비과세,감면하는 종전사업시행자의 부동산을 승계취득한 경우 및 재개발사업완료후 건축물을 신축취득한 경우 취득세 등의 감면대상이 되는 지 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 합병존속회사인청구인이2000.10.5.구서울특별시도시개발사업에대한시세과세면제에관한조례(이하 “시세감면조례”라고 한다)상감면대상인 도심재개발사업(이하 “이 사건 도심재개발사업”이라 한다)구역내 있는서울특별시 ○○구 ○○동 283번지외 38필지 4,117.3㎡와 그 지상 일부의 건축물 7개동 425.36㎡(이하 “이 사건 부동산”이라고 한다)을 최초 도심재개발사업사업시행자인 ○○건설(주)로부터 취득하여 취득세 등을 신고납부 및 환급받았고(이하 “이 사건 제1취득행위”라고 한다), 이 사건 도심재개발사업을 그 사업시행자로서 완료하여신번지로 구획정리된 같은동 272번지상 지하6층·지상24층 업무시설용 건축물(44,264.82㎡, 이하 “이 사건 건축물”이라 한다)을2002.2.19.신축취득한 데 대하여취득세 및 등록세를 감면받았으나(이하 “이 사건 제2취득행위”라고 한다), 그 후 이 사건 제1취득행위는 취득당시1994.12.31. 시세감면조례가 폐지되었으므로감면대상에 해당하지 않는 것으로 보아 이 사건 부동산의취득가액(12,800,000,000원)을 과세표준으로 구지방세법 제112조제1항의 일반세율을 적용하여 산출한 취득세 256,000,000원, 농어촌특별세법(법률 제6298호로 개정되기 이전의 것)제5조의 규정에 의한 세율(100분의 10)을 적용하여 산출한 농어촌특별세 25,600,000원, 합계 281,600,000원을, 구지방세법 제138조제1항제3호의 대도시내의 법인신설 등의 중과세율을 적용하여 산출한 등록세 1,152,000,000원, 지방교육세 230,400,000원, 합계 1,382,400,000원을 2005.9.9. 각각 부과고지하였고(2006.2.10. 이의신청결정통지 받음), 이 사건 제2취득행위는 구지방세법 제109조제3항제2호에 규정된 사업시행인가 이후 환지 이전에 부동산을 승계취득한 자가종전 부동산가액을 초과하여 취득한 부동산으로서과세대상에 해당한다고 보아, 이 사건 건축물 취득가액(69,658,666,792원)을 과세표준으로 지방세법 제112조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 1,393,173,330원, 농어촌특별세 139,317,330원, 합계 1,532,490,660원을, 위 취득가액으로 구지방세법 제138조제1항제3호의 대도시내 신설법인 등의 중과세율을 적용한 산출한 등록세 1,671,807,990원, 지방교육세 334,361,590원, 합계 2,006,169,580원을, 본점사무소용 부동산(346.6/29,998.90)에 해당하는 안분취득가액(804,819,307원)을 과세표준으로 지방세법 제112조제3항의 중과세율을 적용하여 산출한 취득세 32,192,760원, 농어촌특별세 3,219,270원, 합계 35,412,030원을 2006.4.12. 각각 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은도심재개발구역내에 있는 이 사건 부동산을 1991.8.2. 최초 이 사건 도심재개발사업시행자로 승인받은○○건설(주)로부터 2000.10.5. 취득(이 사건 제1취득행위)한 다음 1996.11.26. 신탁취득하여 승계사업시행자인 한국투자신탁(주)로부터 2000.10.18 사업시행자지위를 승계받아 그 변경인가를 받아 그 후 위 재개발사업을 완료하여 이 사건 건축물을 2002.2.19. 신축취득(이 사건 제2취득행위)한 사실이 있는데,이러한 이 사건 제1,2취득행위는,첫째, 시세감면조례(1990.12.31. 