종교용으로 사용하던 중 단체명을 변경하고 2년 이내에 매각한 경우 기 비과세한 취득세 등을 부과고지한 처분의 당부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2003.12.19. 인천광역시 ○○구 ○○동 248-191번지외 1필지 162.52㎡(부속토지 331㎡, 이하 “이 사건 부동산”라 한다)를 한국기독교장로회 인수교회로부터 증여로 취득한 후 이 사건 부동산에 대한 취득세 등을 비과세 받았으나, 2005.5.2. 청구외 대한예수교장로회 부평○○교회에 매각함에 따라 시가표준액 203,084,130원에 지방세법 제112조제1항 및 같은 법 제131조제1항제2호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 4,961,740원, 농어촌특별세 446,770원, 등록세 1,949,600원, 지방교육세 357,420원, 합계 7,715,530원(가산세 포함)을 2005.9.10. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 2003.12.19. 이 사건 부동산을 증여 취득하였으나, 이는2002.2.17. 신임 목사 부임에 따라 청구인의 대표가 변경되고, 기존 교회명이 부적절하다는 교인의 여론에 따라 교회명칭 공모와 제직회의 의결을거쳐노회의 명칭변경 허가를 받아 교회명칭을 변경하고, 이 사건 부동산의 정당한 권리행사를 위해 불가피하게 증여의 형식으로 등기권리자를 변경한 것으로 일반적인 의미의 소유권 이전이라고는 할 수 없으므로 이 사건 부동산의 취득일은 청구인의 전신인 인수교회가 소유권이전 등기한 1994.3.23.(교회 건축물)과 2002.4.2.(교회내 사택) 이전이라고 보아야 하므로 2005.5.2. 매매한 이 사건 부동산은 종교용으로 2년 이상 사용하고 매각한 것이기 때문에 이 사건 취득세 등의 추징은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 종교단체가 부동산을 취득하여 종교용으로 사용하던 중 단체명을 변경하고 2년 이내에 매각한 경우 기 비과세한 취득세 등을 부과고지한 것이 적법한 지 여부에 관한 것이라 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제107조에서 다음 각호의 1에 해당하는 것(122조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니하되 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 취득세를 부과한다고 규정하고 그 제1호에서 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득을 규정하고 있고, 같은 법 제127조제1항에서 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니하되 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기·등록일부터1년(제1호의 경우는 3년)이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여 등록세를 부과한다고 규정하고 그 제1호에서제사·종교·자선·학술·기예 기타공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에사용하기 위한 부동산에 대한 등기라고 규정하고 있으며, 부동산등기법 제30조제1항에서종중, 문중 기타 대표자나 관리인이 있는 법인 아닌 사단이나 재단에 속하는 부동산의 등기에 관하여서는 그 사단 또는 재단을 등기권리자 또는 등기의무자로 한다고 규정하고, 같은조 제2항에서 제1항의 등기는 그 사단 또는 재단의 명의로 그 대표자 또는 관리인이 이를 신청한다고 하고 있고, 같은 법 제31조에서 등기명의인의 표시변경 또는 경정의 등기는 등기명의인만으로서 이를 신청할 수 있다고 규정하고 있으며, 같은 법 제41조제2항에서 등기권리자의 성명 또는 명칭을 기재함에 있어서는 등기권리자의 주민등록번호를 병기하여야 하고, 이 경우 등기권리자에게 주민등록번호가 없는 때에는 제41조의2의 규정에 의한 부동산등기용등록번호를 병기하여야 한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제41조의2제1항에서 등기권리자의 성명 또는 명칭에 병기하여야 할 부동산등기용등록번호는 다음 각호의 방법에 의하여 부여한다고 하고 그 제3호에서 법인 아닌 사단이나 재단에 대한 등록번호는 시장·군수가 부여한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우는 1994.3.23.과 2002.4.2. 청구외 인수교회가 이 사건 부동산을 취득하였고, 2002.2.10. 청구외 인수교회 공동의회에서 청구외○○교회와의 합병을 의결하고, 2002.2.17. 윤○○ 목사가 부임하였으며, 2002.3월(일자 미상) 청구외 인수교회의 유○○목사가 청구외 한국기독교장로회 흑석동교회로 전출하였고, 2002.4.25.~26. 개최된 한국기독교장로회 인천노회 제38회 정기노회에서 교회명칭 변경허락으로 2002.5.9 청구외 인수교회에서 선민교회로 명칭이 변경되었으며, 2002.6.30. 제직회에서 정관 개정을 의결하였고, 2002.7.28. 윤정소 담임목사의 취임예배를 실시하였으며, 2003.12.19. 청구외 인수교회로부터 이 사건 부동산을 증여 취득한 후 2005.5.2. 청구외 대한예수교장로회 부평○○교회에 이 사건 부동산을 매각한 사실은 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 이 사건 부동산을 증여 취득한 것으로 신고하였으나, 이는 일반적인 의미의 취득과는 달리 동일교단 동일노회 내에서의 담임목사 청빙과 교회명칭 변경에 따른 불가피한 조치로 청구인 재산의 정당한 소유권 행사를 위해 등기권리자를 변경한 것일 뿐이므로 이 사건 부동산의 취득일은 청구인의 전신인 청구외 인수교회가 당초 취득한 날이며, 이로부터 2년이 경과한 후에 매각하였다고 주장하고 있으나, 청구외 인수교회가 적법한 정관변경절차를 거쳐 교회명칭을 청구인으로 변경하였다면 부동산등기법 제31조 규정에 따라 교회명칭이 변경되었음을 입증하는 정관변경 증명서면을 첨부하여 등기명의인 표시변경등기를 신청하였어야 함에도 인천광역시 남구청장으로부터 부동산등기법 제41조2의 규정에 의한 새로운 부동산등기용등기번호(23134-02147)를 부여받아 2003.12.23. 증여를 원인으로 소유권이전 등기를 하고, 이후 종교용 부동산의 취득으로 지방세비과세 신청을 하여 처분청으로부터 취득세 등을 비과세 받은 사실이 등기부등본 등에서 확인되고 있는 이상, 청구외 인수교회와 청구인은 주체의 변경이 없는 동일한 교회라고 볼 수 없다 할 것이므로 청구인이 이 사건 부동산을 취득한 시점은 2003.12.19.로 보아야 하고, 이로부터 2년 이내인 2005.5.2. 이 사건 부동산을 청구외 대한예수교장로회 부평○○교회에 매각하였으므로 처분청에서 종교용 부동산의 취득 후 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각한 것으로 보아 기 비과세한 이 사건 취득세 등을 부과고지한 처분은 적법하다고 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2006. 4.24. 행 정 자 치 부 장 관