대도시내에 부동산을 취득 후 지점으로 사업자등록을 필하고 유통산업을 영위 하다가 취득일로부터 2년 이내에 매각한 경우 등록세 중과세 대상에 해당되는지 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1994.7.12 본점 소재지를 ○○시 ○○구 ○○동 17번지로 하고 목적사업을 철근 도ㆍ소매업 등으로 하여 법인을 설립한 후 목적사업을 영위하던 중인 2003.9.15 ○○시 ○○구 ○○동 305-12번지의 대지550.6㎡와 동 지상건축물1,074.3㎡(이하 이 사건 부동산 이라 한다)를 취득한 다음 일반세율을 적용하여 산출한 등록세 등을 신고 납부하였으나 2003.9.15 이 사건 부동산을 소재지로 하여 청구인의 영우지점으로 사업자등록을 필한 후 등록세 중과제외업종인 고급 침구류 등의 도·소매업 등을 운영하였으나 이 사건 부동산 취득일로부터 2년 이상 직접 사용하지 아니하고 2003.11.6 매각하였으므로 지방세법 제138조 제1항 및 같은법시행령 제101조 제2항의 규정에 의하여 이 사건 부동산의 취득가액 1,060,000,000원에 지방세법 제138조 제1항의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 등록세 76,320,000원, 지방교육세13,992,000원, 합계 90,312,000원(가산세 포함)을 2006.7.10부과고지 하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 1994.7.12 본점 소재지를 ○○시 ○○구 ○○동 17번지로 하여 법인을 설립한 후 철근 도ㆍ소매업을 영위 하던 중 2003.6월경 임차한 본점 소재지의 토지를 포함한 토지상에 아파트(229세대) 신축 사업계획이 승인됨에 따라 청구인의 지상물 철거를 요청 하므로서 2003.9.8 이 사건 부동산을 취득하여 본점을 이전하기로 하는 이사회의 의결을 거쳐 2003.9.15 이 사건 부동산을 취득한 후 본점을 이전하여 목접사업에 계속 영위하였으나 임차한 종전 본점소재지의 토지상에 철근 3000톤의 제품이 야적되어 있고 건축물등의 보상 문제가 해결되지 아니함에 따라 부득이 사업자등록증 및 법인등기부등본상등에 본점소재지를 이전 변경을 하지 못한 것이므로 사실상 본점 이전으로 취득한 이사건 부동산의 등록세는 중과세에서 제외되어야 하며 또한 처분청에서 이 사건 부동산을 지점설치에 따른 부동산 등기로 보아 등록세를 중과세 하고자 하면 이 사건 부동산중 홈인테리어 관련상품 판매에 사용된 건축물 242㎡와 동 부속토지만 중과세하여 하여야 함에도 이 사건 부동산 전체에 대한 등록세를 중과세 하는 것은 부당하다고 주장하면서 이 사건 부과처분의 경정을 구하였다

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 대도시내에 부동산을 취득한 후 지점으로 사업자등록을 필하고 부동산 일부에서 등록세 중과세 제외업종인 유통산업을 영위 하다가 취득일로부터 2년 이내에 매각한 경우 등록세 중과세 대상에 해당되는지 여부에 있다고 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면 지방세법 제138조 제1항에서 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 떄에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 하되 수도권정비계획법 제6조제1항제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(산업집접활성화 및 공장설립에 관한 법률의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 “대도시”라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종에 대하여는 그러하지 아니하다라고 규정한 다음 그 제3호에서 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산 등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산 등기라고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제101조제1항에서 법 제138조제1항 단서에서 “대통령령이 정하는 업종”이 라 함은 다음 각호에 해당하는 업종을 말한다고 규정하고 그 제8호에서 유통산업발전법에 의한 유통산업, 농수산물유통 및 가격안정에 관한 법률에 의한 농수산물도매시장·농수산물공판장·농수산물종합유통센터·유통자회사 및 축산법에 의한 가축시장 이라고 규정한 다음 이 경우 유통산업발전법 등 관계법령에 의하여 임대가 허용되는 매장 등의 전부 또는 일부를 임대하는 경우에는 임대하는 부분도 당해 업종에 직접 사용하는 것으로 본다고 규정하고 있으며, 유통산업발전법 제2조제1호에서 “유통산업”이라 함은 농산물·임산물·축산물·수산물(가공 및 조리물을 포함한다) 및 공산품의 도매·소매 및 이를 영위하기 위한 보관·배송·포장과 이와 관련된 정보·용역의 제공 등을 목적으로 하는 산업을 말한다고 규정하고 있고, 지방세법 시행령 제101조 제2항에서 제1항의 규정에 의한 업종을 영위하는 자가 당해 업종에 사용하기 위하여 취득한 재산을 그 등기 또는 