조례 제2687호로 개정된 것) 제2조의 감면대상은 도심재개발사업시행자가 그 사업을 시행하기 위하여 취득하는 토지이면 그것이 위 사업시행자변경인가전에 취득한 것이든 그 이후에 취득한 것이든 전부 해당 하는 것으로 해석할 수 있다고 하고, 둘째, 도심지재개발사업과 주택개량재개발사업 전체를 감면대상구역으로 한 시세감면조례가 1991.12.31 조례 제2843호로 개정되면서 주택개량재개발사업에 대하여 감면대상으로 한정하였지만 그 부칙에 조례시행당시 종전규정에 의한 것은 종전규정에 따른다는 경과규정을 마련한 점에 비추어 1991.8.2. 최초 사업시행자인 ○○건설(주)는 시행당시 종전규정을 적용받는 것이므로 이를 승계한 청구인도 기득권 내지 신뢰보호라는 측면에서 종전규정에 해당되어 감면되어야 하는 것이며, 셋째, 도시재개발법(2002.2.24. 법률 제6655호로 개정되기 이전의 것) 제6조제2항의 규정에 의한 적법절차를 거쳐 사업시행자 변경인가를 받아 그 동질성이 유지되고 있고 종전의 사업시행자에게 인정되었던 권리가 새로운 시행자에게 포괄적으로 승계된다는 점에서 시세감면조례상의 취득세 등 면제에 관한 권리도 새로운 사업시행자에게 승계되었다고 하면서, 당연히 감면대상으로 보아야 한다고 하고, 특히, 이 사건 제2취득행위는 대법원판례(95다44917판결, 1996.8.23 선고) 및 행정자치부 심사결정례(제2000-507호, 2000.7.25, 제2001-580호, 2001.11.26.)에 비추어 감면하여야 한다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 도심재개발사업구역내 부동산을 사업시행자가 취득할 경우 비과세/감면하는 데, 승계사업시행자가 종전사업시행자의 부동산을 승계취득한 경우 및 재개발사업완료후 건축물을 신축취득한 경 우 취득세 등의 감면대상이 되는 지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면, 구지방세법(2002.8.26. 법률 제6838호로 개정되기 이전이 것) 제112조제3항에서 수도권정비계획법 제6조의 규정에 의한 과밀억제권역안에서 대통령령이 정하는 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산(본점 또는 주사무소용 건축물을 신축 또는 증축하는 경우와 그 부속토지에 한한다)을 취득하는 경우와 동법 동조의 규정에 의한 과밀억제권역(공업배치및공장설립에관한법률의 적용을 받는 산업단지·유치지역 및 도시계획법의 적용을 받는 공업지역을 제외한다)안에서 공장을 신설 또는 증설하기 위하여 사업용 과세물건을 취득하는 경우의 취득세율은 제1항의 세율의 100분의 300으로 한다고 규정하고 있고, 같은 법 제138조제1항에서 그 제3호의 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다고 하고 있으며, 2002.12.30. 개정된 구지방세법 제109조제3항에서 도시개발법에 의한 도시개발사업과 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업(주택재개발사업 및 도시환경정비사업에 한한다)의 시행으로 인하여 당해 사업의 대상이 되는 부동산의 소유자(상속인을 포함한다)가 환지계획 및 토지상환채권에 의하여 취득하는 토지, 관리처분계획에 의하여 취득하는 토지 및 건축물(이하 이 항에서 "환지계획등에 의한 취득부동산"이라 한다)과 사업시행자가 취득하는 체비지 또는 보류지에 대하여는 취득세를 부과하지 아니하나, 그 제1호의 환지계획등에 의한 취득부동산의 가액의 합계액이 종전의 부동산가액의 합계액을 초과하여 도시재개발법 등 관계법령에 의하여 청산금을 부담하는 경우 그 청산금에 상당하는 부동산 및 그 제2호의 환지계획등에 의한 취득부동산의 가액의 합계액이 종전의 부동산가액의 합계액을 초과하는 경우 그 초과액에 상당하는 부동산(사업시행인가 이후 환지 이전에 부동산을 승계취득한 자에 한한다)에 대하여는 취득세를 부과한다고 하고 있고, 2000.12.29. 