농협이 취득한 토지를 양곡판매장의 부속토지로 사용하는 경우 고유업무에 직접 사용하는 것으로 볼 수 있는지 여부(취소)

[주 문] 처분청이 2006.6.9. 청구인에게 부과 고지한 취득세 4,641,530원, 농어촌특별세 414,380원, 등록세 6,962,300원, 지방교육세 1,279,430원, 합계 13,297,640원(가산세 포함)을 취소한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2004.6.25. ○○광역시 ○○구 ○○동 490-3번지 토지 1,339.5㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)를 취득하고 그 후 2006.3.2. 그 지상에 건축물 1,528.86㎡(이하 “이 사건 건축물”이라 한다)를 신축 취득한데 대하여 지방세법 제266조제5항의 규정에 의하여 ○○협동조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 보아 각각 취득세와 등록세를 면제하였으나, 그 후 확인결과 이 사건 건축물의 일부(면적 159.19㎡)를 양곡판매장으로 사용하면서 양곡 전량을 다른 조합으로부터 매입하고 있어 관련법령 및 정관에서 정한 비조합원의 사업이용량 제한범위를 초과하고 있을 뿐만 아니라 조합원·비조합원 구분없이 불특정다수인에게 판매하고 있으므로, 이를 고유업무에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 양곡판매장으로 사용하는 건축물의 부속토지(면적 139.5㎡, 이하 “쟁점 토지”라 한다)에대하여 그 안분한 가액(188,359,110원)을 과세표준으로 지방세법 제112조제1항 및 같은 법 제131조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 4,641,530원, 농어촌특별세 414,380원, 등록세 6,962,300원, 지방교육세 1,279,430원, 합계 13,297,640원(가산세 포함)을 2006.6.9. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 지방세법 제266조제5항에서 말하는 고유업무라 함은 법령에서 개별적으로 규정하고 있는 업무와 법인등기부등본에 목적사업으로 정하여진 업무를 말하는 것이므로, 농업협동조합의 고유업무에 관하여는 농업협동조합법 제57조에서 규정하고 있는 사업에 관한 규정을 기준으로 판단하여야 할 것으로, 청구인의 “양곡판매사업”은 양곡 수매제 폐지 및 공공비축 제도의 도입에 따라 정부 수매물량의 지속적인 감소가 불가피한 상황에서 청구인이 수확기에 농업인으로부터 직접 벼 매입을 통해 홍수출하로 인한 쌀값하락을 방지함으로써 농가소득을 지지하여 농업인의 생산의욕을 고취시키는데 그 목적이 있고, 이는 청구인이 소비지에서 직접 쌀을 판매함으로써 소비의 지속적인 감소, 농산물 시장개방에 따른 수입 쌀 시판 등으로 공급과징으로 인한 쌀값 하락으로 어려움을 겪고 있는 농업인의 양곡판로를 확대하기 위한 사업이므로 농업협동조합법 제57조제1항제2호 나목에서 규정하고 있는 조합원이 생산하는 농산물의 제조·가공·판매사업에 해당된다 하겠고, 이러한 농산물 판매사업이 청구인의 고유업무에 해당하는지 여부에 대한 판단은 농업협동조합법 제58조제1항 및 지역농협의 정관 제141조제4항에서 조합원과 동일한 세대에 속하는 자, 다른 조합 또는 다른 조합의 조합원이 농협의 사업을 이용하는 경우 그 농협의 조합원이 이용하는 것으로 본다고 규정하고 있으므로, 지역 조합의 조합원 뿐만 아니라 다른 조합과 다른 조합의 조합원 및 준조합원으로부터의 농산물 매입실적을 합한 실적을 기준으로 판단하여야 할 것으로, 청구인의 양곡판매장은 개점일인 2006.3.15. 