시장재건축정비사업시행자가 되기 전에 부동산을 취득한 경우 감면대상에 해당하는 지 및 대도시내 법인이 취득하는 부동산이 등록세 중과세예외업종의 추징기산일이 정비사업계획 승인시점으로 본 것이 적정한지 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 대도시내 법인설립 5년내인 청구인이 시장재건축사업사업시행자 지위를 승계받기 위하여 2002.8.21. 그 사업구역내의 서울특별시 ○○구 ○○동 450-1번지외 필지 토지 6,293.98㎡(같은 동 487번지 6,188.9㎡로 확정됨, 이하 “이 사건 토지”라고 한다) 및 그 지상 건축물 3,034,54㎡을 취득하자 중과세예외업종(관련 법령에 의거 등록된 주택건설사업)에 해당하는 것으로 보아 등록세 등을 일반세율로 신고납부하고, 그 후 2003.5.23. 이 사건 토지상 주상복합건축물(상가비율 0.22811)을 신축하는 사업계획을 승인받으므로 이때를 과세성립일로 하여 상가 부속토지에 해당하는 면적(1,411.78㎡, 이하 “이 사건 쟁점토지”라고 한다)에 대하여 그 안분된 취득가액(12,500,000,000원)을 과세표준으로 지방세법 제138조제1항 및 같은 법 제151조 등의 중과세율 및 가산세율을 적용하여 산출한 세액에서 기 일반세율 및 중과세율로 신고납부한 세액을 차감한 등록세 가산세 34,217,220원, 지방교육세 가산세 3,421,720원, 합계 37,638,940원을 2006.8.10. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 시장재건축사업시행자 지위를 승계받기 위하여는 부득이 그 사업구역내에 있는 이 사건 토지를 사전에 취득하여야 하므로 유통산업을 현대화하고자 노후된 시장재건축사업을 장려하는 입법취지 및 행정자치부 심사결정사례(제2002-366호, 2002.10.28.)와 같이 이 사건 토지도 사업시행자가 취득하는 토지로 보아 등록세 등을 감면하여야 하고, 위와 같이 감면되는 점에 비추어 시장재건축사업계획승인시 주상복합건축물중 상가부속토지에 해당하는 면적(쟁점토지)에 대하여는 이때부터 지방세법 제138조제1항단서의 중과세예외업종에 해당하지 아니하는 것으로 보아 중과세율을 적용하여 등록세가산세를 부과한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 시장재건축정비사업시행자가 되기 전에 부동산을 취득한 경우, 시세감면조례상 감면대상에 해당하는 지 및 대도시내 법인이 취득하는 부동산이 등록세 중과세예외업종의 추징기산일을 위 정 비사업계획 승인시점으로 본 것이 적정한 지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면, 지방세법 제138조제1항에서 그 제3호의 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다고 하지만, 수도권정비계획법 제6조제1항제1호의 규정에 의한 과밀억제권역안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용부동산에 관한 등기에 대하여는 그러하지 아니하다고 하고 있고, 같은 법시행령 제73조제4항에서 건축허가를 받아 건축하는 건축물에 있어서는 사용승인서 교부일(사용승인서 교부일이전에 사실상 사용하거나 임시사용승인을 받은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인일)을 취득일로 보며, 건축허가를 받지 아니하고 건축하는 건축물에 있어서는 그 사실상의 사용일을 취득일로 본다고 하고 있고, 같은 법시행령 제101조제1항에서 법 제138조제1항 단서에서 "대통령령이 정하는 업종"이라 함은 그 제5호의해외건설촉진법의 규정에 의하여 신고된 해외건설업(당해연도에 해외건설실적이 있는 경우의 해외건설에 직접 사용하는 사무실용 부동산에 한한다) 및 주택법 제9조의 규정에 의하여 건설교통부에 등록된 주택건설사업(주택건설용으로 취득·등기하는 부동산에 한하며, 부동산을 취득한 후 3년이내에 주택건설에 착공하는 경우에 한한다)을 말한다고 하고 있으며, 서울특별시세감면조례(2005.7.21. 