개정된 구지방세법 제109조제3항에서 도시개발법에 의한 도시개발사업과 도시재개발법에 의한 재개발사업의 시행으로 인하여 당해 사업의 대상이 되는 부동산의 소유자(상속인을 포함한다)가 환지계획 및 토지상환채권에 의하여 취득하는 토지, 관리처분계획에 의하여 취득하는 토지 및 건축물(이하 이 항에서 "환지계획등에 의한 취득부동산"이라 한다)과 사업시행자가 취득하는 체비지 또는 보류지에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다(단서 내용은 개정된 내용과 동일함으로 생략)고 하고 있으며, 1993.12.27. 개정된 구지방세법 제109조제3항에서 토지구획정이사업법에 의한 토지구획정이사업, 도시계획법에 의한 도시개발예정구역조성사업과 도시재개발법에 의한 재개발사업의 시행으로 인하여 사업시행인가 당시 소유자(상속인을 포함한다)가 환지계획에 의하여 취득하는 토지, 관리처분계획에 의하여 취득하는 토지 및 건축물과 사업시행자가 체비지 또는 보류지를 취득하는 경우에는 취득세를 부과하지 아니하지만, 새로 취득한 부동산가액의 합계액이 종전의 부동산가액의 합계액을 초과하여 도시재개발법등 관계법령에 의하여 청산금을 부담하는 경우 그 청산금에 상당하는 부동산에 대하여는 취득세를 부과한다고 하고 있고, 같은 조 제2항에서 토지구획정이사업법의 규정에 의한 토지구획정이사업과 도시계획법의 규정에 의한 재개발사업 및 개발예정구획조성사업의 시행으로 인하여 소유자가 환지받는 경우와 사업시행자가 체비지 또는 보류지를 취득하는 경우에는 취득세를 부과하지 아니한다고 하고 있으며, 도시재개발법(2002년도에 폐지) 제2조제1호에서 "재개발구역"이라 함은 재개발사업을 시행하기 위하여 도시계획으로 지정고시된 구역을 말한다고 하고 있고, 그 제2호에서 "재개발사업"이라 함은 재개발구역안에서 토지의 합리적이고 효율적인 고도이용과 도시기능을 회복하기 위하여 이 법이 정하는 바에 의하여 시행하는 건축물 및 그 부지의 정비와 대지의 조성 및 공공시설의 정비에 관한 사업과 이에 부대되는 사업을 말하며, 도심지재개발사업과 주택개량재개발사업으로 구분하여 시행한다고 하고 있고, 그 제3호에서 "시행자"라 함은 재개발구역안에서 이 법에 규정된 절차에 따라 재개발사업을 시행하는 자를 말한다고 하고 있으며, 같은 법 제3조(재개발기본계획의 작성) 및 제4조(재개발구역의 지정) 및 제5조(재개발사업계획의 입안 및 결정) 및 제6조(재개발사업계획의 기준) 등의 의무조항이 있고, 같은 법 제7조제2항에서 시행자와 권리자의 변동이 있을 때에는 이 법 또는 이 법에 의한 명령이나 규약·정관 또는 시행규정이 정하는 바에 의하여 종전의 시행자와 권리자가 행하거나 시행자와 권리자에 대하여 행한 처분·절차 기타의 행위는 새로이 시행자와 권리자로 된 자가 행하거나 새로이 시행자와 권리자로 된 자에 대하여 행한 것으로 본다고 하고 있으며, 같은 법 제9조(토지등의 소유자의 시행) 및 제10조(지방자치단체 등의 시행) 및 제11조(제3개발자의 시행)등의 사업시행자에 관하여 규정하고 있고, 같은 법 제34조제1항에서 시장·군수 또는 구청장외의 시행자는 제33조의 규정에 의한 분양신청기간이 경과한 때에는 이 법이 정하는 바에 의하여 대지 및 건축시설에 관한 관리처분계획을 정하여 시장·군수 또는 구청장의 인가를 받아야 하지만, 시행자외의 토지등의 소유자가 없는 경우에는 그러하지 아니하다고 하고 있으며, 같은 조제9항에서 