[요지] 부동산등기는 본점의 영업을 위한 등기로 보는 것이 타당함
[요지] 부동산등기는 본점의 영업을 위한 등기로 보는 것이 타당함
[주 문] 처분청이 2006.7.13. 청구인에게 부과 고지한 등록세57,600,000원, 지방교육세 10,560,000원, 합계 68,160,000원(가산세 포함)은 취소한다.
[이 유]
1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1999.7.29. 서울특별시 ○○구 ○○동1가 12-5번지 토지 331.2㎡와 그 지상건축물 201.15㎡ 중 청구외 이○○와 박○○ 지분(각각 1/3)에 해당하는 부분(이하 “제1부동산”이라 한다)과 서울특별시 ○○구 ○○동1가 12-7번지 토지 159.4㎡ 중 청구외 이○○와 박○○ 지분(각각 1/3)에 해당하는 부분(이하 “제2부동산”이라 하고, 제1부동산을 포함하여 이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 취득한 다음 청구인 명의로 소유권이전등기를 경료하면서 일반세율을 적용하여 산출한 등록세 등을 신고납부하자 이를 수납하여 징수결정하였으나, 그 후 처분청 세무담당공무원(지방세무서기 송○○외 1인) 확인결과 2002.4.23. 청구인이 본점을 이전하고 그 본점자리에 지점을 설치하여 사용하고 있으므로, 이 사건 부동산등기를 대도시내 지점설치에 따른 부동산등기로 보아 그 취득가액(800,000,000원)을 과세표준으로 구 지방세법(2002.12.30. 법률 제6838호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제138조제1항의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 신고납부한 세액을 차감한 등록세 57,600,000원, 지방교육세 10,560,000원, 합계 68,160,000원(가산세 포함)을 2006.7.13. 부과 고지하였다.
2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 1988.12.26. 철강재판매업 등을 목적사업으로 서울특별시 ○○구 ○○동1가 12-8번지를 본점 소재지로 하여 설립된 법인으로서, 1999.7.21. 본점용 건축물과 연접되어 있는 이 사건 부동산을 취득한 다음 본점용으로 사용하다가 2002.4.23. 본점을 경기도 ○○시 ○○구 ○○동 698-1번지 시화공단 4마 101-1호 소재지로 이전하고 그 본점 자리에 지점을 설치하였는바, 지방세법 제138조제1항제3호, 같은법시행령 제102조제2항 전단에서 “법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기”라 함은 당해 법인 또는 지점등이 그 설립·설치·전입 이전에 취득하는 일체의 부동산등기를 말한다고 규정하고 있으나, 여기에서 말하는 “일체의 부동산등기”라 함은 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입과 관련하여 그 이전에 취득하는 부동산등기를 뜻하므로 법인 또는 지점등이 그 설립·설치·전입과 관련없이 취득한 부동산을 그 후에 법인의 본점 또는 지점 등으로 사용하게 된 경우의 부동산등기까지 포함하는 것은 아니라는 대법원 판례(2001두3747, 2001.12.28)에 비추어 볼 때, 청구인이 이 사건 부동산을 취득한 후 본점용으로 사용하다가 본점을 다른 장소로 이전하고 이를 지점으로 사용한 것이므로 당초 이 사건 부동산등기가 지점설치와는 실질적인 관련성이 없어 등록세 중과세대상에 해당되지 아니한다 할 것임에도, 이 사건 부동산 취득일부터 5년 이내에 지점을 설치하였다고 하여 이 사건 등록세 등을 부과한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.
