등록세중과제외대상 도시형공장을 취득하여 자본금을 일부를 대표이사의 사택 및 제3자의 임대용도로 사용하였을 경우 부동산 이전등기 및 법인등기의 등록세 중과세 대상에 해당하는지 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2003.9.8. 서울특별시 ○○구 ○○동 1572-20번지내 공장용 부동산(건물: 지하1층·지상4층 연면적 972.87㎡, 토지: 449㎡, 이하 “이 사건 부동산”이라 한다)을 도시형공장으로 사용할 목적으로 승계취득하여 등기한 것(이하 “부동산등기”이라 한다)과 그 후 2003.9.25. 서울특별시 ○○구 ○○동 826번지 산업단지내에 있던 본점을 이 사건 부동산으로 이전하면서 자본금 1억을 증자한 것(이하 “법인등기”이라 한다)에 대하여 각각 일반세율로 등록세를 신고납부 하였으나, 2005.11.25. 현지 세무조사 결과 이 사건 부동산중 임대하고 있는 부분과 대표이사의 사택으로 사용하고 있는 부분(457.37㎡, 이하 “이 사건 쟁점 부동산”이라 한다)이 확인되므로 이 사건 쟁점부동산에 대하여 등록세 중과대상이라고 보아 지방세법 제138조제1항의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 기납부 세액을 차감한 부동산등기 등록세 29,110,100원, 지방교육세 5,336,840원, 합계 34,446,940원(가산세 포함)과 법인등기 등록세 445,460원, 지방교육세 81,660원, 합계 527,120원(가산세포함)을 2006.2.10. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 대표이사가 거주하는 사택에 대하여 중과세하는 것은 지방세법시행령 제84조의2제3항의 규정과 산업집적활성화및공장설립에관한법률시행규칙 제2조제1호와 제7호에 의한 부대시설로 인정하고 있는 법 취지와 모순될 뿐 아니라 지방세의 과세요건에 관한 사항을 지방세법시행령에 위임하여 다른 법률의 취지에 반하는 것은 법적안정을 해치는 부당한 처분이며, 청구인은 공장을 승계취득당시 임대할 의사가 없었으나 경영상태의 악화로 부득이 자구책으로 임대한 것인데 이를 가지고 처분청에서 중과대상 업종을 겸업한다고 하는 것은 지방세법 제112조제3항의 입법취지에 저촉되지 않는 단지 기존공장의 승계취득한 경우나 생산과 판매를 겸하는 청구인의 사업특성에 미루어 중과세제외대상에 해당한다고 하고 있고, 설령 이 사건 부동산의 일부가 중과세대상업종에 해당한다고 하더라도 그 대상은 사택으로 사용하는 부분을 제외한 나머지 임대하고 있는 부분에 대하여만 해당되며, 아울러 등록세과세표준인 취득가액에는 토지가액을 제외한 건물가액만으로 하여야 한다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 등록세중과제외대상인 대도시내 도시형공장을 취득하여 자본금을 증자하였고, 그 일부를 대표이사의 사택 및 제3자의 임대용도로 사용하였을 경우, 부동산 이전등기 및 법인등기의 등록세 중과세 대상에 해당하는지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면, 구지방세법(2003.12.30. 법률 제7013호로 개정되기 전의 것) 제138조제1항에서 그 제1호의 대도시안에서의 법인의 설립(설립후 5년이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)과 지점 또는 분사무소의 설치에 따른 등기 및 그 제2호의 대도시외의 법인이 대도시내에로의 본점 또는 주사무소의 전입(전입후 5년이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)에 따른 등기(이 경우 전입은 법인의 설립으로 보아 세율을 적용) 및 그 제3호의 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기 및 그 제4호의 대도시(산업집적활성화및공장설립에관한법률의 적용을 받는 유치지역 및 도시계획법의 적용을 받는 공업지역을 제외한다)안에서의 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 하지만, 수도권정비계획법 제6조제1항제1호의 규정에 의한 