시장정비사업시행자 및 건축주 명의를 변경받아 사용승인을 받은 경우 취득세 및 등록세의 면제대상이 되는지 및 시행구역내 토지를 소유한 경우 취득세 면제대상이 되는지 여부(경정)

[주 문] 처분청이 청구인으로부터 2005.8.16. 수납하여 징수결정한 등록세 1,026,446,050, 지방교육세 205,289,210원, 합계 1,231,735,260원을 등록세 1,000,026,910, 지방교육세 200,005,380원, 합계 1,200,032,290원으로, 청구인에게2005.9.10. 부과고지한취득세 2,589,210,170원, 농어촌특별세 282,272,660원, 합계 2,871,482,830원을 취득세 2,500,067,290원, 농어촌특별세 250,006,720원, 합계 2,750,074,010원으로 각각 경정한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 1997.11.20. 설립한 시장정비사업시행자인 불광ㆍ대조시장재건축조합(이하 “이 사건 재건축조합”이라 한다)이 서울특별시 ○○구 ○○동 14-24번지외 267필지(구획확정으로 같은 동 240번지외 8필지로 변경됨) 8,356.5㎡상 복합상가건축물 97,074.39㎡(이하 “이 사건 건축물”이라 한다)을 신축하여 2005.6.13. 임시사용승인을 받은 상태에서 그 건축주와 정비사업시행자명의를 변경승인받은 청구인이 2005.8.3. 이 사건 건축물을 사용승인을 받자, 이를 서울특별시세감면조례 제20조에 의한 시장정비사업시행자로서 감면대상이 아니라고 하여 그 취득신고가액(128,305,757,060원)을 과세표준으로 지방세법 제131조제1항 등의 세율을 적용하여 산출한 등록세 1,026,446,050, 지방교육세 205,289,210원, 합계 1,231,735,260원를 2005.8.16. 신고납부받았으나, 취득세 등을 신고납부하지 아니하므로 위 취득신고가액을 과세표준으로 지방세법 제112조제1항의 세율을 적용하여 산출한취득세 2,589,210,170원, 농어촌특별세 282,272,660원, 합계 2,871,482,830원을 2005.9.10. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 이 사건 건축물을 신축하는데 있어서 이 사건 재건축조합의 건축자금마련·공사계약체결·구조안전진단·분양금관리·신탁계약등의 제반업무를 대행하는 지위를 가지고 시장정비사업시행사의 업무를 최초부터 실질적으로 수행하고 있었고, 제1차 시장정비구역변경시 일정 부동산을 소유함으로서 조합원의 자격을 갖춘 다음 이 사건 건축물에 대한 건축허가를 받았으며, 그 후 조합원들의 요구에 의하여 부득이 조합원의 전지분을 소유하여 1인의 조합원이 되어 사실상의 시장정비사업시행자이므로 건축주 및 시장정비사업시행자 명의를 청구인으로 변경하여 사용승인받았는데도 처분청에서는 임시사용승인된 후에 시장정비사업시행자 등의 명의를 변경하였으므로 동 시행자로 볼 수 없다고 하는 것은 관련조례를 잘못해석한 것이라고 하고 있고, 둘째, 설령 임시사용승인된 시점으로 시장정비사업시행자여부를 판단한다고 하여도 이 사건 건축물에 대하여 소유권보존등기권자는 청구인이므로 등록세는 감면하여야 한다고 하고 있으며, 셋째, 청구인은 서울특별시세감면조례 제20조제1항제3호에 의한 시장재건축사업 시행으로 인하여 이 사건 건축물의 건축허가당시에 시장정비구역내 부동산소유자로서 시장정비사업시행자에게 최초로 부동산을 취득하는 자에 해당되므로 그 지분에 해당하는 만큼은 감면하여야 된다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 시세감면조례상 