임대계약서상 지상건축물 일부만을 임대목적물로 하여 임대한 경우 그 부속토지 또한 임차한 것으로 볼 수 있는지 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2003.11.18. ○○남도 ○○시 ○○면 ○○ 1-5번지외 4필지 토지 47,179㎡와 그 지상건축물 9,610.5㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 취득한데 대하여 구 조세특례제한법(2003.12.30. 법률 제7003호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제119조제3항제1호 및 같은 법 제120조제3항의 규정에 의하여 창업중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 취득 등기하는 부동산으로 보아 취득세와 등록세를 면제하였으나, 2005.5월 처분청 세무조사 결과 이 사건 부동산 중 건축물 3,286.77㎡(이하 “임대용 건축물”이라 하고 그 부속토지를 포함하여 이하 “쟁점 부동산”이라 한다)를 임대하고 있음을 확인하고 그 취득 등기일부터 2년 이내에 정당한 사유없이 다른 목적으로 사용한 것으로 보아 쟁점 부동산에 대하여 안분계산한 취득 등기가액(취득세 1,096,116,755원, 등록세 1,043,553,219원)을 과세표준으로 구 지방세법 제112조제1항 및 같은 법 제131조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 26,306,790원, 농어촌특별세 2,411,450원, 합계 28,718,240원(가산세 포함)은 2005.9.6.에, 등록세 37,567,900원, 지방교육세 6,887,440원, 합계 44,455,340원(가산세 포함)은 2005.10.4.에 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 공장임대차계약서상 임대차의 목적물을 공장건물과 그 부속부동산설비 및 기계장치와 이에 부속되는 기구 전체로 한다고 명시하고 있을 뿐 건물 부속토지를 포함하여 임대한다는 내용이 없음에도 토지를 임대목적물에 해당된다고 판단한 것은 잘못이라 하겠고, 설사 토지부분도 함께 임대한 것으로 본다고 하더라도 토지임대에 대하여 별도의 계약이 없는 한 최소한의 면적, 즉 임대건물 면적에 해당하는 토지면적만을 임대한 것으로 보아야 함에도, 전체 건물면적 중 임대면적이 차지하는 비율을 토지부분에도 동일하게 적용한 것은 잘못이라 하겠으므로 이 사건 취득세 등은 경정되어야 한다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 임대계약서상 지상건축물 일부만을 임대목적물로 하여 임대한 경우 그 부속토지 또한 임차한 것으로 볼 수 있는지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면, 구 조세특례제한법 제119조제3항 본문 및 제1호에서 창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일(창업벤처중소기업의 경우에는 벤처기업으로 확인받은 날을 말한다. 이하 같다)부터 2년 이내에 취득하는 사업용재산에 관한 등기에 대하여는 등록세를 면제하되, 등기일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 다른 목적으로 사용하거나 처분(임대를 포함한다)하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다고 규정하고 있고, 같은 법 제120조제3항에서 창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일부터 2년 이내에 취득하는 사업용재산에 대하여는 취득세를 면제하되, 취득일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 다른 목적으로 사용하거나 처분(임대를 포함한다)하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 전자제품 및 부품제조 판매업 등을 목적사업으로 2003.6.3. 설립된 창업중소기업으로서, 창업일부터 2년 이내인 2003.11.18. 이 사건 부동산을 취득하였으나, 2003.11.26.과 2003.12.30. 청구외 (주)○○○○ 및 (주)○○○○과 이 사건 부동산 중 공장건물 나동 1,920㎡과 그 부속부동산설비 및 별지목록기재의 기계장치와 이에 부속하는 기구 전체를 임대차의 목적물로 하는 공장임대차계약을 체결하였고, 2003.12.26. 청구외 ○○정밀(주)와 이 사건 부동산 중 공장건물 가동 6,344㎡ 중 264.5.㎡를 임대차의 목적물로 하는 공장임대차계약을 체결하였으며, 2005.4.1. 청구외 (주)○○중공업과 이 사건 부동산 중 공장건물 가동 6,344㎡ 중 951.8㎡를 임대차의 목적물로 하는 공장임대차계약을 체결한 사실은 제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 임대차계약서상 임대목적물을 공장용 건물만으로 한정하고 있으므로 부속토지는 추징대상에서 제외되어야 한다고 주장하므로 이에 관하여 보면, 청구인의 경우 비록 제3자와 체결한 임대차계약서상 임대목적물을 건축물로만 한정하고 있다고는 하나, 지상정착물의 부속토지란 지상정착물의 효용과 편익을 위해 사용되고 있는 토지를 의미하는 점, 통상적으로 건물의 임대차에는 당연히 그 부지 부분의 이용을 수반하는 점 등으로 미루어 볼 때, “공장용 건물”의 임대차라 함은 임차목적물 중 건물의 용도가 점포나 사무실 등이 아닌 공장용인 경우의 임대차를 뜻하는 것일 뿐이지, 그 적용대상이 대지를 제외한 건물에만 한정되는 것으로 볼 수는 없다 하겠고, 또한, 건축물 일부를 당해 사업에 사용하지 아니하고 임대하고 있는 경우 건축물의 부속토지 중 그 건축물의 연면적에 대한 임대면적의 비율에 해당하는 토지 부분은 임대용 건축물과 함께 당해 사업에 직접 사용하지 아니한 것으로 보는 것이 타당하다 하겠으므로, 처분청이 임대차계약서상 임대목적물인 건축물 뿐만 아니라 그 임대면적의 비율에 해당하는 토지에 대하여도 당해 사업에 직접 사용하고 있지 아니한 것으로 보아 면제한 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이 없다 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2006. 6. 27. 행 정 자 치 부 장 관