교육용 재산의 수익용 재산으로 용도변경되었지만 수익용도로 사용하지 않는 경우, 취득세 비과세 추징의 적정여부(각하)

[주 문] 청구인의 심사청구를 각하한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 학교법인인 청구인이 1996.7.18. 연부매매계약을 체결한 다음 1999.7.16. 소유권 이전등기를 완료한 ○○남도 ○○시 ○○동 770번지외 2필지 토지 1,240.2㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다) 및 2003.6.27. 위 지상 신축취득한 교육연구 및 복지시설용 건축물 6,741.49㎡(이하 “이 사건 건축물”이라 한다)를 교육용에 직접사용하는 부동산으로 보아 취득세 등을 비과세하였으나, 2005.10월 세무조사결과 교육용 기본재산인 이 사건 토지 및 건축물에 대하여 2005.4.2. 관할관청으로부터 수익용 기본재산으로 용도변경 허가를 받아 임대용으로 사용하고 있으므로 고유 목적에 사용하지 않는 것으로 보아 이 사건 토지 및 건축물의 취득가액(9,495,998,230원)에서 기 부과된 임대용 건축물 1,474.44㎡의 취득가액(1,359,246,948원)을 제외한 가액(8,136,781,282원)을 과세표준으로 지방세법 제112조제1항 및 같은 법 제131조제1항 등의 세율을 적용하여 산출한 취득세 195,282,740원, 등록세 157,522,910원, 농어촌특별세 17,900,890원, 지방교육세 28,879,180원, 합계 399,585,720원을 2006.2.9. 부과고지하였다(※ 2006.7.12. 이의신청결정시 부가가치세를 과세대상에서 제외하여 취득세 181,130,590원, 등록세 151,862,050원, 농어촌특별세 16,603,620원, 지방교육세 27,841,350원, 합계 377,437,610원으로 경정함).

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 첫째, 이 사건 건축물은 교육인적자원부에서 발표한 대학구조개혁 및 자율화 방안 추진방침에 따라 수익용 재산으로 사용할 수 있도록 미리 용도변경허가를 받아 둔 것에 불과하고 수익용으로 용도변경 후에도 교육용으로 사용하고 있으므로 미 임대된 건물(공실)에 대하여 수익용 재산으로 용도변경허가 내용을 근거로 비과세된 세액을 추징하는 것은 실질과세 원칙상 부당하고, 둘째, 이 사건 토지는 연부로 취득하는 것이므로 그 취득가액 중 1996.7월 지급한 계약보증금(1,474,086,530원)은 부과제척기간이 경과하여 과세한 것은 부당하고, 셋째, 토지 취득당시(1999년도)는 구지방세법(2000.12.29. 법률 제6312호 개정되기 전의 것) 제107조 및 같은 법 제127조추징단서에서는 2년이상 계속 사용하는 조문이 없으므로 단 하루만 사용하여도 고유목적에 사용된 것으로 보는 것인데도 2000.12.29. 개정된 조항을 적용하여 2년이상 사용여부를 따지는 것은 조세법률주의에 어긋나고, 넷째, 과세전적부심사 결정기관에서 결정시 인용한 학교용 재산의 직접사용여부에 대한 대법원 판례(1994누224 판결, 1994.10.28. 선고)는 사용후 매각한 사건에 관한 것일뿐더러 이때 직접사용은 1995.12월 지방세법 개정시 직접이란 용어가 삭제된 것이므로 이 사건 토지 및 건축물에 적용하여야 할 판례로는 부적절하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은교육용 재산의 수익용 재산으로 용도변경되었지만 수익용도로 사용하지 않고 공실상태로 되어 있는 경우, 취득세 비과세 추징의 적정여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면, 지방세법 제72조제1항에서 이 법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받았거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 이의신청 및 심사청구를 할 수 있다고 하고 있고, 같은 법 제73조제1항에서 이의신청을 하고자 할 때에는 그 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 통지를 받은 날)부터 90일이내에 대통령령이 정하는 바에 따라 불복의 사유를 구비하여 도세에 있어서는 도지사에게, 시·군세에 있어서는 시장·군수에게 이의신청을 하여야 한다고 하고 있으며, 같은 법 제74조제1항에서 이의신청을 거친 후에 심사청구를 하고자 할 때에는 이의신청에 대한 결정의 통지를 받은 날부터 90일이내에 도지사의 결정에 대하여는 행정자치부장관에게, 시장·군수의 결정에 대하여는 도지사 또는 행정자치부장관에게 각각 심사청구를 하여야 한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 살펴보면, 이 사건 토지 계약체결현황을 보면, 1996.7.15. 