기업부설연구소로 인정받은 부동산을 다른 목적으로 사용한 전체를 추징한 처분의 당부(경정)

[주 문] 처분청이 청구인에게 2006.1.19. 부과고지한 취득세 225,663,350원, 농어촌특별세 20,205,910원, 등록세 31,051,630원, 지방교육세 5,704,800원, 합계 282,625,690원을 이 사건 연구소중 3층 전체면적 및 1층 일부의 기술전시실면적인 전용면적과 그 안분공용면적을 제외한 면적으로 재조사하여 산출한 취득세 등으로 경정한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2004.3.3. 서울특별시 ○○구 ○○동 249-8번지상에 증축으로 R&D용 건축물 3,196.61㎡를 취득하면서 그 중 식당으로 사용하고 있는 면적을 제외한 부분(면적: 2,718.06㎡, 이하 “이 사건 연구소”이라 한다)에 대하여 지방세법 제282조의 기업부설연구소용 부동산으로 취득세 등을 감면받았으나, 현지 세무조사 결과 이 사건 연구소는 독립적인 연구목적으로 사용하지 아니하고 본점과 구분없이 사용하고 있으므로 전체를 추징대상에 해당한다고 보아 그 취득가액(9,184,508,000원)을 과세표준으로 지방세법 제112조제1항 및 같은 법 제131조제1항 등의 세율을 적용하여 산출한 취득세 225,663,350원, 농어촌특별세 20,205,910원, 등록세 31,051,630원, 지방교육세 5,704,800원, 합계 282,625,690원(가산세 포함)을 2006.1.19. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 본점소재지에 증축한 R&D용 건축물중 식당부분을 제외한 이 사건 연구소를 지방세법 제282조의 기업부설연구소로 취득세 등을 감면받았으며, 그 후 처분청에서 현지사실조사에 의하여 이 사건 연구소는 본점건물과 공중가교로 연결되어 있어 본점직원이 이 사건 연구소에 위치한 강당·세미나실·대표이사 등 임원실·식당 등을 상시로 이용하고 있을 뿐만 아니라 연구소팀이 사용하고 있는 곳도 외부 및 본점인력과 혼재되어 근무하고 있으므로 전체가 기업부설연구소로 사용하지 않는다고 하여 취득세 등을 추징하였는데, 강당·세미나실은 주로 연구직원의 연구물에 대한 세미나 장소로 사용하고 있고, 대표이사는 관련법령에서 겸직이 가능하여 이 사건 연구소에 독립적으로 둘 수 있으며, 기술전시실은 연구성과물에 대하여 직원홍보용으로 설치한 부대시설이고, 연구소팀에 외부용역직원이나 본점직원이 일부 함께 근무하고 있는 것은 관련단체의 질의회신에서 특정분야에 대한 기술지원을 위하여 일시적으로 인력지원을 받을 수 있는 것이므로 이 사건 연구소는 전체가 기업부설연구소에 해당한다고 하고 있으며, 설령, 그 전체가 기업부설연구소에 해당하지 않는다고 하더라도 지방세법 제282조의 단서규정에서 연구소외 다른 용도에 사용되는 부분에 대하여만 추징하여야 하는 것인데도 처분청에서 전체를 추징대상으로 본 것은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 기업부설연구소로 인정받은 부동산을 다른 목적으로 사용한 것으로 볼 수 있는 지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면,지방세법제282조에서 대통령령이 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내의 것에 한한다. 