종교단체가 취득한 부동산 일부를 의료시설용으로 사용토록 한 경우 종교용에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 비과세한 취득세 등을 추징한 처분이 당부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2004.2.25. ○○시 ○○구 ○○동 362-3번지 토지 2,166.2㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)를 청구인의 대표자인 청구외 박○○으로부터 증여 취득하고, 그 후 2004.11.4. 그 지상에 건축물 8,171.81㎡(지1층·지상7층, 이하 “이 사건 건축물”이라 하고, 토지를 포함하여 이하 “이 사건 부동산”이라 한다)을 신축 취득한데 대하여 구 지방세법(2005.1.5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제107조제1호 및 같은 법 제127조제1항제1호의 규정에 의하여 종교단체가 종교용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 보아 각각 취득세와 등록세를 비과세하였으나, 그 후 청구인이 2005.9.2. 이 사건 건축물의 용도를 변경한 다음 그 일부(지상1층～3층, 연면적 3,270.75㎡, 부속토지를 포함하여 이하 “쟁점 부동산”이라 한다)를 청구외 사회복지법인 ○○에게 임대하여 의료시설용으로 사용토록 하고 있으므로, 이를 종교용에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 그 안분한 가액(3,328,728,076원)을 과세표준으로 구 지방세법 제112조제1항 및 같은 법 제131조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 67,653,040원 농어촌특별세 7,323,180원 등록세 27,061,200원, 지방교육세5,412,220원, 합계 107,449,640원(가산세 포함)을 2005.12.10. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은종교단체로서 이 사건 부동산을 취득하고 지방세법의 규정에의하여 취득세 등을 감면받은 다음 청구인의 정관에 명시된 의료선교를 위하여 쟁점 부동산을 의료시설용으로 사용하고 있는바, 지방세법제107조, 같은법시행령 제78조의2에서 사회복지사업법에 의하여 설립된사회복지법인이 경영하는 의료업에 대하여는 취득세와 등록세를 비과세하도록 규정하고 있고, 이러한 규정의 입법취지가 종교용도와 사회복지법인의 의료용도는 공익성이 크므로 그 용도에 사용하는 부동산에 대하여 취득세와 등록세를 면제하고자 하는데 있다 하겠으므로, 이러한 입법취지에 비추어 종교 및 제사의 용도로 취득한 부동산의 일부를 사회복지법인의 의료용도로 사용하는 것과 사회복지법인의 의료용도로 취득한 부동산의 일부를 종교 및 제사의 용도로 사용하는 것에 대하여 지방세법 제107조, 같은법시행령 제78조의2 규정에 따라 취득세 등이 면제되어야 하므로 이 사건 취득세 등의 부과처분은 취소되어야 한다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 종교단체가 종교용으로 사용하기 위하여 취득한 부동산 일부를 사회복지법인에 임대하여 의료시설용으로 사용토록 한 경우 종교용에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 비과세한 취득세 등을 추징한 처분이 적법한지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면, 구 지방세법 제107조제1호에서 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니하되, 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다고 규정하고 있고, 같은 법 제127조제1항제1호에서 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니하되, 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기·등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 등록세를 부과한다고 규정하고 있으며, 구 지방세법시행령(2005.1.5. 