대도시내로의 법인전입 이후 5년 이내에 취득한 부동산등기에 해당되는 것으로 보아 등록세를 중과세한 처분의 당부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2004.2.26. 경기도 ○○시 ○○동 473-1번지 플래티넘프라자-1 제1층 제107호(대지 10.3㎡, 건축물 전용면적 46.09㎡, 이하 “제1부동산”이라 한다) 및 동소 제2층 제203호(대지 17.83㎡, 건축물 전용면적 79.78㎡, 이하 “제2부동산”이라 하고, 제1부동산을 포함하여 이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 취득한 다음 청구인 명의로 소유권이전등기를 경료하면서 그 취득가액(600,000,000원)에 구 지방세법(2005.1.5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제131조제1항의 일반세율을 적용하여 산출한 등록세 등을 신고납부하자 이를 수납하여 징수결정하였으나, 그 후 세무조사 결과 이 사건 부동산등기가 대도시내로의 법인전입 이후 5년 이내에 취득하는 부동산등기에 해당되는 것으로 보아 구 지방세법 제138조제1항의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 신고납부한 세액을 차감한 등록세 52,239,600원, 지방교육세 9,727,920원, 합계 61,967,520원(가산세 포함)을 2006.6.12. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 1999.2.25. 농작물재배업 등을 목적사업으로 서울특별시 ○○구 ○○동 567번지를 본점 소재지로 하여 설립된 법인(설립당시 명칭: 대축산업 주식회사, 1999.5.14. 대축산업영농조합법인 주식회사로 명칭 변경)으로서, 법인설립 이후 경기도 ○○시 ○○읍 ○○리 888-3번지외 9필지의 토지를 취득하여 원예를 재배하는 등 영농법인을 유지하다가 1999.6.25. 서울특별시 광진구 광장동 114번지 현대골든텔 3층 311호를 취득한 다음 같은 해 12.18. 본점을 이전한 이후에도 경기도 남양주시 소재 토지상에 원예작물을 계속 재배하였으나, 영농법인을 계속 유지하기 위하여는 농업인 5인 이상의 요건과 1년 중 90일 이상 농업에 종사하여야 한다는 법령규정상 부득이 2001.3.20. 경기도 남양주시 별내면 화접리 38번지로 본점을 재차 이전하였다가 2003.3.5.에 경기도 ○○시 ○○동 207-2번지 행운오피스텔 505호로, 2004.10.22.에 동소 행운오피스텔 702호로 본점을 이전하였고, 이 과정에서 2004.2.26. 이 사건 부동산에 대한 소유권이전등기를 경료하였는바, 청구인은 법인설립 당시부터 계속하여 대도시 내에서 사업을 영위하였고, 2001.3.20. 사무실이나 법인을 유지할 수 없는 나대지 상태의 경기도 남양주시 별내면 화접리 38번지로 본점을 이전한 것은 영농법인의 유지조건을 충족하기 위하여 일시적·형식적으로 이전한 것일 뿐 실제 본점 사무실은 1999.2.18.부터 서울특별시 광진구 광장동 114번지에 소재하고 있었음에도, 단지 법인등기부등본상 대도시내로의 법인전입 이후 5년 이내에 이 사건 부동산을 취득 등기하였다고 하여 등록세를 중과세한 처분은 실질과세의 원칙에 위배되는 부당한 처분이라고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 대도시내로의 법인전입 이후 5년 이내에 취득한 부동산등기에 해당되는 것으로 보아 등록세를 중과세한 처분이 적법한지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면, 구 지방세법 제138조제1항 본문 및 제3호에서 대도시 내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다고 규정하고 있고, 같은 조 제3항에서 제1항의 규정에 의한 등록세 중과세의 범위와 적용기준 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정하고, 제1항제4호의 규정에 의한 공장의 범위와 적용기준은 행정자치부령으로 정한다고 규정하고 있으며, 구 지방세법시행령(2005.1.5. 대통령령 제18669호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제102조제2항에서 법 제138조제1항제3호에서 “법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기”라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입(수도권의 경우 서울특별시외의 지역에서 서울특별시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다)이전에 취득하는 일체의 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 말하며, “그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기”라 함은 법인 또는 지점등이 설립·설치·전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다고 하면서, 이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설·증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, “지점등”이라 함은 행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다고 규정하고 있고, 구 수도권정비계획법(2004.12.31. 