부동산에 대해 취득세 등을 면제하였다가 고유업무에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 면제한 취득세 등을 추징한 처분의 당부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2004.1.20. 서울특별시 ○○구 ○○5동 1061-25번지 토지 102.1㎡와 그 지상건축물 211.44㎡(다가구주택, 이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 취득하고 이에 따른 취득신고를 하면서 구 지방세법(2005.1.5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제288조제2항의 규정을 들어 지방세감면신청을 하자 관련법령에서 정하고 있는 사회단체(청소년단체)가 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 보아 취득세와 등록세를 면제하였으나, 그 후 2005.6.1. 처분청 세무담당공무원(지방세무서기보 양○○외 1명) 현지확인 결과 이 사건 부동산 중 지하층은 청구외 사단법인 국제복음개혁본부 대한예수교장로회연합회가 장애인복지시설용으로, 지상1층은 장애인복지시설 직원의 숙소용으로 사용하고 있고, 지상2층과 3층은 제3자와 임대차계약을 체결하였으므로, 부동산 취득 이후 그 사용일부터 2년 이상 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 다른 용도로 사용하고 있는 것으로 보아 그 취득가액(186,750,000원)을 과세표준으로 구 지방세법 제112조제1항 및 같은 법 제131조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 5,050,090원, 등록세 7,563,370원, 지방교육세 1,400,620원, 합계 14,014,080원(가산세 포함)을 2005.10.14. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 처분청이 당초 취득세 등을 면제하였음에도 소속 직원이 실수로 제출한 서류를 근거로 취득세 등을 추징한 처분은 그 근거가 불분명하므로 취소되어야 한다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 지방세법에서 정하고 있는 단체가 고유업무에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 해당되는 것으로 보아 취득세 등을 면제하였다가 고유업무에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 면제한 취득세 등을 추징한 처분이 적법한지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면, 구 지방세법 제288조제2항 본문에서 정부로부터 허가 또는 인가를 받거나 민법 외의 법률에 의하여 설립 또는 그 적용을 받는 학술연구단체·장학단체·기술진흥단체·문화예술단체·체육진흥단체·청소년단체가 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세·도시계획세 및 공동시설세를 면제한다고 하면서, 그 단서에서 다만, 그 취득일부터 1년 내에 정당한 사유없이 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있고, 부동산등기법 제41조의2제1항 본문에서 등기권리자의 성명 또는 명칭에 병기하여야 할 부동산등기용등록번호(이하 “등록번호”라 한다)는 다음 각호의 방법에 의하여 부여한다고 하면서, 그 제3호에서법인 아닌 사단이나 재단에 대한 등록번호는 시장(구가 설치되어 있는 시에서는 구청장)·군수가 부여한다고 규정하고 있으며, 같은 조 제2항에서 제1항제2호의 규정에 의한 등록번호의 부여절차는 대법원규칙으로 정하고, 제1항제3호 및 제4호의 규정에 의한 등록번호의 부여절차는 대통령령으로 정한다고 규정하고 있고,법인아닌사단·재단및외국인의부동산등기용등록번호부여절차에관한규정 제1조에서이 영은 부동산등기법 제41조의2제1항제3호 및 제4호의 규정에 의하여 법인 아닌 사단이나 재단 및 외국인에 대한 부동산등기용등록번호(이하 “등록번호”라 한다)의 부여절차를 정함을 목적으로 한다고 규정하고 있으며, 같은 규정 제2조제1호에서 “등록증명서”라 함은 등록번호를 증명하는 서면을 말한다고 규정하고 있고, 같은 규정 제3조제1항에서 법인 아닌 사단이나 재단(이하 “사단이나 재단”이라 한다) 또는 외국인에 대하여는 사단이나 재단 또는 외국인마다 1개의 등록번호를 부여한다고 규정하고 있으며, 같은 규정 제5조제1항 본문 및 제2호·제3호에서 등록번호를 부여받고자 하는 사단이나 재단의 대표자 또는 관리인은 시장(구가 설치되어 있는 시에서는 구청장을 말한다. 이하 같다)·군수(이하 “시장·군수”라 한다)에게 사단이나 재단의 명칭 및 사무소 소재지와 대표자 또는 관리인의 성명 및 주소가 기재된 등록번호 부여신청서를 제출하여야 한다고 하면서, 그 제3항 본문 및 제1호·제2호에서 제1항의 규정에 의한 등록번호부여신청서에는 정관 기타의 규약과 대표자 또는 관리인임을 증명하는 서면을 첨부하여야 한다고 규정하고 있고, 같은 규정 제7조제1항에서 제5조의 규정에 의하여 등록번호부여신청을 받은 시장·군수는 신청사항을 확인한 후 등록번호를 부여하고 등록번호순으로 그 사실을 등록번호화일에 등록·처리하여야 한다고 규정하고 있으며, 같은 규정 제8조제1항 및 제2항에서 등록증명서를 발급받고자 하는 자는 등록증명서발급신청서(전자문서로 된 신청서를 포함한다)를 시장·군수에게 제출하여야 하고, 제1항의 규정에 의하여 등록증명서의 발급신청을 받거나 제7조제1항의 규정에 의하여 등록번호를 부여한 시장·군수는 등록증명서를 발급하여야 한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 2003.6.30. 