시장정비사업시행자인 시장재건축조합이 재건축 건축물의 임시사용승인을 받은 상태에서 조합의 대행사업자면서 건축허가이후 1인의 조합원이 된 청구인으로 시장정비사업시행자 및 건축주 명의를 변경받아 사용승인을 받은 경우 청구인이 감면조례상 시장정비사업시행자로서 취득세 및 등록세의 면제대상이 되는지 및 건축허가당시 시행구역내 토지를 소유한 경우에 그 지분에 대하여 취득세 등이 면제대상이 되는 지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면, 구지방세법(2002.8.26. 법률 제6838호로 개정되기 이전이 것) 제3항에서 도시개발법에 의한 도시개발사업과 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업(주택재개발사업 및 도시환경정비사업에 한한다)의 시행으로 인하여 당해 사업의 대상이 되는 부동산의 소유자가 환지계획 및 토지상환채권에 의하여 취득하는 토지, 관리처분계획에 의하여 취득하는 토지 및 건축물과 사업시행자가 취득하는 체비지 또는 보류지에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다고 하고 있고, 서울특별시세감면조례 제20조제1항에서재래시장 육성을 위한 특별법제18조의 규정에 의하여 선정된 시장정비사업시행구역 안에서 그 제1호의 시장정비사업시행자 및 그 제3호의 시장정비사업시행인가일 또는 건축허가일 현재 기존 시장에서 부동산을 소유한 자로서 제1호의 자로부터 시장재개발·재건축사업시행으로 인한 부동산을 최초로 취득하는 자가 당해 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하거나 그 사업시행으로 인하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제하며, 그 취득일로부터 2월 이내에 등기하는 경우에는 등록세를 면제한다고 하고 있고, 주택건설촉진법 제44조제1항에서 조합을 구성하여 그 구성원의 주택을 건설하고자 할 때에는 관할시장등의 인가를 받아야 한다고 하고 있으며, 같은 법시행령 제42조제1항에서 법 제44조제1항의 규정에 의하여 주택조합설립인가·변경인가 또는 해산인가를 받고자 하는 자는 인가신청서에 다음 각호의 서류를 첨부하여 조합주택 건설예정지를 관할하는 시장등에게 제출하여야 한다고 하고 있고, 구재래시장육성을위한특별법(※중소기업의구조개선과재래시장활성화를위한특별조치법과의 내용이 거의 동일하며, 동 특별조치법으로 시행되었을 경우는 이에 따른다 하므로 이하 위 용어에 따름) 제2조제2호에서 "시장정비사업"이라 함은 재래시장의 현대화를 촉진하기 위하여 제18조제1항의 규정에 따라 선정한 시장정비사업시행구역에 속하는 토지나 건축물의 소유자·시장정비사업조합 또는 해당 지방자치단체가 사업시행구역 안에 있는 정비기반시설을 정비하고 유통산업발전법 제2조제3호의 규정에 의한 대규모점포가 포함된 건축물을 건설하기 위하여 시장을 재개발·재건축하는 일체의 행위를 말한다고 하고 있으며, 같은 조제3호에서 "시장정비사업조합"이라 함은 사업시행구역에 속하는 토지 등의 소유자들이 시장정비사업을 추진하기 위하여 설립한 조합을 말한다고 하고 있고, 같은 법 제18조제1항에서 시·도지사는 시장정비사업을 촉진하기 위하여 시장·군수·구청장이 추천한 시장을 제19조제1항의 규정에 의한 사업시행구역선정심의위원회의 심의를 거쳐 사업시행구역으로 선정할 수 있다고 하고 있으며, 같은 법 제22조제3항에서 사업시행자는 시장정비사업조합을 설립하여 등기를 마친 때에는 도시및주거환경정비법 제11조제1항의 규정에 불구하고 시공사를 선정할 수 있다고 하고 