본점이 대도시내의 부동산의 일부를 본점영업소이외에는 전부 임대용으로 사용하고 있는 경우 등록세 중과세 처분의 당부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구는 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 법인인 청구인이 2002.6.20. 서울특별시 ○○구 ○○동 88-3번지 토지 414.9㎡와 그 지상 지하2·지상6층 근린생활시설용 건축물 1,795.72㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 개인으로부터 매매로 취득한 후 그 취득가액(2,720,000,000원)을 과세표준으로 지방세법 제131조제1항제3호의 일반세율을 적용하여 산출한 등록세 등을 2002.6.22. 신고납부하였으나, 그 후 2002.6.27. 이 사건 부동산에 대하여 부동산임대업으로 사업자등록을 한 다음 그 일부에 청구인의 지점을 설치하여 사업을 영위하고 있으므로 이를 대도시내 지점설치에 따른 부동산등기로 보아 그 취득가액을 과세표준으로 지방세법 제138조제1항의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 등록세 195,840,000원, 지방교육세 35,904,000원, 합계 231,744,000원(가산세 포함)을 2005.12.10. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 1976.2월 의약품 제조 및 판매업을 목적사업으로, 본점소재지를 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 535-3번지로 하여 설립된 법인으로서, 1990.6월 서울특별시 ○○구 ○○동 9-11번지에 설치된 서울지점에서 실질적인 본점영업 업무를 수행하던 중 이 사건 부동산을 2002.6월에 취득하여 부동산임대업으로 관할세무서에 본점명의로 사업자등록을 한 후, 이 사건 부동산의 건축물 중 6층 일부는 본점에서 파견된 동부영업소(이하 “이 사건 영업소”라고 한다)가 사용하고 나머지 면적은 임대용에 제공하는 등 계속하여 임대사업을 수행하여 오고 있는 데, 여기서 동부영업소는 직원을 파견하여 지역별 거래처 방문이나 시장조사 및 수주 등의 영업활동을 용이하게 하기 위하여 이 사건 부동산에 입주하여 있을 뿐만 아니라 별도로 영업소로서의 사업자등록이나 등기를 하지 아니하였으므로 지점이 아닌 단순한 본점의 연락사무소에 불과하고, 나머지 이 사건 부동산에 대한 임대관리 및 임대료 수납업무는 청구인의 서울지점조직인 총무부에서 관리하고 있으며, 그 외의 경비 및 주차관리업무는 청구인이 ○○○○(주)에게 용역도급계약을 체결하여 그 업무를 대행하고 있는데도 처분청에서 사업자등록이나 등기를 하지 아니한 이 사건 영업소를 청구인의 지점으로 보아 이 사건 부동산을 지점을 설치하기 위하여 취득한 것으로 보아 등록세를 중과세한 처분은 관련 대법원 판례(1993.7.16.선고 92누18689판결, 1993.6.11.선고 92누10029판결 등) 및 심사결정사례(제96-279호, 1996.7.25.)를 제시하면서 부당하다고 주장하고 있고, 예비적 청구로서 이 사건 영업소를 지점으로 인정한다하더라도 이 사건 부동산은 지점설치와 관계없이 단순이 임대용 부동산으로 취득한 것이므로 대법원 판례(2001.4.10.선고 99두1618 판결) 및 심사결정사례(제2003-271호, 2003.12.24.)