이미 공장용 건축물이 있는 산업단지내의 토지를 취득한 경우 취득세 등의 감면대상에 해당되는 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2003.6.11. 지방산업단지내 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 985-2번지 공장용지 990.8㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)를 최초분양계약자인 (주)○○으로부터 분양권을 승계받아 ○○공단으로부터 분양취득한 후 구지방세법 제276조제1항에 의거 산업단지내에서 공장 등을 신·증축하고자 하는 자가 취득하는 부동산으로 하여 취득세 등을 감면받았으나, 그 후 세무조사결과 이 사건 토지상의 공장용 건축물 연면적 706.71㎡(이하 “이 사건 공장”이라 한다)는 2003.4.2. (주)○○이 신축취득하여 현재까지 소유하고 있음을 확인되므로 이는 취득세 등의 감면대상에 해당되지 않는다고 보아 그 취득가액(289,809,900원)을 과세표준으로 지방세법 제112조제1항 및 구지방세법 제131조제1항제3호의 세율을 적용하여 산출한 세액에서 기 납부한 농어촌특별세액을 차감한 취득세 4,694,910원, 등록세 10,433,140원, 지방교육세 1,912,730원, 합계 17,040,780원(가산세 포함)을 2006.3.7. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 2001.4.25. 이 사건 토지를 ○○공단으로부터 최초 분양받은 (주)○○이 2003.4.2. 이 사건 공장을 신축취득하였으나 베트남으로 사업을 이전하게 되었으므로 이를 청구인이 임차받을려고 하였는데, 분양권자는 분양계약자가 공장을 직접운영하지 않고 임대할 경우는 계약해제대상이므로 부득이 청구인은 분양권을 승계받아 이 사건 토지를 분양취득한 것이며, 이렇게 취득한 것도 산업단지내 공장을 신축하여 영위하는 것이므로 관련 법령의 개정취지에 비추어 감면하여야 한다고 하고 있고, 설령, 취득세 감면대상이 아니라하더라도 처분청에서 감면신청당시부터 이를 확인하지 않고 뒤늦게 확인하여 가산세를 부과한 것은 청구인의 귀책사유가 아니므로 잘못이 있다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 이미 공장용 건축물이 있는 산업단지내의 토지를 취득한 경우 취득세 등의 감면대상에 해당되는 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면, 구지방세법(2005.1.5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것) 제276조제1항에서 산업입지및개발에관한법률에 의하여 지정된 산업단지와 산업집적활성화및공장설립에관한법률에 의한 유치지역 및 산업기술단지지원에관한특례법에 의하여 조성된 산업기술단지안에서 공장용 건축물·연구시설 및 시험생산용 건축물을 신축하거나 증축하고자 하는 자(공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하고자 하는 자를 포함한다)가 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 그 부동산에 대한 재산세와 종합토지세는 당해 납세의무가 최초로 성립되는 날부터 각각 5년간 100분의 50을 경감하되, 그 취득일부터 3년 내에 정당한 사유없이 공장용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 공장용 건축물 등의 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 살펴보면, 2000.5.10. 청구인은 목적사업을 섬유류 제조 및 도매업 등으로, 본점소재지를 ○○도 ○○군 ○○면 ○○리 225-2번지로 하여 법인을 설립하였고, 2001.4.25. ○○지방산업단지내에 있는 이 사건 토지에 대하여 분양권자 ○○공단과 피분양권자 (주)○○사이에 계약금액 305,939,100원(그 후 289,809,900원으로 변경함)에 분양계약을 체결하였으며, 그 분양계약서에서 계약에 따른 권리의무를 매도인의 승인없이 제3자에게 양도하거나 제한물건의 목적이 될 경우 등에는 계약해제할 수 있다고 하고 있고, 매도인의 사전승인없이 임대·양도·매매 등의 행위를 할 수 없다고 약정하였으며, 2001.12.24. 