건강보험심사평가원이 취득한 부동산 일부를 업무이외의 용도에 사용하는 경우 감면대상에 해당되지 않은 것으로 보아 취득세를 부과한 처분의 당부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2004.5.25. ○○시 ○○구 ○○동 1586-7번지 토지 3,886.6㎡와 그 지상건축물 18,899.69㎡(지하3층·지상10층, 이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 취득 등기한데 대하여 구 지방세법(2005.1.5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제273조제3항의 규정에 의하여 건강보험심사평가원이 구 국민건강보험법(2005.1.27. 법률 제7347호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제56조제1항제1호에서 규정하고 있는 “요양급여비용의 심사”업무에 직접 사용하기 위하여 취득 등기하는 부동산으로 보아 취득세와 등록세를 면제하였으나, 그 후 세무조사 결과 이 사건 부동산 중 건축물 15,740.99㎡(그 부속토지를 포함하여 이하 “쟁점 부동산”이라 한다)를 “요양급여비용의 심사”업무 이외의 용도에 사용하고 있음을 확인하고 그 해당 부분에 대하여 안분 계산한 취득가액(32,474,864,463원)을 과세표준으로 구 지방세법 제112조제1항 및 같은 법 제131조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 860,453,990원, 농어촌특별세 71,444,690원, 등록세 1,290,681,000원, 지방교육세 238,651,260원, 합계 2,461,230,940원(가산세 포함)을 2006.8.18. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은국민건강보험법에 의하여 설립된 비영리공익법인으로서 공공의 이익을 위한 국민건강보험법상의 고유목적사업을 수행하기 위하여이 사건 부동산을 취득한 후 청구인의 주된 업무인 “요양급여비용의 심사”업무와 동 업무의 지원(관련)부서에서 이를 사용하고 있는바, 국민건강보험법 제56조제2항제1호에서 규정하고 있는 “요양급여비용의 심사”라 함은 요양기관(의료기관 및 약국 등)으로부터 청구된 진료비용이 법령 및 관련고시 등 기준에 적합하게 산정되었는지 여부를 확인하는 일체의 행위를 말하는 것으로, 이를 통하여 요양기관의 적정한 비용청구 질서를 확립하고 보험재정의 부당한 누수를 방지하고 적정하지 아니한 진료로부터 국민의 건강을 보호하는데 있고, 그 제2호에서 규정하고 있는 “요양급여의 적정성 평가”라 함은 요양기관이행한 진료에 대해 청구인이 보유하고 있는 심사자료 및 현장확인 등을통하여 그 진료가 의약학적 측면과 비용·효과적 측면에서 적정하게행하여졌는지를 평가하는 것으로, 단순한 개별 청구건별 비용심사에서더 나아가 가입자의 의료서비스 이용권의 보호측면까지 영역을 확대하여 국민건강의 양적보장은 물론 질적보장까지 기여하는데 있으며,“요양급여비용의 심사”와 “요양급여의 적정성에 대한 평가”는 심사를 통하여 평가대상 선정의견을 제시하고 평가를 통하여 심사의 적정기준을 지속적으로 보완하며 요양기관의 진료행위별 특징을 고려하여 심사에 반영할 수 있으므로, 양자는 전혀 별개의 업무로 이루어짐이 없이 상호 보완·보충적으로 운영됨으로써 그 실효성이 확보될 수 있는 것이라 하겠고, 같은 법 제56조제1항제3호 내지 제7호에서는 심사 및 평가기준의 개발 등 제 업무를 규정하고 있는바, 이는 “요양급여비용의 심사”업무를 수행하기 위한 보조업무일 뿐만 아니라 심사와 관련된 업무로서 이들 업무도 엄밀한 의미에서 “요양급여비용의 심사”업무에 포함되는 것으로 보아야 할 것으로, 이러한 청구인의 법인특성과 주된 업무인 “요양급여비용의 심사”업무의 정의 및 업무범위, 지방세법상 감면취지 등에 비추어 볼 때, 지방세법 제273조제3항에서 감면대상을 국민건강보험법 제56조제1항제1호에서 규정하고 있는 “요양급여비용의 심사”업무로 한정하고 있다고 하여 쟁점 부동산에 대하여 이 사건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 건강보험심사평가원이 취득한 부동산 일부를 “요양급여비용의 심사”업무 이외의 용도에 사용하는 경우 이를 감면대상에 해당되지 아니한 것으로 보아 취득세를 부과한 처분이 적법한지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면, 구 지방세법 제273조제3항 본문에서 국민건강보험법에 의한 국민건강보험공단과 건강보험심사평가원이 동법 제13조제1항제1호 내지 제3호, 제6호 내지 제8호 및 제56조제1항제1호의 규정에 의한 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 그 업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세 및 종합토지세의 100분의 50을 경감한다고 하면서, 그 단서에서 다만, 그 취득일부터 1년 내에 정당한 사유없이 그 업무에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 업무에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있고, 구 국민건강보험법 제56조제1항 본문 및 제1호에서 심사평가원은 요양급여비용의 심사업무를 관장한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 처분청은 요양급여비용의 심사, 요양급여의 적정성에 대한 평가, 심사 및 평가기준의 개발 등을 목적사업으로 하여 2000.6.29. 설립된 청구인이 2005.5.25. 취득한 이 사건 부동산중 쟁점 부동산에 대하여 “요양급여비용의 심사”업무 이외의 용도에 사용하고 있는 것으로 보아 이 사건 취득세 등을 부과한 사실은 제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 법인특성과 주된 업무인 “요양급여비용의 심사”업무의 정의 및 업무범위, 지방세법상 감면취지 등에 비추어 감면대상을 “요양급여비용의 심사”업무로 한정하고 있다고 하여 쟁점 부동산에 대하여 면제한 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다고 주장하므로 이에 관하여 보면, 구 지방세법 제273조제3항, 구 국민건강보험법 제56조제1항제1호에서 국민건강보험법에 의한 건강보험심사평가원이 “요양급여비용의 심사”업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 등을 면제한다고 하면서, 그 취득일부터 1년 내에 정당한 사유없이 그 업무에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 업무에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세 등을 추징한다고 규정하고 있는바, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다는 대법원 판례(2002두9537, 2003.1.24)에 비추어 볼 때, 청구인이 취득하는 부동산 중 구 지방세법 제273조제3항의 규정에 의하여 취득세와 등록세가 면제되는 것은 “요양급여비용의 심사”업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 한정되는 것으로 봄이 타당하다 하겠고, “요양급여비용의 심사”업무 이외의 다른 업무에 사용할 목적으로 취득하는 부동산까지도 면제대상으로 규정한 것은 아니라 하겠으므로, 청구인이 심사실로 사용하고 있는 면적을 제외한 나머지 쟁점 부동산에 대하여 처분청이 “요양급여비용의 심사”업무에 직접 사용하고 있지 아니한 것으로 보아 이 사건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2006. 9. 25. 행 정 자 치 부 장 관