시행자는 제33조의 규정에 의하여 분양신청을 받은 후 잔여분이 있는 경우에는 규약·정관·시행규정 또는 사업시행계획이 정하는 목적을 위하여 보류지(건축시설을 포함한다)로 정하거나 일반에게 분양할 수 있다고 하고 있고, 같은 조제10항에서 재개발사업의 시행으로 인한 대지 및 건축시설은 관리처분계획에 의하여 이를 처분 또는 관리하여야 한다고 하고 있으며, 같은 법 제39조제2항에서 제1항의 규정에 의하여 취득하는 대지 또는 건축시설은 토지구획정이사업법의 규정에 의한 환지로 보고, 제34조제9항의 규정에 의한 보류지와 일반에게 분양하는 대지 또는 건축시설은 토지구획정이사업법의 규정에 의한 보류지등으로 본다고 하고 있으며, 토지구획정리사업법(2000.1.28. 법률 제6252호로 폐지) 제54조제1항에서 시행자는 구획정이사업에 필요한 경비에 충당하거나 규약·정관·시행규정 또는 사업계획이 정하는 목적을 위하여 환지계획에서 일정한 토지를 환지로 정하지 아니하고 이를 체비지 또는 보류지로 정할 수 있다고 하고 있고, 한편, 구서울특별시도시개발사업에대한시세과세면제에관한조례 제2조제1항의 개정과정을 살펴보면, 1994.4.14. 조례 제3091호로 그 제1호의 도시재개발법의 규정에 의한 사업시행자(도시재개발법의 규정에 의하여 사업시행자로 지정받은 자를 포함한다) 및 도시저소득주민의주거환경개선을위한임시조치법의 규정에 의한 사업시행자(사업시행자의 지정을 받지 않은 주민을 포함한다)가 당해 사업을 시행하기 위하여 일시적으로 토지와 건축물을 취득하는 경우, 그 제2호의 재개발사업의 최초 시행인가일 또는 주거환경개선계획의 최초 고시일 현재 토지나 건축물을 소유한 자가 당해 사업의 시행으로 인하여 주거용 토지와 건축물을 취득하는 경우(다만, 주거환경개선사업을 위한 현지 개량사업지구 내에서 새로이 취득하는 토지, 또는 주택건설촉진법 제3조에서 정의하는 국민주택규모를 초과하는 주택으로서 종전의 토지와 건축물가액을 초과하는 부분에 대하여는 그러하지 아니하다.)에는 1994년 12월 31일까지 취득세와 등록세를 면제한다고 개정실효라고 있으며, 1993.7.3. 조례 제3007호로 그 제1호의 도시재개발법의 규정에 의한 사업시행자(도시재개발법의 규정에 의하여 사업시행자로 지정받은 자를 포함한다) 및 도시저소득주민의주거환경개선을위한임시조치법의 규정에 의한 사업시행자(도시저소득주민의주거환경개선을위한임시조치법의 규정에 의하여 주민이 사업을 시행하는 경우에는 그 주민을 포함한다), 그 제2호의 제1호의 규정에 의한 사업시행자로부터 분양받아 취득하는 당해 재개발사업 최초 시행인가 및 주거환경개선계획 최초고시 당시의 토지 및 건축물 소유자가 도시재개발법의 규정에 의하여 지정된 재개발구역(도시재개발법 제2조제2호의 규정에 의한 주택개량재개발사업에 한한다. 이하 같다) 및 도시저소득주민의 주거환경개선을 위한 임시조치법의 규정에 의하여 지정된 주거환경개선지구내에서 주거환경개선사업시행을 위하여 취득하는 토지 및 건축물(개량건축물 포함)에 대하여는 1994년 12월 31일까지 취득세 및 등록세를 면제한다고 개정되고 있고, 1991.12.31. 그 제1호의 도시재개발법의 규정에 의한 시행자 및 도시저소득주민의 주거환경개선을 위한 임시조치법의 규정에 의한 시행자(시행자로 지정받은 자를 포함한다), 그 제2호의 제1호의 규정에 의한 사업시행자로부터 분양받아 취득하는 당해 재개발사업 최초 시행인가 및 주거환경개선계획 최초고시 당시의 토지 및 건축물 소유자가 도시재개발법의 규정에 의하여 지정된 재개발구역(도시재개발법 제2조제2호의 규정에 의한 주택개량재개발사업에 한한다. 