종교단체가 부동산을 취득하여 취득일로부터 3년 이내에 교회 관리집사의 사택 등으로 사용하고 있는 경우 기 비과세한 취득세 등을 부과고지한 처분의 당부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2002.8.12. 부산광역시 ○○구 ○○동 441-81번지 주택16.5㎡(부속토지 23㎡, 이하 “이 사건 제1부동산” 이라 한다)를, 2002.9.4. 같은 동 441-15번지 주택 112.74㎡(부속토지 110㎡, 이하 “이 사건 제2부동산”이라 하고, 제1부동산을 포함하여 “이 사건 부동산” 이라 한다)를 종교용 부동산으로 취득함에 따라 취득세 등을 비과세하였으나,이 사건제1부동산은 관리집사의 사택으로, 이 사건 제2부동산은 부목사 및 전도사의 사택으로 사용하고 있으므로 이 사건 부동산의 취득가액 140,000,000원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 3,501,600원, 등록세 5,252,400원, 지방교육세 966,480원, 합계 9,720,480원을 2006.3.15. 부과고지 하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 비영리 종교단체로 이 사건 부동산을 취득하여 종교 고유목적에종사하는 관리집사, 부목사 및 전도사의 사택으로 사용하고 있고, 이 사건 제2부동산은 교회와의 담장을 철거하였을 뿐만 아니라 2006.5.18. 종교용지인 같은 동 440번지와 합필하였으므로 이 사건 부동산은 종교용에 사용되는 것으로 보아야 하므로 이 사건 부동산에 대해 취득세 등을 부과고지한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 종교단체가 부동산을 취득하여 취득일로부터 3년 이내에 교회 관리집사의 사택 등으로 사용하고 있는 경우 기 비과세한 취득세 등을 부과고지한 것이 적법한지 여부에관한 것이라 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제107조에서 다음 각호의 1에 해당하는 것(122조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 취득세를 부과한다고 규정하고 그 제1호에서 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득을 규정하고 있으며, 같은 법 제127조제1항에서 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니하되 다만 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기·등록일부터 1년(제1호의 경우는 3년)이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여 등록세를 부과한다고 규정하고 그 제1호에서제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기를 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 2002.8.12. 이 사건 제1부동산을 취득하여 같은 달 20일 취득세 등을 비과세 받았으며, 2002.9.4. 이 사건 제2부동산을 취득하여 다음날인 2002.9.5. 취득세 등을 비과세 받았고, 2004.2.14. 이 사건 제1부동산에 관리집사인 청구외 이○○가 전입하였으며, 2006.3.30. 이 사건 제2부동산에 부목사인 청구외 김○○과 전도사인 청구외 조태희가 전입하였음은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은이 사건 부동산을 취득하여 종교고유목적에 종사하는 관리집사, 부목사 등이 사택으로 사용하고 있고, 특히 이 사건 제2부동산은 교회와의 담장을 철거하여 2006.5.18. 종교용지인 같은 동 440번지와 합병하였으므로 종교용으로 사용되고 있다고 주장하고 있으나,지방세법 제107조제1호 및 같은 법 제127조제1항제1호의용도구분에 의한 취득세 등 비과세 규정은 사회정책과 경제정책 등의 여러 요소를 고려하여 공공의 목적에 쓰이거나 공익적 성격을 갖추고 있는 부동산을 과세대상에서 제외함으로써 공익성이 인정되는 부동산에 대하여 세제지원을 하려는 데에 그 입법 목적이 있다고 하겠고, “직접 사용”의 의미는 종교 활동을 하는 비영리사업자의 종교의식, 종교교육, 선교활동 등에 직접 사용되고 있는지 여부를 구체적이고 객관적으로 판단하여야 할 것으로서 종교단체가 취득하는 부동산이라 하더라도 취득세 등의 비과세 대상이 되는 것은 종교의식·예배·축전·종교교육·선교 등 종교목적으로 직접 사용하는 부동산에 한한다 할 것(행심2004-394, 2004.12.29.)인데, 청구인의 경우를 보면 이 사건 제1부동산에는 청구인의 관리집사인 청구외 이○○가 2004.2.14. 전입한 것으로 주민등록표에 등재되어 있고, 청구인이 발행한 무상거주 확인서에서도 청구외 이○○가 2002.12.2.부터 거주한 것으로 나타나고 있으며, 이 사건 제2부동산에는 청구외 부목사 김○○과 전도사 조○○가 2006.3.30. 전입한 것으로 주민등록표에 등재되어 있으나 청구인이 발행한 무상거주확인서에 의하면 청구외 김○○은 2005.1.2.부터, 청구외 조○○는 2005.12.4.부터 이 사건 제2부동산에 거주하고 있는 것으로 나타나고 있는 이상,이 사건 제1부동산과 이 사건 제2부동산 중 청구외 김○○이 주거용으로 사용하는 부분은 관리집사와 부목사가 종교활동을 수행함에 있어 필요불가결한 중추적인 지위에 있다고 할 수 없으므로 종교용에 직접 사용되는 부동산이라고 할 수 없겠고, 이 사건 제2부동산 중 청구외 조○○가 거주하는 부분은 취득 후 3년 이내에 종교목적에 직접 사용하지 아니하고 있으므로 지방세법에서 규정한 취득세 등의 추징사유에 해당한다 할 것이며, 비록 처분청에서 취득세 등을 부과고지한 이후인 2006.5.18. 이 사건 제2부동산을 종교용지인 같은 동 440번지와 합필하였다고 하더라도 이미 성립된 취득세 납세의무에는 영향을 미칠 수 없다 할 것이므로 처분청에서 이 사건 취득세 등을 부과고지한 것은 적법하다고 판단된다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2006. 10. 30. 행 정 자 치 부 장 관