관련법령에 의하여 대학교와 별도로 설립된 산학협력단이 종업원할 사업소세 과세한 처분의 당부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2004.4.13. 관할관청으로부터 서울특별시 ○○구 ○○동 1번지 소재 ○○대학교산학협력단(이하 “이 사건 산학협력단”이라 한다)으로 사업자등록번호를 부여받아 사업을 수행하고 있으면서 그 종업원 수가 50인을 초과한 달이 있음에도 그에 따른 종업원할 사업소세를 신고납부하지 않으므로 지방세법 제250조제4항에 따라 2004.5월부터 2005.10월까지 기간중 신고납부대상에 해당하는 13건에 대하여 그 종업원임금총액(1,526,470,980원)을 과세표준으로 지방세법 제248조제1항제2호의 규정을 적용하여 산출한 사업소세 합계 9,702,400원(가산세 포함)을 2005.12.10. 부과고지하였다(세부내역 붙임 참조).

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 산업교육진흥 및 산학협력촉진에관한법률(이하 “산학촉진법률”이라한다)에 의하여 설립된 비영리법인에 해당되고 있고, 사업자등록증에도 사업의 종류는 학교로, 종목은 산학협력단(연구 및 개발)으로 되어 있는데, 여기서 산학협력단은 지방세법 제245조의2제1항제1호에서 학술 등 기타 공익을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자의 경우 즉 학교는사업소세를 부과하지 않도록 한다는 규정, 산학협력단에 대하여 법인세를 면제받고 있는 규정, 지방세법시행령 제130조의4제1호에서 산학협력단을 주민세비과세대상자로 하고 있는 규정, 또한 지방세법 제288조에 산학협력단이 취득하는 부동산에 대하여는 취득세·등록세·재산세·도시계획세·공동시설세를 면제하도록 하고 있는 규정 등에 비추어 사업소세 비과세대상이라고 하고 있고,또한, 산학협력단 회계처리시 운영차익은 이익잉여금으로 처리하지 않고 모두 고유목적사업(교육) 준비금으로 적립하고 있으며, 산학협력단의 주수입원도 국고보조금이고, 직원인 연구원은 정부과제나 학술진흥재단 등의 연구과제를위하여 채용되었으며, 특히, 산업체 관련 연구원은 근로계약이 체결되어 있지않을 뿐만 아니라 이 사건 사업소세를 납부하면 결국 국고보조금으로 세금을 납부하게 되는 현상을 초래하게 된다고 하면서 처분청에서 이 사건 사업소세를 부과한 처분이 부당하다고 하고 있고, 아울러, 다른 학교의 산학협력단의 경우 사업소세를 납부한 사실이 없으므로 청구인에게만 사업소세가 부과된 것은 조세형평성에 어긋나고, 처분청의 세무조사 과정에서 세무조사에 대하여 사전에 통지하거나 세무조사결과에 대한 과세예고 등의 안내절차 없이 일방적으로 세금을 부과하였으므로 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 관련법령에 의하여 대학교와 별도로 설립된 산학협력단이 사업소세 종원원할 신고납부대상이 되는 지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면, 지방세법 제243조제1호에서 "사업소"라함은 사업 또는 사무를 수행하기 위하여 설치한 인적 및 물적 설비로서 계속하여 사업 또는 사무가 이루어지는 장소를 말한다고 하고 있고, 그 제3호에서 "종업원할"이라 함은 종업원의 급여총액을 과세표준으로 하여 부과하는 사업소세를 말한다고 하고 있으며, 그 제5호에서 "종업원의 급여총액"이라 함은 사무소 또는 사업소의 종업원에게 지급하는 봉급·임금·상여금 및 이에 준하는 성질을 가지는 급여로서 대통령령으로 정하는 것을 말한다고 하고 있고, 같은 법 제247조에서 사업소세 종업원할의 과세표준은 종업원에게 지급한 당해 월급여의 총액에 의한다고 하고 있으며, 같은 법 제248조제1항에서 사업소세 종업원할의 세율은 종업원 급여총액의 100분의 0.5를 초과할 수 없다고 하고 있고, 같은 법 제245조의2제1항제1호에서 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자(다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 관계되는 재산할 및 종업원할은 그러하지 아니하다.)에 해당하는 경우에는 사업소세를 부과하지 아니한다고 하고 있으며, 같은 법 제249조제1항에서 당해 사업소의 종업원수가 월 통상 50인이하인 경우에는 종업원할을 부과하지 아니한다고 하고 있고,같은 법 제288조제4항에서 산업교육진흥및산학협력촉진에관한법률에 의하여 설립된 산학협력단이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하며, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세·도시계획세 및 공동시설세를 면제한다고 하고 있으며, 같은 법시행령 제130조의4(주민세 비과세대상자)에서 법 제174조제1항제5호에서 "대통령령으로 정하는 자"라 함은 제1호의 법인이 경영하는 학교 및 산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률 제25조의 규정에 의하여 설립·운영하는 산학협력단에 해당하는 사무소 또는 사업소를 경영하는 자를 말한다고 하고 있고, 같은 법시행령 제207조(사업소세 비과세대상자)에서 법 제245조의2제1항제1호에서 "대통령령으로 정하는 비영리사업자"라 함은 