이하 같다) 및 도시저소득주민의 주거환경개선을 위한 임시조치법의 규정에 의하여 지정된 주거환경개선지구내에서 주거환경개선사업시행을 위하여 취득하는 토지 및 건축물(개량건축물 포함)에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제한다고 하면서 그 부칙 제2조에서 이 조례 시행 당시 종전의 규정에 의하여 과세면제하였거나 과세면제하여야 할 시세에 대하여는 종전의 예에 의한다고 개정하고 있으며, 1990.12.31. 조례 제2687호로 그 제1호의 도시재개발법의 규정에 의한 시행자 및 도시저소득주민의 주거환경개선을 위한 임시조치법의 규정에 의한 시행자(시행자로 지정받은 자를 포함한다), 그 제2호의 도시재개발법의 규정에 의한 시행자 및 도시저소득주민의 주거환경개선을 위한 임시조치법의 규정에 의한 시행자로부터 분양받아 취득하는 당해 재개발사업 최초 시행인가 및 주거환경개선계획 최초고시 당시의 토지 및 건축물 소유자가 도시재개발법의 규정에 의하여 지정된 재개발구역 및 도시저소득주민의 주거환경개선을 위한 임시조치법의 규정에 의하여 지정된 주거환경개선지구내에서 주거환경개선사업시행을 위하여 취득하는 토지 및 건축물(개량건축물 포함)에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제한다고 개정되고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 살펴보면,1978.9.26. 이 사건 부동산이 건설교통부 고시 제285호로 도시재개발법에 의한 공평 제12지구 도심재개발사업구역으로 지정되었고,1990.12.31. 시세감면조례 제2조제1항을 조례 제2687호로 도시재개발법의 규정에 의한 시행자가 지정된 재개발구역내에서 사업시행을 위하여 취득하는 토지 및 건축물(개량건축물 포함)에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제한다고 개정하였으며,1991.8.2.서울특별시 고시 제243호로이 사건 부동산의 소유자인○○건설(주)를 사업시행자로 하여 이 사건 도심재개발사업시행인가를 받았고,1993.12.27. 구지방세법 제109조제3항이 법률 제4655호로 도시재개발사업시행으로 인하여 사업시행승인당시 소유자가 처분 등의 계획에 의하여 취득하는 부동산과 사업시행자가 취득하는 보류지등에 대하여 취득세를 비과세하지만 처분 등으로 보류지 등에 대하여 청산금을 부담할 경우 그 부분에 대하여 취득세 등을 부과한다고 개정되었으며, 1994.4.14. 시세감면조례를 조례 제3091호로 폐지하였고,1996.11.20. 서울특별시 종로구 고시 제57호로○○건설(주)에서한국○○○○신탁(주)로이 사건 도심재개발사업시행자변경인가를 받았으며,2000.10.5. 합병존속회사인 (주)○○○○(2005.10.20. 상호는 청구인으로 변경함)는 이 사건 종전부동산을 ○○건설(주)로부터 매입하였고(관련세액은 등록세등은 중과세율로 다음 날 납부하고, 취득세등은 일반세율로 같은 해 11.1. 신고납부하였으나, 처분청은 2002.6.21. 이를 시세면제조례에 해당하는 것으로 보아 부과취소하고 환부함),2000.10.20.서울특별시 종로구 고시 제76호로○○○○(주)에서 청구인으로 사업시행자변경인가 받았으며,2000.12.29. 구지방세법 제109조제3항이 도시재개발사업시행으로 인하여 사업시행승인당시 부동산 소유자에서 당해 사업의 대상이 되는 부동산의 소유자로 변경하고, 승계취득자에 대하여 그 초과금에 대하여 과세한다고 개정되었고,2002.2.19. 이 사건 건축물을 신축으로 취득하면서 취득세 등을 시세면제조례에 의하여 감면받았으며,2005.9.9. 이 사건 부동산에 대하여 시세면제조례가 1994.4.14.부로 폐지되어 감면대상이 아닌 것으로 보아 취득세 등을 다시 부과고지하였고, 2006.4.11. 