부동산 수용으로 인한 대체취득에 따른 초과액이 적법하게 산정되었는지 여부(경정)

[주 문] 처분청이 2006.7.26. 청구인으로부터 수납하여 징수결정한 취득세 3,299,430원, 농어촌특별세 329,940원, 등록세 3,299,430원, 지방교육세 658,880원, 합계 7,587,680원을 취득세 3,274,410원, 농어촌특별세 327,440원, 등록세 3,274,410원, 지방교육세 654,880원, 합계 7,531,140원으로 경정한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2006.6.20. ○○시 ○○구 ○○동 645-34번지 토지 100.2㎡ 및 지상 점포·사무소용 건축물 333.64㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 119,000,000원에 취득하여 그 시가표준액(205,571,738원)을 과세표준으로 지방세법 제131조제1항제3호(2)목 등의 세율을 적용하여 산출한 등록세 4,111,430원, 지방교육세 822,280원, 합계 4,933,710원을 같은 날 신고납부하였으나, 그 후 이 사건 부동산의 취득이 지방세법 제109조에 의한 대체취득에 의한 비과세대상에 해당되는 것을 확인하고, 2006.7.12. 이 사건 부동산과 수용부동산의 시가표준액에 의한 초과액(164,971,738원)을 과세표준으로 위 관련 세율을 적용하여 산출한 세액과 기납부한 세액과 차액인 등록세 812,000원, 지방교육세 163,400원, 합계 975,400원을 환부함과 동시에 위 초과액을 과세표준으로 지방세법 제112조제1항 등의 세율을 적용하여 산출한 취득세 3,299,430원, 농어촌특별세 329,940원, 합계 3,629,370원을 부과 고지(신고납부서)하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 도시저소득주민의 주거환경개선을 위한 임시조치법에 의해 소유 부동산이 수용되어 같은 시내에서 가격이 비슷한 이 사건 부동산을 관할관청으로부터 실거래가로 거래계약신고필증을 교부받아 취득하였는데도, 처분청에서 대체취득비과세에 따른 초과액을 이 사건 부동산의 실제취득가액과 수용부동산 보상금액의 차액으로 하지 않고, 양 부동산의 시가표준액의 차액으로 산출한 것은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 부동산 수용으로 인한 대체취득에 따른 초과액이 적법하게 산정되었는지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면, 지방세법 제109조제1항에서 도시개발법 등 관계법령의 규정에 의하여 토지 등을 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자에게 부동산 등이 매수 또는 수용되거나 철거된 자가 계약일 또는 당해 사업인정고시일 이후에 대체취득할 부동산등의 계약을 체결하거나 건축허가를 받고 그 보상금을 마지막으로 받은 날부터 1년이내에 이에 대체할 부동산등을 취득한 때에는 그 취득에 대한 취득세를 부과하지 아니하지만, 새로 취득한 부동산등의 가액의 합계액이 종전의 부동산등의 가액의 합계액을 초과하는 경우에 그 초과액에 대하여는 취득세를 부과하며, 초과액의 산정기준과 방법 등은 대통령령으로 정한다고 하고 있고, 같은 법 제111조제1항에서 취득세의 과세표준은 취득당시의 가액으로 한다고 하고 있으며, 같은 조제2항에서 제1항의 규정에 의한 취득당시의 가액은 취득자가 신고한 가액에 의한다고 하나, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 