대통령령 제18669호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제78조의2제1항에서 법 제107조 본문 단서에서 “대통령령이 정하는 수익사업”이라 함은 법인세법 제3조제2항의 규정에 의한 수익사업을 말한다고 하면서, 그 제2항 본문 및 제2호에서 제1항의 규정에 불구하고 사회복지사업법에 의하여 설립된 사회복지법인이 경영하는 의료업은 수익사업으로 보지 아니한다고 규정하고 있고, 같은법시행령 제79조제1항 본문에서 법 제107조제1호에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 다음 각호의 자를 말한다고 하면서, 그 제1호 및 제3호에서 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체, 사회복지사업법의 규정에 의하여 설립된 사회복지법인을 규정하고 있으며, 같은법시행령 제94조제1호에서 법 제127조제1항제1호 본문에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 제79조의 규정에 의한 비영리사업자를 말한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 2004.2.25. 이 사건 토지를 청구인의 대표인 청구외 박○○으로부터 증여 취득한 후 2004.11.4. 그 지상에 지1층·지상7층 규모의 건축물 8,171.81㎡를 신축 취득한 다음 처분청에 취득신고를 하면서 지방세감면신청서와 함께 지상1층은 교인들의 식당, 지상2층·3층은 교육관, 지상4층은 소예배실 및 각 부서실, 지상5층은 교회 사무실, 지상6층·7층은 대예배실(본당)로 사용하겠다는 사용확인서를 제출하였으나, 그 후 2005.9.2. 청구인은 이 사건 건축물의 용도를 변경한 다음 그 일부인 쟁점 부동산을 청구외 사회복지법인 ○○(대표이사 이○○)에게 임대하여 의료시설용으로 사용토록 하고 있는 사실은 제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 지방세법령에서 사회복지법인이 경영하는 의료업에 대하여 취득세 등을 비과세토록 규정하고 있는바, 이는 종교용도와 사회복지법이의 의료용도는 공익성이 크므로 그 용도에 사용하는 부동산에 대하여 취득세 등을 면제하고자 하는데 그 취지가 있으므로, 종교용 부동산 일부를 사회복지법인의 의료용으로 사용하는 것과 사회복지법인의 의료용 부동산 일부를 종교용으로 사용하는 것에 대하여도 이러한 취지에 비추어 면제하여야 한다고 주장하므로 이에 관하여 보면, 구 지방세법 제107조제1호 및 같은 법 제127조제1항제1호에서 종교를 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하기 위하여 취득·등기하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 비과세한다고 하면서, 그 취득·등기일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세와 등록세를 부과한다고 규정하고 있으므로, 위 규정에 의하여 취득세와 등록세를 비과세받기 위하여는 부동산 취득자가 종교를 목적으로 하는 비영리사업자이어야 하고, 이러한 취득세와 등록세의 비과세가 계속 유지되기 위해서는 당해 비영리사업자가 취득·등기한 부동산을 그 취득·등기일부터 3년 이내에 그 사업에 직접 사용하되 그 사용일부터 2년 이상 사용하여야 한다는 요건을 충족하여야 하겠고, 위 규정에서 비영리사업자가 “그 사업에 사용”한다고 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용용도가 비영리사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하며, “그 사업에 사용”의 범위는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단되어야 하겠으므로(대법원 판결 2001두878, 2002.10.11), 종교단체가 취득하는 부동산이라 하더라도 취득세 등의 비과세 대상이 되는 것은 예배 등 종교활동에 직접 사용하는 부분에 한하는 것이라 할 것인바, 청구인의 경우 처분청 과세내역 및 2005.10.14. 청구인이 제출한 건물사용 현황에 의하여 지상1층 중 청구인이 사용하는 식당(교인용), 로비(엘리베이터 앞), 커피숍(무료)을 제외한 나머지 부분과 지상2층 및 지상3층 전부를 청구외 사회복지법인 ○○에 임대하여 의료시설(병원)용으로 사용하고 있는 사실이 확인되고 있음을 볼 때, 청구인이 쟁점 부동산을 예배 등 종교활동에 직접 사용하고 있는 것으로 인정할 수는 없어 구 지방세법 제107조 본문 단서 및 같은 법 제127조제1항 본문 단서에서 정하고 있는 추징요건이 성립되었다 하겠고, 종교단체가 취득한 부동산 일부를 비영리사업자에 해당하는 사회복지법인이 임차하여 당해 법인의 사업에 사용하고 있다고 하여 이를 종교단체가 종교용에 직접 사용하고 있다고 볼 수도 없는 이상, 종교용으로 취득한 부동산 일부를 사회복지법인의 의료용도로 사용하는 것과 사회복지법인의 의료용도로 취득한 부동산 일부를 종교용으로 사용하는 것에 대하여 동일하게 취득세 등을 비과세하여야 한다는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다 하겠으므로, 처분청이 쟁점 부동산에 대하여 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2006. 8. 28. 행 정 자 치 부 장 관