개점 이래 이 사건 심사청구일(2006.6.16)까지 양곡을 전량 다른 조합으로부터 매입하고 있어 비조합원의 사업이용량 제한규정(연간 2분의 1 이내)을 충족하고 있는 이상, 양곡판매장의 부속토지로 사용되고 있는 쟁점 토지는 농업협동조합법 제57조에서 규정하고 있는 판매사업에 직접 사용되고 있는 토지에 해당된다 하겠으므로 이 사건 취득세 등은 취소되어야 한다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 농협이 취득한 토지를 양곡판매장의 부속토지로 사용하는 경우 이를 고유업무에 직접 사용하는 것으로 볼 수 있는지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면, 지방세법 제266조제5항에서 농업협동조합법에 의하여 설립된 조합, 수산업협동조합(어촌계를 포함한다), 산림조합(산림계를 포함한다) 및 엽연초생산협동조합(이들 조합의 중앙회를 제외한다)이 고유업무(법령에서 개별적으로 규정하는 업무와 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무를 말한다. 이하 이 장에서 같다)에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(임대용부동산을 제외한다. 이하 이 항에서 같다)에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세 및 종합토지세를 면제하되, 다만, 취득일부터 1년 내에 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있고, 농업협동조합법 제1조에서 이 법은 농업인의 자주적인 협동조직을 바탕으로 농업인의 경제적·사회적·문화적 지위의 향상과 농업의 경쟁력강화를 통하여 농업인의 삶의 질을 높이고 국민경제의 균형있는 발전에 이바지함을 목적으로 한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제5조제3항에서 조합은 영리 또는 투기를 목적으로 하는 업무를 하여서는 아니된다고 규정하고 있고, 같은 법 제57조제1항에서 지역농협은 그 목적을 달성하기 위하여 다음 각호의 사업의 전부 또는 일부를 행한다고 하면서, 그 제2호 나목에서 경제사업으로서 조합원이 생산하는 농산물의 제조·가공·판매·수출 등의 사업을 규정하고 있으며, 같은 법 제58조제1항 본문에서 지역농협은 조합원의 이용에 지장이 없는 범위안에서 조합원이 아닌 자에게 그 사업을 이용하게 할 수 있다고 하면서, 그 단서에서 다만, 제57조제1항제2호 나목(농업인이 아닌 자의 판매사업을 제외한다)·바목·사목·차목, 제3호 마목, 제5호 가목·나목, 제7호 및 제10호의 사업외의 사업에 대한 비조합원의 이용은 정관이 정하는 바에 따라 이를 제한할 수 있다고 규정하고 있고, 같은 조 제2항에서 조합원과 동일한 세대에 속하는 자, 다른 조합 또는 다른 조합의 조합원이 지역농협의 사업을 이용하는 경우에는 이를 그 지역농협의 조합원이 이용한 것으로 본다고 규정하고 있으며, ○○협동조합 정관(이하 “지역농협 정관”이라 한다) 제5조제1항제2호 나목에서 조합은 경제사업으로서 조합원이 생산하는 농산물의 제조·가공·판매·수출 등의 사업을 행한다고 규정하고 있고, 지역농협 정관 제141조제1항에서 조합은 조합원의 이용에 지장이 없는 범위안에서 조합원이 아닌 자에게 제5조의 규정에 의한 사업을 이용하게 할 수 있다고 하면서, 그 제2항에서 1회계연도에 있어서 비조합원(판매사업의 경우는 비농업인)의 사업이용량은 각 사업별로 당해 회계연도 사업량의 2분의 1을 초과할 수는 없으나, 다만, 제5조제1항제1호, 제2호가목·나목(농업인의 경우에 한한다)·바목 내지 차목, 제3호다목 내지 바목, 제4호, 제5호, 제7호, 제10호의 사업 및 그에 부대하는 업무에 있어서는 그 이용량을 제한하지 아니한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 이 사건 토지 일부인 쟁점 토지를 양곡판매장의 부속토지로 사용하고 있고, 양곡판매장에서 판매하고 있는 양곡 전량을 다른 조합으로부터 매입하고 있는 사실은 제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 지역농협이 취득한 토지를 양곡판매장의 부속토지로 사용하는 것은 고유업무에 직접 사용하는 것으로 보아야 하므로 면제한 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다고 주장하므로 이에 관하여 보면, 지방세법 제266조제5항에서 농업협동조합이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다고 