법률 7308호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제6조제1항제1호에서 과밀억제권역이라 함은 인구 및 산업이 과도하게 집중되었거나 집중될 우려가 있어 그 이전 또는 정비가 필요한 지역을 말한다고 규정하고 있으며, 구 수도권정비계획법시행령(2005.6.30.대통령령 제18911호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제9조에서 법 제6조의 규정에 의한 과밀억제권역·성장관리권역 및 자연보전권역의범위는 별표 1과 같다고 규정하고 있고, 같은법시행령 별표 1에서 구리시와남양주시 호평동·평내동·금곡동·일패동·이패동·삼패동·가운동·수석동·지금동·도농동은 과밀억제권역의 범위에 속한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 1999.2.25. 서울특별시 광진구 광장동 567번지를 본점 소재지로 하여 설립된 법인(명칭: 대축산업 주식회사)으로서, 같은 해 12.15. 그 명칭을 대축산업영농조합법인 주식회사로 변경하고 본점 소재지를 서울특별시 ○○구 ○○동 114번지 현대골든텔 3층 311호로 이전하였고, 그 후 2001.3.20. 대도시외의 지역인 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 38번지로 본점을 이전하였다가 2003.2.19. 대도시내인 경기도 ○○시 ○○동 207-2번지 행운오피스텔 5층 505호로 이전한 다음 2004.1.27. 법인명칭을 주식회사 해맑음으로 변경하고 2004.2.26. 이 사건 부동산등기를 경료한 사실은 제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 2001.3.20. 대도시외의 지역인 경기도 ○○시 ○○면 ○○리 38번지로 본점을 이전한 것은 영농법인의 유지조건을 충족하기 위하여 형식적으로 이전한 것일 뿐 실제 서울특별시내에서 사업을 영위하고 있었음에도, 단지 법인등기부등본상 대도시내로의 법인전입 이후 5년 이내에 부동산등기를 경료하였다고 하여 등록세를 중과세한 처분은 부당하다고 주장하므로 이에 관하여 보면, 구 지방세법 제138조제1항 본문 및 그 제3호에서 대도시내로의 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산등기에 대하여는 등록세를 중과세한다고 규정하고 있고, 같은법시행령 제102조제2항 후단에서 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산등기라 함은 법인 또는 지점등이 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무용ㆍ비업무용 또는 사업용ㆍ비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다고 규정하고 있는바, 여기서 “법인 또는 지점등이 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무용ㆍ비업무용 또는 사업용ㆍ비사업용을 불문한 일체의 부동산등기”라 함은 “부동산등기”가 법인 또는 지점 등이 설립·설치·전입 이후 5년 이내에 이루어진 경우를 일컫는 것으로 보아야 하겠으므로, 대도시외의 법인이 대도시내로 전입하는 경우에는 그 전입일을 법인설립일로 보아 그로부터 5년 이내에 취득하는 업무용ㆍ비업무용ㆍ사업용ㆍ비사업용을 불문한 일체의 부동산등기는 등록세 중과세대상에 해당된다 할 것으로, 청구인의 경우 1999.2.25. 서울특별시내에 본점을 두고 설립된 법인이라고는 하나, 그 후 2001.3.20. 대도시외의 지역인 경기도 ○○시 ○○면 ○○리 38번지로 본점을 이전한 다음 사업을 영위하다가 2003.2.19. 대도시내인 ○○도 ○○시 ○○동 207-2번지 행운오피스텔 5층 505호로 본점을 이전한 사실이 법인등기부등본에서 확인되고 있는 이상, 그 대도시내로의 전입일인 2003.2.19.로부터 5년 이내인 2004.2.26. 청구인 명의로 소유권이전등기를 경료한 이 사건 부동산등기는 대도시내로의 법인전입 이후 5년 이내에 취득 등기한 부동산등기에 해당되므로 이 사건 부동산등기는 등록세 중과세대상이라 하겠고, 지방세법상의 등록세 중과규정은 대도시내로의 인구유입에 따른 인구팽창을 막고 대도시의 인구소산을 기하는 데에 그 목적이 있는 것이므로 일단 법령에서 정한 과세요건사실이 충족되면 행정관청의 금지·제한 등 납세자에게 귀책사유로 돌릴 수 없는 불가피한 사유가 발생하지 않는 한, 일응 그 법령을 적용하여야 하는 것이 근거과세 원칙이라고 할 수 있는바, 청구인이 비록 영농법인의 유지조건을 충족하기 위하여 일시적으로 대도시 외로 이전하였다가 다시 대도시내로 전입을 하게 된 사정이 있다 하더라도 그것만으로는 이 사건 부동산등기가 대도시내로의 본점전입 이후 5년 이내에 취득하는 부동산등기에 해당되지 아니한다고 볼 수 없을 뿐만 아니라 2001.3.20. 경기도 남양주시 별내면으로 본점을 이전한 후 2001년도 및 2002년도 법인균등할 주민세를 경기도 남양주시장에게 납부한 사실로 볼 때, 경기도 남양주시 별내면으로 본점을 이전한 것은 형식적인 것에 불과하고 실제 본점을 이전한 것은 아니라는 주장도 받아들일 수 없다 하겠으므로, 처분청이 중과세율을 적용하여 산출한 이 사건 등록세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2006. 10. 30. 행 정 자 치 부 장 관