이 사건 토지중 같은 동 769번지 근린생활용지 612.1㎡ 관할관청(충청남도)과 1998년부터 2001년도까지 연부로 계약금액을 지급하는 매매계약을 체결하였고, 1996.7.18. 이 사건 토지중 같은 동 768번지 근린생활용지 312.6㎡ 및 같은 동 770번지 근린생활용지 315.5㎡를 관할관청과 위와 같은 연부취득조건으로 매매계약을 체결하였으며, 1999.7.16. 이 사건 토지에 대하여 잔금을 지급하고 소유권이전등기를 종료하였고, 이 사건 건축물 사용현황은 2001.9.5. 이 사건 건축물을 관할관청으로부터 근린생활시설용도로 건축허가를 받은 다음 2003.6.27. 사용승인을 득하였으며, 2003.9.23. 근린생활시설(음식점·사무실·의원 등)에서 교육연구 및 복지시설(교육연수원 등)로 용도 변경한 다음 2003.9.26. 처분청으로부터 취득세 등 감면받았고, 그 후 2003.12.10. 이 사건 건축물 6층 전체(491.48㎡)를 (주)○○ 및 ○○건설산업(주)에게, 2004.7.1. 그 4층 전체(491.48㎡)를 대전보호관찰소천안지소에게, 2004.8.15. 그 1층 전체(491.48㎡)를 제일은행 천안지점에게 각각 임차하였으며, 이외에 나머지 건물은 교육시설로 보이지 않고, 공실 등으로 되어 있는 사실을 관할관청의 현지조사에서 확인되고 있고, 2005.4.2. 이 사건 건축물에 대하여 관할관청으로부터 교육용 재산에서 수익용 재산으로 변경승인을 받은 사실을 제출된 관계 증빙자료를 통해 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 이 사건 건축물은 대학구조개혁의 일환으로 수익용 재산으로 변경한 것이지만 임대하지 아니하고 학생들이 휴게실로 사용하고 있어 수익사업이 아니며 이 사건 토지는 연부로 취득하는 것이므로 1996.7월 지급한 계약보증금은 부과제척기간이 경과하였다고 하며, 구지방세법(2000.12.29. 법률 제6312호 개정되기 전의 것) 제107조 등 추징단서를 적용하지 않고 현행 법령을 적용하는 것은 부당하고, 과세전적부심사 결정기관에서 결정시 인용한 학교용 재산의 직접사용여부에 대한 대법원 판례(1994누224 판결, 1994.10.28. 선고)는 이 사건 토지 및 건축물에 적용하여야 할 판례로는 부적절하다고 주장하나 이에 대한 본안 심의에 앞서 이 사건 심사청구가 적법하게 제출되었는지를 살펴보면, 지방세법 제74조제1항에서 이의신청을 거친 후 심사청구를 하고자 할 때에는 이의신청에 대한 결정의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 도지사의 결정에 대하여는 행정자치부장관에게 심사청구를 하여야 한다고 규정하고 있으며, 이 사건의 경우, 이의신청 결정기관에서 2006.7.14. 이 사건 이의신청결정서를 청구인의 주소지인 서울특별시 서초구 방배동 981-14번지로 송달(우체국 등기접수번호 제1324301207240호)하였고, 청구인은 2006.7.19. 이 사건 이의신청결정서를 위 주소지에서 회사동료 김○○이 수령(우체국 등기번호 제1324301207240호)하였으며, 청구인은 이 사건 심사청구를 행정자치부장관에게 2006.10.18. 접수한 사실이 확인되고 있는 데, 청구인은 이 사건 이의신청결정서를 수령한 날(2006.7.19.)부터 90일 이내에 이 사건 심사청구를 제기하여야 함에도 1일이 경과한 날(2006.10.18.)에 제기하여 불복청구기간이 경과되어 본안심의 대상이 될 수 없는 것이라 하겠다. 따라서 청구인의 심사청구는 본안 심의를 거치지 아니하고 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2006. 11. 27. 행 정 자 치 부 장 관