이하 이 조에서 같다)에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 면제하나, 연구소 설치후 4년 이내에 정당한 사유없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 하고 있고,지방세법시행령 제228조 (기업부설연구소) 법 제282조에서 "대통령령이 정하는 기업부설연구소"라 함은 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년이내에 기술개발촉진법 제7조제1항제2호의 규정에 의한 기준을 갖춘 연구소로서 과학기술부장관의 인정을 받은 것을 말한다고 하고 있으며, 기술개발촉진법 제7조제1항에서 과학기술부장관은 핵심산업기술을 중점적으로 개발하기 위한 연구개발사업에 관한 계획을 수립하고, 연도별로 연구과제를 선정하여 이를 그 제2호의 연구인력·시설 등 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소 및 기업의 연구개발전담부서의 기관 또는 단체와 협약을 맺어 연구하게 할 수 있다고 하고 있고, 기술개발촉진법 시행령 제15조제1항에서 법 제7조제1항제2호에서 "대통령령이 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소"라 함은 그 제4호의 제1호 내지 제3호 외의 기업부설연구소의 경우는 연구전담요원을 10인 이상 늘 확보하고 독립된 연구시설을 갖춘 기업부설연구기관으로서, 과학기술부령이 정하는 사항을 신고하여 과학기술부장관의 인정을 받은 기관을 말한다고 하고 있으며, 그 제2호에서 제1항의 규정에 의한 연구전담요원은 자연계분야의 학사 이상의 학위를 가졌거나 국가기술자격법에 의한 기술·기능계의 기사 이상의 기술자격을 가진 자이어야 한다고 하고 있고, 기술개발촉진법 시행규칙 제7조제2항에서 영 제15조제1항의 규정에 의하여 기업부설연구소로 인정을 받고자 하는 자는 별지 제7호 서식에 의한 신고서에 연구사업개요서, 연구소의 조직 및 직원 현황, 연구시설명세서를 첨부하여 협회장에게 제출하여야 한다고 하고 있으며, 그 제3항에서 협회장은 제2항의 규정에 의한 신고를 받고 기업부설연구소로 인정하는 때에는 별지 제8호서식에 의한 기업부설연구소인정서를 교부하여야 한다고 하고 있고, 기업부설연구소와 연구개발전담부서 및 과학기술분야의 영리를 목적으로 하는 법인의 신고요령(과학기술부고시 제2005-29호, 2005.10.20.) 제2조제2항에서 "연구소·전담부서 및 영리연구법인의 직원"이라 함은 연구전담요원, 연구보조원, 연구관리직원을 말한다고 하고 있으며, 그 제3항에서 "연구시설"이라 함은 설립신고를 하고자 하는 기업이 배타적으로 사용하는 건물로써 다른 부서 또는 건물과 구별되는 독립된 일정한 연구공간과 연구소·전담부서 및 영리연구법인의 연구개발활동에 직접 사용되는 연구기자재 및 부대시설을 말한다고 하고 있고, 같은 과학기술부고시 제3조제1항에서 연구소 또는 전담부서를 설립하고자 하는 기업은 독립된 연구공간내에 연구기자재를 구비하고 연구소 직원이 연구업무만 수행할 수 있도록 매출·영업 등 연구활동 이외의 기업활동과 관련된 별도의 상시 종업원을 확보하여야 한다고 하고 있으며, 같은 과학기술부고시 제6조제1항에서 제2조제3항에 규정된 "독립된 일정한 연구공간"(이하 "독립공간"이라 한다)은 다른 부서와 구분할 수 있도록 벽면전체를 독립된 공간으로 구분하여 별도의 출입문을 갖추고 연구개발 이외의 용도로 활용할 수 없다고 하고 있고, 그 제2항에서 독립공간은 관련분야의 연구개발활동을 수행하는 데 있어서 연구기자재 및 연구소 직원을 고려하여 필요한 면적을 확보하여야 한다고 하고 있으며, 그 제3항에서 제2조제3항에 규정된 "연구기자재"는 연구전담요원 또는 연구보조원이 사용하는 연구전용 기자재로서 제1항의 독립공간 내에 위치하고 있어야 한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 살펴보면, 1981.3.5. 청구인은 도시가스사업 에너지분야 등 연구개발사업·엘피지 등 저장수송판매업·지역냉난방 운전 용역업 등을 목적사업으로 법인을 설립하였고, 2004.3.3. 