그 제1호의 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의하여 가격이 공시되는 토지 및 주택에 대하여는 동법에 의하여 공시된 가액 및 그 제2호의 제1호외 건축물과 선박·항공기 그 밖의 과세대상에 대하여는 거래가격, 수입가격, 신축·건조·제조가격 등을 참작하여 정한 기준가격에 종류·구조·용도·경과연수 등 과세대상별 특성을 감안하여 대통령령이 정하는 기준에 따라 지방자치단체의 장이 결정한 가액에 정하는 시가표준액에 미달하는 때에는 그 시가표준액에 의한다고 하고 있고, 같은 조제5항에서 공인중개사의 업무 및 부동산 거래신고에 관한 법률 제27조의 규정에 의한 신고서를 제출하여 동법 제28조의 규정에 의하여 검증이 이루어진 취득 등에 대하여는 제2항 단서 및 제3항의 규정에 불구하고 사실상의 취득가격에 의한다고 하고 있으며, 같은 법 시행령 제79조의3제1항에서 법 제109조제1항 단서의 규정에 의한 초과액의 산정기준과 방법은 그 제1호에서 부동산등의 대체취득이 법 제111조제5항 각호의 규정에 의한 취득에 해당하는 경우에는 대체취득한 부동산등의 사실상의 취득가격에서 매수·수용·철거된 부동산등의 보상금액을 감한 금액을 그 초과액으로 한다고 하고 있고, 그 제2호에서 부동산등의 대체취득이 법 제111조제5항 각호의 규정에 의한 취득외의 취득에 해당하는 경우에는 대체취득한 부동산등의 시가표준액(법 제111조제2항 각호의 규정에 의한 시가표준액을 말한다.)에서 매수·수용·철거된 부동산등의 매수·수용·철거 당시의 시가표준액을 감한 금액을 그 초과액으로 한다고 하고 있으며, 공인중개사의 업무 및 부동산거래신고에 관한 법률 제27조제1항에서 거래당사자(매수인 및 매도인을 말한다.)는 토지 또는 건축물의 매매에 관한 거래계약서를 작성한 때에는 부동산의 실제 거래가격 등 대통령령이 정하는 사항을 거래계약의 체결일부터 30일 이내에 당해 토지 또는 건축물 소재지의 관할 시장·군수 또는 구청장에게 공동으로 신고하여야 한다고 하고, 그 제4항에서 중개업자 또는 거래당사자가 제3항의 규정에 의한 신고필증을 교부받은 때에는 매수인은 부동산등기 특별조치법 제3조제1항의 규정에 의한 검인을 받은 것으로 본다고 하고 있으며, 같은 법률 제28조제2항에서 시장·군수 또는 구청장은 제27조의 규정에 의한 신고를 받은 때에는 제1항의 규정에 의한 부동산거래가격 검증체계에 의하여 그 적정성을 검증하여야 한다고 하고 있고, 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률 제2조에서 이 법에서 사용하는 용어의 정의를 토지 주택 공동주택 단독주택 및 표준지공시지가 등에 대하여 규정하고 있으며, 같은 법률 제3조제1항에서 건설교통부장관은 토지이용상황이나 주변환경 그 밖의 자연적·사회적 조건이 일반적으로 유사하다고 인정되는 일단의 토지 중에서 선정한 표준지에 대하여 매년 공시기준일 현재의 적정가격을 조사·평가하고, 제19조의 규정에 의한 중앙부동산평가위원회의 심의를 거쳐 이를 공시하여야 한다고 하고 있고, 같은 법률 제16조제1항에서 건설교통부장관은 용도지역, 건물구조 등이 일반적으로 유사하다고 인정되는 일단의 단독주택 중에서 선정한 표준주택에 대하여 매년 공시기준일 현재의 적정가격(이하 "표준주택가격"이라 한다)을 조사·평가하며, 제19조의 규정에 의한 중앙부동산평가위원회의 심의를 거쳐 이를 공시하여야 한다고 하고 있고, 같은 법률 제17조제1항에서 건설교통부장관은 공동주택에 대하여 매년 공시기준일 현재의 적정가격을 조사·산정하고, 제19조의 규정에 의한 중앙부동산평가위원회의 심의를 