과밀억제권역안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용부동산에 관한 등기 및 외국인투자촉진법에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다고 규정하고 있고, 지방세법 시행령 제84조의2제3항에서 법 제112조제3항에서 "대통령령이 정하는 법인의 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산"이라 함은 법인의 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산(기숙사·합숙소·사택·연수시설·체육시설등 복지후생시설과 향토예비군 병기고 및 탄약고를 제외한다)을 말한다고 하고 있으며, 같은 법시행령 제101조제1항에서 법 제138조제1항 단서에서 "대통령령이 정하는 업종"이라 함은 그 제8호의 유통산업발전법에 의한 유통산업 및 그 제19호의 중소기업진흥 및 제품구매촉진에 관한 법률에 의한 협동화사업으로서 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령 제34조제1호의 규정에 의한 도시형공장을 영위하는 사업을 말한다고 하고 있고, 같은 조제2항에서 제1항의 규정에 의한 업종을 영위하는 자가 당해 업종에 사용하기 위하여 취득한 재산을 그 등기 또는 등록일로부터 정당한 사유없이 1년(제1항제5호의 규정에 의한 주택건설사업의 경우는 3년)이 경과할 때까지 당해 업종에 직접 사용하지 아니하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우와 2년 이상 당해 업종에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우에 그 해당부분에 대하여는 법 제138조제1항 본문의 규정을 적용한다고 하고 있으며, 같은 법시행령 제102조제2항에서 법 제138조제1항제3호에서 "법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기"라 함은 당해 법인 또는 지점등이 그 설립·설치·전입이전에 취득하는 일체의 부동산등기를 말하고, "그 설립·설치·전입이후의 부동산등기"라 함은 법인 또는 지점등이 설립·설치·전입이후 5년이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다고 하면서 이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설·증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함한다고 하고 있으며, 같은 조제4항에서 법 제138조제1항제2호의 규정에 의한 대도시외의 법인이 대도시내로의 본점 또는 주사무소의 전입에 따른 등기 및 동항제3호의 규정에 의한 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 전입이후의 부동산등기는 당해 대도시외의 법인이 당해 대도시내로의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 등기를 말한다고 하고 있고, 같은 조제8항에서 법인이 제101조제1항 각호에서 규정한 업종과 중과대상업종을 겸업하는 경우로서 법 제138조제1항제1호 및 제2호의 등기에 따른 등록세의 과세표준이 구분되지 아니하는 경우 당해 법인에 대한 등록세는 직전사업연도(중과제외업종이 신설되는 경우에는 당해 사업연도)의 당해 법인의 총매출액에서 중과제외업종과 중과대상업종의 매출액이 차지하는 비율에 따라 안분하여 과세한다고 규정하고 있으며, 산업집적활성화및공장설립에관한법률 제2조제1호에서 "공장"이라 함은 건축물 또는 공작물, 물품제조공정을 형성하는 기계·장치 등 제조시설과 그 부대시설을 갖추고 대통령령이 정하는 제조업을 영위하기 위한 사업장으로서 대통령령이 정하는 것을 말한다고 하고 있고, 같은 법률 제28조에서 산업자원부장관은 첨단산업의 공장, 공해발생정도가 낮은 공장 및 도시민생활과 밀접한 관계가 있는 공장 등을 대통령령이 정하는 바에 따라 도시형공장으로 지정할 수 있다고 하고 있으며, 같은 법률시행령 제2조제1항에서 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제2조제1호의 