분양권자는 (주)○○에게 이 사건 토지를 잔금완납전에 공장용 건축물을 신축할 수 있도록 사용승낙하였고, 2003.4.15. (주)○○은 이 사건 공장을 같은 달 2일 신축취득하여 소유권보존등기를 경료하였으며, 2003.6.12. 이 사건 토지에 대한 분양계약서를 청구인의 소유권이전등기절차상 관할관청으로부터 검인받았고, 2003.6.16. 청구인은 이 사건 토지에 대하여 2003.6.11. 분양권승계에 따른 변경계약을 ○○공단(주) 및 ○○과 체결함과 동시에 취득한 다음 소유권이전등기를 경료한 사실을 제출된 관계 증빙자료를 통해 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 이 사건 토지를 ○○공단으로부터 최초 분양받은 (주)○○의 사정으로 인하여 분양계약에 따른 모든 권리의무 등을 승계하여 취득한 것이므로 감면대상이라고 주장하여 살펴보면, 구지방세법 제276조제1항에서 관련 법률에 의하여 지정된 산업단지내에서 공장용 건축물을 신축하고자 하는 자(공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하고자 하는 자를 포함한다)가 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 등을 면제한다는 하고 있는데, 여기서 공장용 건축물을 신축하고자 하는 자란 용어에서 신축은 건축법령에서 기존 공장용 건축물이 없는 토지의 취득을 전제하고 있을 뿐만 아니라 취득후 유예기간내 이를 토지소유자가 직접 신축취득하는 경우를 말하는 것이고, 이러한 요건을 갖춘 소유자가 공장용 부동산을 중소기업자에게 임대할 경우도 포함하는 것으로서, 이 사건 토지의 경우, 2001.4월 ○○공단으로부터 최초분양받은 (주)○○이 2001.12월 토지사용승낙을 받아 2003.4월 이 사건 공장을 신축취득하였고, 2003.6.월 청구인은 최초 분양계약자로부터 권리의무 등을 승계한 후 이 사건 토지를 분양권자로부터 분양취득한 사실을 볼 때, 청구인은 이 사건 토지를 공장용도로 사용하려고 취득하였지만 취득시에는 이미 이 사건 공장을 (주)○○이 신축취득하여 기존 공장이 존재하고 있고, 이를 청구인이 임차사용하고 있으므로 공장을 신·증축하고자 하는 자나 임대하는 자로 볼 수 없는 것이어서 처분청에서 이를 취득세 등의 감면대상이 아닌 것으로 본 것은 잘못이 없다고 하겠으며, 한편, 청구인은 처분청에서 감면신청당시부터 감면대상을 확인하지 않고 늦게 확인하여 가산세를 부과한 것은 본인의 귀책사유가 아니므로 부당하고 하나, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자에게 그 의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우가 아닌 한 세법상 의무의 불이행에 대하여 부과되어야 할 것(대법원 판례 98두1253 판결, 2000.9.8. 선고)인 바, 청구인은 당초 이 사건 토지가 구지방세법 제276조제1항의 감면대상이 아닌데도 착오로 감면신청하여 감면받은 것이고, 처분청에서는 이렇게 감면한 세액에 대하여 신청당시는 납세자가 정당한 것으로 추정하므로 일단 인정한 다음 추후 세무조사를 통하여 대상여부를 확인하는 것이어서 감면대상이 잘못 적용하였다면 취득신고기한(취득후 30일) 익일부터 부과처분이 있을 때까지의 기간으로 계산하여 신고 및 납부불성실 가산세를 부과하는 것인데, 이렇게 처분청에서 감면대상의 해당여부를 뒤늦게 확인하는 행위이나 청구인이 법령을 잘못 해석하는 것으로는 납세자에게 그 의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없으므로 이 사건 취득세를 가산세가 포함되어 부과한 처분은 잘못이 없다고 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2006. 8. 28. 행 정 자 치 부 장 관