있고, 같은 조제4항에서 시·도지사가 사업시행구역으로 선정한 시장에 대하여 사업시행자가 시장정비사업을 추진하기 위하여 기존 시장의 철거계획서 및 건설될 건축물의 관리처분계획서(당해 건축물을 건설할 대지의 환지처분계획을 포함한다)를 제출하는 경우 분양처분으로 취득하는 대지 또는 건축시설은 도시개발법의 규정에 의한 환지로 본다고 하고 있으며, 같은 법 제6항에서 시장정비사업과 관련하여 이 법에서 정하지 아니한 사항은 도시및주거환경정비법(구 주택건설촉진법)과 집합건물의소유및관리에관한법률을 각각 준용한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 살펴보면, 1997.4.28. 청구인과 불광ㆍ대조시장재건축조합과 대물변제방식 지분제 재건축사업계약 체결하였고<계약체결당시 (주)○○컨설팅은 2001.8.27. (주)○○○○로 상호변경 및 2001.9.8. 법인상호변경등기함)>, 1997.9.22. 중소기업의구조개선및경영안정지원을위한특별조치법에 의하여 중소기업청으로부터 불광ㆍ대조시장(2개시장 공동 재건축) 같은 동 14-24번지외 211필지 5,279㎡로, 대표자는 김○○(같은 구 ○○동 95-48번지)로, 재건축형태는 지하7층·지상 27층 주상복합건축물 91,275.83㎡(시장면적 35,617.07㎡, 주거편익 55,658.76㎡)로 하여 불광ㆍ대조시장재건축사업시행구역이 선정되었으며, 1997.11.20. 불광ㆍ대조시장재건축조합은 주택건설촉진법 제44조 및 동법시행규칙제32조 및 중소기업구조개선및경영안전지원을 위한특별조치법의 규정에 의하여 관할관청으로부터 최초설립 인가를 받았고, 그 설립인가내역서상 조합원수는 90명으로, 사무소 소재지는 같은 동 15-91번지 ○○빌딩 3층으로 건설예정지는 같은 동 14-24번지외 224필지 5,810㎡로 되어 있으며, 2001.11.4. 청구인은 같은 동 14-97번지외 5필지를 취득하여 조합원이 됨과 동시에 시장사업재건축시행구역이 시행구역의 면적이 같은 동 14-24번지외 224필지 6,087㎡로 변경되었고, 2001.11.6. 조합은 관할관청으로부터 불광ㆍ대조시장재건축사업 건축물에 대하여 건축법에 의한 건축허가받았으며, 2002.4월 불광ㆍ대조시장재건축조합 조합원 대의원회의에서 조합원 소유토지 및 건축물 일체를 청구인에게 그 소유권을 이전할 것을 합의함에 따라 청구인은 조합원 소유 부동산을 전부 취득하여 1인의 조합원이 된 후 대한토지신탁(주)에 신탁등기를 하였고(소유권이전에 따른 취득세등 납부), 2005.3.29. 불광ㆍ대조시장재건축조합은 해산인가를 청구하자(2005.6.14. 조합해산총회 변경승인을 받아 2005.8.11. 해산인가를 받음) 위 해산청구관련하여 2005.3.31. 관할관청이 질의한 중소기업청 질의회신(중소기업청 재래시장소기업과-518호, 2005.4.7.)에서 재래시장육성을위한특별법 제18조제4항의 규정에 의하여 사업시행자 변경승인이 필요하며, 같은 법 제18조제5항의 규정에 의하여 사업시행자 변경 승인된 내용이 관보에 공고됨으로 인해 조합의 설립목적 달성이 불가능한 경우에는 당해 조합정관이 정하는 바에 따라 청산 및 해산하여야 함이 바람직하다고 회시하였고, 2005.6.13. 조합은 불광ㆍ대조시장재건축사업 건축물 신축에 따른 임시사용승인을 받았으며, 2005.6.21. 관할관청은 임시사용승인에 따른 이 사건 시장재건축 조합 해산여부 질의하자 2005.6.29. 중소기업청 질의 회신에서 임시사용승인을 받은 상태에서 조합의 청산 및 해산과 사업시행자의 변경이 가능하다고 하였고, 2005.7.12. 관할관청은 불광ㆍ대조시장재건축사업 건축물에 대한 건축주를 조합에서 청구인으로 변경 처리하였으며, 2005.7.26. 