토지의 매매가액과 법인장부상 가액이 상이한 경우 후자를 과세표준으로 삼아 취득세 등을 부과한 처분의 당부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2004.10.25. 당시 청구인의 대표이사인 청구외 김○○과 ○○도 ○○군 ○○면 ○○리 산860-3번지 임야 72,893㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)에 대한 부동산매매계약(매매가액 33,750,000원, 일시불 지급)을 체결하고, 같은 날 그 계약서상 매매가액을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등을 신고납부하자 이를 수납하여 징수 결정하였으나, 그 후 법인장부상 이 사건 토지의 가액이 110,440,000원으로 기재되어 있음을 확인하고 그 차액(76,690,000원)을 과세표준으로 구 지방세법(2005.1.5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제112조제1항 및 같은 법 제131조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 1,988,260원, 농어촌특별세 168,710원, 등록세 2,982,390원, 지방교육세 550,460원, 합계 5,689,820원(가산세 포함)을 2005.10.12. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 2004.10.25. 청구외 김○○으로부터 이 사건 토지를 매매계약서상 매매가액인 33,750,000원에 취득하였으나 업무착오로 법인장부상에 그 가액을 110,440,000원으로 기재하였는바, 그 후 이 사건 토지의 취득가액에 대한 회계처리가 실지거래가액보다 과다하게 장부에 계상된 것을 확인하고 관할 세무서에 과다 계상된 부분에 대하여 수정신고를 하고 그에 따른 세액을 납부하였을 뿐만 아니라 인근 토지의 시세가 이 사건 토지의 장부상 가액에 훨씬 미달하는 것으로 볼 때 장부상 가액이 사실상 취득가액이 아니라 할 것임에도, 이러한 가액을 취득가액으로 보아 그 차액에 대한 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 토지 취득에 따른 검인계약서상 매매가액과 법인장부상 가액이 상이한 경우 후자를 과세표준으로 삼아 취득세 등을 부과한 처분이 적법한지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면, 구 지방세법 제111조제5항 본문 및 제3호에서 판결문·법인장부중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득(증여·기부 기타 무상취득을 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항의 규정에 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액에 의한다고 규정하고 있고, 같은 법 제130조제3항 본문에서 제111조제5항의 규정에 해당하는 경우에는 제2항의 규정에 불구하고 동조 동항의 규정에 의한 사실상 취득가액을 과세표준으로 한다고 규정하고 있으며, 구 지방세법시행령(2005.1.5. 대통령령 제18669호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제82조의2제1항 본문 및 제2호에서 법 제111조제5항제3호에서 “법인장부중 대통령령이 정하는 것”이라 함은 법인이 작성한 원장·보조장·출납전표·결산서를 말한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 2004.10.25. 당시 청구인의 대표이사인 청구외 김○○ 소유의 이 사건 토지를 취득하기 위하여 매매가액은 33,750,000원으로 하되 일시불로 지급하기로 하는 내용의 매매계약을 체결한 후 그 다음 날인 2004.10.26. 처분청으로부터 검인을 받아 취득신고를 한 사실과 청구인은 2004.10.26. 법인장부상 토지계정에 이 사건 토지의 취득가액을 111,182,500원(취득세 742,500원 포함)으로 하여 기장하였다가 처분청이 2005.10.12. 장부상 가액과 당초 신고가액과의 차액에 대하여 취득세 등을 부과 고지하자 2005.10.20. 가지급금 인정이자분에 대하여 법인세 수정신고를 하고 2005년도 결산서(대차대조표)상 토지가액 또한 34,492,500원(취득세 742,500원 포함)으로 수정한 사실은 제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 신고가액과 장부상 가액이 상이한 사실을 확인하고 이를 수정하였음에도 장부상 가액을 취득가액으로 보아 그 차액에 대하여 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다고 주장하므로 이에 관하여 보면, 구 지방세법 제111조제5항제3호 및 같은 법 제130조제3항, 같은법시행령 제82조의2제1항제2호에서 법인장부에 의하여 취득가격이 입증되는 취득에 대하여는 사실상의 취득가격에 의한다고 규정하고 있는바, 여기서 법인의 장부가액을 사실상의 취득가액으로 보고 이를 과세표준으로 한 취지는 객관화된 조직체로서 거래가액을 조작할 염려가 적은 법인의 장부가액은 특별히 취득가액을 조작하였다고 인정되지 않는 한 원칙적으로 실제의 취득가격에 부합하는 것으로 볼 수 있는 신빙성이 있음을 전제로 하는 것이므로 법인의 장부가액이 사실상의 취득가격에 부합되는지 여부에 관계없이 무조건 법인의 장부가액을 취득세와 등록세의 과세표준으로 하여야 하는 것은 아니라 할 것이나, 청구인의 경우 당시 청구인의 대표이사인 청구외 김○○ 소유의 이 사건 토지를 취득하면서 법인장부상 그 취득가액을 110,440,000원으로 기장하였고, 현금출납장에도 이와 동일한 금액에 대한 출금기록이 있을 뿐만 아니라 2004회계년도 결산서상 토지계정에도 같은 금액이 기장되어 있는 반면, 청구인은 2005.10.12. 처분청이 당초 신고한 가액과 법인장부상 가액과의 차액분에 대하여 취득세 등을 부과 고지한 후인 2005.10.20. 가지급금 인정이자분에 대하여 법인세 수정신고를 하면서 이 사건 토지의 장부상 가액을 수정한 사실로 미루어 볼 때, 청구인이 제출한 법인세 수정신고서, 수정 전·후 대차대조표 등을 당초 이 사건 토지의 법인장부상 가액이 잘못이라고 인정할 만한 신뢰할 수 있는 객관적인 자료라고 보기는 어렵다 하겠으므로, 처분청이 당초 이 사건 토지의 장부상 가액을 사실상 취득가액으로 보아 그 차액에 대하여 취득세 등을 부과한 것은 잘못이 없다 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2006. 8. 28. 행 정 자 치 부 장 관