이 사건 건축물에 대하여 구지방세법 제109조제3항제2호에 의한 사업시행인가이후 환지이전에 부동산을 승계취득한 자의 종전부동산 초과부분으로 보아 감면한 취득세 등을 부과고지하였으며, 한편, 청구인의 법인설립과정을 보면, 2000.7.11. 합병존속법인인 (주)○○○○는 서울특별시○○구○○동 679-4번지를 본점소재지로 하여 법인을 설립하였고, 이후 2002.2.1. 서울특별시○○구○○동 212번지로 본점이전하였다가 2002.4.4. 다시 같은 구○○동 272번지로 이전하였으며,2005.10.20.(주)○○○○는 같은 해 10.17. 법원의 인가(2005비합247호)를 얻어 (주)○○○○및○○산업(유)을 흡수 합병하면서 상호를(주)○○○○○○(청구인)로 변경한 사실들을제출된 관계 증빙자료를 통해 알 수 있다. 이에 대하여 청구인의 주장에 앞서 시세감면조례상 도시재개발사업과 관련된 감면요건을 보면, 시세감면조례(1990.12.31. 조례 제2687호로 개정된 것) 제2조제1항에서 도시재개발법의 규정에 의한 시행자가 도시재개발법의 규정에 의하여 지정된 재개발구역내에서 주거환경개선사업시행을 위하여 취득하는 부동산(개량건축물 포함) 및 최초 시행인가당시의 부동산 소유자가 위 시행자로부터 분양취득하는 부동산에 대하여는 취득세 등을 면제한다고 규정하고 있다가 1993.12.27. 법률 제4655호로 구지방세법 제109조제3항에 위 도시재개발사업에 대하여 삽입개정하여 도시재개발법에 의한 재개발사업의 시행으로 인하여 사업시행인가 당시 소유자가 관리처분계획 등에 의하여 취득하는 부동산과 사업시행자가 보류지 등을 취득하는 경우에는 취득세를 부과하지 아니한다고 하고 있고, 그에 따라 위 시세감면조례를 1994.4.14. 조례 제3091호로 폐지(실효)하였는데, 먼저, 도시재개발법상 재개발사업의 취지·성격 등을 보면, 도시재개발법 제3조·제4조·제5조·제6조·제34조 등을 종합하여 볼 때, 재개발사업은 정비기반시설이 열악하고 노후·불량건축물이 밀집하나 사적 자치에 의한 시장기능만으로는 그 회복이 불가능한 지역의 정비를 목적으로 하고, 이들 지역의 경우 소유자의 경제적 상황 등 원할한 사업추진이 어려워 원칙적으로 지방자치단체 등이 시행하는 것으로 하고 있지만, 주민의 반발 등을 고려하여 조합 등 사업시행자가 행정관청을 대신하여 각종의 권력적 처분권을 행사할 수 있는 공행정주체로서의 지위를 가지고(서울행정법원 2005구합27253판결 2005.12.29.선고) 있는 등의 공공적 측면이 강하게 가지고 있음을 전제로 하면서, 도심재개발사업시행자는 법령상 부동산 소유자 및 조합 및 지방자치단체등 및 제3개발업자가 할 수 있는 데, 이중 청구인과 같은 사업구역내 부동산 소유자이면서 사업시행자(이하 “소유자겸 시행자”라고 한다)에 대하여 감면여부는 재개발사업절차상 이미 사업구역내 부동산을 전부 취득하여 더 이상 취득할 부동산이 없고, 설령 있다하더라도 공동시행자의 다른 편의 지분을 취득하는 것이나 다른 사업구역내 부동산을 취득하는 것인데 전자의 경우 사업시행자의 지위로서 취득하는 것이 아니라 단지 소유자로서 취득하는 것이어서 감면대상이 아님이 분명하며, 후자는 재개발사업시행인가는 특정구간별로 지정된 사업구역이 선행한 다음 받은 것이므로 이는 취득후 사업구역이 새롭게 변경되어 새로운 사업구간으로 새로운 사업시행자로서 사업인가를 받아야 하는 것에 비추어 또한 소유자로서의 지위에서 취득하는 것이라 볼 수 있어서 감면대상이 아니라고 할 수 있는 것으로서, 위 조례상 감면대상인 도심재개발사업시행자가 사업시행을 위하여 취득하는 부동산은 조례와 같은 취지인 위 지방세법상에서 그 시행자가 취득하는 보류지 등에 한정하는 것이나 특정구간 재개발사업구역은 사업시행자가 사업인가전에 이미 구간별로 확정지정되어서 관리처분계획상 보류지 등이외는 취득할 