종교재단이 취득한 토지를 지교회의 주차장으로 사용하는 경우 그 용도에 직접 사용하는 것에 해당하는 지 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 종교법인인 청구인이 2001.12.10. ○○도 ○○시 ○○동 668-60번지 잡종지 802㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)를 취득하므로 구지방세법(2001.12.29. 법률 제6549호로 개정되기 이전의 것) 제107조제1호 및 같은 법 제127조제1항의 규정에 의거 취득세 등을 비과세 하였으나, 이 사건 토지 취득일로부터 3년 이내에 그 용도에 직접 사용하지 아니하므로취득가액 391,235,000원에 지방세법 제112조제1항 및 같은 법 제131조제1항제3호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 9,389,640원, 농어촌특별세860,710원, 등록세 14,084,460원, 지방교육세 2,582,150원, 합계 26,916,960원(가산세 포함)을 2006.6.13. 부과고지 하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 종교법인으로 ○○장로회 총회헌법과 청구인의 정관 및 법인 등기부등본, 청구외 ○○교회 규약 등에서 지교회의 부동산은 노회유지재단에 편입 보존한다고 규정하고 있으므로 청구인은 산하 교회의 재산을 관리하고 있음이 명백하여 청구인과 청구외 ○○교회는 별개의 법인이라고 할 수 없으며, 지방세감면신청서에 첨부한 회의록에서도 이사건 토지의 취득목적을○○도○○시○○동 664-113번지에 소재하고 있는 청구외 ○○교회의 주차장 용도로 사용하고자 함이 나타나고 있고, 현재 교인 및 시민들이 무료 주차장으로 사용하고 있을 뿐만 아니라 주차장법에서 규정한 부설주차장의 조건에도 부합하므로 이 사건 토지는 교회의 부설주차장으로 사용되고 있는 것이 확인되는 만큼 종교목적에 사용하고 있는 것으로 보아 기 부과고지한 취득세 등은 취소되어야 한다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 종교재단이 취득한 토지를 지교회의 주차장으로 사용하는 경우 그 용도에 직접 사용하는 것에 해당하는 지 여부에있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면, 지방세법 제107조에서 다음 각호의 1에 해당하는 것(122조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니하되 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 취득세를 부과한다고 규정하고그 제1호에서 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득을 규정하고 있고, 같은 법 제127조제1항에서 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니하되 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기·등록일부터 1년(제1호의 경우는 3년)이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여 등록세를 부과한다고 규정하고 그 제1호에서 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기라고 규정하고 있으며,주차장법 제19조제1항에서 국토의계획및이용에관한법률의 규정에 의한 도시지역·제2종지구단위계획구역 및 지방자치단체의 조례가 정하는 관리지역 안에서 건축물·골프연습장 기타 주차수요를 유발하는 시설(이하 "시설물"이라 한다)을 건축 또는 설치하고자 하는 자는 당해 시설물의 내부 또는 그 부지 안에 부설주차장(화물의 하역 기타 사업수행을 위한 주차장을 포함한다. 이하 같다)을 설치하여야 한다고 규정하고, 같은 조 제4항에서제1항의 경우에 부설주차장이 대통령령이 정하는 규모 이하인 때에는 동항의 규정에 불구하고 시설물의 부지인근에 단독 또는 공동으로 부설주차장을 설치할 수 있으며, 이 경우 시설물의 부지인근의 범위는 대통령령이 정하는 범위 안에서 지방자치단체의 조례로 정한다고 규정하고 있고,○○시주차장설치및관리조례 제13조제1항에서 법 제19조제4항의 규정에 의한 시설물 인근 범위는 다음과 같다고 하고 그 제1호에서당해 부지 경계선으로부터 부설주차장의 경계선까지의 직선거리 300미터 이내 또는 도보 600미터 이내로 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면 2001.12.10. 이 사건 토지 802㎡를 취득하여 취득세 등을 비과세 받았으나, 청구인의 고유목적에 직접사용하지 아니하고 있으므로 2006.6.13. 이 사건 취득세 등을 부과고지한 사실은 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 ○○장로회 총회헌법 및 청구외 ○○교회 규약 등에서 청구인소속 교회의 재산은 청구인의 재산으로 본다고 규정하고 있으므로 청구인과 청구외 ○○교회는 별개의 법인이라고 할 수 없으며, 지방세감면신청서에 첨부한 회의록에서도 이 사건 토지의 취득목적이 청구외 ○○교회의 주차장 용도로 사용하고자 하였음이 나타나고 있고, 현재 이 사건 토지를 교인 및 시민들의 무료 주차장으로 사용되고 있을 뿐만 아니라 주차장법에서 규정한 부설주차장의 조건에도 부합하므로 이 사건 토지를 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 것으로 보아 부과고지한 취득세 등은 취소되어야 한다고 주장하고 있으나, 지방세법 제107조제1호, 같은 법 제127조제1항제1호 및 같은법시행령 제79조제1항제1호에서 종교단체가 그 사업에 사용하기 위하여 취득·등기하는 부동산에 대하여는 취득세 및 등록세를 비과세하지만 취득일로부터 3년이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 그 해당부분에 대하여는 취득세와 등록세를 부과한다고 규정하고 있는 바, 동 규정에서 “그 사업에 사용”한다고 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용용도가 비영리사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고 “그 사업에 사용”의 범위는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 할 것(대법원 2004다58901, 2005.12.23.판결)이므로청구인과 청구외○○교회의 관계는 청구인의 법인 등기부등본과 정관, ○○교회의 규약에서 청구인이 청구외 ○○교회의 필요자산을 공급하고 기존 부동산을 편입·보존한다고 규정하고 있어 ○○교회가 청구인의 지교회임을 알 수 있고, 이 사건 토지와 청구외○○교회는 직선거리로 약 65m가량 떨어진 거리에 위치하고 있음이 확인되고 있으나, 건축물관리대장에 의하면청구외○○교회는 2003.4.8. 취득한○○도○○시○○동 664-113번지의 건축물을 2004.3.29. 문화집회시설 용도로 477.23㎡를 증축(○○교회 2003-증축허가-26호)하면서 옥외주차장으로 69㎡(6대)를 확보한 반면, 이 사건 토지에 대하여는 부설주차장으로 사용하기 위한 별도의 어떠한 절차도 이행하지 아니하였고, 처분청 담당공무원(지방세무서기 이○○외 1인)의 출장복명서와 관련사진 자료에서도 이 사건 토지는 바닥이 평탄치 못하고 주차선이 설치되어 있지 않는 등 주차편의를 위한 최소한의 시설물조차 없고, 전체 토지의 2/3가량이 잡초로 우거져 있어 인부 3명이 제초작업을 하고 있었다고 복명하고 있으므로 평소 차량을 주차한다고 보기 어렵다 할 것인 바, 이 사건 토지는 나대지 상태로 방치되던 중 청구외 ○○교회와 지역주민들이 그 일부를임시주차장으로 사용한 것에 불과하고 주차장법에 의한 부설주차장에는 해당되지 아니한다고 할 것이므로 처분청에서 청구인이 이 사건 토지를 취득하여 3년 이내에 그 용도에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 취득세 등을 부과한 처분은 적법하다고 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2006. 8. 28. 행 정 자 치 부 장 관