종교단체가 부동산을 취득하여 기숙사로 사용하는 경우 기 비과세한 취득세 등을 부과고지한 처분의 당부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2002.6.15. 경기도 ○○시 ○○구 ○○동 47-7번지외2필지 토지 2,722㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)를 취득한 후 2002.6.20. 종교용부동산으로 취득신고 함에 따라 취득세 등을 비과세하였고,2005.6.27. 이 사건 토지상에 건축물 4,070.27㎡(이하 “이 사건 건축물”이라 한다)신축하였으므로 2005.7.29. 이 사건 건축물에 대한 취득세 등을 비과세 하였으나, 이 사건 건축물 중지층 일부와 1층 내지 3층 2,783.74㎡(이하 “이 사건 쟁점 건축물”이라 한다)를 종교용에 직접 사용하지 아니하고 기숙사 용도로 사용하고 있으므로 이 사건 쟁점 건축물 면적과 안분한부속토지 1,861.58㎡(이하 “이 사건 쟁점 토지”라 한다)에 대한 시가표준액2,757,943,150원에 지방세법 제112조제1항 및 같은 법 제131조제1항제3호 내지 제4호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 69,466,820원, 농어촌특별세6,067,440원, 등록세 41,829,440원, 지방교육세 7,668,720원, 합계 125,032,420원(가산세 포함)을 2006.2.8. 부과고지 하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 이 사건 토지를 취득하여 종교집회장으로 신축하고자 하였으나 지역주민의 집단민원으로 인해 기숙사 용도로 신축한 후 실제 사용은 종교집회시설과 교회 사무실, 업무시설, 교육관, 기도실, 숙소 등 종교용으로 사용하고 있으며, 2006.4.7. 주용도를 공동주택(기숙사)에서 종교집회장으로 변경하였을 뿐만 아니라 선교사 사택의 경우 단순 주거용이 아닌 신도들의 출입이 자유로운 개방된 공간으로 신앙상담, 교회관리 등이 이루어지는 종교용 시설이고, 또한 지방세법에서 종교용으로 취득한 부동산을 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 않는 경우 추징한다고 규정하고있으므로 수익사업에 사용하지 않았다면 3년이 경과한 시점에서 사용여부를 판단하여야 함에도 이 사건 건축물의 사용승인일로부터 3년이 경과하지 않은 2006.2.8. 이 사건 취득세 등을 부과한 것은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 종교단체가 부동산을 취득하여 기숙사로 사용하는 경우 기 비과세한 취득세 등을 부과고지한 것이 적법한지 여부에 관한 것이라 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제107조에서 다음 각호의 1에 해당하는것(122조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니하되 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에대하여는 취득세를 부과한다고 규정하고 그 제1호에서 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득을 규정하고 있고, 같은 법 제127조제1항에서 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니하되 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기·등록일부터 1년(제1호의 경우는 3년)이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여 등록세를 부과한다고 규정하고 그 제1호에서 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기라고 규정하고 있으며, 지방세법시행령 제79조제1항에서 법 제107조제1호에서 대통령령으로 정하는 비영리사업자라 함은 다음 각호의 자를 말한다고 규정하고 그 제1호에서 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체라고 규정하고 있고, 건축법시행령 [별표 1] 용도별 건축물의 종류를 규정하며 그 제2호에서공동주택을 아파트, 연립주택, 다세대주택, 기숙사로 구분하고 있으며, 기숙사는학교 또는 공장 등의 학생 또는 종업원 등을 위하여 사용되는 것으로서 공동취사 등을 할 수 있는 구조이되, 독립된 주거의 형태를 갖추지 아니한 것이라고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우는 2001.11.5. 이 사건 토지를 취득하기 위하여 매매계약을 체결하고 2002.5.4. 