청구인은 본점 소재지내에 증축으로 R&D 센터용 건축물을 취득함과 동시에 이 사건 연구소에 대하여 취득세 등을 관할관청으로부터 감면받았으며, 2004.5.3. 본점건물 5층·조정실동 1층에서 2001.7.16. 최초 인정된 기업부설연구소를 이 사건 건축물·조정실동 1층으로 소재지변경을 사유로 한국산업기술진흥협회로부터 기업부설연구소인정서를 재교부받았고, 위 인정서통보공문에서 연구분야는 도시가스 공급업무 관련/이용 기술연구개발로, 소재지는 본점부지내 이 사건 연구소 및 조정실동 1층으로, 연구소 직원은 연구전담직원 10명 및 보조인력 등 총 25명으로, 건물형태는 독립건물 3,251.91㎡로, 기자재는 12개종(추후 30개종)으로 확인되어 있으며, 그 세부연구목적은 안전관리를 위한 NGIS의 DB개발, 도시가스 관련 기기시험 및 개선개발(디지털마노미터, 저압천공연결기구, 맨홀속 뚜껑 개선 원격검침장비 등), 도시가스 사용자/관리자의 이용 편의를 위한 시스템 연구 및 IT콘텐츠 개발 등으로 되어 있고, 2005.9.7. 처분청은 이 사건 연구소 및 본점에 대한 현지사실조사에서 본점의 조직은 대표이사밑에 경영지원실장, 안전부문장, 영업부문장, 경영개선실장, 연구개발부문장, 신사업부문장으로 구성되었으며, 안전부문장아래는 동부안전팀 등 5개팀과 기술연구소 배관연구팀이 있고, 경영개선실장밑에는 기술연구소 정보기술팀과 요금팀 및 연구개발부문장아래는 기술연구소 아이앤아이팀 및 신사업부문장아래는 기술연구소 기술개발팀으로 각각 구성되어 있으며, 기업부설연구소 조직은 연구소장(대표이사 겸임)아래 연구부소장 및 본점조직 각 부문조직 중 기술연구소 연구팀으로 배치된 4개팀으로 구성되어 있고, 그 동안 개발한 지적재산권은 핫태평장치(2001년 실용신안), 디지털기밀압력측정 및 기록장치(2003년 특허), 프린터를 구비한 개인휴대정보단말기를 이용한 도시가스 검침시스템 및 그 방법(2005년 특허) 등이 있는 것을 확인하였으며, 본점 및 연구소 건축물 사용현황으로 먼저, 본점과 이 사건 연구소의 전체적인 현황은 양자는 이 사건 연구소 4층과 본점의 4층·5층은 공중가교로 연결되어 있고, 별동으로 연구소로 신고된 조정실동 1층(연구기자재가 있는 실험실)이 위치하고 있으며, 기존의 본점은 1층은 서부안전팀 등, 2층은 고객지원센터와 요금팀, 3층은 임원실과 영업팀, 4층은 극동도시가스ENG(2003.12.29. 설립된 본점의 자회사임) 및 전략기획팀, 5층은 총무·재경팀 등이 사용하고 있고(청구인의 기업부설연구소가 최초 인정받아 변경될 때까지 이곳 4층 307㎡에 있었음), 이 사건 연구소 사용현황은 1층(면적 282.94㎡)에는 기술전시실 및 그 옆에 전직원용 식당(기 감면제외)이 있는데, 기술전시실(101.14㎡)에는 주로 디지털마노마터 등 특허품 및 실용신안등록품 및 열병합발전시스템 연구테마(발전기를 이용하여 천연가스로부터 전기와 열을 동시에 생산하는 시스템) 및 도시가스냉난방시스템에 대한 연구테마(도시가스로 냉·난방을 동시에 처리하는 시스템) 및 가정용 연료전지와 관련된 연구테마(연료산화에서 발생된 화학에너지를 전기에너지로 변환시키는 장치) 및 천연가스버스 충전시스템 연구테마 등을 전시하고 있으며, 식당옆에 위치하고 있어서 전직원이 이러한 연구개발사항을 볼 수 있게 하였고, 2층(면적 648.81㎡)은 연구소장실·제2연구부소장실·연구위원실·접견실·회의실이 배치되어 있는데, 이곳에서 본점의 대표이사·상무·이사·비서 등이 근무하고 있으며, 3층(면적 693.47㎡)의 배관연구팀실·정보기술팀실·기술개발팀실·아이앤아이팀실·전산시스템실에서는 연구소 직원으로 등록된 직원이외에 본점직원 및 외부용역업체 직원<박○○(홈페이지), 김○○(인사/토피스), 김○○(PC관리) 등 13명>이 함께 근무하고 있고, 전산시스템실에는 민원PDA개발(검침과 요금 고지를 한번에 할 있는 시스템개발 등) 및 GIS 