종교용 부동산을 취득 후 3년 이내에 분리된 종교단체에 증여한 경우 기 비과세한 취득세 등을 신고한 것이 적법여부(경정)

[주 문] 청구인이 2006.4.27. 처분청에 신고한취득세 3,874,010원, 농어촌특별세 387,400원, 등록세 2,905,510원 지방교육세 581,100원 합계 7,748,020원은 취득세 3,874,010원, 농어촌특별세 387,400원,등록세 1,549,600원, 지방교육세 309,920원, 합계 6,120,930원으로 경정한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은청구인이 2004.11.18. 울산광역시 ○○군 ○○읍 ○○리 543번지외 1필지(임야 2,093㎡, 이하 “이 사건 토지”이라 한다)를 종교용으로 취득함에 따라 지방세법 제107조 본문 및 제1호와 같은 법 제127조제1항 본문 및 제1호의 규정에 의하여 취득세 등을 비과세 하였으나, 청구인은 이 사건 토지 취득일로부터 3년 이내에 종교용으로 직접 사용하지 아니하고 2006.3.29. 청구외 대한예수교장로회 울산남창교회에 증여한 후 하게 됨으로 이 사건 토지의 시가표준액193,700,800원에 지방세법 제112조제1항 및 같은 법 제131조제1항제2호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 3,874,010원, 농어촌특별세 387,400원, 등록세 2,905,510원, 지방교육세 581,100원, 합계 7,748,020원을 2006.4.27. 자신신고 하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 비영리사업자인 종교단체로서 교회내부의 갈등으로 청구인과청구외 울산남창교회로 양분되면서 이 사건 토지를 청구외○○남창교회에 증여한 것으로 하였으나 교회가 소유하는 재산은 소속 교인의 공동소유로 보아야 하고, 청구인과 청구외○○남창교회는 그 동안의 역사와 전통을 공유하기로 한 만큼 양 교회가 하나의 교회이나 재산권을 각각의 지분으로 나누어 소유하는 것으로 보아야 할 것이며, 또한 증여 이후에도 종교단체 고유목적에 따라 사용되고 있으므로 이 사건 취득세 등을 신고한 것은 잘못 신고하였다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 종교단체가 종교용 부동산을 취득 후 3년 이내에 분리된 종교단체에 증여한 경우 기 비과세한 취득세 등을 신고한 것이 적법한지 여부에 관한 것이라 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제107조에서 다음 각호의 1에 해당하는것(122조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니하되 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에대하여는 취득세를 부과한다고 규정하고 그 제1호에서 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득을 규정하고 있고, 같은 법 제127조제1항에서 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니하되 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기·등록일부터 1년(제1호의 경우는 3년)이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여 등록세를 부과한다고 규정하고 그 제1호에서 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기라고 규정하고 있으며, 같은 법 제131조에서 부동산에 대한 등기를 받을 때에는 다음 각호의 표준세율에 의하여 등록세를 납부하여야 한다고 규정하고 있고 그 제2호에서 제1호외의 무상으로 인한 소유권의 취득의 경우 세율을 부동산가액의 1,000분의 15로 하되 다만 제127조제1항제1호의 규정에 의한 비영리사업자가 소유권을 취득한 때에는 그 가액의 1,000분의 8로 한다고 규정하고 있고, 지방세법시행령 제79조제1항에서 법 제107조제1호에서 대통령령으로 정하는 비영리사업자라 함은 다음 각호의 자를 말한다고 규정하고 그 제1호에서 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체라고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우는 2004.11.18. 이 사건 토지를 취득한 후 2006.3.17. 청구인과 청구외○○남창교회와 체결한 합의서에서 이 사건토지외 1건의 부동산을 울산남창교회에 양도하고 어린이집 부동산 등에 설정되어 있는 부채(1억3천만원 가량)는 해지하여 청구외○○남창교회가 사용하는데 지장이 없도록 하며, 밀알어린이집 운영권은○○남창교회에서 갖기로 하고 공증을 받은 다음 2006.3.29. 청구인의 대표 임○○과 청구외 울산남창교회 대표 박○○이 이 사건 토지에 대한 증여계약을 체결하고, 2006.4.27. 이 사건 취득세 등을 신고하였음은 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은이 사건 토지을 취득한 후 3년 이내에 청구외○○남창교회에 증여하였으나 청구인과 울산남창교회는 역사와 전통을 공유하는 하나의 교회이며, 교회의 재산은 교인 공동의 재산이고, 증여 후에도 종교용으로 사용되고 있으므로 이 사건 취득세 등을 신고한 것은 잘 못이 있다고 주장하고 있으나청구인은 2004.11.18. 증여를 원인으로이 사건 토지을 취득하고 이로부터 1년 4개월여가 경과한 2006.3.29. 청구외 대한예수교장로회○○남창교회(등기용 등록번호 26154-00609)에 증여를 원인으로 소유권을 이전하였음이○○광역시○○군수가 검인한 증여계약서(접수법호 제001459호, 2006.3.30.)와 토지대장, 등기부등본에서 확인되고 있는 이상 이 사건 토지의 증여는 교회간의 소유권이전으로 보아야 하고, 청구인과 청구외○○남창교회가 같은 주소지를 사업소재지로 하고 청구외○○남창교회가 청구인의 내부갈등으로 인해 분리된 교회이어서 두 교회가 역사와 전통을 공유하기로 합의하였다고 하더라도 2006.3.17. 법무법인태화종합법률사무소에 의해 공증된 합의내용공증서(2006년 제1420호)에 의하면 현재 운영중인 밀알어린이집의 운영권은 청구외○○남창교회에서 갖되 현 건물에서의 운영은 2006년 1학기까지로 한다고 하였고, 청구외○○남창교회에서 사용하는 목양실 등은 합의 후 1개월 이내에 비워주어야 하며, 협의사항을 위반시위약금으로 5천만원을 지불하기로 하는 점으로 미루어 보면 두 교회를 하나의 교회라고 할 수는 없으므로 종교용부동산으로 취득 후 3년이내에 타 종교단체에 소유권을 이전한이상 이 사건 토지에 대하여 지방세법 제107조 본문 단서 및 127조제1항 본문 단서에서 규정한 취득세 등의 추징사유가 발생하였다고 할 것이나, 다만 이 사건 등록세를 산출함에 있어지방세법 제131조제1항제2호에서 상속외의 무상 취득 중 비영리사업자가 소유권을 취득한 때에는 등록세의 세율을 1,000분의 8로 한다고 규정하고 있으므로 청구인이 같은 법 제127조제1항제1호에서 규정한 제사·종교를 목적으로 하는 비영리사업자이고, 2004.11.18. 청구외 박○○으로부터 이 사건 토지을 증여취득 한 이상 이 사건 토지의 등록세율은 1,000분의 8을 적용하였어야 함에도 1,000분의 15의 세율을 적용하여 신고한 것은 잘못 신고한 것이라고 판단된다. 따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2006. 6. 27. 행 정 자 치 부 장 관