토지취득가액과 별도로 지급한 비용이 토지취득과 견련된 비용으로 볼 수 있는 지 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 공동주택을 건축하기 위하여 2003.7.8.부터 2004.5.13.까지 ○○시 ○○구 ○○동 871번지외 37필지 296,769㎡(이하 “이 사건 제1토지”라고 한다)와 같은 동 산195-2번지외 20필지 국공유지 50,587㎡(이하 “이 사건 제2토지”라고 한다)를 취득하자 그 취득가액(175,064,678,580원)을 과세표준으로 취득세 등을 신고납부하였으나, 그 후 세무조사결과 이 사건 제1,2토지에 대하여 법인장부상 가액보다 기 신고취득가액이 과소신고된 것을 확인하고, 그 법인장부가액(223,989,741,055원)에서 이미 신고취득가액(175,064,678,580원) 및 제세공과금 등(3,592,773,975원)을 제외한 신고누락금액(45,332,288,500원)을 과세표준으로 지방세법 제112조제1항 등의 세율을 적용하여 산출한 취득세 1,217,443,930원, 농어촌특별세 99,731,030원, 등록세 1,826,165,910원, 지방교육세338,033,800원, 합계 3,481,374,670원(가산세 포함)을 2005.10.17. 부과고지함(※ 위 신고누락금액현황은 교회 보상금 2,100백만원, 이주비 및 불하연고 보상금 10,000백만원, ①농장운영비 186백만원, ②해군3함대 변상금 38,368,499원, 사업손실보전액중○○대출이자 21,884,011,357원 및 ③○○건설차입금승계 2,158백만원, 사업집행금액중 ④○○2,050백만원 및 ⑤설계비용 3,840,124,200원 및 ⑥홍보비 1,582,759,683원 및 ⑦사업성검토비 55백만원 및 변호사비 534,014,067원 및 신탁보수비 4억원으로 되어 있는 데, 2006.4.17.이의신청결정시 위 누락금액중 일부항목(①,②,③,④,⑤,⑥,⑦)을 토지취득과 관련없는 비용으로 보아 취득세 951,294,190원, 농어촌특별세 77,928,470원, 등록세 1,342,344,890원, 지방교육세 248,475,740원, 합계 2,620,043,290원으로 경정함.)

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은첫째,교회건물 이주보상금 21억원과 ○○농장주민이주비 및 국공유지 불하연고에 대한 보상금 100억원(이하 “이 사건 보상금”이라 한다)은 이 사건 제1,2토지의 취득대상이 아닌 물건이나 권리에 관한 취득이라고 하고 있고, 둘째, 청구인이 (주)○○로부터 양수받은 주택건설사업손실보전액 32,158,604,201원 중934,014,067원(프로젝트○○대출이자 21,884,011,357원, 변호사비 534,014,067원, 신탁보수비 4억원, 나머지 금액은 이의신청결정에서 취소됨)은 건설용지계정에 기장되었지만이는 그 성격상 사업시행권 대가로서 영업권의 취득이지 토지 자체의 취득으로 볼 수 없다고 하면서 위 금액들은 향후 공동주택건설사업이 완료시 공사원가에 계상되어야 할 것인데도 처분청에서 이 사건 제1,2토지의 취득가액에 포함한 것은 잘못이 있다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 토지취득가액과 별도로 지급한 지상건물 이전보상비 및 주민이주비, 전사업자의 사업손실보전비 등이 토지취득과 견련된 비용으로 볼 수 있는 지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면, 지방세법 제111조제5항에서 그 제3호의 판결문·법인장부 중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득 등에 대하여는 제2항 단서 및 제3항의 규정에 불구하고 사실상의 취득가격에 의한다고 하고 있고, 같은 법 제130조제3항에서 법 제111조제5항의 규정에 해당하는 경우에는 제2항의 규정에 불구하고 동조동항의 규정에 의한 사실상의 취득가액을 과세표준으로 한다고 하고 있으며, 같은 법 시행령 제82조의2제1항에서 법 제111조제5항제3호에서 "판결문·법인장부중 대통령령이 정하는 것"이라 함은 그 제2호의 법인장부(법인이 작성한 원장·보조장·출납전표·결산서) 등을 말한다고 하고 있고, 같은 법시행령 제82조의3제1항에서 취득세의 과세표준이 되는 취득가격은 과세대상물건의 취득의 