부동산을 교환하면서 그 차액을 현금으로 지급하는 경우, 규정에 의한 자산교환에 따라 취득하는 재산의 범위에 해당되는지 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은청구인이 ○○도 ○○시장과 2000.12.28. ○○도 ○○시 소유의 ○○도 ○○시 ○○동 491-1번지 대지 6,231㎡·491-2번지 대지 933㎡·491-15번지 대지 60㎡, ○○동 123-1번지 대지 145㎡ 합계 5필지 7,369㎡ 및 위 지상 건물 8,115.85㎡ 등(가액 6,565,556천원, 이하 “이 사건 부동산”이라 한다)과 청구인 소유의 ○○도 ○○시 ○○동 105-1번지 대지 6,426㎡ 및 92-2번지 1,267㎡ 합계 7,693㎡, 건물 8동 3,546.92㎡ 등(가액 3,532,226천원, 이하 “○○동청사”라 한다)을 교환하기로 하고, 그 차액 3,033,330천원을 현금으로 지급하기로 하는 계약에 따라 지방세법 제266조제2항의 규정에 의하여 취득세 등을 감면하였으나,○○도의 세무조사(2005.4.～2005.7.) 결과 이 사건 부동산의 취득은지방세법 제266조제2항의 감면대상이 아니라 지적에 따라 교환에 의한취득으로 보아조세특례제한법 제119조제1항제11호 및 제120조제1항제10호의 규정에 따라 교환부동산의 차액(3,033,330천원)과 전기설치비(47,412천원)를 합한 3,080,742천원을과세표준으로 하여 취득세 73,937,800원,등록세 109,199,880원, 교육세 20,019,970원, 합계 203,157,650원(가산세 포함)을 2005.12.2. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은조세특례제한법 제119조제1항제11호 및제120조제1항제10호에서 “법인세법 제50조의 규정에 의한 자산교환에 따라 취득하는 재산”에 대하여 등록세 등을 면제토록 하고 있으므로 면제요건 충족여부에 따라 전부면제가 아니면 전부과세가 되어야 하는 것이 이 규정의 취지라 할 것이고,법인세법 제50조 및 법인세법시행규칙 제3조에서는 교환자산의 취득범위를 토지·건축물·선박·차량·기타농업용 시설물 중 내용연수가 적용되는 유형자산을 말한다고 하여 현금은 이에 포함되지 않는다고 규정하고 있어 이 사건 교환에 따라 취득한 재산은 토지와 건축물을 취득한 것으로 현금은 교환과정에서 부수적으로 발생한 자산가치의 차이를 보전하는 수단으로서 지급한 것이지 현금을 취득한 것이 아니므로 과세할 근거가 없다 할 것이고,청구인은 이 사건 부동산에 대한 부과처분의 과세표준액 중 전기설치비47,412천원에 대한 취득세 등에 대하여는 인정하나, 그 나머지부분은2년 이상 당해 사업에 직접 사용하던 사업용 고정자산을 특수관계자외 다른 내국법인이 2년 이상 당해 사업에 사용하던 동일한 종류의사업용 고정자산을 교환하는 경우 교환 취득자산은 면제대상에 해당되는 경우로서법인세법 제50조 규정에 의한 자산교환에 따라 취득하는 재산의 요건을 충족하였으므로이 사건 부동산교환시 현금으로 지급한 차액부분에 대한 과세는 부당하다고 주장하면서 처분청의이 사건취득세 등의 부과처분의 취소를 구하였다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은부동산을 교환하면서 그 차액을 현금으로 지급하는 경우, 현급지급분이 조세특례제한법 제119조제1항제11호 및 제120조제1항제10호의 “법인세법 제50조의 규정에 의한 자산교환에 따라 취득하는 재산”의 범위에 해당되는지 여부에 관한것이라 하겠다. 먼저 관계법령을 보면,조세특례제한법 제119조제1항제11호 및제120조제1항제10호에서 “법인세법 제50조의 규정에 의한 자산교환에 따라취득하는 재산에 관한 등기”에 대하여 등록세 및 취득세를 면제하는 것으로 규정하고있으며, 법인세법 제50조제1항에서 “대통령령이 정하는 사업을 영위하는 내국법인이 2년 이상 당해 사업에 직접 사용하던 고정자산으로서 대통령령이 정하는 자산(이하 이 조에서 "사업용고정자산"이라 한다)을 제52조제1항의 규정에 의한 특수관계자외의 다른 내국법인이 2년이상 당해 사업에 직접 사용하던 동일한 종류의 사업용고정자산(이하 이 조에서 "교환취득자산"이라 한다)과 교환(대통령령이 정하는 다수법인간의 교환을 포함한다)하는 경우 당해 교환취득자산의 가액중 교환으로 발생한 사업용고정자산의 양도차익에 상당하는 금액은 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입할 수 있다.”