에 비추어 이 사건 영업소 면적을 제외한 나머지 임대용으로 제공하고 있는 부분은 등록세 중과세대상이 아니라고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 본점이 대도시내의 부동산을 임대사업용으로 취득·등기하고 그 일부에 설치한 본점영업소(지점)이외는 전부 임대용으로 사용하고 있는 경우, 그 전체를 지점업무를 위하여 등기한 것에 해당하여 등록세 중과세대상이 되는 지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면, 지방세법 제138조제1항제3호에서 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다고 하고 있고, 같은 법시행령 제102조제2항에서 법 제138조제1항제3호에서 "법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기"라 함은 당해 법인 또는 지점등이 그 설립·설치·전입이전에 취득하는 일체의 부동산등기를 말하며, "그 설립·설치·전입이후의 부동산등기"라 함은 법인 또는 지점등이 설립·설치·전입이후 5년이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다고 하고 있고, "지점등"이라 함은 행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다고 하고 있으며, 그 제4항에서 법 제138조제1항제2호의 규정에 의한 대도시외의 법인이 대도시내로의 본점 또는 주사무소의 전입에 따른 등기 및 동항제3호의 규정에 의한 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 전입이후의 부동산등기는 당해 대도시외의 법인이 당해 대도시내로의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 등기를 말한다고 하고 있고, 같은 법시행규칙 제55조의2에서 영 제102조제2항 후단에서 "행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장"이라 함은 법인세법·부가가치세법 또는 소득세법의 규정에 의하여 등록된 사업장으로서 인·물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 살펴보면, 1976.2.12. 청구인은 ○○도 ○○리 ○○면 ○○리 535-3번지를 본점 소재지로 하여 의약품 제조 및 판매 등을 목적으로 하여 법인을 설립하였고, 1990.6.28. 청구인은 ○○시 ○○구 ○○동 9-11번지에 지점을 설치하고 실질적인 본점업무를 수행하고 있으며, 2002.4.13. 금융감독원 주요자산취득과 관련하여 공시된 청구인의 이사회 회의록상에 이 사건 부동산을 부동산임대업으로 영위하기 위하여 취득하는 것으로 가결함과 동시에 청구인은 ○○시 ○○구 ○○동 774-19번지 ○○○○ 현대(아) 101동 303호 남창강과 이 사건 부동산에 대하여 매매계약을 체결하였고, 2002.6.20. 청구인은 이 사건 부동산을 취득함과 동시에 일반세율로 취득세 등을 신고납부한 다음 2002.6.27. 청구인은 부동산임대업으로 사업자등록증을 교부받은 뒤 이 사건 부동산을 임대용에 제공하고 남은 이 사건 부동산 6층 일부(면적 123.3㎡)에 이 사건 영업소 직원 10명을 파견시켜 연락사무소로 사용하고 있으며, 이 사건 부동산관리에 대하여 용역업체와 계약하기전에는 옥탑에 거주하고 이곳에 주민등록이 되어 있는 김○○외 1인이 임대료대신에 관리하고 있다고 있다가 2005.7.4. 청구인과 서울시 ○○구 ○○동 ○○동 234-28번지 ○○빌딩 4층 ○○○○(주)사이에 경비 및 주차관리업무로서 주된 업무는 방호순찰·잡상인출입통제·주차관리 보조업무 등의 내용으로 1년 단위 관리용역계약을 체결하였고, 2005.11.28. 처분청이 이 사건 부동산에 대한 현지세무조사에서 조사내역에서 이 사건 부동산 중 일부(본점 영업소 사용면적)를 제외한 전체 면적을 임대하고 있는 것이 확인하였으며, 이 사건 영업소는 서울동부영업소로서 동 영업소명의로는 사업자등록이나 지점등기가 되어 있지 않았고, 근무형태는 ○○창조, hidden KD 2팀이 내근 1명, 외근영업자 손○○외 8명은 지역별 약국 등을 대상으로 마케팅업무 수행한다는 사실 및 위 영업소가 작성한 월별 영업현황(2005.1월부터 11월까지)·출장비청구서(2005.11월)·일일주문리스트(2005.9월부터 11월까지)·신제품입고및출하통보공문(2005.11.23.)등에 의하여 영업소라는 사실 등을 확인하였으며, 또한, 청구인이 지점이 아니라는 자료로서는 2006.1.10. 