규정에 의한 제조업의 범위는 통계법 제17조의 규정에 의하여 통계청장이 고시하는 표준산업분류에 의한 제조업으로 한다고 하고 있고, 같은 조제2항에서 법 제2조제1호의 규정에 의한 공장의 범위에 포함되는 것은 그 제1호의 제조업을 영위함에 필요한 제조시설 및 시험생산시설 및 그 제2호의 제조업을 영위함에 있어서 그 제조시설의 관리·지원, 종업원의 복지후생을 위하여 당해 공장부지안에 설치하는 부대시설로서 산업자원부령이 정하는 것 등이라고 있으며, 같은 법률시행령 제34조에서 법 제28조의 규정에 의한 도시형공장은 그 제1호가목의 대기환경보전법 제2조제8호의 규정에 의한 특정대기유해물질을 배출하는 대기오염물질배출시설을 설치하는 공장 등으로 한다고 하고 있고, 같은 법률시행규칙 제2조에서 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령 제2조제2항제2호의 규정에 의한 부대시설은 그 제1호의 사무실·창고·경비실·전망대·주차장·화장실 및 자전거보관시설 및 그 제7호의 식당·휴게실·목욕실·세탁장·의료실·옥외체육시설 및 기숙사등 종업원의 복지후생증진에 필요한 시설 등과 같다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 살펴보면, 1992.6.18. 청구인은 상호를 주식회사 백마지업으로, 목적사업을 지류도매업·광고기획 및 인쇄물·서비스 수출입 알선·지류임가공업 등으로, 본점소재지를 서울특별시 ○○구 ○○동 826번지(2006.1.20. 한국산업단지공단에서 위 본점소재지를 산업단지내 있는 것으로 통보함)으로 하여 지류가공 공장(분류코드: 21019)을 영위하는 법인을 설립하였고, 2003.9.25. 청구인은 법인의 상호를 ○○○○(주)로, 본점소재지를 이 사건 부동산 소재지로, 목적사업을 부동산임대업을 추가하는 것으로 변경한 다음 다음 날 자본금 1억원을 증자하였으며, 2003.9.29. 관할세무서에도 상호 및 부동산임대업 추가 사항을 신고하여 사업자등록증(113-81-38136)이 정정교부되었고, 2005.11.25. 관할관청은 이 사건 부동산에 대하여 현지사실조사를 실시한 결과 이 사건 부동산의 사용현황을 보면, 지층(216.45㎡)을 청구인이 지류임가공 공장으로 사용중이며, 1층(199.05㎡)은 청구인의 법인 본점 사무실(40㎡) 및 자재창고(60㎡)로, 나머지(99.05㎡)는 2005.5.2. 박○○에게 2005.6.10.부터 2007.6.9.까지 임대하는 것으로 임대차계약을 체결하였고, 2층 전체(199.05㎡)는 (주)○○에니메이션이 사무실용도로 임차하여 2004.3.31. 본점이전 등기를 마쳤으며, 3층(199.05㎡)은 청구인의 종업원 기숙사로 사용하고 있고, 4층(159.27㎡)은 청구인 및 가족(처, 자2인)이 2003.10.20. 주민등록 전입신고를 마치고 주거용으로 사용하고 있고 있는 것을 볼 수 있으며, 2005.12.29. 관할세무서장이 발행한 폐업사실증명원에서 임차인 (주)○○에니메이션은 개업일은 1998.3.9.이고 폐업일은 2005.11.22.로 되어 있는 것으로 확인되고 있으며, 2005.12.30. 청구인은 이 사건 부동산에 대하여 지층은 공장으로, 1층은 사무실(40㎡) 및 자재창고(60㎡) 및 임대(99.05㎡)로, 2층은 임대용으로, 3층은 기숙사로, 4층은 주택으로 각각 사용하고 있다는 사실확인서를 작성하였음을 제출된 관계 증빙자료를 통해 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 대표이사의 거주사택은 공장의 부대시설인데도 중과세하는 것은 모순이 있고, 또한 지방세법 제112조제3항의 입법취지에 저촉되지 않는 단지 기존공장의 승계취득한 경우일 뿐만 아니라 생산과 판매를 겸하는 청구인의 사업특성에 미루어 중과세제외대상에 해당한다고 주장하므로 이를 살펴보면, 구지방세법 제138조제1항에서 대도시외 지역에서 대도시내로의 본점전입에 따른 법인등기 및 취득한 부동산등기에 대하여 중과세하지만 같은 법시행령 제101조제1항의 대도시내 법인중과세예외업종에 대하여는 제외한다고 하고 있고, 여기서 관련 법령의 적용을 받는 산업단지는 대도시에서 제외한다고 하고 있는 데, 이 