건축물을 구매사업의 부수시설인 공산품 창고로 사용하고 있는 경우 이를 고유업무에 직접 사용하고 있는 것으로 볼 수 있는지 여부(경정)

[주 문] 처분청이 2006.5.8. 청구인에게 부과 고지한 취득세 3,117,040원, 농어촌특별세 285,720원, 등록세 1,246,810원, 지방교육세 277,830원, 재산세 246,250원,합계 5,173,650원(가산세 포함)을 취득세 2,467,940원, 농어촌특별세 226,220원, 등록세 987,160원, 지방교육세 230,220원, 재산세 246,250원, 합계 4,157,790원(가산세 포함)으로 경정한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2003.11.13. ○○도 ○○시 ○○동 586-6번지상에 창고용 건축물 492.5㎡(이하 “이 사건 건축물”이라 한다)를 증축 취득한데 대하여 구 지방세법(2003.12.30. 법률 제7013호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제266조제5항의 규정에 의하여 ○○협동조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 보아 취득세와 등록세를 면제하고, 2004년도와 2005년도 과세기준일(6.1) 현재 고유업무에 직접 사용하는 부동산으로 보아 재산세도 면제하였으나, 그 후 세무조사 결과 이 사건 건축물 일부(면적 464.42㎡, 이하 “쟁점 건축물”이라 한다)를 공산품 창고로 사용하고 있으므로, 이를 고유업무에 직접 사용하고 있지 아니한 것으로 보아 그 안분한 가액(129,877,293원)을 과세표준으로 구 지방세법 제112조제1항 및 같은 법 제131조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 3,117,040원, 농어촌특별세 285,720원, 등록세 1,246,810원, 지방교육세 228,580원, 합계 4,878,150원(가산세 포함)과 각 연도별 재산세 과세기준일(6.1) 현재 고유업무에 직접 사용하고 있지 아니한 것으로 보아 2004년도(과세표준액 40,868,960원) 및 2005년도분(과세표준액 49,460,730원) 재산세 246,250원, 지방교육세 49,250원, 합계 295,500원을 2006.5.8. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 구 지방세법 제266조제5항에서 규정하고 있는 고유업무라 함은 법령에서 개별적으로 규정하고 있는 업무와 법인등기부등본에 목적사업으로 정하여진 업무를 말하는 것이므로, ○○조합의 고유업무에 관하여는 ○○조합법 제57조에서 규정하고 있는 사업에 관한 규정을 기준으로 판단하여야 하고, ○○조합법 제57조제1항제2호 가목 및 나목에서 ○○조합은 그 목적을 달성하기 위하여 경제사업으로서 조합원의 사업과 생활에 필요한 물자의 구입·제조·가공·공급등의 사업과 조합원이 생산하는 농산물의 제조·가공·판매·수출 등의 사업의 전부 또는 일부를 행한다고 규정하고 있는바, 청구인이 쟁점 건축물을 공산품 창고로 이용하고 있는 것은 ○○협동조합법 제57조제2항제2호 가목에서 규정하고 있는 구매사업에 해당된다 하겠고, 구매사업의 경우 청구인의 정관 제141조제2항에서 비조합원의 이용량에 대하여 아무런 제한을 두고 있지 아니함에도, 처분청이 구매사업을 이용하는 비조합원 비율이 3분의 1을 초과하고 있지 아니함을 입증할 만한 객관적인 증빙자료가 없다고 하여 쟁점 건축물을 고유업무에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 이 사건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다 하겠고, 설사 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 해당되지 아니한다 하더라도 청구인의 법인장부상 취득가액을 취득세 과세표준으로 하였어야 함에도 시가표준액을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 ○○이 취득한 건축물을 구매사업의 부수시설인 공산품 창고로 사용하고 있는 경우 이를 고유업무에 직접 사용하고 있는 것으로 볼 수 있는지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면, 구 지방세법 제111조제3항 본문에서 건축물을 건축(신축 및 재축을 제외한다) 또는 개수한 경우와 대통령령이 정하는 선박·차량 및 기계장비의 종류변경 또는 토지의 지목을 사실상 변경한 경우에는 그로 인하여 증가한 가액을 각각 과세표준으로 한다고 하면서, 그 제5항 본문 및 제3호에서 판결문·법인장부중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득(증여·기부 기타 무상취득을 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항의 규정에 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액에 의한다고 규정하고 있고, 같은 법 제266조제5항에서 ○○협동조합법에 의하여 설립된 조합, ○○협동조합(어촌계를 포함한다), ○○조합(산림계를 포함한다) 및 ○○생산협동조합(이들 조합의 중앙회를 제외한다)이 고유업무(법령에서 개별적으로 규정하는 업무와 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무를 말한다. 이하 이 장에서 같다)에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(임대용부동산을 제외한다. 