청구인이 수원세무서장에게 제출한 원천징수이행상황신고서 부속서류인 급여명세서(2005.12월분)상 의약사업본부소속 위 동부영업소 직원 손○○ 등 급여내역이 기재되었고, 2006.3.6. 출력한 청구인의 거래처원장에 청구인이 이 사건 영업소에 전도한 금액(출장여비/경비조)으로 일자별 총계 30백만원이 기재된 자료가 있으며, 한편 청구인이 이 사건 부동산을 본점이 임대부동산으로 영위하고 있는 자료로는 취득신고및자진납부세액계산서부속서류인 본점의 계정별원장(2002.6.1～6.20.)에 이 사건 부동산임차인 제일은행지점 외 7건에 대한 임대보증금과 계약금액 납부상황이 기재되었고, 청구인이 송파세무서에 제출한 2005.12기 일반과세자 부가가치세 확정신고서 부속서류인 매입처별 세금계산서 합계표 및 부동산임대공급가액명세서 및 청구인명의로 영수한 입금표·세금계산서에 임차사항(기간 및 금액 등)이 확인되었으며, 2002.6.28. 청구인 명의로 제일은행가락중앙지점에 개설한 기업자유예금통장상에 2005·2006년도 ○○○○외 다수의 임차인으로부터 임차료 징수내용 및 2006.1.2. 서울지점 총무부 소속 직원이 이 사건 부동산에 대하여 정화조 펌프 및 전기판넬 교체하기 위한 결재관련 제반서류(기안용지·전표·세금계산서 등) 등을 제출된 관계 증빙자료를 통해 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 임대용부동산으로 취득한 이 사건 부동산 일부에 본점의 동부영업소가 사용하므로 처분청에서 이 사건 부동산전체를 지점설치에 따른 취득등기라고 보아 중과세처분은 부당하다고 주장하여 이를 살펴보면, 지방세법 제138조제1항제3호 및 같은 법시행령 제102조제2항 등에서 대도시내에서의 지점 등의 설치에 따른 부동산등기에 대하여는 법 제131조 및 제137조에 규정한 세율의 100분의 300으로 한다고 하고 있고, 지점 등의 설치에 따른 부동산등기"라 함은 지점 등이 그 설치이전에 취득하는 일체의 부동산등기를 말하고 있는바, 위 규정에서 지점 등이라 함은 지방세법 시행규칙 제55조의2에서 법인세법·부가가치세법·소득세법의 규정에 의하여 등록된 사업장으로서 인·물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말한다고 하고 있고, 여기서 인·물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소라 함은 당해 법인의 지휘감독하에 영업활동 내지 대외적인 거래업무를 처리하기 위한 인원을 상주시키고, 이에 필요한 물적 설비를 갖추었으면 실제로 그러한 활동이 행하여지고 있는 장소를 말한다(대법원 1999.5.11. 선고 99두3188 판결, 대법원 1996.10.25. 선고 95누4643 판결)고 할 것인 바, 이 사건 영업소의 경우, 2005.11월 처분청에서 이 사건 부동산에 대하여 현지세무조사내역에서 청구인은 이 사건 부동산 일부에 서울동부영업소를 설치한 사실, 신화창조외 1팀 10명이 1명은 내근사무를, 나머지 손○○외 8명은 약국 등을 대상으로 마케팅업무를 수행하는 근무형태, 2006.3월 출력한 거래처원장에 동부영업소에 전도한 금액(출장여비/경비조)이 일자별 기재된 점, 본점이 이 사건 부동산 소재지로 사업자등록을 한 점, 그 외 영업소가 작성한 월별 영업현황 및 출장비청구서 및 일일주문리스트 및 신제품입고/출하통보 공문 등이 확인되는데, 이러한 사실들에서, 그 명칭이 영업소나 연락사무소라고 하더라도, 실질적으로 인·물적 설비를 갖추고 영업활동을 하고 있는 것으로 봄이 상당하다고 하겠으므로 지점이 아니라고 하기는 무리가 있다고 할 것이며, 이렇게 이 사건 영업소가 청구인의 지점으로 확인되고, 이 사건 부동산에 지점을 설치한 이상 이 사건 부동산은 지점 등의 설치에 따른 일체의 부동산 등기에 해당되는 것이어서 처분청이 이 사건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단됨. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2006. 4. 24. 행 정 자 치 부 장 관