3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 대도시내 법인이 부동산을 취득 등기한 후 본점용으로 사용하다가 그 취득 등기일부터 5년 이내에 본점을 다른 장소로 이전하고 그 자리에 지점을 설치한 경우 당해 부동산등기를 지점설치에 따른 부동산등기로 보아 등록세를 중과세한 처분이 적법한지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면, 구 지방세법 제138조제1항 본문 및 제3호에서 대도시 내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다고 하면서, 그 제3항에서 제1항의 규정에 의한 등록세 중과세의 범위와 적용기준 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정하고 제1항제4호의 규정에 의한 공장의 범위와 적용기준은 행정자치부령으로 정한다고 규정하고 있고, 구 지방세법시행령(2002.12.30. 대통령령 제17849호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제102조제2항에서 법 제138조제1항제3호에서 “법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기”라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입(수도권의 경우 서울특별시외의 지역에서 서울특별시 내로의 전입은 대도시 내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다) 이전에 취득하는 일체의 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 말하며, “그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기”라 함은 법인 또는 지점 등이 설립·설치·전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다고 하면서, 이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설·증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, “지점등”이라 함은 행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 서울특별시 ○○구 ○○동1가 12-8번지를 본점 소재지로 하여 1988.12.26. 설립된 법인으로서, 설립 이후 사업을 영위하다가 1999.7.21. 이 사건 부동산을 취득하였고, 그 후 2002.4.23. 본점 소재지를 경기도 ○○시 ○○구 ○○동 698-1번지 시화공단 4마 101-1호로 이전함과 동시에 서울특별시 ○○구 ○○동1가 12-8번지상에 지점을 설치한 사실과 2006.6.23. 처분청 세무담당공무원 현지확인 결과 이 사건 부동산은 청구인 지점인 ○○동1가 12-8번지의 바로 옆 건물로 현장의 특성상 벽을 철거하여 사용하고 있는 사실은 제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 이 사건 부동산을 본점용으로 사용하다가 본점을 다른 장소로 이전하고 그 자리에 지점을 설치하였으므로 당해 부동산등기가 지점설치와 관련성이 없다 할 것임에도, 당해 부동산 취득일부터 5년 이내에 지점을 설치하였다고 하여 중과세율을 적용하여 산출한 등록세를 부과한 처분은 부당하다고 주장하고 있고, 처분청은 이 사건 부동산등기일로부터 5년 이내에 지점을 설치한 이상 이는 지점설치에 따른 부동산등기에 해당된다고 판단하고 있으므로 이에 관하여 보면, 구 지방세법 제138조제1항제3호는 대도시 내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기를 등록세 중과대상의 하나로 규정하고, 같은법시행령 제102조제2항은 법 제138조제1항제3호에서 “법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기”라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입 이전에 취득하는 일체의 부동산등기를 말한다고 규정하는바, 여기서 말하는 일체의 부동산등기라 함은 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입과 관련하여 그 이전에 취득하는 부동산등기라 함은 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입과 관련하여 그 이전에 취득하는 부동산의 등기를 뜻하므로, 반드시 그 부동산의 전부를 법인의 본점 또는 지점 등으로 사용할 의사가 있어야만 하는 것은 아니라고 하더라도, 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입과 관련없이 취득한 부동산을 그 후에 법인의 본점 또는 지점 등으로 사용하게 된 경우의 부동산등기까지 포함하는 것은 아니라 할 것(대법원 판결 2001두3747, 2001.12.28)으로, 청구인의 경우 1988.12.26. 서울특별시 ○○구 ○○동1가 12-8번지를 본점 소재지로 사업을 영위하던 중 1999.7.21. 본점용 건축물과 연접되어 있는 이 사건 부동산을 취득한 후 같은 해 7.29. 청구인 명의로 소유권보존등기를 경료한 다음 이를 본점용으로 사용하다가 2002.4.23. 본점을 경기도 ○○시 ○○구 ○○동 698-1번지 시화공단 4마 101-1호 소재지로 이전하고 그 본점 자리에 지점을 설치한 사실로 볼 때 이 사건 부동산등기는 본점의 영업을 위한 등기로 봄이 타당하다 하겠고, 그렇다면 이 사건 부동산등기일부터 2년 9개월 후에 본점을 이전하면서 이 사건 부동산에 지점을 설치하였다는 사유만으로는 이 사건 부동산등기를 지점설치와 관련이 있는 것으로 보기는 어렵다 하겠으므로, 처분청이 이 사건 부동산등기를 등록세 중과세대상인 지점설치에 따른 부동산등기에 해당된다고 보아 중과세율을 적용하여 산출한 이 사건 등록세를 부과한 처분은 잘못이라 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
2006. 12. 27. 행 정 자 치 부 장 관