개정된 조례) 제20조제1항(구조례 제19조제1항)에서 재래시장육성을위한특별법제18조의 규정에 의하여 선정된 시장정비사업시행구역 안에서 그 제1호의 시장정비사업시행자 등에 해당하는 자가 당해 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하거나 그 사업시행으로 인하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제하고, 그 취득일로부터 2월 이내에 등기하는 경우에는 등록세를 면제하나, 그 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 사업에 직접 사용하지 아니하거나 매각하는 경우 또는 다른 용도에 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 하고 있으며, 재래시장육성을위한특별법(※중소기업의구조개선과재래시장활성화를위한특별조치법과의 내용이 거의 동일하며, 동 특별조치법으로 시행되었을 경우는 이에 따른다 하므로 위 용어에 따름) 제2조제2호에서 "시장정비사업"이라 함은 재래시장의 현대화를 촉진하기 위하여 제18조제1항의 규정에 따라 선정한 시장정비사업시행구역에 속하는 토지나 건축물의 소유자·시장정비사업조합 또는 해당 지방자치단체가 사업시행구역 안에 있는 정비기반시설을 정비하고 유통산업발전법 제2조제3호의 규정에 의한 대규모점포가 포함된 건축물을 건설하기 위하여 시장을 재개발·재건축하는 일체의 행위를 말한다고 하고 있고, 같은 법 제18조제1항에서 시·도지사는 시장정비사업을 촉진하기 위하여 시장·군수·구청장이 추천한 시장을 제19조제1항의 규정에 의한 사업시행구역선정심의위원회의 심의를 거쳐 사업시행구역으로 선정할 수 있다고 하고 있으며, 같은 법 제22조제1항에서 시장·군수·구청장은 다른 법률의 규정에 불구하고 당해 구역 토지면적의 5분의 3 이상에 해당하는 토지소유자의 동의와 토지소유자 총수(1필지의 토지를 수인이 공유하는 경우 그 수인은 1인으로 본다. 이하 같다) 및 건축물의 소유자 총수(집합건물인 시장의 경우에는 구분소유자 각자를 1인의 소유자로 본다. 이하 같다)의 각 5분의 3 이상의 동의가 있는 경우에 한하여 사업시행구역의 선정을 위한 추천을 할 수 있다고하고 있고, 같은 조제6항에서 시장정비사업과 관련하여 이 법에서 정하지 아니한 사항은 도시및주거환경정비법과 집합건물의소유및관리에관한법률을 각각 준용한다고 하고 있으며, 구재래시장육성을위한특별법 시행령 제2조제2호에서 "사업시행자"라 함은 법 제18조제1항의 규정에 의하여 서울특별시장·광역시장 및 도지사가 선정한 시장정비사업시행구역에서 시장정비사업을 시행하는 자를 말한다고 하고 있고, 같은 법시행령 제9조에서 법 제18조제1항의 규정에 의하여 시·도지사가 시장정비사업시행구역으로 선정할 수 있는 시장은 시장정비사업을 통하여 상권의 활성화 및 경쟁력의 확보가 가능한 시장으로서 다음 각호의 어느 하나에 해당하여야 한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 살펴보면, 1970.9.14. 전시장재건축사업시행자인 (주)○○통상은 신교시장을 신축하여 개설하였고, 1997.7.12. 관할관청(중소기업청장)은 제1997-144호로 (주)○○통상(같은 구 동교동 197번지)이 선교시장을 같은 구 서교동 450-1,2번지 6,293㎡상에 지하3·지상11층의 주상복합건물로 개발하는 사업시행자로 하는 시장재건축사업시행구역선정을 공고하였으며, 1997.11.13. 