관할관청은 불광ㆍ대조시장재건축사업시행구역 및 사업시행자(조합에서 청구인으로) 지위변경을 승인하면서 시행구역면적은 같은 동 14-24번지외 267필지 8,293㎡에서 같은 동 240번지외 8필지(확정측량완료후) 8,356.5㎡로, 건축물은 97,082.05㎡에서 97,074.39㎡로 변경되었고, 2005.8.3. 청구인은 불광ㆍ대조시장재건축사업 건축물 사용승인받았으며, 2005.7.25. 이 사건 시장재건축조합은 신축건축물에 대한 지방세를 감면받았고, 2005.9.10. 관할관청은 청구인에게 이 사건 취득세 등을 부과고지한 사실(2005.12.22. 납부)을 제출된 관계 증빙자료를 통해 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 당초부터 이 사건 당초시장재건축사업시행자로서 지위를 대행하여 실질적으로 사업시행자로서의 역할을 하여 왔고, 그후 1인의 조합원이 되어 건축주 및 사업시행자명의를 청구인으로 변경한 다음 이 사건 건축물을 사용승인받았으므로 시장정비사업시행자로서 조례상 감면대상이라고 주장하여 이를 살펴보면(첫째, 둘째주장), 서울특별시세감면조례 제20조제1항에서 재래시장 육성을 위한 특별법 제18조의 규정에 의하여 선정된 시장정비사업시행구역 안에서 시장정비사업시행자 및 건축허가일 현재 3년이상 계속 입점한 상인 및 부동산을 소유한 자가 당해 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하거나 그 사업시행으로 인하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제하고, 그 취득일로부터 2월이내에 등기하는 경우에는 등록세를 면제한다고 규정하고 있는바, 여기서 시장정비사업시행자는 정비사업구역내 부동산 소유자나 주택건설촉진법(현재 도시및주거환경정비사업법) 제44조에서 설립된 조합이나 국가 등 공적기관단체가 될 수 있고, 재래시장육성을위한특별법에서는 조합설립과정 및 조합원지분에 대한 일반분양분 확정 및 환지나 보류지에 관한 규정 등 공공성이 강한 조항 대부분은 주택건설촉진법의 관련규정을 준용하도록 하고 있는 것을 종합하여 볼 때, 시장재건축조합이 시장정비사업시행자일 경우는 부동산소유자나 공적기관단체와 달리 주택건설촉진법상 주택조합의 법률적 성질이 공동주택 건설사업이라는 단체 고유의 목적을 가지고 활동하고 있으며, 규약 및 단체로서의 조직을 갖추고 구성원의 가입 탈퇴에 다른 변경에 관계없이 단체자체가 존속하는 등 단체로서의 주요사항이 확정되어 있어 비법인사단에 해당한다고 하고 있는 점(대법원92누8163 판결, 1993.4.27.선고) 및 1인의 사원만 있거나 해산사유가 발생하거나 존속기간이 만료된 경우이외는 사단자체의 변경에 대하여 아무런 규정이 없는 점, 그리고 시장재건축사업의 공공성 정도 등에 비추어 조합인 시장정비사업시행자를 변경(단지 조합명칭만 변경시는 제외)할 때는 조합을 해산하고 새로운 조합을 설립한 다음 그 사업시행자로 다시 선정하는 절차를 가지는 것이 통상적이라고 할 수 있는데, 청구인은 시장정비사업시행자로 변경승인받아 이 사건 건축물을 사용승인절차를 가지고 소유권보존등기를 하였으므로 감면조례상 시장정비사업시행자라고 하지만 해산에 관한 법률관계가 모호하여 제1,2차 조합해산에 대한 관계기관의 질의회신에서 적어도 임시사용승인되었으므로 해산할 수 있다고 한 점 및 사용승인서 교부일이전에 임시사용승인을 받은 경우에는 임시사용승인일을 취득일로 본 지방세법시행령 제73조제4항의 규정 등에서 조합이 해산할 수 있는 것은 정관에서 특별히 규정한 경우가 