등록일로부터 정당한 사유없이 1년이 경과할 때까지 다해 업종에 직접 사용하지 아니하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우와 2년 이상 당해 업종에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우에 그 해당부분에 대하여는 법 138조 제1항 본문의 규정을 적용한다고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제102조 제2항 후단에서 “지점 등” 이라 함은 행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다고 규정하고, 같은 법 시행규칙 제55조의 2에서 영 제102조 제2항 후단에서 “행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장”이라 함은 법인세법·부가가치세법 또는 소득세법의 규정에 의하여 등록된 사업장으로서 인적·물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말한다고 각각 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면 청구인은 1994.7.12 본점 소재지를 ○○시 ○○구 ○○동 17번지로 하고 목적사업을 철근 도ㆍ소매업 등으로 하여 법인을 설립한 후 목적사업을 영위하던 중인 2003.9.15 이 사건 부동산을 취득한 다음 일반세율을 적용하여 산출한 등록세 등을 신고 납부하고 2003.9.15 이 사건 부동산을 소재지로 하여 청구인의 ○○지점으로 사업자등록을 필한 후 등록세 중과제외업종인 고급 침구류 등의 도ㆍ소매업 등을 운영하였으나 이 사건 부동산 취득일로부터 2년 이상 직접 사용하지 아니하고 2003.11.6 매각하였으므로 지방세법 제138조 제1항 및 같은법시행령 제101조 제2항의 규정에 의하여 중과세율을 적용하여 산출한 이사건 등록세등을 부과 고지한 사실은 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다 이에 대하여 청구인은 임차한 종전 본점소재지의 토지상에 제품이 야적되어 있고 건축물 등의 보상 문제가 해결 되지 아니함에 따라 사업자등록증 및 법인등기부상 본점을 이 사건 부동산 소재지로 이전 변경 하지 못하였으나 사실상 으로는 이 사건 부동산 취득과 동시에 본점용 부동산으로 사용하였으므로 이 사건 등록세는 중과세에서 제외 되어야 하고 또한 처분청에서 이 사건 부동산을 지점설치에 따른 부동산 등기로 보아 등록세를 중과세 하고자 하면 이 사건 부동산중 홈인테리어 관련상품 판매에 사용된 건축물 242㎡와 동 부속토지만 중과세하여 하여야 함에도 이 사건 부동산 전체에 대한 등록세를 중과세 하는 것은 부당하다고 주장하고 있지만 지방세법 제138조 제1항 제3호 및 같은법시행령 제102조 제2항 과 같은법시행규칙 제55조의2에서 등록세 중과세 요건인 지점의 설치에 따른 부동산등기에 있어서 지점 이라 함은 법인세법ㆍ부가가치세법 또는 소득세법의 규정에 의하여 등록된 사업장으로서 그 명칭여하를 불문하고 인적ㆍ물적설비를 갗추고 계속하여 당해법인의 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말하고, “인적·물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업을 행하여지는 장소”라 함은 당해법인의 지휘ㆍ감독 하에 영업할동 내지 대외적인 거래업무를 처리하기 위한 인원을 상주시키고 이에 필요한 물적 시설을 갖추었으며 실재로 그러한 활동이 행하여지고 있는 장소를 말한다고 해석함이 상당하다고 할 것인바(대법원 99두3188 판결 1999.5.11선고) 청구인의 경우 2003.9.15 이 사건 부동산을 취득하고 같은 날 이 사건 부동산의 소재지를 사업장으로 하여 청구인의 영우지점으로 사업자등록(업태;고급침구류, 커턴, 이불 도소매)을 필한 후 청구인의 법인등기부상 목적사업인 홈패션 인테리어류 판매업을 영위한 사실이 사업자등록증 등에서 입증되고 있는 이상 이 사건 부동산의 등기는 지점설치에 따른 부동산등기로 보아야 하고 지방세법시행령 제101조 제2항에서 등록세 중과제외 업종인 유통산업 등을 영위하더라도 2년이상 당해업종에 직접사용 하지 아니하고 매각하는 경우는 중과세 하도록 규정하고 있으므로 청구인은 2003.9.15 이 사건 부동산을 취득한 후 고유업무에 사용하였으나 취득일로부터 2년 이내인 2003.11.6 매각한 이상 이 사건 부동산의 등기는 지점설치에 따른 부동산등기에 해당되고 또한 종전 본점 소재지를 이 사건 부동산 소재지로 이전하였다고 주장 하나 처분청에서 ○○전력공사 ○○지점에 종전 본점소재지의 전력 사용량 조회(세정-9616,2006.6.22) 결과 이 사건 부동산을 매각한 후인 2004.4.22까지 전력을 사용하였다고 통보한 것으로 미루어 보면 이 사건 부동산 소재지로 본점을 이전 하였다는 주장은 받아들일 수 없으므로 처분청에서 이 사건 부동산 등기를 대도시내 지점 설치에 따른 부동산 등기로 보아 등록세를 중과세 한 것은 적법한 부과처분 이라고 판단된다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2006. 9. 25. 행 정 자 치 부 장 관