다른 토지가 없는 것에 비추어 보류지 등만 해당하는 것으로 볼 수 있고, 이러한 보류지 등은 사업시행자가 사업비충당을 위하여 조합원(소유자)의 분양신청후 잔여분으로 관리처분계획상에 둘 수 있으며, 일반인에게 분양할 때까지 일시적으로 취득할 수 있는데, 재개발사업의 공공성 때문에 비록 이는 일종의 수익사업에 해당하지만 지방세법 또는 조례에서 비과세 등의 세제혜택을 주는 것인바, 소유자겸 시행자의 경우, 소유자가 아닌 사업시행자가 재개발사업추진과 관련하여 법령에서 부여받고 있는 공법적인 권한 등은 민원발생 등으로 추진하기 어려운 사업을 원활히 하기 위하여 특별히 마련한 것으로 볼 수 있는데, 이러한 권한을 반사적으로 누리면서 조세의 혜택까지 향유하는 것은 건축법 등에서의 사업시행자와 비추어 조세형평상 다소 지나치다고 볼 수 있을 뿐만 아니라 부동산 소유자이기 때문에 관리처분계획상 보류지 등을 취득할 여지가 없으므로 사업시행자가 사업시행을 위하여 취득하는 부동산으로서 취득세 등의 비과세 또는 감면대상으로 보기는 관련 법령의 취지 및 제반 절차 등에 비추어 무리가 있다고 할 것(행자부심사결정 제2005-507호, 2005.12.26.)인데, 청구인의 경우,1978.9월 이 사건 부동산은 도시재개발법에 의한 공평 제12지구 도심재개발사업구역으로 지정되었고,1991.8월 이 사건 부동산의 소유자인 극동건설(주)은 사업시행자로 하여 이 사건 도심재개발사업시행인가를 받았으나,자금난을 해결하고자 1996.11월 이 사건 부동산을 한국부동산신탁(주)에게 신탁하자 동 신탁회사는 이 사건 도심재개발사업시행자변경인가를 받았으며, 2000.10월 청구인은 이 사건 부동산을 취득한 다음 15일후 ○○○○(주)로부터 사업시행자의 지위를 승계받아 이 사건 도심재개발사업을 완료하였는바, 청구인은 이 사건 부동산 및 이 사건 건축물에 대하여 최초 사업시행자로부터 사업시행자의 지위를 승계받았으므로 최초 사업시행자가 사업승인받을 당시의 시세감면조례를 적용하여야 한다고 주장(첫째와 둘째주장 종합)하나, 우선, 최초 사업시행자는 이 사건 도심재개발사업시행인가전 구분지정확정된 사업구역내 전체 부동산 소유자한 자이고, 청구인은 이를 승계취득하였으므로 사회통념상 시세감면조례상 감면요건으로서 대상물건이 없을 뿐만 아니라 관련 법령 및 조례의 해석상 관리처분계획상 보류지 등을 취득할 여지가 없는 것이어서 사업시행당시 시세감면조례의 적용여부에 대한 시비는 그 실익이 없다고 할 것이고, 다음으로 청구인은 이 사건 부동산을 시세감면조례가 폐지된 이후 취득하였으므로, 신구 조례 등 중에서 어느 것을 적용하여야 하는 지를 보면, 시세감면조례는 지방세법에 흡수되면서 폐지되는 과정에서 실효된 조례나 흡수신설된 지방세법상 부칙상에 아무런 경과규정을 마련하지 아니한 경우,법률의 개정시에 종전 법률부칙의 경과규정을 개정하거나 삭제하는 명시적인 조치가 없다면 개정 법률에 다시 경과규정을 두지 않았다고 하여도 부칙의 경과규정이 당연히 실효되는 것은 아니지만 개정법률이 전문 개정인경우에는 기존 법률을 폐지하고 새로운 법률을 제정하는 것과 마찬가지이어서종전의 본칙은 물론 부칙 규정도 모두 소멸하는 것으로 보아야할 것이므로 특별한 사정이 없는 한 종전의 법률부칙의 경과규정도 모두 실효된다(대법원2002.7.26. 선고 2001두11168판결)고 보아야 할 것이며, 이를 대체한 새로운 조례가 그 부칙 등에서 ‘종전의 규정을 새로운 조례 시행 후에도 계속 적용한다’는 경과규정을 두지 아니한 이상, 다른 특별한 사정이 없는 한 개정전후의 조례 중에서 납세의무가 성립한 당시에 시행되는 새로운 조례를 적용하여야 하는 점(같은 취지 대법원 1999.9.3. 선고 98두15788 판결, 대법원1999.12.21. 