종교단체가 부동산을 취득하여 목회자와 교육생을 위한 집단급식소를 설치한 경우 기 비과세한 취득세 등을 부과고지한 처분의 당부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2004.3.31. ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 7-1번지 ○○빌딩○○호,○○호 건축물 482.96㎡(부속토지 73.18㎡를 포함하여 이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 취득하고, 취득세 등 비과세 신청을 하자 2004.4.12. 지방세법 제107조제1호와 같은 법 제127조제1항에 의거 취득세등을 비과세하였으나, 2004.6.25. 청구인이 이 사건 부동산에 집단급식소 설치신고를 하고 집단급식소로 사용하므로 취득가액 803,550,000원에 지방세법제112조제1항 및 같은 법 제131조제1항제3호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 22,443,150원, 농어촌특별세 1,767,810원, 등록세 33,664,720원, 지방교육세 6,250,810원, 합계 64,126,490원(가산세 포함)을 2006.5.15. 부과고지 하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 국·내외의 선교활동을 하는 종교단체로 현 총회 건물이 협소하여 이 사건 부동산을 취득하여 총회직원·목회자·방문자 등의 교육장소 및 총회 직원과 방문자의 무료식당 등으로 사용하여 왔으며, 집단급식소로 신고한 것은 식당으로의 시설을 갖추면 의무적으로 신고하여야 하는 것으로알아 신고한 것일 뿐 현재는 집단급식소 설치·운영 중단신고를 한 상태이며, 이 사건 부동산과 총회 건물이 1구내에 위치해 있지 않다고는 하나 도로를 사이에 두고 인접해 있고, 같은 목적사업을 수행하므로 종교용에 사용하는 것으로 보아 이 사건 취득세 등은 취소되어야 한다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 종교단체가 부동산을 취득하여 목회자와 교육생을 위한 집단급식소를 설치한 경우 기 비과세한 취득세 등을 부과고지한 것이 적법한지 여부에관한 것이라 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제107조에서 다음 각호의 1에 해당하는것(122조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니하되 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 취득세를 부과한다고 규정하고 그 제1호에서 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득이라고 규정하고 있으며, 같은 법 제127조에서 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니하되 다만 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기·등록일부터 1년(제1호의 경우는 3년)이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여 등록세를 부과한다고 규정하고 그 제1호에서 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기를 규정하고 있다 다음으로 청구인의 경우를 보면, 2004.3.31. 이 사건 부동산을 취득하고, 종교용으로 직접 사용하는 것으로 하여 취득세 등을 비과세 받았으나 취득 후 종교용에 직접 사용하지 아니하고 목회자 등의 집단급식소로 사용하고 있으므로 2006.5.15. 기 비과세한 이 사건 취득세 등을 부과고지한 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 이 사건 부동산을 취득하여 종교교육 장소 및 총회 직원과 방문자의 무료식당 등으로 사용하여 왔으며, 집단급식소를 신고한 것은 식당으로의 시설을 갖추면 의무적으로 신고하여야 하는 것으로 알아 신고한 것일 뿐이고, 현재는 집단급식소 설치·운영 중단신고를 하였으며,이 사건 부동산과 총회 건물은 도로를 사이에 두고 인접해 있고, 같은 목적 사업을 수행하고 있으므로 이 사건 부동산은 종교용으로 사용하는 것으로 보아야 한다고 주장하고 있으나, 지방세법 제107조제1호 및 같은 법 제127조제1항제1호에서 제사·종교 등 공익사업을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 등을 비과세하되, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 그 사용일로부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여 취득세 등을 부과한다고 규정하고 있고, 동 규정에서 비영리사업자가 당해 부동산을 "그 사업에 사용"한다고 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용용도가 비영리사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고, "그 사업에 사용"의 범위는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 할 것(대법원 2004다58901, 2005.12.23.)인 바, 청구인은 이 사건 부동산을 종교교육용으로 취득하여 2004. 4.12. 취득세 등을 비과세 받은 후, 2004.6.25. 처분청에 집단급식소 설치를 신고하였고, 처분청의 집단급식소 관리카드(교부번호: 206(3810000-105-2004-00013) 상의 내부평면도에 의하면 이 사건 부동산 중 건축물에는 객석 180.54㎡, 객실 19.42㎡, 조리장 57.72㎡로 구획되어 있어 조리를 위한 공간으로 57.72㎡가 배치되어 있으며, 처분청 담당공무원(지방세무주사 정○○외 2인)의 출장복명서와 이 사건 심사청구의 불복이유에서 총회직원 및 방문자에게 무료식사를 제공하는 급식소로 사용하고 있음이 확인되고 있는 이상, 비록 청구인이 이 사건 부동산을 총회 직원 등의 교육 및 휴식의 공간으로 병행 사용하였다고 하더라도 이는 주 용도가 종교용이 아닌 집단급식소로 사용하면서, 간헐적으로 교육장 및 휴식공간으로 활용하였다고 보아야 할 것이므로 처분청에서 이 사건 부동산을 종교용 외의 다른 용도로 사용하는 것으로 보아 기 비과세 한 취득세 등을 부과고지한 것은 적법하다고 판단된다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2006. 9. 25. 행 정 자 치 부 장 관