대도시내로의 지점전입 이후 5년 이내에 취득하는 부동산등기에 해당되는 것으로 보아 등록세를 중과세한 처분의 당부(취소)

[주 문] 처분청이 2006.4.6. 청구인에게 부과 고지한 등록세 1,538,360,990원, 지방교육세 285,420,640원, 합계 1,823,781,630원(가산세 포함)을 취소한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2004.4.26. 서울특별시 ○○구 ○○동 28-2번지상에 건축물 65,138.48㎡(지하5층·지상21층, 이하 “이 사건 건축물”이라 한다)를 취득하고 2004.8.9. 소유권보존등기를 경료하면서 구 지방세법시행령(2005.1.5. 대통령령 제18669호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제101조제1항제6호에서 규정하고 있는 중과제외업종인 전기통신사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 재산에 관한 등기에 해당된다고 하여 그 취득가액에 구 지방세법 제131조제1항의 일반세율을 적용한 등록세 등을 신고납부하자 이를 수납하여 징수결정하였으나, 2005.12월 서울특별시 세무조사 결과 이 사건 건축물 중 36,465㎡(이하 “쟁점 건축물”이라 한다)를 제3자에게 임대하고 있으므로 쟁점 건축물에 대하여 구 지방세법(2005.1.5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제138조제1항제3호에 의한 대도시내로의 지점 전입 이후 5년 이내에 취득하는 부동산등기에 해당된다고 보아 그 해당부분에 대하여 안분계산한 취득가액(69,536,098,047원)을 과세표준으로 구 지방세법 제138조제1항의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 등록세 1,538,360,990원, 지방교육세 285,420,640원, 합계 1,823,781,630원(가산세 포함)을 2006.4.6. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 종전 한국통신공사 당시인 1982.1.1. 서울특별시 ○○구 ○○동 35-1번지를 사업장 소재지로 하는 “여의도지점(종전 여의도 전화국)”을 설치하여 업무를 처리하다가 청구인 소유의 서울특별시 영등포구 ○○동 28-2번지상에 이 사건 건축물을 신축 취득한 다음 2004.5.20. 여의도지점을 이전하여 업무를 처리하고 있는바, 이는 지점을 새로이 설치한 것이 아니라 이전한 것에 해당되므로 이 사건 부동산등기는 등록세 중과제외업종인 전기통신사업에 직접 사용하고 있는지 여부에 관계없이 지방세법령에서 정하고 있는 지점의 신설 또는 대도시내로의 지점전입에 따른 부동산등기라든가 지점신설 또는 전입 이후에 취득한 부동산등기에 해당된다고 볼 수 없다 하겠고, 처분청이 지점이라고 주장하는 자산관리센터는 실무상 착오로 지점등록을 한 것은 사실이나 새로운 영업망을 확충하기 위하여 별도로 설치한 조직이 아니라 종전 각 지점별로 처리하던 자산관리업무를 통합 관리하고자 설치한 본사의 내부조직이며, 임대차계약 또한 주식회사 케이티의 권한위임을 받아 처리하고 있으므로 지방세법령상 지점에 해당되지 아니할 뿐만 아니라 이 사건 건축물은 자산관리센터의 설치 또는 전입과는 관련성이 없다 할 것임에도, 계약업무를 처리하면서 청구인 대표이사 명의로 하지 아니하고 그 하부조직인 자산관리센터 명의로 업무를 처리하였다고 하여 이를 지점으로 보아 쟁점 건축물에 대하여 이 사건 등록세 등을 부과한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 대도시내로의 지점전입 이후 5년 이내에 취득하는 부동산등기에 해당되는 것으로 보아 등록세를 중과세한 처분이 적법한지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면, 구 지방세법 제138조제1항 본문 및 제3호에서 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 하되, 다만, 수도권정비계획법 제6조제1항제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(산업집적활성화및공장설립에관한법률의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 “대도시”라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용 부동산에 관한 등기 및 외국인투자촉진법에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다고 규정하고 있고, 같은 조 제3항에서 제1항의 규정에 의한 등록세 중과세의 범위와 적용기준 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정하고, 제1항제4호의 규정에 의한 공장의 범위와 적용기준은 행정자치부령으로 정한다고 규정하고 있으며, 구 지방세법시행령(제2005.1.5. 