상황관리개발(상황·도면파일·배관망해석·가스관리 등 8개 시스템의 유기적 네트워크 개발) 및 ERP운영(고객관리/요금고지/회계 등 관리) 및 KD-eHR(인사시스템) 등의 서버가 있는데, 대부분은 GIS 상황관리개발 등과 관련된 서버로 배치되어 있으며, 1개 서버만이 인사·재무와 관련된 것으로 보여지고 있고, 4층(면적 730.51㎡)의 강당 및 세미나실 4개소는 2005년 청구법인의 협력사 과정별 세부교육(보수, 신규) 내역 및 정기 주주총회 및 노동조합 창립기념 행사 및 직원 전사교육 및 직무교육 등이 개최된 것으로 보아 본점과 구분없이 사용하고 있는 것으로 확인하였고(그 후 청구인은 2004.4.23.부터 2005.10.4.까지 세미나실은 각 연구팀에서 리모트 컨트롤러 구상회의 등 42개 회의장소로 사용하고 있다는 자료를 제시함), 한편, 본점직원 및 외부용역업체 직원이 연구보조인력으로 하는 결재공문 및 파견근로계약체결 내역을 보면 2003.3.31. 인사정보시스템 서비스 제공 및 유지보수 등의 서비스를 제공받기 위해 아이티멕스(주)와 “통합운영서비스계약”을 체결하여 일시적으로 보조인력을 제공받고 있으며, 2004.2.1. 및 2005.9.1. 전산시스템 연구개발을 위한 연구보조 인력을 제공받기 위해 ○○○○정보통신(주) 및 (주)○○○○과 “연구인력계약”을 체결하였고, 2005.3.22. 극동도시가스 공급권역내 GIS정보 D/B구축 및 개발을 위해 (주)지엠디21과 “GIS정보 D/B구축 개발계약”을 체결하여 보조인력을 일시적으로 제공받고 있으며, 2005.2.24. 본점직원인 전○○외 3명을 계량기의 계측 최적화 방안연구 프로젝트를 위해 일정기간동안 연구팀에 지원근무를 요청한 사실을 볼 수 있고, 기업부설연구소 30개종 기자재 현황은 SWS 및 SYNEERGEE 프로그램, 디지털마노미터 등 24개기기는 각 연구팀에, 데이터베이스 및 GIS S/W·서버 및 UPS는 전산실에, 기밀 및 기차 시험장치은 조정실동에 비치한 사실들을 제출된 관계 증빙자료를 통해 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 본점과 구분되는 이 사건 연구소를 연구소장실, 연구소팀 사무실 및 그 부대시설인 기술전시실·강당·세미나실로 사용하고 있어서 전체를 감면대상인 기업부설연구소용 부동산에 해당한다고 주장하고 있으므로 이를 살펴보면, 지방세법 제282조에서 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 등을 면제하지만 연구소외 다른 용도로 사용하는 경우에는 그 해당부분에 대하여는 면제된 취득세 등을 추징한다고 규정하고 있고, 여기서 관련 법령에서 기업부설연구소에 대한 일반적인 기준은 소정의 학위소지자인 연구전담요원이 상시 10명 이상 있어야 하며, 연구시설은 배타적으로 사용하는 건물로써 다른 부서 또는 건물과 구별되는 독립된 일정한 연구공간과 연구개발활동에 직접 사용되는 연구기자재 및 부대시설이라고 하고 있는바, 먼저, 인적인 요건 및 연구목적은 관할단체에서 기업부설연구소인정서를 통보한 공문에서 연구소 직원은 연구전담직원 10명 및 보조인력 등 총 25명으로 구성되어 있고, 그 연구개발활동도 안전관리를 위한 NGIS의 DB개발, 도시가스 관련 기기시험 및 개선개발 등으로 되어 있는 것으로 확인되고 있을 뿐만 아니라 핫태평장치, 디지털기밀압력측정 및 기록장치(특허) 등의 지적재산권을 소유하고 있는 사실들이 보이고 있으므로 법령상 소정의 요건을 갖추고 있다고 볼 수 있으며, 다음으로 그 시설기준에 합당한 지를 보면, 이 사건 연구소의 경우, 본점과 별개동으로 건축되어 일부층 사이를 공중가교로 연결하여 양 건물 사이를 통행할 수 있게 되어 있고, 이 사건 연구소내 본점의 대표이사실·강당·식당 등의 시설이 있어서 그 전체를 전적으로 연구소로만 