처분청으로부터 부동산등기법 제41조의2 및 법인 아닌 사단·재단 및 외국인의 부동산등기용 등록번호 부여절차에 관한 규정 제8조의 규정에 의하여 등록번호등록증명서[등록번호: 1121-02679, 등록명칭: 사)청장년예방협의회]를 교부받은 다음 2004.1.26. 이 사건 부동산을 취득하고 이에 따른 취득신고와 함께 이를 교육관 및 목사사택으로 사용한다는 계획서를 첨부하여 지방세감면신청을 한 사실과 2005.8.30. 처분청 세무담당공무원(지방세무서기보 양○○외 1인)의 현지확인 결과 지하층은 청구외 사단법인 국제복음개혁본부 대한예수교장로회연합회(주사무소: 미합중국 켈리포니아주 ○○○○ 수트나 빅토리가 14617)가 “희망의 집”이라는 장애인복지시설(신고증 번호 제2004-5호, 시설장: 청구인의 대표)로 사용하고 있고, 지상1층은 해당 단체의 직원 숙소용으로 사용하고 있으며, 지상2층과 3층에 대하여는 2004.1.20.과 2004.5.14.에 청구외 기○○ 및 오○○과 각각 임대차계약을 체결한 사실 및 청구인의 정관에서 명칭은 사단법인 대한예수교장로회연합회 소속 사)청장년예방협의회로 하고, 본 협의회의 목적을 달성하기 위해 선교센타 운영과 선교사 지원 및 그 외 복음선교와 관련된 모든 사업을 행하며, 회원자격은 사단법인 대한예수교장로회 연합회의 목적과 뜻을 같이 하는 신앙인으로 하고, 본 협의회의 재산매입 및 처분에 관한 권한은 대표자(나건용 목사)에게 있다고 하고 있는 사실은 제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 당초 취득세 등을 면제하였음에도 소속 직원이 실수로 제출한 서류를 근거로 취득세 등을 추징한 처분은 그 근거가 불분명하므로 취소되어야 한다고 주장하므로 이에 관하여 보면, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 판결 2002두9537, 2003.1.24) 할 것인바, 구 지방세법 제288조제2항 본문에서 정부로부터 허가 또는 인가를 받거나 민법 외의 법률에 의하여 설립 또는 그 적용을 받는 학술연구단체·장학단체·기술진흥단체·문화예술단체·체육진흥단체·청소년단체가 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다고 하면서, 그 단서에서 그 취득일부터 1년 내에 정당한 사유없이 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있으므로, 위 규정에 의하여 취득세와 등록세를 면제받기 위하여는 그 선결요건으로 부동산 취득자가 정부로부터 허가 또는 인가를 받거나 민법 외의 법률에 의하여 설립 또는 그 적용을 받는 학술연구단체, 장학단체, 기술진흥단체, 문화예술단체, 체육진흥단체 또는 청소년단체에 해당되어야 하고, 그 다음으로 이러한 취득세 등의 면제가 계속 유지되기 위해서는 당해 단체가 취득 부동산을 그 취득일부터 1년 내에 고유업무에 직접 사용하되 그 사용일부터 2년 이상 사용하여야 한다는 요건을 충족하여야 할 것으로, 청구인의 경우 2003.6.30. 부동산등기법 제41조의2와 법인 아닌 사단·재단 및 외국인의 부동산등기용 등록번호 부여절차에 관한 규정 제8조의 규정에 의하여 처분청으로부터 등록번호등록증명서를 교부받았다고는 하나, 이는 단체의 실체를 증명하는 서류가 아니라 단체의 등록번호를 증명하는 서면으로서, 법인등록번호를 부여받지 못하는 법인 아닌 사단 또는 재단이 취득하는 부동산에 대한 등기신청용으로만 사용할 수 있는 것이므로, 처분청으로부터 이를 교부받았다고 하여 구 지방세법 제288조제2항 본문 소정의 정부로부터 허가 또는 인가를 받거나 민법 외의 법률에 의하여 설립 또는 그 적용을 받는 단체에 해당된다고 볼 수는 없다 하겠고, 비록 청구인의 대표인 청구외 나○○이 법인등기부등본상 미합중국 켈리포니아주 ○○○○ 수트나 빅토리가 14617에 주사무소를 두고 있는 청구외 사단법인 국제복음개혁본부 대한예수교장로회연합회의 대한민국 안에서의 이사장과 부이사장 및 서울특별시 강○○ 공○○ 안에서의 대표자라고는 하나, 이는 청구인의 대표인 청구외 나○○과 이러한 연합회와의 관계를 말하고 있는 것이지 이 사건 부동산 취득자인 청구인의 성격을 규정하고 있는 것은 아니라고 보아야 할 것이며, 그렇다면 청구인이 취득한 이 사건 부동산은 구 지방세법에서 정하고 있는 취득세 등의 면제대상자에 해당하는 자가 취득한 것이 아니어서 관련법령에서 정하고 있는 취득세 등의 면제요건을 당초부터 충족하지 있지 아니한 것으로 보아야 하겠으므로, 이러한 면제요건을 충족하고 있지 아니한 청구인이 취득 부동산을 자체 정관에서 정한 용도에 사용한다 하더라도 이를 달리 볼 수도 없다 하겠고, 또한, 세무공무원의 직무수행과 관련한 신의성실의 원칙은 납세자의 신뢰대상이 되는 과세관청의 공적인 견해표명이나 관행 등에 반하는 처분을 납세자에게 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과를 초래하였을 때 비로소 신의성실의 원칙에 위배되는 지의 여부를 가리는 것으로서 당초 지방세법에 의한 감면대상으로 보아 취득세 등을 면제하였다가 다시 추징한 처분은 과세관청의 공적인 견해표명이나 관행 등에 반하는 처분이 아니고 사실관계를 오인함으로써 관계규정을 잘못 적용하여 위법·부당하게 된 행정행위를 바로잡은 경우에 해당된다 하겠으므로, 처분청이 이 사건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2006. 7. 31. 행 정 자 치 부 장 관