거쳐 이를 공시하여야 한다고 하고 있으며, 같은 법률 제18조제1항에서 제16조의 규정에 의한 표준주택 가격은 국가·지방자치단체 등의 기관이 그 업무와 관련하여 개별주택가격을 산정하는 경우에 그 기준이 된다고 하고 있으며, 그 제2항에서 제16조 및 제17조의 규정에 의한 개별주택 및 공동주택의 가격은 주택시장의 가격정보를 제공하고, 국가·지방자치단체 등의 기관이 과세 등의 업무와 관련하여 주택의 가격을 산정하는 경우에 그 기준으로 활용될 수 있다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 살펴보면, 2004.12.15. ○○시는 ○○시 ○○구 ○○동 394-2번지일원을 사업구역으로 도시저소득주민의 주거환경개선을 위한 임시조치법에 의한 ○○주거환경개선사업인가 고시하였고(고시번호 제2004-120호), 2006.6.20. 관할관청은 청구인에게 관련 법령에 따라 이 사건 부동산에 대한 부동산거래계약신고필증을 교부하였으며, 위 신고필증에서 이 사건 부동산 중 건축물의 종류를 기타판매 및 영업시설로, 잔금지급일은 2006.6.20.로, 계약금액은 119백만원으로 기재되었고, 2006.7.12. 대한○○공사 ○○지역본부장은 이 사건 부동산의 대체취득에 대한 토지수용(협의매수)확인서를 지방세감면용으로 발급하면서 그 확인서에서 청구인은 수용부동산에 대한 보상금 106,881,220원을 2006.7.6. 수령한 사실을 기재되었으며, 한편 수용 부동산 현황은 같은 구 ○○동 394-2번지 대지 149㎡ 및 지상 주택용 건축물 75.59㎡로, 용도지역은 일반주거지역으로, 건폐·용적율은 약 50%로, 2006.1.1.현재 개별 주택 공시가격은 40,600,000원으로 되어 있고, 이 사건 부동산 현황은 같은 구 ○○동 645-34번지 토지 100.2㎡ 및 지상 점포·사무소용 건축물 333.67㎡로, 용도지역은 준주거지역으로, 용적율은 267%로 되어 있으며, 그 시가표준액 산출내역은 토지(84,869,400원)는 ㎡당 개별공시지가 847,000원으로 하여 계산하였고, 건축물(120,702,338원)은 2006년도 건물신축기준액 470,000원 및 구조지수(1.00, 지상3층 0.80) 및 용도지수(1.25) 및 위치지수(1.02) 및 잔가율(0.640, 지상3층 0.460) 및 가감산율(지하1층1.05, 1.00, 지상4층 1.10)을 적용하여 산출한 사실을 제출된 관계 증빙자료를 통해 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 같은 법 제111조제5항제5호의 공인중개사의 업무 및 부동산 거래신고에 관한 법률 제27조의 규정에 의한 신고서를 제출하여 동법 제28조의 규정에 의하여 검증이 이루어진 사실상의 취득인데도 초과액 산정기준을 사실상의 취득가액과 보상금액으로 하지 않고, 시가표준액으로 삼은 것은 부당하다고 주장하여 이를 살펴보면, 지방세법 제109조제1항 및 같은 법시행령 제79조의3제1항에서 도시개발법 등 관계법령의 규정에 의하여 토지 등을 수용되거나 철거된 자가 그 보상금을 마지막으로 받은 날부터 1년이내에 이에 대체할 부동산등을 취득한 때에는 그 취득에 대한 취득세를 부과하지 아니하지만, 새로 취득한 부동산등의 가액의 합계액이 종전의 부동산등의 가액의 합계액을 초과하는 경우에 그 초과액에 대하여는 취득세를 부과하며, 이때, 그 초과액의 산정기준은 부동산등의 대체취득이 같은 법 제111조제5항 각호의 사실상 취득에 해당하는 경우에는 그 사실상의 취득가격에서 보상금액을 감한 금액을, 그 외의 취득에 해당하는 경우에는 대체취득한 부동산등의 시가표준액(법 제111조제2항 