청구인은 상호를 (주)○○국토개발로, 본점소재지를 같은 구 마포동 136-3번지로, 목적사업은 건설업 및 부동산매매업 등으로 하여 법인을 설립하였고, 2002.8.20. 청구인은 주택건설촉진법 제6조에 의하여 관할관청(영등포구청장)에 주택건설사업자로 등록하였으며(주택건설사업자 제144호), 2002.8.21. 청구인은 전 시장재건축사업시행자인 (주)○○통상으로부터 이 사건 토지를 취득하면서 등록세 등을 일반세율로 신고납부하였는데, 이 사건 토지내역은 같은 동 450-1번지 1,384.8㎡ 및 같은 동 450-2번지 4,909.1㎡이고(사업종료후 같은 동 487번지 토지 6,188.9㎡로 확정됨), 2002.12.23. 관할관청은 제2002-149호로 선교시장재건축사업(주상복합건물)시행자를 같은 동 450-1번지 (주)○○통상에서 청구인(서울특별시 ○○구 ○○동 16-21번지)으로, 건물연면적 45,721.45㎡ 및 판매시설면적 3,974.46㎡로 시장재건축사업시행 구역변경 승인공고를 하였으며, 2003.5.23. 청구인은 선교시장재건축사업에 대하여 관할관청으로부터 시장재개발·재건축 사업계획(지하4·지상12층 주상복합건물 1개동 연면적 43,760.59㎡)을 승인받았고, 2005.8.30. 청구인은 주상복합건물(아파트 366세대, 판매 및 운동시설)의 사용승인서를 교부받았으며(서울시감면조례 제20조제1항에 의거 취득세 등을 감면받음), 그 사용승인서상 같은 동 487번지 토지 6,188.9㎡지상 건축물 연면적 43,752.65㎡(연면적 대비 상가대지권 비율 0.22811)로 되어 있으며, 같은 날 이 사건 쟁점토지는 위 건물중 상가부분이 주택건설용도로 사용하지 아니한 것으로 보아 그 상가대지권 비율대로 등록세를 중과세율로 신고납부한 사실을 제출된 관계 증빙자료를 통해 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 시장재건축사업시행자가 되기 위하여는 사전에 이 사건 토지를 취득한 것이므로 이는 행정자치부 심사결정사례와 같이 등록세 등의 감면대상이고, 이러한 점에 비추어 처분청에서 이 사건 토지중 주택외 상가부분에 대한 부속토지(쟁점토지)에 대하여 등록세 중과세율로 가산세를 부과한 처분은 잘못이라고 주장하므로 이를 살펴보면, 서울특별시세감면조례 제20조제1항에서 관련 법령에 의하여 선정된 시장정비사업시행구역 안에서 시장정비사업시행자가 당해 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하거나 그 사업시행으로 인하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제한다고 하고 있고, 여기서 시장정비사업이란 재래시장육성을위한특별법 제2조제2호에서 법 제18조제1항의 규정에 따라 선정한 시장정비사업시행구역에 속하는 토지나 건축물의 소유자·시장정비사업조합 등이 재개발·재건축하는 일체의 행위라고 하며, 이때의 부동산 소유자 및 조합 등이 같은 법 제18조 및 같은 법 제22조 등에 비추어 시장정비사업시행자라고 볼 수 있으므로, 그 지위를 승계한 사업시행자가 시장재건축사업이 종료후 취득하는 건축물에 대하여 당연히 등록세 등을 감면받는 것이지만, 그 부속토지의 경우는 사업시행자가 된 후 시장정비사업시행구역의 변경을 위하여 취득하는 토지만 감면대상이 된다고 할 것인 바, 청구인의 경우, 1997.7월 관할관청(중소기업청장)은 (주)○○통상이 선교시장을 주상복합건물로 개발하는 사업시행자로 하는 시장재건축사업시행구역선정을 공고하였고, 2002.8월 청구인은 전 시장재건축사업시행자인 (주)○○통상으로부터 이 사건 토지를 취득하였으며, 2002.12월 관할관청은 선교시장재건축사업시행자를 (주)○○통상에서 청구인으로 하여 그 사업시행 구역변경 승인공고하였고, 2003.5월 청구인은 관할관청으로부터 시장재개발·재건축 사업계획을 승인받았으며, 2005.8월 청구인은 주상복합건물의 사용승인서를 교부받은 사실을 보면, 