사건 경우 처분청은 대도시내 산업단지에 소재하였던 본점을 동일한 대도시내로 부동산을 취득하여 이전하므로 대도시내로의 본점전입으로 보았으나 법인중과세예외업종에 해당하여 일반과세하였다가 유예기간이 종료후 중과세예외업종에 사용하지 않는 부분에 대하여 중과세율로 등록세를 추징한 것으로서, 먼저 이 사건 쟁점부동산중 사택에 대하여는 공장의 부대시설이므로 임대한 부분만 중과세하여야 한다는 주장에 대하여 보면, 지방세법시행령 제84조의2제3항에서 법 제112조제3항에서 법인의 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산을 중과세 하면서 기숙사·합숙소·사택 등 복지후생시설을 제외한다고 규정하고, 산업집적활성화및공장설립에관한법률시행규칙 제2조제1호와 제7호에 의한 부대시설의 범위를 제조시설의 관리·지원과 종업원의 복지후생 증진에 필요한 시설로 규정하고 있는데, 위에서 사택이란 사업체에서 중추적인 역할을 담당하는 특정 직원들에게 업무의 효율성을 높이기 위하여 입주하기는 곳이라 할 수 있고, 이는 통상적으로 입주선정기준 및 입주기간 및 관리준수 등으로 거주를 제한하고 있는 것이라 할 수 있으며, 특히, 이러한 사택의 특성에 비추어 사업체의 대표이사는 중과제외 업종에 직접 사용한 것으로 볼 수 없다(행정자치부 심사결정 제2005-438호, 2005.9.26)고 하고 있으므로, 청구인의 경우, 이 사건 쟁점부동산 중 4층(159.27㎡)을 대표이사 및 그 가족이 2003.10월 전입하여 과세당시 거주하고 있음이 주민등록등본 및 처분청 담당공무원의 조사복명서에서도 확인되고 있는 이상 관련 법령에서 공장의 부대시설로 보는 사택과는 그 법적 성질상 같다고 보기는 무리가 있다고 봄이 상당하다 할 것이며, 또한, 청구인은 기존공장의 승계취득한 경우일 뿐만 아니라 생산과 판매를 겸하는 청구인의 사업특성에 미루어 중과세제외대상에 해당한다고 주장하나, 지방세법시행령 제101조제2항에서 법인중과세예외업종을 영위하는 자가 당해 업종에 사용하기 위하여 취득한 재산을 당해 업종에 직접 사용하지 아니하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우에 그 해당 부분에 대하여는 등록세 중과세율을 적용한다고 규정하고 있는바, 청구인은 대도시 내이지만 예외적으로 대도시로 보지 않는다는 관련법령상의 산업단지내의 기존본점을 이 사건 부동산 소재지로 이전한 것은 지방세법 제138조제1항에 규정된 대도시 내로의 본점 전입으로서 등록세 중과세 대상에 해당하지만 청구인이 영위하고 있는 지류임가공업(21019)은 중과세제외업종이어서 등록세 일반과세대상에 해당한다 할 것인데, 청구인의 경우, 관할관청에서 현지사실조사당시 이 사건 쟁점부동산 중 1층 일부(99.05㎡)는 2005.5월 제3자에게 2005.6월부터 2007.6월까지 임대하는 것으로 되어 있고, 그 중 2층 전체(199.05㎡)는 (주)○○에니메이션이 사무실용도로 임차하고 있으며, 그 중 4층(159.27㎡)은 2003.10월부터 주민등록상 전입신고를 마치고 대표이사의 사택으로 사용하고 있는 사실을 종합하여 볼 때, 이 사건 쟁점부동산은, 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 하여야 할 것이고 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다 할 것(대법원 2004.5.28. 선고 2003두7392 판결)이어서, 청구인이 당초목적대로 도시형공장용도로 사용하고 있지 않는 것이 확인되는 이상 처분청에서 이 사건 등록세를 중과세한 처분은 잘못이 없다고 하겠고, 한편, 대표이사의 사택 및 임대하고 있는 부분 전체가 중과세대상이라 하더라도 과세대상은 건물부분만 하여야 한다고 주장하나 관련 법령에서 대도시내로의 법인전입시 부동산등기는 전입에 따른 일체의 부동산을 말하고 있고, 청구인은 도시형 공장은 물론 그 부속토지도 함께 취득하였으므로 당연히 토지부분도 건물에 있어서 중과세대상부분을 전체면적에서 안분하여 중과세하는 것이 합리적이라 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2006. 6. 27. 행 정 자 치 부 장 관