이하 이 항에서 같다)에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세 및 종합토지세를 면제하되, 다만, 취득일부터 1년 내에 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있으며, 구 지방세법시행령(2003.12.30. 대통령령 제18194호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제82조의2제1항 본문 및 제2호에서 법 제111조제5항제3호에서 “법인장부중 대통령령이 정하는 것”이라 함은 법인이 작성한 원장·보조장·출납전표·결산서를 말한다고 규정하고 있고, ○○협동조합법 제1조에서 이 법은 농업인의 자주적인 협동조직을 바탕으로 농업인의 경제적·사회적·문화적 지위의 향상과 농업의 경쟁력강화를 통하여 농업인의 삶의 질을 높이고 국민경제의 균형있는 발전에 이바지함을 목적으로 한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제5조제3항에서 조합은 영리 또는 투기를 목적으로 하는 업무를 하여서는 아니된다고 규정하고 있고, 같은 법 제57조제1항에서 ○○조합은 그 목적을 달성하기 위하여 다음 각호의 사업의 전부 또는 일부를 행한다고 하면서, 그 제2호 가목에서 경제사업으로서 조합원의 사업과 생활에 필요한 물자의 구입·제조·가공·공급등의 사업을 규정하고 있으며, 같은 법 제58조제1항에서 ○○조합은 조합원의 이용에 지장이 없는 범위안에서 조합원이 아닌 자에게 그 사업을 이용하게 할 수 있되, 다만 제57조제1항제2호 나목(농업인이 아닌 자의 판매사업을 제외한다)·바목·사목·차목, 제3호 마목, 제5호 가목·나목, 제7호 및 제10호의 사업외의 사업에 대한 비조합원의 이용은 정관이 정하는 바에 따라 이를 제한할 수 있다고 규정하고 있고, 구 ○○협동조합 정관(2005.7.1. 농림부고시 제2005-42호로 개정되기 전의 것, 이하 “구 ○○조합 정관”이라 한다) 제5조제1항제2호 가목에서 조합은 경제사업으로서 조합원의 사업과 생활에 필요한 물자의 구입·제조·가공·공급등의 사업을 행한다고 규정하고 있으며, 구 ○○조합 정관 제62조제1항에서 조합은 조합원의 이용에 지장이 없는 범위안에서 조합원이 아닌 자에게 제5조의 규정에 의한 사업을 이용하게 할 수 있다고 규정하고 있고, 같은 조 제2항에서 1회계연도에 있어서 비조합원(판매사업의 경우는 비농업인)의 사업이용량은 각 사업별로 당해 회계연도 사업량의 3분의 1을 초과할 수 없으나, 다만, 제5조제1항제1호, 제2호나목(농업인의 경우에 한한다)·바목 내지 차목, 제3호다목 내지 바목, 제4호, 제5호, 제7호, 제10호의 사업 및 그에 부대하는 업무에 있어서는 그 이용량을 제한하지 아니한다고 규정하고 있으며, 같은 조 제3항에서 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 조합원과 동일한 세대에 속한 자, 다른 조합 또는 다른 조합의 조합원이 조합의 사업을 이용하는 경우에는 이를 조합원이 이용한 것으로 본다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은2003.11.13. 이 사건 건축물 증축 취득(A동 지상2층 464.42㎡, D동 지상1층 28.08㎡)한 후 그 일부인 쟁점 건축물을 공산품 창고로 사용하고 있는 사실은제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 ○○조합이 취득한 건축물을 공산품 창고로 사용하고 있는 것은 고유업무에 직접 사용하고 있는 것으로 보아야 하고, 설사 그렇지 아니한다 하더라도 건축물 취득에 따른 과세표준은 법인장부상 가액이라 할 것임에도 시가표준액을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다고 주장하므로 이에 관하여 보면, 구 지방세법 제266조제5항에서 ○○협동조합이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세 및 종합토지세를 면제한다고 규정하고 있고, ○○조합법 제57조제1항제2호 가목에서 ○○조합은 그 목적을 달성하기 위하여 조합원의 사업과 생활에 필요한 물자의 구입·제조·가공·공급등의 사업의 전부 또는 일부를 행한다고 규정하고 있으나, 청구인이 운영하는 ○○마트사업 중 조합원의 영농과 생활에 필요한 물자를 조합원(준조합원 포함)에게 공급하는 생필품(공산품) 등의 판매시설은 조합원·비조합원 구분없이 불특정 다수인을 상대로 영업을 하는 판매시설로서 일반인의 이용에 아무런 제한이 없을 뿐만 아니라 일반 판매사업자의 판매시설과 비교하여 차이가 있다고 볼 수도 없는 이상, 농업협동조합법에서 규정한 조합원의 사업과 생활을 위한 판매시설로서 고유업무에 사용하는 부동산이라고 인정하기는 어렵다 하겠고(같은 취지의 행정자치부 심사결정례 제2006-178호, 2006.4.24), ○○조합 정관(2005.7.1. 농림부고시 제2005-42호)에서 비조합원이 구매사업을 이용함에 있어 아무런 제한을 두고 있지 아니하다고 하여 이를 달리 볼 수도 없다 할 것이나, 다만, 구 지방세법 제111조제5항제3호에서 법인장부상 취득가격이 입증되는 취득에 대하여는 사실상의 취득가격에 의한다고 규정하고 있으므로, 쟁점 건축물의 취득세 과세표준은 장부상 입증되는 가액이라 할 것임에도 처분청이 시가표준액을 과세표준으로 하여 산출한 이 사건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이라 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2006. 8. 28. 행 정 자 치 부 장 관