시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용[소개수수료, 설계비, 연체료, 할부이자 및 건설자금에 충당한 금액의 이자등 취득에 소요된 직접·간접비용(부가가치세를 제외한다)을 포함하되, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우에는 연체료 및 할부이자를 제외한다]을 말한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 살펴보면, 2002.5.10. ○○농장(공동대표 김○○)과 ○○시 ○○구 ○○동 630-7번지 (주)○○는 이 사건 제1토지에 대하여 지상물권을 포함하여 매매대금 1,600억원으로 하여 부동산 매매계약을 체결하였고, 위 그 계약서에서 (주)○○의 사업포기 각서 등 제출 및 매도인은 인접부지 및 국공유지를 매수인이 매입하는데 협조하여야 하고, 기존 교회는 이 사건 제1토지 인접한 곳에 토지 약 500평과 교회 이주보상비 2,100백만원을 위 매매대금과 별도로 지급하여야 하며, 매도인이 공동주택건설사업을 위하여 용역중에 있는 지구단위계획 확정에 따른 부담비용은 매수인이 부담한다고 하고 있고, 2003.6.30. 청구인과 ○○농장새집행부 공동대표 4인은 이 사건 제1토지 및 같은 동 산204번지외 53필지 116,453㎡ 및 지상 가건물 등, 그리고 시사이드 개발권 및 인근 국공유지 불하매입권에 대한 매매계약을 매매대금 1,600억원에 체결하고 있으며, 그 계약서에서 잔금 1,100억원은 (주)○○와 ○○농장간의 소송합의에 따라 처리하기로 하였고, 매수인(청구인)은 인근 국공유지 불하매입권 및 농장안 교회건물을 51,600백만원에 인수하며, 매도인은 위 국공유지 및 인접부지를 매입 또는 불하받아 토지원가로 소유권이전하기로 하였고, 매도인과 한국토지신탁사이에 체결된 부동산처분신탁계약과 종전 매수계약자(○○)과의 매매계약해지로 소유권원상회복 약정하였으며, 2004.3.11. 청구인(양수인)과 종전매매계약자 (주)○○(양도인)는 이 사건 제1,2토지 일대의 공동주택건설사업을 위한 제반사항을 양도양수하는 계약을 양도수대금 47,500백만원에 체결하면서 양수도 대상인 권리의무는 양수인은 양도인이 ○○농장 등에 지급한 금액 111,973백만원(○○농장 1,100억,○○문화재단 1,233백만원,○○농장○○2억,○○농장회원 27명 잔금 5억4천만원)을 지급한 것으로 하고, 사업손실보전액(사업시행권대가) 340억원 및 양도인이 공동주택건설사업과 관련하여 프로젝트 파이낸싱 방식으로 차입한 금액중 미상환원금1,940억원<(주)○○은행 1,240억,○○캐피탈(주) 300억,○○생명보험(주) 400억>을 승계하며, 양도·양수인 및 (주)○○토지신탁 및 ○○농장간의 관리처분신탁부동산에 대한 제반 법률적 관계를 재설정하거나 관련 채권자의 질권설정 등에 대하여 약정하였고, 2004.8.5. 청구인은 관할관청으로부터 이 사건 제1,2토지를 건축부지로 주택법 제16조등에 의한 주택건설사업계획을 승인받았으며, 그 사업규모는 15개동 지상 22～47층 공동주택 3천세대 및 부대복리시설 668,123.7975㎡이고, 2005.6.23. 관할관청의 세무조사시 확인한법인장부 기장내역은 붙임 표2호와 같으며,이 사건 제1,2토지 취득현황은 붙임 표1과 같은 사실을제출된 관계 증빙자료를 통해 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은교회건물 이주보상금 및 주민이주비 등 보상금 및 양수받은 주택건설사업손실보전액 중 일부(대출이자, 변호사비, 신탁보수비)는그 성격상 사업시행권 대가인 영업권으로 토지의 취득과 관련없는 비용이라고 주장하므로 이를 살펴보면, 지방세법 제111조제5항제3호, 같은 법시행령 제82조의2제1항제2호 규정에 의하면, 법인이 작성한 원장·보조장·출납전표·결산서와 같은 법인장부에 의하여 과세대상 물건에 대한 사실상의 취득가격이 입증되는 경우에는 취득자의 신고와 관계없이 그 사실상의 취득가격을 취득세 과세표준으로 정하도록 규정하고 있고, 한편, 사실상의 취득가격의 범위에 관하여 규정하고 있는 지방세법시행령 제82조의3제2항에서 취득가격은 과세대상 물건의 취득의 시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용을 말한다고 규정하고 있는 데, 여기서 말하는 '취득가격'에는 과세대상 물건의 취득 시기 이전에 지급원인이 발생 또는 확정된 것으로서 당해 물건 자체의 가격은 물론 그 이외에 실제로 당해 물건 자체의 가격으로 지급되었다고 볼 수 있거나 그에 준하는 취득절차비용도 간접비용으로서 이에 포함된다 할 것이나, 다만 그것이 과세대상 물건이 아닌 다른 물건이나 권리에 관하여 지급된 것이라면 이는 '취득가격'에 포함되지 아니한다 할 것인바(대법원 1996.1.26. 