대통령령 제18669호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제101조제1항 본문 및 제6호에서 법 제138조제1항 단서에서 “대통령령이 정하는 업종”이라 함은 전기통신사업법 제4조의 규정에 의한 전기통신사업에 해당하는 업종을 말한다고 규정하고 있고, 같은 조 제2항 본문에서 제1항의 규정에 의한 업종을 영위하는 자가 당해 업종에 사용하기 위하여 취득한 재산을 그 등기 또는 등록일부터 정당한 사유없이 1년(제1항제5호의 규정에 의한 주택건설사업의 경우는 3년)이 경과할 때까지 당해 업종에 직접 사용하지 아니하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우와 2년 이상 당해 업종에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우에 그 해당부분에 대하여는 법 제138조제1항 본문의 규정을 적용한다고 하면서, 그 단서에서 다만, 제1항제6호의 규정에 의한 전기통신사업자가 전기통신사업법 제34조의3의 규정에 의하여 전기통신설비 또는 시설을 다른 전기통신사업자와 공동으로 사용하기 위하여 임대하는 부동산에 대하여는 그러하지 아니하다고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제102조제2항에서 법 제138조제1항제3호에서 “법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기”라 함은 당해 법인 또는 지점등이 그 설립·설치·전입(수도권의 경우 서울특별시외의 지역에서 서울특별시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다)이전에 취득하는 일체의 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 말하며, “그 설립·설치·전입이후의 부동산등기”라 함은 법인 또는 지점등이 설립·설치·전입이후 5년이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용 비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다고 하면서 이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설·증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, “지점등”이라 함은 행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다고 규정하고 있고, 구 지방세법시행규칙(2005.2.1. 행정자치부령 제266호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제55조의2 본문에서 영 제102조제2항 후단에서 “행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장”이라 함은 법인세법·부가가치세법 또는 소득세법의 규정에 의한 등록된 사업장(법인세법·부가가치세법 또는 소득세법의 규정에 의한 비과세 또는 과세면제대상 사업장을 포함한다)으로서 인적·물적설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 1982.1.1. 서울특별시 ○○구 ○○동 35-1번지를 사업장 소재지로 하여 ○○전화국(여의도지점) 설치에 따른 사업자등록(등록번호 116-85-08527)을 한 후 사업을 영위하다가 1993.4.16. 서울특별시 영등포구 여의도동 28-2번지상에 지하 3층·지상 20층 연면적 50,000㎡ 내외 규모에 여의도전화국과 전화, 통신망, 정보, 기업통신시설, 뉴서비스전시관, 한국통신서울동우회, 복지회관, 지역정보교류센타 등을 수용하는 시설을 건축하기로 하는 내용의 여의도전화국 건축계획(재건1470-통06781)을 수립한 다음 1996.9.30. 처분청에 이 사건 건축물에 대한 건축허가신청서를 제출하였고, 이에 처분청은 1996.12.16. 건축허가서를 교부한 사실과 그 후 청구인은 1996.12.16. 