취득한 부동산을 유예기간 내에 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 않은 것으로 보아 면제한 취득세 등을 추징한 처분의 당부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2003.10.13. 경상북도 ○○시 ○○읍 ○○리 428-1번지외 4필지 토지 1,652.4㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)와 그 지상건축물 983.4㎡(이하 “이 사건 건축물”이라 하고, 이 사건 토지를 포함하여 이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 취득한데 대하여 구 지방세법(2003.12.30. 법률 제7013호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제266조제5항의 규정에 의하여 농업협동조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 보아 각각 취득세와 등록세를 면제하였으나, 2005.9.29. 처분청 세무담당공무원(지방세무주사 박○○외 2인)의 현지 확인결과 취득일부터 1년이 경과한 시점인 2004.10.26. 건축물 신축공사에 착공하였으므로, 유예기간 내에 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 그 취득가액(1,400,000,000원)을 과세표준으로 구 지방세법 제112조제1항 및 같은 법 제131조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 36,918,000원, 농어촌특별세 3,080,000원, 등록세 55,377,000원, 지방교육세 10,235,400원, 합계 105,610,400원(가산세 포함)을 2005.12.12. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 ○○클럽을 신축하기 위하여 이 사건 부동산 등을 취득하는 과정에서 연접한 타인 소유의 토지(원호리 428-5번지)를 매입하지 아니하고는 부지의 효용성이나 이용가치가 현저하게 떨어져 공사에 막대한 지장을 초래할 것으로 판단이 되어 이를 매입하기 위하여 소유자와 다각도로 협상을 추진하였으나 너무 높은 가격과 보상금을 요구하여 부득이 매입을 포기하고 이미 매입이 완료된 이 사건 토지상에 ○○클럽을 신축하기로 결정하고 당초 계획을 수정하여 설계변경, 지상건축물 철거, 기술검토, 지질조사 등을 거쳐 2004.8.11.에 건축허가서를 교부받은 다음 2004.10.13. 처분청에 착공신고 및 서류보완을 거쳐 2004.10.26. 착공신고를 완료하였는바, 이 사건 부동산을 유예기간 내에 고유업무에 직접 사용하지 못한 데에는 이 사건 토지와 연접한 토지를 취득하기 위하여 노력하는 과정에서 너무나 많은 시간이 소요된 데에 있으며, 이는 불가피하게 공사가 지연된 정당한 사유에 해당된다 하겠고, 또한, 연접 토지의 매입이 쉽게 되지 않을 것으로 판단하여 이 사건 토지를 공사착공시까지 인근에 위치한 청구인의 업무시설 이용객의 주차장으로 활용하였는바, 이는 이 사건 토지의 취득목적에부합되게 사용하였다고 보아야 할 것임에도, 단지 유예기간을 경과하였다고하여 처분청이 이 사건 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 농협이취득한 부동산을 유예기간 내에 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 면제한 취득세 등을 추징한 처분이 적법한 지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면, 구 지방세법 제266조제5항 본문에서농업협동조합법에 의하여 설립된 조합, 수산업협동조합(어촌계를 포함한다), 산림조합(산림계를 포함한다) 및 엽연초생산협동조합(이들 조합의 중앙회를 제외한다)이 고유업무(법령에서 개별적으로 규정하는 업무와 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무를 말한다. 이하 이 장에서 같다)에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(임대용부동산을 제외한다. 이하 이 항에서 같다)에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세 및 종합토지세를 면제한다고 하면서, 그 단서에서 다만, 그 취득일부터 1년 내에 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 2003.10.13. 이 사건 부동산을 취득한 후 2004.8.13. 처분청으로부터 건축허가서를 교부받은 다음 2004.10.13. 착공신고서를 제출하였다가 2004.10.14. 처분청으로부터 착공신고 보완통보를 받아 이를 보완하여 2004.10.26. 공사착공 신고가 수리되었고, 그 후 청구인은 2004.12.10. 건축관계자 변경신고를 하면서 공사착공일을 2004.12.13.로 변경하고 이때 공사에 착공하여 2005.4.22. 처분청으로부터 건축물 사용승인서를 교부받은 다음 이를 ○○클럽으로 운영하고 있는 사실과 이에 처분청은 유예기간 내에 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 면제한 취득세 등을 추징한 사실은 제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 이 사건 부동산을 유예기간 내에 고유업무에 직접 사용하지 못한 데에는 연접한 토지를 취득하기 위하여 노력하는 과정에서 너무나 많은 시간이 소요된 데에 있으므로 정당한 사유가 있다 하겠고, 연접 토지의 매입이 쉽지 않을 것으로 판단하여 공사착공시까지 인근에 위치한 청구인의 업무시설 이용객의 주차장으로 활용하였으므로, 토지 취득목적에 부합되게 사용하였다고 보아야 한다고 주장하므로 이에 관하여 보면, 구 지방세법 제266조제5항에서 농업협동조합이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하되, 취득일부터 1년 내에 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있고, 여기에서 “정당한 사유”라 함은 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 입법취지를 충분히 고려하면서 해당 법인이 영리법인인지 비영리법인인지 여부, 부동산의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는데 걸리는 준비기간의 길고 짧음, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 부동산을 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것(같은 취지의 대법원 판결 95누18314, 1996.3.12)인바, 청구인의 경우 이 사건 토지와 연접한 토지를 매입하지 못하게 되자 당초 계획을 변경하여 이 사건 토지상의 기존 건축물을 철거하고 건축허가와 착공신고 등 일련의 절차를 거쳐 건축물을 준공한 점 등을 종합하여 볼 때, 유예기간 내에 이 사건 토지상에 하나로클럽 신축공사를 시작할 수 있었음에도 이 사건 토지와 연접한 타인 소유의 토지를 더 취득하기 위하여 소유자와 장기간에 걸친 매수협의를 하는 과정에서 공사착공이 지연되어 유예기간 내에 취득 부동산을 고유업무에 직접 사용하지 못한 것은 청구인의 내부적인 사유로서 그와 같은 사유만으로는 정당한 사유라고 보기는 어렵다 하겠고, 또한, 이 사건 토지의 취득 목적이 인근에 위치한 청구인의 업무시설을 이용하는 고객의 접근편리성을 위하여 확보되어져야 할 필수적인 부대시설(주차장) 마련에 있지 아니하고 단지 하나로클럽 부지를 확보하기 위함에 있는 점과 청구인의 업무시설에 별도의 주차공간이 마련되어 있는 점 등으로 미루어 볼 때, 이를 임시 주차장으로 사용하였다고 하여 고유업무에 직접 사용한 것으로 볼 수는 없다 하겠으므로 처분청이 이 사건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2006. 5. 29. 행 정 자 치 부 장 관