사용된다고 보기에는 곤란한 정황을 갖추고 있는데, 이렇게 다른 용도로 사용할 가능성이 높은 정황아래서 구체적인 층별 사용현황을 보면, 1층 기술전시실(101.14㎡)에서는 주로 특허품 및 열병합발전시스템 연구테마 등을 전시하여 식당을 이용하는 직원들이 이러한 연구개발사항을 볼 수 있게 하였으며, 2층(면적 648.81㎡)은 본점의 대표이사(연구소장 겸직)·연구부소장 등의 임원들이 사용하고 있고, 3층(면적 693.47㎡)에는 배관연구팀·정보기술팀 등의 연구소팀이 외부위탁용역직원 및 본점 일부 부서 직원과 함께 근무하고 있으며, 전산시스템실에는 일부 본점의 인사회계와 관련한 서버(1개소)가 있지만 민원 PDA개발 및 GIS 상황관리개발 등 연구업무와 관련된 서버(8개소) 등이 대부분 배치되었고, 4층(면적 730.51㎡)에는 강당 및 세미나실 4개소가 있는데 각 연구팀에서 리모트 컨트롤러 구상회의 등 42개 회의장소로 사용하고 있는 것외에 정기 주주총회 및 노동조합 창립기념 행사 및 직원 전사교육 등이 개최된 것으로 보아 본점에서도 사용하고 있는 것으로 추정되고 있으며, 또한, 30개종 연구기자재 배치상황은 SWS 및 SYNEERGEE 프로그램 등 24개기기는 각 연구팀에, 데이터베이스 및 GIS S/W 등은 전산시스템실에, 기차 시험장치 등은 조정실동에 각각 비치된 사실 등의 물적 요건들과 인적 요건들을 종합하여 볼 때, 이 사건 연구소중 1층 기술전시장은 연구 성과물이나 연구주제를 회사 직원상대로 전시하고 있으므로 연구시설의 부대시설(101.14㎡)로 보아도 무리가 없다고 하겠고, 그 중 2층은 연구소장을 겸직한 대표이사의 집무실 및 연구부소장실이 배치되어 있지만 대표이사는 연구소 관련 업무는 물론 회사 전체적인 업무를 관장하는 것이고, 조직체제상 주로 본점업무에 치중하여야 하므로 본점에 위치하는 것이 효율적이라 할 수 있으며, 연구부소장실은 연구소팀과 함께 독립된 공간에 있어야 하는데 회사 전반적인 경영업무를 지휘하는 임원실과 함께 있으므로 이 부분을 전적으로 연구전담시설로 사용하고 있다고 하기는 무리가 있다 하겠고, 그 중 3층의 연구소팀실·전산시스템실은 인적 요건을 충족할 뿐만 아니라 층 전체를 사용하고 있어서 독립적인 공간을 가지고 있다고 할 것이어서 연구전담시설(면적 693.47㎡)로 봄이 상당하다 할 수 있으며, 그 중 4층의 강당·세미나실은 연구소와 본점이 공동으로 사용하고 있는 사실이 확인되므로 연구소의 부대시설로 보기는 어렵다고 할 것인바, 위와 같이 이 사건 연구소의 일부는 기업부설연구소로서의 인·물적 요건을 갖추고 있어서 연구전담시설이라고 볼 수 있는데도 처분청에서 이 사건 연구소 중 3층 전체(면적 693.47㎡)와 1층 일부(101.14㎡)에 대하여 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 하겠고, 한편, 처분청에서 연구소팀이 단독으로 조직구성이 되지 않고 본점의 각 부문별로 산재되어 있으며, 연구소팀에 근무하고 있는 외부용역직원이나 본점 일부직원 때문에 독립적인 근무형태가 아니라고 하나 기존 변경전의 연구소도 이러한 조직형태를 가지고 있었고, 이러한 형태는 연구부문이 각기 다르고 그 결과물을 적용할 수 있는 곳이 각 해당 사업부서이므로 조직자체의 효율적인 측면에서 부득이한 것으로서 관련 감독단체에서도 이를 인정하고 있으며, 또한, 연구소직원외에 외부인력이 근무하여 독립성이 없다고 하는 것도 관련 법령상 연구전담요원외는 보조 및 관리인력을 위 용역계약내용에서 보는 바와 같이 특정연구목적을 위하여 일시적으로 지원받아 근무케 할 수 있는 것이므로 이러한 주장은 실질과세의 원칙상 다소 무리가 있다고 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2006. 4. 24. 행 정 자 치 부 장 관