규정하고 있고, 여기에서 “고유업무에 직접 사용”이라 함은 부동산의 사용용도가 법령 또는 법인등기부상에 규정된 당해 법인의 공익성을 띤 고유의 목적사업 그 자체에 직접 사용되는 경우만을 말한다 하겠으므로, 조합이 부동산을 취득하고 농업협동조합법에서 개별적으로 규정하는 업무와 법인등기부등본에 목적사업으로 정하여진 업무에 직접 사용한다면 취득세 등의 감면대상에 해당된다고 보아야 하겠고, 농업협동조합법 제1조에서 이 법은 농업인의 자주적인 협동조직을 바탕으로 농업인의 경제적·사회적·문화적 지위의 향상과 농업의 경쟁력강화를 통하여 농업인의 삶의 질을 높이고, 국민경제의 균형있는 발전에 이바지함을 목적으로 한다고 규정하여 조합의 설립목적을 규정하고 있고, 같은 법 제5조에서 조합은 영리 또는 투기를 목적으로 하는 업무를 하여서는 아니된다고 규정하여 그 업무범위에 대한 한계를 설정하고 있으나, 같은 법 제57조는 조합의 목적달성을 위한 사업범위를 열거하고 있고, 그중에는 구매사업, 판매사업, 신용사업 등의 수익사업을 할 수 있도록 되어 있는바, 농업협동조합법이 금지하는 “영리 또는 투기를 목적으로 하는 업무”라고 함은 조합 자체의 이윤획득 또는 잉여금 배당목적의 업무를 말하고 이는 구성원인 조합원을 대상으로 하여 조합의 영리목적으로 사업을 해서는 안 되는 것과 조합원과 관계없는 사업경영으로 조합자체의 영리를 도모하는 것을 금지하는 취지라고 해석되고, 농업협동조합법 제58조는 사업을 비조합원에게 이용하게 하는 것도 허용하되, 다만 일정사업에 대하여는 정관으로 비조합원의 이용을 제한할 수 있도록 규정하고 있는 것뿐이므로, 어느 사업에 대하여 비조합원이 조합원과 다름없이 이를 이용하는 것이 허용되어 있다고 하더라도 농업협동조합법규와 정관에 합치되는 한 이를 영리목적을 위한 사업이라고 단정할 수는 없다(대법원 판결 92누10630, 1993.5.14) 하겠으므로, 비조합원의 사업이용량이 제한된 범위 이내일 경우에 한하여 고유업무에 해당된다 할 것인바, 청구인이 영위하는 사업 중 조합원이 생산한 농축산물을 소비자에게 직접 판매하는 양곡판매장은 농업협동조합법에서 정하고 있는 판매사업에 해당된다고 보아야 하겠고, 그렇다면 비조합원의 사업이용량이 농업협동조합법 및 지역조합 정관에서 정한 제한된 범위 이내일 경우에는 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 해당된다고 보아야 할 것이며, 또한, 농업협동조합법 제57조제2항 및 지역농협 정관에서 다른 조합이 지역농협의 사업을 이용하는 경우에는 이를 지역농협의 조합원이 이를 이용한 것으로 본다고 규정하고 있는바, 이는 지역농협의 사업구역, 농업인의 조합원 가입 조합 등이 농업협동조합법상 지역적으로 제한되어 있어 이를 완화함으로써 농산물의 판로확대와 유통활성화를 도모코자 하는데 그 취지가 있다고 봄이 타당하다 하겠고, 그렇다면 조합원의 사업이용량을 산정함에 있어 다른 조합으로부터의 농축산물 매입실적은 이에 포함된다고 보아야 할 것(다만, 다른 조합의 조합원 및 준조합원, 조합원이 아닌 농민, 준조합원 등으로부터의 매입실적까지 포함하는 것은 다소 무리가 있다 하겠음)이며, 또한 종전 행정자치부 심사결정례(제2003-246호, 2003.11.4. ; 제2006-121호, 2006.3.27)에서 보듯이 지역농협의 판매사업은 조합원이 생산한 농축산물을 직접 소비자에게 판매하는 사업으로, 이는 조합원의 사업이용량을 기준으로 고유업무에 직접 사용 여부를 판단하여야 할 뿐 구매사업과 같이 조합원·비조합원을 구분하여 사업을 영위하는 것까지 요구하고 있다고는 볼 수 없다 하겠으므로, 청구인이 다른 조합으로부터 양곡 전량을 수매하여 직접 소비자에게 이를 판매하고 있고, 조합원·비조합원 구분없이 불특정다수인에게 양곡을 판매하고 있다고 하여 양곡판매장의 부속토지인 쟁점 토지를 고유업무에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 처분청이 이 사건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2006. 8. 28. 행 정 자 치 부 장 관