라고 규정하고 있으며, 법인세법시행령 제86조제2항에서는 법 제50조 제1항에서 대통령령이 정하는 자산을 토지·건축물·조세특례제한법 시행령제3조 제2항의 규정에 의한 자산 기타 재정경제부령이 정하는 자산으로 규정하고, 그 제4항에서 손금에 산입하는 양도차익에 상당하는 금액은 “교환취득자산의 가액”에서 “현금으로 대가의 일부를 지급한 경우 그 금액 및 사업용고정자산의 장부가액”을 차감한 금액으로규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은○○시장과 1997.10.8. 청구인 소유의○○동청사(토지 7,693㎡, 건물 3.546.92㎡ 및 수목 244주)의 가액을 3,532,226천원으로 하는조합재산 매도계약을 체결하였으며, 1997.10.14.○○시소유인 이 사건 부동산(토지 7369㎡, 건물 8115.85㎡, 수목 41주)의 가액을 6,565,556천원으로 하는공유재산(○○청사) 매수계약을 체결하고 2000.12.28.이 사건 부동산취득(잔급지급, 2000.12.29 소유권 이전등기)한 사실을제출된 관련 증빙자료에 의하여 알 수 있다. 다음으로 청구인이 경우를 보면, 청구인은 조세특례제한법 제119조제1항제11호 및제120조제1항제10호의 규정의 취지는 면제요건 충족여부에 따라 전부면제가 아니면 전부과세가 되어야 하는 것이고,이 사건 취득세 등의 과세표준액 중 전기설치비를 제외한 과세표준액 부분은2년 이상 당해 사업에 직접 사용하던 사업용 고정자산을 특수관계자외 다른 내국법인이 2년 이상 당해 사업에 사용하던 동일한 종류의사업용 고정자산을 교환하는 경우로서법인세법 제50조에서 정한 자산교환에 따라 취득하는 재산의 요건을 충족하였으므로 현금지급분에대한 과세는 부당하고,또한, 법인세법 제50조 및 법인세법시행규칙 제3조에서는 교환자산의 취득범위를 토지·건축물·선박·차량·기타농업용 시설물 중 내용연수가 적용되는 유형자산으로 규정하고 있고, 청구인이 취득한 재산은 토지와 건축물로 현금지급은 교환과정에서 부수적으로 발생한 자산가치의 차이를 보전하는 수단으로서 지급한 것이지 현금을 취득한 것이 아니므로 과세할 근거가 없다고 주장하나,일반적으로 교환이라 함은 당사자가 금전이외의 재산권을 서로 이전할 것을 약정함으로서 성립하는 계약(민법 제596조)으로 당사자의 한 쪽이 목적물과 함께 금전(보충금)도 지급할 것을 약정한 때에는 이에 관하여는 매매대금에 관한 규정을 준용하도록 규정(민법 597조)하고 있어 보충금에 대한 부분은 교환으로 보고 있지 아니하며, 조세특례제한법 제119조제1항제11호 및제120조제1항제10호의 규정은“자산교환에 따라취득하는 재산에 관한 등기”에 대하여 등록세 및 취득세를 면제하는 것으로 규정하고 있어 자산의 교환이 아닌 금전의 지급으로 취득하는 재산에 관한 등기는 등록세 등의 면제대상이 되지 않는다 할 것이고, 법인세법 제50조제1항에서 “대통령령이 정하는 사업을 영위하는 내국법인이 2년 이상 사업용고정자산을 제52조제1항의 규정에 의한 특수관계자외의 다른 내국법인이 2년 이상 당해 사업에 직접 사용하던 동일한 종류의 사업용고정자산(이하 이 조에서 "교환취득자산"이라 한다)과 교환(대통령령이 정하는 다수법인간의 교환을 포함한다)하는 경우 당해 교환취득자산의 가액중 교환으로 발생한 사업용고정자산의 양도차익에 상당하는 금액은 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입할 수 있다.”라고 규정하고 있어 조세특례제한법 제119조제1항제11호 및제120조제1항제10호의 “법인세법 제50조의 규정에 의한 자산교환”이라 함은 내국법인이 2년이상 사업용고정자산을 특수관계자외의 다른 내국법인이 2년 이상 당해 사업에 직접 사용하던 동일한 종류의 교환취득자산과 교환하는 경우를 의미한다 할 것인바, 청구인의 경우와 같이○○시장 소유의 이 사건 부동산과 청구인 소유의 ○○동청사를 교환하기로 하고 그 평가차액을 지불하기로 한 경우 평가차액에 의하여 취득하는 부분은 교환에 의하여 자산을 취득하는 경우에 해당되지 않는다 할 것이므로처분청의 이 사건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2006. 9. 25. 행 정 자 치 부 장 관