청구인은 조세법률주의 원칙상 이 사건 토지를 시장재건축사업시행자로 변경되기 전에 취득하였으므로 취득세·등록세 등의 과세대상이 됨이 분명하다 할 것이고 또한, 청구인이 제시한 행정자치부 심사결정사례는, 통상 청구안건에 대한 결정은 구체적이고 개별적 사건에 대한 판단에 불과할 뿐 일반적으로 적용하는 것이 아닌 점에 비추어, 처분청이 사전에 시장정비사업시행자로 인정한 자에게 자치단체소유의 부동산을 그 사업시행구역선정전에 매각한 것에 대하여 정당한 사유가 있다고 본 것이어서 이 사건 심사청구와 사안을 달리 하므로 이 점에 관한 청구인의 주장은 이유가 없다고 할 것이며, 다음으로 청구인이 취득한 이 사건 토지가 지방세법 제138조제3항(등록세 중과세율)의 대도시내 법인이 설립 5년내 취득한 부동산에 해당하는 지를 보면, 지방세법 제138조제1항제3호 및 같은 법시행령 제101조제1항제5호에서 대도시내에서의 법인의 설립 이후의 5년내 취득하는 부동산등기에 대하여는 중과세하지만 주택법 제9조에 의하여 관할관청에 등록된 주택건설사업에 대하여는 취득 후 3년이내에 주택건설에 착공한 다음 주택건설용으로 취득·등기하는 부동산에 한하여 중과세제외업종으로 규정하고 있는 바, 청구인의 경우, 1997.11월 본점소재지를 서울시로 하여 설립된 법인이고, 2002.8월 이 사건 토지를 취득함과 동시에 구주택건설촉진법(현행 주택법) 제6조에 의하여 관할관청에 주택건설사업자로 등록한 사실이 확인되고 있는 것을 볼 때, 청구인이 이 사건 토지를 취득당시는 주택건설사업자가 주택건설용도로 취득·등기라고 취득신고하여서 처분청에서 등록세 중과세예외대상으로 본 것이며, 그 후 청구인은 이 사건 토지상에 신축한 주상복합건축물중 상가시설이 포함된 부분에 대한 부속토지(쟁점토지)는 주택건설용으로 취득·등기된 것이 아니므로 중과세대상이 된다고 할 것이어서 처분청에서 이 사건 쟁점토지의 등록세 중과세율 적용대상이 된 때를 시장재개발·재건축 사업계획을 승인받은 때(2003.5.23.)로 보아 그때부터 이 사건 등록세 부과처분일(2006.8.10.)까지 지방세법 제151조본문제1호의 신고불성실가산세를 적용하여 산출한 등록세중과세율가산세가 적법한 지를 보면, 청구인의 경우, 1997.7월 (주)○○통상은 이 사건 토지를 주상복합건물로 개발하는 시장재건축사업시행자로 선정되었고, 2002.8월 청구인은 (주)○○통상으로부터 이 사건 토지를 취득하였으며, 2002.12월 선교시장재건축사업(주상복합건물)시행자를 (주)○○통상에서 청구인으로, 건물연면적 45,721.45㎡ 및 판매시설면적 3,974.46㎡로 시장재건축사업시행 구역변경 승인공고가 되었고, 2003.5월 청구인은 시장재개발·재건축 사업계획을 주상복합건물 1개동 연면적 43,760.59㎡으로 승인받은 일련의 과정을 볼 때, 청구인은 이미 취득 전부터 이 사건 토지는 주상복합건축물이 건설된다는 것을 알 수 있었고, 취득후 준공인가시점에도 주상복합건축물로 건설된 점에서 이 사건 토지의 일부는 취득 전부터 주택건설용이 아닌 용도로 취득·등기되어 질 사정이 내재되어 있다고 할 것이므로, 적어도 비주택건설용 면적이 준공시점까지 확정되어 질 수 있는 사업계획승인시점에 당해 업종에 사용여부를 판단하여야 할 것이며, 특히, 취득 전 이미 주택건설용도가 아닌 사정이 있는 것까지도 당초 주택건설용도로 계획되었다가 추후 다르게 사용승인되는 것과 동일하게 보는 것은 국민의 주거안정 등을 위하여 주택건설을 촉진하고자 주택건설용 부동산에 대하여 특별히 등록세를 중과세하지 않는다는 입법취지에 비추어 조세형평상 무리가 있다고 할 것이어서 처분청에서 이 사건 토지에 대하여 당해 업종에 사용여부를 그 사업계획승인일로 본 것은 잘못이 없다고 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2006. 11. 27. 행 정 자 치 부 장 관