선고 99다45734 판결, 서울행정법원 2005.10.28. 선고 2005구합16512 판결) 등에 비추어,이 사건 도심재개발사업시행당시 시세감면조례를 적용받아야 한다는 주장은 무리가 있다고 할 것이어서 이 사건 부동산이나 이 사건 건축물은 결국 구지방세법 제109조제3항의 규정을 적용받아야 하는데, 구지방세법 제109조제3항에서 도시재개발법에 의한 재개발사업의 시행으로 인하여 당해 사업의 대상이 되는 부동산의 소유자가 처분 등에 의하여 취득하는 부동산과 사업시행자가 취득하는 체비지 또는 보류지에 대하여는 취득세를 부과하지 아니하지만 부동산 승계취득자가 그것이 종전의 부동산가액의 합계액을 초과하는 경우 그 초과액 등에 상당하는 부동산에 대하여 과세한다고 하고 있으므로, 그렇다면 청구인은 이 사건 부동산은 보류지 등이 아니므로 사업시행자로서의 비과세 요건에 해당하지 않음은 물론 도심재개발사업이 완료되어 관리처분계획 등으로 취득하는 부동산이 아니어서 사업의 대상이 되는 소유자로서의 비과세 대상으로도 볼 수 없으며, 이 사건 건축물도 사업시행자가 보류지 등으로 취득하는 것이 아니라 사업시행으로 인하여 당해 사업대상이 되는 소유자로서 처분 등으로 취득하는 부동산이므로 그것이 이 사건 부동산을 승계취득한 가액보다 이 사건 건축물의 신축에 소요되는 비용만큼 초과된 것이고, 그 초과부분에 대하여는 취득세 등을 과세하는 것이므로 처분청에서 이 사건 부동산이나 이 사건 건축물에 대하여 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다고 하겠으며, 한편, 청구인은 도시재개발법의 규정에 의한 적법절차를 거쳐 이 사건 도심재개발사업시행자의 지위를 승계하여 관할관청으로부터 그 변경인가를 받았으므로 시세감면조례상의 취득세 등 면제에 관한 권리도 새로운 사업시행자에게 승계되었다고 주장하나, 도시재개발법(2002.2.24. 법률 제6655호로 개정되기 이전의 것) 제6조제2항에서 시행자와 권리자의 변동이 있을 때는 이 법 또는 이 법에 의한 명령이나 규약·정관 또는 시행규정이 정하는 바에 의하여 종전의 시행자와 권리자가 행하거나 시행자와 권리자에 대하여 행한 처분·절차 기타의 행위는 새로이 시행자와 권리자로 된 자가 행하거나 새로이 시행자와 권리자로 된 자에 대하여 행한 것으로 본다고 하고, 여기서 종전의 시행자가 행하거나 종전의 시행자에 대하여 행한 처분·절차 기타의 행위는 새로이 시행자로 된 자가 행하거나 새로이 시행자로 된 자에 대하여 행한 것으로 본다는 의미는 재개발사업의 원활한 진행을 위하여 종전의 사업시행자에게 행하여진 인·허가 등 처분과 종전의 사업시행자가 행한 행위를 새로운 사업시행자에게 행하여진 것으로 보거나 새로운 사업시행자가 행한 것으로 봄으로써 사업의 연속성을 보장하고 새로운 사업시행자가 관계법령 등에 의한 인·허가 등 절차를 다시 밟는 번거로움을 덜어주기 위한 것으로 봄이 상당하다고 할 것이며, 비과세감면요건에 해당하는 시점의 법령 등을 그때마다 적용하여야 하는 지방세법령이나 조례규정에 있는 비과세감면 요건까지도 승계한다고 해석하는 것은 개별법의 취지·특성 등이나 지방세법상 비과세감면은 이법이외에서 규정하는 것은 인정하지 못한다는 규정에 비추어 합리적 타당성이 없다고 할 수 있고, 설령 그러한 감면에 대한 권리까지 승계한다고 하더라도 이 사건 부동산은 ○○○○(주)로부터 사업시행자의 지위을 승계하기전에 취득한 것이며, 이 사건 건축물은 관련 법령상 보류지 등이 아니므로 소유자로서의 지위에서 승계취득한 것으로 볼 수 있는 것이어서 청구인의 주장을 받아들이기 어렵다고 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2006. 6. 27. 행 정 자 치 부 장 관