 등록세 중과대상이라 할 것이므로 이 사건 부동산의 등록세중과대상은 주유소에 관계되는 부분에 한정되어야한다고 주장하며 이 사건 등록세 등의 부과처분의 취소를 구함 것은부당하다고 주장하면서 이 사건 취득세 등 부과처분의 취소를 구하였다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은이 사건 부동산 등기가 대도시내 지점설치에 따른 부동산등기에 해당되는지 여부와 등록세 중과대상의 범위에 관한 것이라 하겠다. 먼저 관계법령을 보면,구 지방세법 제138조제1항 본문 및 제3호에서 수도권정비계획법 제6조제1항제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(대도시) 내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산 등기에 대하여는 등록세를 일반세율의 100분의 300으로 중과세 한다고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제102조제2항에서 ‘법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기’라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입 이전에 취득하는 일체의 부동산등기를 말한다고 규정하고 있고, ‘지점 등’에 대하여는 같은법시행규칙 제55조의2에서 법인세법·부가가치세법 또는 소득세법의 규정에 의하여 등록된 사업장(...)으로서 인적·물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말한다고규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 1988.11.28. 서울특별시 ○○구 ○○동 812번지를 사업장소재지(이하 ‘양천사업장’이라 한다)로 하여 자동차 화물운송업 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인으로서 2001.8.3. 이 사건 부동산을 취득한 후, 2001.8.22. 이 사건 부동산을 사업장으로 한 강남지점 설치등기한 사실을 법인등기부등본의 의하여 알 수있고, 2001.9.20. 강남지점 명의로 사업자등록(등록번호: 220-85-11151, 종목: 주유소·임대)을 한 후, 이 사건 부동산의 건물 1층에 소재한 이 사건 주유소의 영업지위를 승계받아 주유소 영업을 하다가 2002.7.1. 이 사건 주유소를 청구외 양○○에게 임대하였고, 이 사건 부동산의 일부에 대하여는 제3자에게 임대한 후 2002.10.24. 이 사건 부동산을 청구외 박○○에게 매각하면서 이 사건 부동산의 건물내 4층을 임차한 사실이 제출된 관련 증빙자료에 의하여 알 수 있고, 또한, 청구인은 2001.9.27 본점의 본사부문 사무실을 이 사건 부동산으로 이전한다는 이사회 결의를 하였고, 2001.11.23. 법인등기부상 본점을 이 사건 부동산으로 이전등기 및 양천사업장에 서울지점 설치등기를 하였으며, 그 후 2002.1.30. 본점을 양천사업장으로 이전등기하고, 이후 4차례에 걸쳐 이 사건 부동산과 양천사업장으로 본점이전등기를 반복하다가 2004.5.27.부터는 양천사업장에 법인등기부상 본점으로 두고 있고, 청구인 명의로 개업년월일을 1989.2.1.로 하고 본점 및 사업장 소재지를 모두 양천사업장으로 하여 사업자등록(등록번호: 117-81-01932, 종목: 운송주선·주유소및충전소·도로화물·부동산 임대)을 하고, 양천사업장에 근무하는 종업원으로부터 특별징수한 주민세를 2001～2006.5월까지 신고납부하였고, 이 사건 부동산에 근무하는 종업원으로부터 특별징수한 주민세를 2002.3월～6월까지만 신고납부한 사실은 제출된 관련 증빙자료에 의하여 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은이 사건 부동산에 본점 이전등기를 하고 실제 본점을 이전하였으며, 이 사건 부동산을 매각한 이후에도 본점사무실로 임차하여 사용하고 있으므로, 이 사건 부동산에 부설된 주유소를 임대하기 전까지 일시적으로 직접 운영을 하기 위하여 사업자등록 및 지점등기를 하였다하더라도 주유소를 직접 운영하기 위하여 이 사건 부동산을 취득한 것이 아니므로 이 사건 부동산 등기는 지점설치에 따른 부동산 등기에 해당되지 아니하고, 또한 이 사건 부동산을 본점 이전과 지점설치 양자를 위하여 취득한 것으로 본다하더라도, 등록세중과대상은 이 사건 부동산 중 새로운 지점설치를 위하여 취득한 부동산 등기에 해당하는 주유소에 관계되는 부분에 한정된다고 주장하나, 구 지방세법 제138조제1항 본문 및 제3호에서 수도권정비계획법 제6조제1항제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(대도시) 내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산 등기에 대하여 등록세를 중과세 한다고 규정하고 있고, 같은법시행령 제102조제2항에서 법인의 지점 설치를 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입 이전에 취득하는 일체의 부동산등기로 규정하고 있고, 같은법시행규칙 제55조의2에서는 ‘지점 등’에 대하여 법인세법·부가가치세법 또는 소득세법의 규정에 의하여 등록된 사업장으로서 인적·물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소로 규정하고 있는 바,이 경우 대도시내 지점설치 이전에 취득하는 일체의 부동산등기라 함은당해 지점 등이 그 설치와 관련하여 그 이전에 취득하는 부동산등기이면 그 요건이 충족되므로 그 부동산의 일부만이 지점의 업무에 사용된다 하더라도 그 부동산의 전부가 일체의 부동산등기에 해당된다 할 것이고, 대도시 내에 본점을 설치하고 있던 법인이 사실상 본점을 이전한 경우에 해당한다고 하기 위해서는 새로 취득한 부동산에 한 지점설치는 형식적인 것이고, 실제로는 종전의 본점을 폐쇄하고 새로 취득한 부동산 소재지에 본점의 인적ㆍ물적 설비를 철수하여 이전한 경우라야 할 것인데,청구인의 경우 2001.8.3. 이 사건 부동산을 취득등기한 후, 2001.8.22. 강남지점 설치등기를 하였으며, 2001.11.23 본점을 이 사건 부동산으로 변경하여 등기한 후 2개월이 경과한 2002.1.30. 다시 양천사업장으로 본점을 이전등기하였으며, 이후 수차례에 걸쳐 이 사건 부동산과 양천사업장으로 본점이전등기를 반복하였고, 현재도 양천사업장을 법인등기부상 본점으로 두고 있으며, 강남지점은 2004.5.27. 폐지·등기를 한 사실을 알 수 있고, 삼성세무서장이 발행한 폐업사실증명원에 의하면, 청구인은 사업장소재지를 이 사건 부동산 소재지로 하고 업태를 소매·부동산으로하고 종목을 주유소·임대로 하여 2001.9.20. 사업자등록을 한 후,2002.7.10. 폐업한 사실을 알 수 있고, 처분청이 제출한 국세청의 원천세사후결정결의겸징수결정부(주민세통보용)에 의하면 강남지점의 인원수를 4～5명으로 하여 2002.3.～2002.6. 근로소득세를 신고납부한 사실을 알 수 있는바, 청구인은 이 사건 부동산에 인적·물적시설을 갖추고 주유소 영업을 한 사실이 인정되므로 이 사건 부동산 내의 지점설치가 법인세법등의 규정에 의하여 등록된 사업장으로서 인적·물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여진 장소라 할 것이고,청구인이 2001.8.3. 이 사건 부동산을 취득하고, 2001.8.22. 이 사건부동산에 강남지점을 설치함으로써 대도시내 지점설치에 따른 부동산등기로서 등록세 중과세 납세의무가 성립된 이상, 그 후 2001.11.23. 청구인이 본점을 이 사건 부동산으로 이전등기하였다 하더라도 이미 발생한 등록세 중과세 납세의무 성립에는 아무런 영향을 줄 수 없다할 것이므로 처분청의 이 사건 등록세 등의 부과처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2006. 12. 27. 행 정 자 치 부 장 관