하나님의교회 교육관 신축으로 건축허가를 받았으며, 2002.6.15. 이 사건 토지를 취득한 후 2002.11.28. 청구외 (주)○○개발과 도급계약을 체결하였으나 인근 주민반발로 착공이 불가하자 2004.5.20. 교회기숙사로 설계변경허가를 받아 2004.7.31. 기숙사 공사를 착공하였으며, 2005.6.27. 이 사건 건축물의 사용승인을 받은 후 2005.7.29. 이 사건 건축물의 취득신고를 하고, 2006.4.7. 이 사건 건축물 중 지하1층 949.06㎡를 종교집회장으로 용도변경하고 주용도를 종교집회장으로 변경하였음은 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은이 사건 건축물을 취득하여 종교집회시설과 교회 사무실, 업무시설, 교육관, 기도실, 숙소 등의 종교용 시설로 사용하고 있으며, 취득일로부터 3년이 경과하지 않았음에도 정당한 사유없이 그용도에 직접 사용하지 않았다는 사유로 추징하는 것은 부당하다고 주장하고 있으나 지방세법 제107조제1호 및 같은 법 제127조제1항제1호에서 “그 용도에 직접 사용” 한다는 의미는 종교 활동에 필요한 예배·축전·종교교육·선교에 직접 공여되는 부동산을 뜻한다고 할 것이므로 종교단체가 취득한 부동산이라 하더라도 취득세 등 비과세 대상이 되는 부동산은 그 용도에 직접 사용하는 부동산에 한한다고 할 것이고, 건축법시행령에서 기숙사를 공동주택의 한 형태로 규정하고 있으므로 이 사건 쟁점부동산이 기숙사 및 부대시설임이 건축물관리대장에 의해 확인되고 있는 이상 청구인이 2006.4.7. 이 사건 건축물의 주용도를 공동주택(기숙사)에서 종교집회장으로 변경하고, 지하1층 중 949.06㎡를 문화및집회시설(종교집회장)로 변경하였다고 하더라도 용도변경한 종교집회장 949.06㎡는 처분청에서 종교용으로 인정한 부분이며, 추징대상이 된 이 사건 쟁점건축물은 그 용도가 기숙사로 유지되어 있으며, 2005.11.14. 작성한 처분청 담당공무원(지방세무주사 공○○외 1인)의 출장복명서에서 지하1층 일부와 1층 내지 3층이 기숙사 및 부대시설로 이용되고 있음이 확인되고 있고, 또한 청구인이 제출한 평면도에서도 1~2층에 배치된 각 교육실과 강의실에서는 지하1층 강의실에서와 달리 화장실과 세면대 등을 갖추고 있어 기숙사에 필요한 내부구조를 갖추고 있음을 확인할 수 있으며, 3층의 경우 교수실, 담임목사실, 부목사실, 전도사실, 강의실로 명명되어 있으나, 1~2층의 교육실과 구조가 동일하고, 담임목사, 부목사, 선교사 등이 교육이나 집회시 부정기적으로 숙소로 사용하고 있으므로 담임목사가 부정기적으로 사용하는 숙소를 담임목사의 사택이라고 할 수 없을 뿐만 아니라, 부목사는 교회의 필요에 따라당회장인 위임목사를 보좌하기 위하여 수시로 노회의 승낙을 받아 임명되어 임의로 시무하는 목사라는 점에서 그 교회의 종교활동에 필요불가결한 중추적인 지위에 있다고는 할 수 없으므로 부목사 등의 숙소로 사용되는 것은 그 목적사업에 직접 사용되는 것이라고 볼 수 없다 할 것(같은 취지의 대법원 판례 97누14644, 1997.12.12)이므로 이 사건 쟁점 건축물과 이 사건 쟁점 토지는 종교시설에 해당되지 아니한다고 보아야 할 것이며, 취득일로부터 3년이 경과되지 않았으므로 추징할 수 없다는 주장에 대하여도 동 규정에서 추징사유를 3년이내에 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우와 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우라고 규정하고 있으므로 이 사건 쟁점건축물을 기숙사 용도로 사용한 이상 2년이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 다른 용도로사용한 경우라 하겠으므로 취득일로부터 3년 이내라고 하더라도 마땅히 추징사유에 해당된다고 보아야 할 것이므로 이 사건 쟁점건축물에 대한 취득세 등의 납세의무가 성립한다고 할 것이며, 또한 고유업무에 직접 사용하기 위한 건축 등의 공사를 하였다고 하더라도 그것만으로는 고유업무에 직접 사용하기 위한 준비단계에 불과하여 당해 토지를 현실적으로 고유업무에직접 사용하였다고 볼 수 없다 할 것(대법원 판례 98두6022, 1999.11.26.)이며, 이 사건 쟁점건축물은 종교용에 2년이상 직접 사용하지 아니하고 다른용도(기숙사)로 사용되는 이상, 2002.6.15. 취득하여 취득일로부터 3년이 경과한 이 사건 쟁점토지도 추징사유에 해당된다고 할 것이므로 처분청에서 이 사건 취득세 등을 부과고지한 처분은 적법하다고 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2006. 6. 27. 행 정 자 치 부 장 관