영농조합법인이 취득한 부동산을 유예기간 내에 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 경감한 취득세 등을 추징한 처분의 당부(경정)

[주 문] 처분청이 2009.9.12. 청구인에게 부과 고지한 취득세 17,950,020원, 농어촌특별세 1,956,300원, 등록세 26,925,030원, 지방교육세 5,384,990원, 합계 52,216,340원(가산세 포함)을 취득세 16,889,810원, 농어촌특별세 1,840,760원, 등록세 25,334,730원, 지방교육세 5,066,940원, 합계 49,132,240원(가산세 포함)으로 경정한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2004.7.13. ○○광역시 ○○구 ○○동 1023-5번지외 1필지 답 2,717㎡(2004.12.30.에 동삼동 1023-5번지로 합병, 이하 “이 사건 토지”라 한다)를 경락 취득한데 대하여 구 지방세법(2005.1.5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제266조제7항의 규정에 의하여 영농조합법인이 영농에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 보아 취득세와 등록세의 50%를 경감하였으나, 2005.7.14. 처분청 세무담당공무원(지방세무주사보 이○○외 1인)의 현지 확인결과 이 사건 토지를 일반음식점 영업장의 부속토지와 주차장 등의 용도로 사용하고 있거나 방치하고 있으므로, 유예기간(취득일부터 1년) 내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 그 취득가액(1,778,463,320원)을 과세표준으로 구 지방세법 제112조제1항 및 같은 법 제131조제1항의 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 취득세 17,950,020원, 농어촌특별세 1,956,300원, 등록세 26,925,030원, 지방교육세 5,384,990원, 합계 52,216,340원(가산세 포함)을 2005.9.12. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 첫째, 이 사건 토지상에 존치하고 있던 가설건축물(바닥면적 457.17㎡) 부속토지의 경우 토지 취득 후 가설건축물을 매입하여 농수산물가공처리시설로 활용하려고 하였으나 건축물 소유자인 청구외 문○○과 그 채권자인 청구외 ○○상호저축은행간의 채권 채무로 인한 다툼으로 청구외 ○○상호저축은행이 행한 가압류등기의 촉탁을 원인으로 보존등기가 경료되어 있어 청구외 문○○의 채무액을 대신 지불하지 아니하고서는 취득할 수 없었는바, 토지를 유예기간 내에 취득목적에 사용하지 못한 데에는 취득 당시 예측할 수 없는 사유(가설건축물은 보존등기가 불가능한 것이 일반적임)에 원인이 있으므로 이는 정당한 사유에 해당된다 하겠고, 둘째, 가설건축물 바닥면적을 제외한 나머지 토지의 경우 취득 당시부터 지상에 식재되어 있던 정원수 등 수목을 지속적으로 관리하면서 다른 수목을 계속 식재하는 등 영농에 직접 사용하고 있음이 경작일지와 경작물 현황사진 및 서증목록 등에서 입증되고 있을 뿐만 아니라 현재 열대식물을 단계적으로 도입 경작하여 영농소득을 증대하기 위한 사업을 추진 중에 있으므로, 경감한 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 영농조합법인이 취득한 부동산을 유예기간 내에 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 경감한 취득세 등을 추징한 처분이 적법한지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면, 구 지방세법 제266조제7항 본문에서 농업·농촌기본법 제15조의 규정에 의한 영농조합법인과 동법 제16조의 규정에 의한 농업회사법인, 수산업법에 의한 영어조합법인이 영농·영어·유통·가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세의 100분의 50을 경감하고, 과세기준일 현재 당해 용도에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세 및 종합토지세의 100분의 50을 경감하며, 당해 법인의 설립등기에 대하여는 등록세를 면제한다고 하면서, 그 단서에서 다만, 그 취득일부터 1년 내에 정당한 사유없이그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는경우 그 해당 부분에 대하여는 경감된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 가압류촉탁을 원인으로 청구외 문○○ 명의로 2002.8.28. 소유권보존등기가 경료된 가설건축물이 존치하고 있는 이 사건 토지를 2004.7.13. 취득한 사실과 토지 취득 이전인 2004.5.27. 청구외 이○○으로부터 일반음식점 영업자 지위를 승계하여 현재까지 가설건축물을 영업장으로 하여 음식점(업소명: ○○가든)을 운영하고 있는 사실은 제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 가설건축물 부속토지 부분은 취득 당시 예측할 수 없는 사유로 인해 유예기간 내에 사용하지 못하였으므로 정당한 사유가 있다 하겠고, 그 외 나머지 토지는 현재 영농에 직접 사용하고 있으므로, 경감한 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다고 주장하므로 이에 관하여 보면, 구 지방세법 제266조제7항에서 영농조합법인이 영농·유통·가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세의 100분의 50을 경감하되, 취득일부터 1년 내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 경감된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있는바, 여기에서 “정당한 사유”라 함은 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 입법취지를 충분히 고려하면서 해당 법인이 영리법인인지 비영리법인인지 여부, 부동산의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는데 걸리는 준비기간의 길고 짧음, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 부동산을 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것으로, 이 사건 토지 중 가설건축물의 부속토지 및 주차장으로 사용하고 있는 부분의 경우 청구인이 이 사건 토지 취득 이전에 이미 청구외 문○○ 명의로 소유권보존등기(등기일 2002.8.28)가 경료되어 있었던 점, 청구인이 토지취득에 따른 취득신고를 하면서 지방세감면신청서와 함께 “취득일부터 1년 이내에 지상건축물을 철거하고 고유업무에 직접 사용하겠다”다는 내용의 확인서를 제출한 점, 주차장은 일반음식점 손님들의 자유로운 주차가 가능하도록 제공되고 있는 점 등을 종합하여 볼 때, 청구인은 가설건축물 철거 등 당해 사업에 사용할 수 없는 장애요인을 해소하지 아니한다면 그 부속토지를 당초 취득목적에 사용할 수 없다는 사실을 충분히 알고 취득하였다고 보아야 하겠고, 그렇다면 청구인은 장애요인을 해소하기 위한 일련의 절차를 진행하여 직접 사용하였어야 함에도 토지 취득 이전인 2004.5.27. 청구외 이○○으로부터 영업자 지위를 승계받아 유예기간이 경과하도록 가설건축물을 일반음식점 영업장으로 직접 운영하고 있을 뿐더러 일반음식점 주변에 식재되어 있는 소목 또한 영농소득증대 목적이 아닌 음식점의 경제적 효용을 증대시키는 정원수로서의 기능을 수행하고 있는 것으로 보여지고 있음을 볼 때, 청구인이 유예기간 내에 이를 고유목적에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였다거나 취득목적에 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 볼 수는 없다 할 것이나, 다만 이 사건 토지 중 비닐하우스 골조가 설치되어 있는 토지의 경우 영농의 특성상 그 효과가 단기간에 나타나지 아니한다는 점, 청구인이 제출한 세금계산서와 영수증 등에서 영농을 위하여 비료, 농액 등을 구입하여 살포하거나 종자(씨앗), 소나무 등 묘목 등을 구입하였음이 확인되고 있는 점, 현재 소나무, 동백나무 등이 식재되어 관리되고 있는 점 등으로 미루어 볼 때, 체계적인 관리가 이루어지지 아니하였다고 하여 당해 토지를 청구인이 고유업무에 직접 사용하지 아니한 것으로 단정하기는 어렵다 하겠으므로 이 부분에 대하여 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2006. 7. 31. 행 정 자 치 부 장 관