아닌 한에는 할 수 없음에도 1인의 조합원이 되어 사실상 조합으로서의 실체가 상실한 점에 비추어 이 사건 건축물이 임시사용승인된 것을 실질적으로 재래시장육성을위한특별법상 그 목적달성을 한 경우로 본 것이고, 그렇기 때문에 청구인으로 건축주의 변경이나 시장정비사업시행자의 변경을 된 것으로 보여 지며, 이때 변경된 시장정비사업시행자는 그 변경승인에 대한 법률의 적정여부를 불문하고 이미 조합이 시장재건축사업목적이 달성된 이후이어서 재래시장육성을위한특별법상의 제반절차를 가지는 자라기보다는 일반 건축법상의 절차를 가지는 자에 불과하므로 감면조례상 시장정비사업시행자로 청구인으로 보기는 무리가 있다고 봄이 상당하다고 할 것이고, 이렇게 관할관청에서 임시사용승인시점을 시장재건축사업의 목적달성을 한 것으로 본다고 하면 그것이 조합으로 부동산소유권보존등기가 경료되었는 지를 떠나 당연히 이는 이 사건 시장재건축조합으로부터 청구인이 이 사건 건축물을 승계취득하였다고 볼 수 있어서 감면대상이라 할 수 없으며, 설령 청구인을 위 감면조례상 시장정비사업시행자라고 본다하더라도 시장정비사업시행자가 취득하는 감면대상 부동산이란 구재래시장육성을위한특별법 제22조제4항 및 구지방세법 제109조제3항과 비교하여 그 실질은 조합원지분이외에 건축자금을 공급하여 재건축사업을 원활히 추진하기 위하여 조합이 보류지 및 체비지로서 일반분양용 부동산을 취득하는 경우를 말하는 것이고, 그것이 1인의 부동산소유자가 사업시행자인 경우는 조합원 및 일반분양용 지분을 구분할 필요가 없이 전체가 일반분양용 이기 때문에 보류지 및 체비지가 발생할 여지가 없는 것(행자부심사결정 제2005-507호, 2005.12.26.)이어서 감면대상으로 볼 수 없는 것이므로 처분청에서 이 사건 취득세를 부과한 처분은 잘못이 없다고 하겠고, 또한, 이 사건 등록세의 경우도 최초 소유권보존등기권자가 청구인이라고 하더라도 감면조례상 청구인은 시장정비사업시행자가 아닌 이상 실질과세의 원칙상 감면대상이 아니라고 보아 부과한 처분도 잘못이 없다고 하겠으며, 셋째, 청구인은 서울특별시세감면조례 제20조제1항제3호에 의하여 이 사건 건축물의 건축허가당시에 시장정비구역내 부동산소유자로서 시장정비사업시행자에게 최초로 부동산을 취득하는 자에 해당되어 그 지분에 해당하는 만큼은 감면하여야 한다고 주장하므로 이를 보면, 청구인은 이 사건 건축물의 건축허가를 받기(2001.11.6.) 전에 2001.11.4. 시장재건축사업의 시행구역이 변경승인되어 고시된 내역에 같은 동 14-37번지 1.67㎡ 및 같은 동 14-97번지 3㎡ 및 같은 동 14-98번지 26㎡ 및 같은 동 14-99번지 10㎡ 및 같은 동 14-100번지 20㎡ 및 같은 동 14-165번지 33㎡ 및 같은 동 14-192번지 20㎡ 및 같은 동 15-3번지 43㎡, 총 156.67㎡를 소유한 것으로 되어 있으므로 감면조례상 건축허가당시 토지소유자임이 분명할 뿐만 아니라 이 사건 시장재건축조합으로부터 시장정비사업시행자변경으로 청구인이 이 사건 건축물을 승계취득된 것으로 볼 수 있어 시세감면조례 제20조제1항제3호에 해당한다고 할 수 있는 것이어서 건축허가 당시 전체 시행구역면적(6,087㎡)중 청구인의 소유면적(156.67㎡) 지분에 대한 이 사건 건축물의 취득가액에 대하여는 관련세액의 감면대상으로 보아야 할 것인데도 처분청에서 이 부분까지 이 사건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 일부이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2006. 7. 31. 행 정 자 치 부 장 관