선고 95누4155 판결 참조), 부동산 등의 개발행위가 완료되기 전에 토지를 승계취득하는 경우, 그 개발행위 준비단계 물론 개발행위 중에 소요된 제반비용이 토지취득시 그 취득가액에 포함되지 않았지만 별도 영업권 등의 명목으로 지급 또는 지급하여야 할 것(매매계약 및 사업 양수도계약시 향후 이행하여야 할 부분)이라면 이는 토지취득과 견련된 비용이 아니라고 하기는 사회통념상 합리성이 없다고 하겠고, 특히, 토지와 건축물은 독립적인 과세객체인데 이 사건 토지 및 사업권을 양수한 시점에는 건축물이 준공되어 있지 않아서 당연히 건축물에 대하여 취득할 물건이 없다고 할 것이므로 법인장부상 계정과목에 관계없이 토지와 견련된 부대비용으로 보아야 할 것(우리 부 유권해석 세정 13407-1143호, 1996.10.7.)으로서, 먼저 교회건물 이주보상금(21억원) 및 주민이주비 등 보상금(100억원)이 토지취득과 견련된 비용인지를 보면, 이 사건 제1,2토지의 경우 특정의 공동목적으로 삶을 영위하고 있는 다수의 주민으로 구성된 농장으로서 청구인이 이를 취득하기 전부터 주택법에 의하여 공동주택을 건설하기 위하여 매도인과 사업시행자는 제반 준비절차를 진행하고 있는 개발행위가 계획된 토지이고, 이러한 개발행위를 실행하려면 사전에 지상에 있는 개발지장물(주거용 건물, 교회 등)의 철거 및 그와 관련 제반 권리보상(이주비, 보상금 등)이 따라야 하는 특성을 가지고 있으며, 실제 과정에서도 2002.5월 매도인 ○○농장과 매수계약자 (주)○○사이에 체결한 매매계약서에서 이 사건 제1토지에 대하여 매매대금이외에 (주)○○의 사업포기 각서 등 제출하도록 하는 내용이나 매수인은 철거교회 건립부지 약 500평을 마련 및 교회 이주보상비 2,100백만원을 별도로 지급하도록 되어 있고, 2003.6월 청구인과 ○○농장새집행부 공동대표 4인이 다시 체결한 매매계약서에서 이 사건 제1토지이외에 같은 동 산204번지외 53필지 116,453㎡ 및 지상 가건물 등, 그리고 시사이드 개발권 및 인근 국공유지 불하매입권을 계약목적물로 하면서 매수인(청구인)은 인근 국공유지 불하매입권 및 농장안 교회건물을 51,600백만원에 인수하도록 되어 있으며, 2004.3월 청구인(양수인)과 종전매매계약자 (주)○○(양도인)는 공동주택건설사업을 위한 제반사항을 양도양수하는 계약을 체결하면서 양수도 대상인 권리의무는 양수인은 양도인이 ○○농장등에 지급한 금액(111,973백만원)을 지급한 것으로 간주하고 있고, 사업손실보전액(340억원) 및 양도인이 프로젝트 파이낸싱 방식으로 차입한 금액중 미상환원금(1,940억원)을 승계하도록 되어 있는 것들을 종합하여 볼 때, 이 사건 보상금은 이 사건 제1,2토지를 취득함에 있어서 회계처리상 건설가계정 등 자산계정에 하지 않고 영업권 등 비용계정으로 하였다하더라도 매매대금에 내재된 금액이 아니라고 하기에는 합리성이 없다고 할 것이고, 다음으로 청구인이 전사업자로부터 양수받은사업손실보전액 중 프로젝트파이낸싱 대출이자(21,884,011,357원) 및 변호사비(534,014,067원) 및 신탁보수비(4억원)에 대하여 보면, 위대출이자비용은 사업권 양도인 (주)○○가 2002.9월부터 2004.1월까지 대출받은 금융기관에 지급한 금융비용으로, 위 변호사 비용은 (주)○○와 ○○농장 간에 이 사건 제1토지와 관련된 소송 등에 따른 비용으로,위 신탁보수비도 (주)○○와 (주)○○토지신탁이 2002.9.10. 체결된 부동산처분 신탁계약서에 의거 이 사건 제1토지와 관련하여 지급된 수수료로 보여 짐으로 이들 비용은 토지취득전에 전사업자가 개발행위 준비단계에서 지급한 비용을 전사업자가 매매계약을 체결한 토지와 함께 청구인에게 넘긴 것이므로 이를 토지취득과 관련없는 금액이라고 하기에는 무리가 있다고 할 것이어서 처분청에서 이 사건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다고 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2006. 9. 25. 행 정 자 치 부 장 관