법인을 흡수합병한 후 벤처중소기업확인을 받은 경우 규정에 의한 창업벤처중소기업에 해당되는지 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2002.9.27. 서울지방중소기업청장으로부터 벤처기업확인을 받고 2002.10.11. 서울특별시 ○○구 ○○동 968-1번지 건축물 1,708.92㎡(부속토지 441.1㎡를 포함하여 이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 취득하고 구 조세특례제한법(2002.12.11. 법률 제06762호로 개정되기 이전의 것) 제119조제3항제1호 및 같은 법 제120조제3항의 규정에 의하여 취득세 등 면제신청을 하자, 이 사건 부동산을 창업벤처중소기업이 취득하는 사업용 재산으로 보아 취득세 등을 면제하였으나, 이 사건 부동산을 취득하기 전인 2002.5.1. 청구외 주식회사 ○○(이하 “피합병법인”이라 한다)를 흡수합병하여 동종의 사업을 영위하고 있으므로 창업벤처중소기업에 해당되지 않는다고 보아 이 사건 부동산의 취득가액 3,800,000,000원을 과세표준으로 하여 구 지방세법(2002.8.26. 법률 제6705호로 개정되기 이전의 것) 제112조제1항 및 같은 법 제131조제1항제3호의 세율과 같은 법 제138조제1항의 중과규정을 적용하여 산출한 취득세 91,200,000원, 농어촌특별세 8,360,000원, 등록세 410,400,000원, 지방교육세 75,240,000원, 합계 585,200,000원(가산세 포함)을 부과고지 하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 피합병법인과의 합병으로 법인등기부등본상 업종을 추가하였으나 합병전·후에 사업내용의 변동이 없이 제조도서 출판사업을 영위하고 있어 소프트웨어 개발업을 영위하던 피합병법인과 동종의 사업을 영위하고 있지 않음이 재무제표에 의해 확인됨에도 피합병법인과 동종의 사업을 영위하는 것으로 보아 이 사건 취득세 등을 부과고지한 것은 부당하다고 주장하면서 부과처분의 취소를 구하였다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 법인을 흡수합병한 후 벤처중소기업확인을 받은 경우 조세특례제한법에 의한 창업벤처중소기업에 해당되는지 여부에 관한 것이라 하겠다. 먼저 관계법령을 보면,구 조세특례제한법 제6조제2항에서 벤처기업육성에관한특별조치법 제2조제1항의 규정에 의한 벤처기업 중 대통령령이 정하는 기업으로서 창업후 2년 이내에 동법 제25조의 규정에 의하여 벤처기업으로 확인받은 기업(이하 "창업벤처중소기업"이라 한다)의 경우에는 그 확인받은 날 이후 최초로 소득이 발생한 과세연도와 그 다음 과세연도 개시일부터 5년 이내에 종료하는 과세연도까지 당해사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하고 있고, 같은 조 제3항에서 창업중소기업과 창업벤처중소기업의 범위는 제조업, 광업, 부가통신업, 연구 및 개발업, 과학 및 기술서비스업, 전문디자인업, 방송업(방송법에 의한 종합유선방송사업 및 방송채널사용사업과 방송프로그램제작업에 한한다. 이하 같다), 대통령령이 정하는 엔지니어링사업(이하 "엔지니어링사업"이라 한다), 대통령령이 정하는 정보처리 및 컴퓨터운용관련업(이하 "정보처리 및 컴퓨터운용관련업"이라 한다)과 대통령령이 정하는 물류산업(이하 "물류산업"이라 한다)을 영위하는 중소기업으로 한다고 규정하고 있으며, 같은 조 제4항에서 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 이를 창업으로 보지 아니한다고 하고 제1호에서 합병·분할·현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 종전의 사업을 승계하거나 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 동종의 사업을 영위하는 경우를, 제4호에서 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우를 규정하고 있으며, 같은 법 제119조제3항에서 다음 각호의 1에 해당하는 등기에 대하여는 등록세를 면제한다고 규정하고 그 제1호에서 창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일(창업벤처중소기업의 경우에는 벤처기업으로 확인받은 날을 말한다. 이하 같다)부터 2년 이내에 취득하는 사업용재산에 관한 등기를 규정하고 있으며, 같은 법 제120조제3항에서 창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일부터 2년이내에 취득하는 사업용재산에 대하여는 취득세를 면제한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 2000.10.24. 법인으로 설립되어 2002.4.10. 현재 서울특별시○○구○○1동 668-5번지 상은빌딩에 본점을 두고 영어전문교육사업, 교육서비스업, 사설학원 운영업, 도서출판 및 인쇄업 등을 목적사업으로 하여 운영하던 중 2002.2.23. 인터넷정보 서비스업 및 건설팅업, 인터넷 소프트웨어 개발 및 공급업 등을 목적사업으로 하는 청구외 (주)○○와 합병계약을 체결하고 2002.5.1. 합병하였으며, 2002.9.27. 서울지방중소기업청장으로부터 유효기간을 2002.9.27～2002.10.11.로하여 벤처기업확인서를 발급받았고, 2002.10.11. 이 사건 부동산을 취득하고 취득세 등을 면제 받았음은 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은피합병법인과의 합병으로 법인등기부등본상 업종을 추가하였으나 합병전·후에 사업내용의 변동이 없음에도 피합병법인과 동종의 사업을 영위하는 것으로 보아 이 사건 취득세 등을 부과고지한 것은 부당하다고 주장하고 있으나, 구 조세특례제한법에서 창업벤처중소기업이 창업일로부터 2년 이내에 사업용 재산을 취득하는 경우에 취득세 등을 면제한다고 규정하고 있지만, 합병을 통하여 동종의 사업을 영위하거나, 다른 업종을 추가하는 것과 같이 새로운 사업을 최초로 개시했다고 보기 어려운 경우는 창업벤처중소기업으로 보지 않는다고 규정하고 있는 바, 청구인의 경우는 2000.10.24. 영어전문 교육사업 등을 목적사업으로 법인을 설립하고, 2002.2.23. 인터넷정보서비스업 및 컨설팅업 등을 목적사업으로 하는 피합병법인과 합병계약을 체결한 다음 2002.4.11.청구인의 법인등기부상 목적사업을 영어전문교육사업 및 교육서비스업, 인터넷 소트트웨어 개발 및 서비스업, 전자상거래 및 관련 유통업 등으로 추가·변경등기 한 후, 2002.5.1. 합병등기를 필하고, 2002.9.27. 서울지방중소기업청장으로부터 벤처기업확인(제2002113471-9438호)을 받았지만, 피합병법인과 체결한 합병계약서 제6조와 제9조에서 자산, 부채, 권리의무 일체 및 종업원을 인수한다고 명시하고 있고, 서울지방중소기업청의 벤처기업현황표에 의하면, 서울지방중소기업청장으로부터 벤처기업 확인을 받을 당시의 업종이 피합병법인이 운영하던 업종인 “정보처리 및 기타컴퓨터 운용관련업”으로 등재되어 있는 점을 미루어 보면, 청구인은 피합병 법인의 자산을 인수하여 동종의 업종을 영위하던 중 벤처기업확인서를 발급받은 것으로 보아야 하므로 처분청에서 청구인을 구 조세특례제한법에서 규정한 창업벤처기업에 해당되지 않는다고 보아 이 사건 취득세 등을 부과고지한 것은 적법하다고 판단된다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2006. 11. 27. 행 정 자 치 부 장 관