구획정리사업 중에 취득한 토지의 사용가능시점을 잔금지급일로 보아 과세한 처분의 당부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 경기도 ○○시 ○○구 ○○동 620-6번지의 토지 2,086㎡를취득하기 위하여 1999.3.9. 한국토지공사와 매매계약(매매금액 834,400,000원, 연부기간 1999.3.9.～2002.3.9. 6개월 단위로 6회 분납)을 체결하고 2002.3.9. 잔금을 지급한 후 지방세법 제107조제1호의 규정에 의하여 취득세 등을 비과세 받았으나 2005.4.26. 처분청 세무담당공무원(지방세무 6급 이○○외 1인)의 현지확인에서 동 토지 취득일로부터 3년이 경과하도록 고유목적사업에 직접 사용하지 아니하고 방치하고 있으므로 이 사건 토지의 당초면적 정산시 감소된 13.6㎡의 취득가액(5,471,130원)을 제외한 2,072.4㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)의 취득가액(828,960,000원)에 지방세법 제112조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 19,895,040원, 농어촌특별세 1,823,710원, 합계 21,718,750원(가산세 포함)을 2005.8.12. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 구획정리사업 지구내에 위치하고 있는 이 사건 토지를 취득하기 위하여 택지조성 중인 1999.3.9. 매매계약을 체결하고 2002.3.9. 잔금을 지급하였지만, 건축 공사를 착공하고자 하여도 토지의 면적 등이 확정되지 아니하여 토지 사용에 많은 제한을 받기 때문에 토지구획정리사업을 완료하기 전에 잔금을 지급하였다고 하더라도 이 사건 토지를 사용할 수 있는 시점은 토지구획정리사업이 완료된 2003.5.9.이므로 이로부터 3년이 경과되지 아니한 2005.8.12. 이 사건 취득세 등을 부과 고지한 것은 부당하다고 주장하면서 이 사건 부과 처분의 취소를 구하였다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구 구획정리사업 중에 취득한 토지의 사용가능시점을 잔금지급일로 볼 것인지, 아니면 구획정리사업 완료일로 볼 것인지의 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로 먼저 관계법령의 규정을 보면, 지방세법 제107조에서 다음 각호의 1에 해당하는 것에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 그 해당부분에 대하여는 취득세를 부과한다라고 규정하고 그 제1호에서 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령이 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산 취득이라고 규정하고 있으며 같은법시행령 제79조제1항제1호에서 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체라고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 2002.3.9. 이 사건 토지를 취득한 후 취득세 등을 비과세 받았으나 2005.4.26. 처분청 세무담당공무원(지방세무 6급 이○○외 1인)이 현지확인에서 이 사건 토지 취득일로부터 3년이 경과하도록 고유목적사업에 직접 사용하지 아니하고 방치하고 있으므로 2005.8.12. 기 비과세한 이 사건 취득세 등을 부과 고지한 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 청구인은 구획정리사업지구 내에 위치하고 있는 이 사건 토지를 취득하기 위하여 택지조성 중인 1999.3.9. 매매계약을 체결하고 2002.3.9. 잔금을 지급하였지만 이 사건 토지를 사용할 수 있는 시점은 토지구획 정리사업이 완료된 2003.5.9.이므로 이로부터 3년이 경과되지 아니한 2005.8.12. 이 사건 취득세 등을 부과 고지한 것은 부당하다고 주장하고 있으나 지방세법 제107조제1호 및 같은법시행령 제79조제1항제1호에서 종교단체가 그 사업에 사용하기 위하여 취득한 부동산의 취득세는 비과세한다라고 규정하고 다만 취득일로부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 기 비과세한 취득세를 추징하도록 규정하고 있으므로 청구인의 경우는 1999.3.9. 한국토지공사와 체결한 용지매매계약서 제3조에서 목적용지(종교용지)를 사용하고자 하는 경우에는 매매대금을 완납하고 사용승낙을 받아 사용하여야 하고 동 계약서 제10조에서는 매매대금 완납 전에 토지사용승낙을 득한 때에는 그 사용 승낙일을 최종할부금 약정일로 본다라고 등재되어 있는 것으로 미루어보면 비록 택지조성공사가 진행중이라 하더라도 최종할부금만 납부하면 언제라도 토지사용승낙을 받아 교회신축공사를 할 수 있는 것으로 보여지고 더구나 이 사건 토지의 인근에 소재하고 있는 같은동 573-3번지 소재 성만교회는 구획정리 사업중인 2002.1.30. 토지를 취득하고 2002.5.1. 건축물을 착공하여 구획정리사업 완료(2003.5.9.) 전인 2003.4.3. 사용승인을 받은 것으로 미루어보면, 청구인이 취득한 이 사건 토지는 잔금지급일인 2002.3.9.부터 청구인의 고유목적사업에 사용하는데는 아무런 제약요건이 없음에도 구획정리사업이 완료되지 아니하였다는 사유로 취득일로부터 3년이 경과하도록 방치하고 있는 이상 처분청에서 기 비과세한 이 사건 취득세 등을 부과 고지한 것은 아무런 잘못이 없는 것으로 판단된다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2006. 4. 24. 행 정 자 치 부 장 관