이 사건 건축물에 대한 공사를 착공하여 2004.3.25. 처분청으로부터 이 사건 건축물에 대한 사용승인서를 교부받은 다음 2004.5.20. 기존 여의도전화국(여의도지점)을 이 사건 건축물 소재지로 이전하고 2004.8.9. 이 사건 건축물에 대한 소유권보존등기를 경료한 사실과 청구인은 효율적인 자산관리를 위하여 2003.10.2. 경기도 수원시 권선구 권선동 942번지를 사업장 소재지로 하는 자산관리센터를 설치하고 이에 따른 사업자등록(등록번호 124-85-40042)을 한 다음 사업을 영위하다가 2004.4.14. 서울특별시 ○○구 ○○동 734번지로 이전하였고, 그 후 2004.11.25. 이를 경기도 ○○시 ○○구 ○○동 345-1번지로 이전하였다가 2005.9.1. 건설사업단 흡수 통합을 이유로 폐지한 사실 및 자산관리센터는 그 산하에 전국 11개 자산관리과를 두고 그 중 하나인 광화문자산관리과로 하여금 쟁점 건축물의 관리 등의 업무를 수행토록 하고 있고, 광화문자산관리과는 임대료와 관리비를 자산관리센터 명의 및 사업자등록번호로 청구하는 등의 업무를 수행하고 있었던 사실은 제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 자산관리센터는 직제상 본사의 내부조직일 뿐더러 이 사건 건축물에 기존 지점을 이전하여 사용하고 있으므로 이 사건 건축물에 대한 부동산등기는 등록세 중과제외업종인 전기통신사업에 직접 사용하고 있는지 여부에 관계없이 지점의 신설 또는 대도시내로의 지점전입에 따른 부동산등기라든가 지점신설 또는 전입 이후에 취득한 부동산등기에 해당된다고 볼 수 없다고 주장하므로 이에 관하여 보면, 구 지방세법 제138조제1항 본문 및 제3호, 같은법시행령 제102조제2항에서 대도시내로의 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산등기에 대하여는 등록세를 중과세한다고 하면서, 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산등기라 함은 법인 또는 지점등이 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무용ㆍ비업무용 또는 사업용ㆍ비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를, 수도권의 경우 서울특별시외의 지역에서 서울특별시내로의 전입은 대도시 내로의 전입으로 본다고 규정하고 있으므로, 법인 또는 지점등이 취득하는 부동산등기가 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무용ㆍ비업무용 또는 사업용ㆍ비사업용을 불문한 일체의 부동산등기에 해당되는 경우에는 등록세 중과세대상이라 할 것이나, 지점설치 후 5년이 경과된 법인이 지점이전을 위하여 취득하는 부동산은 등록세 중과세대상에 해당되지 아니한다 할 것으로, 청구인의 경우 1993.4.16. 기존 여의도전화국을 포함한 전화, 통신망, 정보, 기업통신시설, 뉴서비스전시관 등을 종합수용한 지하3층·지상20층 규모의 건축물을 건축하기 위하여 1994.3월부터 공사에 착수할 계획(여의도전화국 신축대지 활용계획, 재건1470-통06781)을 수립하였고, 그 후 1996.9.30. 지상 20층·지하 4층 규모의 건축물을 건축하여 통신시설을 주용도로 하고 그 외 주차장, 종업원후생복리시설 등의 용도로 활용할 계획으로 건축허가신청서를 제출하였으며, 이에 대하여 처분청은 1996.12.16. 건축허가서를 교부한 점, 그 후 청구인은 공사를 시행하여 2004.3.25. 이 사건 건축물에 대한 사용승인을 받은 다음 2004.5.20. 기존 ○○지점(○○전화국)을 이전한 점, 청구인 소유의 전체 자산을 효율적으로 관리한다는 측면에서 별도의 자산관리센터를 두고 지점으로 직접 사용하는 부분 이외의 자산들에 대한 관리를 하고 있는 점 등을 종합하여 볼 때, 청구인은 서울특별시에서 설치되어 5년이 경과한 기존 ○○지점(○○전화국)을 이전할 목적으로 이 사건 건축물을 신축 취득하였다고 보는 것이 타당하다 하겠고, 그렇다면 처분청이 이러한 지점이전용 건축물의 일부를 별도의 지점이 관리하고 있다는 사실만으로 이 사건 부동산등기를 대도시내로의 지점전입 이후 5년 이내에 취득하는 부동산등기에 해당되는 것으로 보아 쟁점 건축물에 대하여 등록세를 중과세한 처분은 잘못이 있다 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2006. 10. 30. 행 정 자 치 부 장 관