각호의 규정에 의한 시가표준액)에서 수용부동산의 시가표준액을 감한 금액을 각각 그 초과액으로 한다고 하고 있는 데, 여기서 사실상 취득중 공인중개사의 업무 및 부동산 거래신고에 관한 법률 제27조의 규정에 의한 신고서를 제출하여 동법 제28조의 규정에 의하여 검증이 이루어진 취득에 해당하는 것은, 공인중개사의 업무 및 부동산거래신고에 관한 법률 제27조 및 같은 법률 제28조, 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률 제2조 및 같은 법률 제18조 등을 종합하여 볼 때, 거래당사자는 부동산 매매거래계약의 체결일부터 30일 이내에 실제거래가액으로 관할관청에게 신고하여야 하고, 관할관청은 그 가액을 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의하여 공시된 부동산의 가액정보를 활용한 부동산거래가격 검증체계에 따라 검증한 다음 신고필증을 교부하도록 되어 있지만 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에서는 공시대상을 토지 및 주택(단독주택·공동주택)만으로 규정되어 있으며, 기타 건축물을 취득할 경우는 실제거래가액을 검증할 수 있는 체계가 마련되어 있지 않기 때문에 별도의 검증체계가 없는 한 사실상 취득으로 볼 수 없다고 보는 것이 합목적성이 있다고 할 것이고, 기타 건축물을 취득할 경우 취득세의 과세표준은 지방세법 제111조에서 취득당시의 가액으로 하나 시가표준액에 미달하는 때에는 그 시가표준액에 의한다고 하고 있어서 이를 따라야 할 것으로서, 이 사건 부동산의 경우, 같은 구 ○○동에 소재한 준주거지역내의 지하1층·지상4층 점포 및 사무소용 건축물로서 보상금을 수령하기 전에 취득하여 대체취득 비과세대상에 해당되고 있고, 이는 주택용 건축물이 아닌 기타 건축물이므로 초과액 산정기준은 수용부동산과의 시가표준액으로 그 차액을 산출하여야 할 것인바, 처분청에서 이 사건 부동산의 과세표준을 부동산거래계약신고필증상 계약금액(119백만원)이 그 시가표준액(205,571,738원)에 미달되어서 시가표준액으로 하였으며, 그 시가표준액은 토지는 ㎡당 개별공시지가 847,000원으로, 건축물은 2006년도 건물신축기준액 470,000원 및 구조지수(1.00, 지상3층 0.80) 및 용도지수(1.25) 및 위치지수 및 잔가율(0.640, 지상3층 0.460) 및 가산율(지하1층1.05, 1.00, 지상4층 1.10)등으로 각각 적용하여 산출하였고, 또한 수용부동산은 같은 구 ○○동에 소재한 일반주거지역내 주택용 건축물로서 그 시가표준액은 2006.1.1. 개별주택 공시가격(40,600,000원)으로 하여 대체취득부동산의 초과액(164,971,738원)을 산출한 것이 관련 자료에서 확인되므로 청구인이 이 사건 취득세 등을 신고납부한 것은 잘못이 없다고 하겠으나, 건축물 시가표준액 산출에 있어 2006년도 적용 지방세시가표준액표의 건물시가표준액 산출체계 가감산특례에서 4층 이하 건물의 지하1층 상가부분은 5%의 감산율을, 지상 1층 상가부분은 10% 가산율을, 지상 2층 상가부분은 5%의 가산율을 적용하도록 규정하고 있는데도 지하 1층은 5%의 가산율을, 지상1,2층은 0%의 가산율을, 지상 4층은 10%의 가산율을 적용한 것과 지상 2,3층의 구조(1.00과 0.80을 각각 착오적용) 및 잔가율(0.640과 0.460을 각각 착오적용) 등의 지수를 바꿔서 적용한 것은 잘못이 있다고 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2006. 9. 25. 행 정 자 치 부 장 관