제79조제1항제2호의 초·중등 교육법 및 고등교육법에 의한 학교 경영하는 자를 말한다고 하고 있으며, 같은 법시행령 제208조제1항에서 법 제245조의2제1항제1호 단서의 규정에서 "대통령령이 정하는 수익사업"이라 함은 제78조의2제1항의 규정에 의한 사업(법인세법제3조제2항의 규정에 의한 수익사업)을 말하고, "대통령령이 정하는 수익사업에 관계되는 재산할 및 종업원할"이라 함은 수익사업에만 직접 제공되고 있는 사업소와 종업원을 기준으로 부과하는 재산할과 종업원할을 말한다고 하고 있으며, 같은 법시행령 제209조에서 법 제245조의2제1항제5호에서 "기타 대통령령으로 정하는 사업자"라 함은 제1호의 서울대학교병원 등 국립대학교병원 및 제2호의 고등교육법 제4조의 규정에 의하여 설립된 의과대학의 부속병원을 경영하는 자를 말한다고 있고, 법인세법 시행령 제2조제1항에서 법 제3조제2항제1호에서 "대통령령이 정하는 것"이라 함은 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 의한 각 사업중 수익이 발생하는 것을 말한다고 하면서 그 제2호의 사업서비스업중 연구 및 개발업(계약 등에 의하여 그 대가를 받고 연구 및 개발용역을 제공하는 사업을 제외한다)을 제외한다고 하고 있으며, 산업교육진흥및산학협력촉진에관한법률 제25조제1항에서 대학은 학교규칙이 정하는 바에 의하여 대학에 산학협력에 관한 업무를 관장하는 조직(이하 "산학협력단"이라 한다)을 둘 수 있다고 하고 있고, 같은 법률 제27조제1항에서 산학협력단은 산학협력계약의 체결 및 이행, 산학협력사업과 관련한 회계의 관리, 지적재산권의 취득 및 관리에 관한업무, 기술의 이전 및 사업화촉진에관한 업무 등을 수행한다고 하고 있으며,같은 법률 제31조제1항에서 산학협력단은 국가 또는 지방자치단체로부터의 출연금 및 보조금, 산학협력계약에 의한 수입금, 산학협력 성과에 의한 수익금, 산학협력에 관하여 접수한 기부금품 등을 수입으로 한다고 하고 있고, 같은 법률 제33조제1항에서 산학협력단의 회계는 그 수입과 지출, 재산의 증감 및 변동상태가 명백히 나타나도록 하여야 한다고 하고 있으며, 같은 법률시행령 제30조제1항에서 산학협력단의 소관에 속하는 모든 수입 및 지출은 이를 산학협력단의 회계에 계상하여야 한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 살펴보면, 2004.4.8. 청구인은 산학촉진법률 제25조에 의하여 ○○대학교산학협력단이라는 명칭으로 법인을 설립하고, 그 목적사업은 산학협력계약의 체결이행, 지적재산권의 취득관리, 사업관련 회계의 관리 등 산학촉진법률 제27조 등의 업무로 되어 있으며, 그 정관은 산학촉진법률에 정하는 바대로 규정되어 있고, 2004.4.13. 청구인은 관할세무서에 사업장 소재지를 이 사건 산학협력단 소재지로 하며, 사업의 종류는 업태를 학교 및 부동산으로, 종목은 산학협력단(연구및개발) 및 임대로하여 사업자등록을 하였고, 한편, 이 사건 산학협력단의 조직 및 회계처리에 대하여 보면, 조직은 ○○대학교 총장밑에 대학본부·학부·대학원·부속기관 등과 함께 별도로 구분되어 있으며, 산학협력단은 산학협력과·기술이전센터·서강창업보육센터로 구성되어 있고, 그 회계처리는 정관 등에서 정하는 바대로 별도의 독립회계로 하고 있으며, 또한, 이 사건 심사청구와 관련되는것으로 교육인적자원부의 지침인 산학협력단 회계해설 및 프로그램 설명서상 산학협력단에 관련된 사항을 보면, 2003.9월 대학의 산학협력사업을 총괄지원하기 위하여 산학협력단 제도를 도입하였고, 그 법적 성격은 대학의하부조직이면서 별도의 법인격을 부여받아 그에 따른 회계처리를 독립적으로 하고 있으며 (2003.11월 관할관청은 기업회계를 준용한 산학협력단 회계처리규칙 제정), 사립대학교의 경우 학교내 산학협력단의 조직체계는 학교법인(이사장)은 법인사무국 및 대학총장으로 나누게 되어 있고, 여기서 대학총장아래는 교무처·학부·산학협력단 등으로 구분하고 있으며, 산학협력단은우수연구센터 및 지역협력연구센터 및 창업보육센터로 구성하고 있고, 산학협력단 회계체계는 일반회계(비상업적 산학협력사업) 및 수익사업회계(상업적산학협력사업)로 구분하고 있으며, 사립학교에 대하여 회계체계는 사립학교법 제29조 및 법인세법 관련규정에 의하면, 학교법인 회계체계는 크게 학교회계와 법인회계로 구분한 다음 학교회계에 학교비회계(교비회계, 학교기업회계, 기타) 및 부속병원회계와 함께 산학협력단 회계로 구분하고 있고, 법인회계는 수익사업회계 및 일반업무회계로 나누고 있는 사실을 제출된 관계 증빙자료를 통해 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 관련 법령에서 사업소세 비과세대상에서 제외되고있음에도 지방세법 제174조제1항제5호나 같은 법 제288조제5항 및 법인세 등을 제시하면서 이러한 조항들의 입법취지에 비추어 산업협력단도 학교내 조직이어서 학교로 보아 사업소세를 비과세하여야 한다고 주장하므로 이를 살펴보면, 먼저, 지방세법 제244조 및 같은 법 제247조 및 같은 법 제249조제1항 등에서 면세점(종업원수가 50인이하)에 해당하지 않는 사업주는종업원에게 급여를 지급한 당해 월급여 총액에 대하여 사업소세 종업원할을신고납부하도록 되어 있는데, 산학협력단에 대한 부동산의 취득세 등의 감면대상을 같은 법시행령 제79조제1항에 포함시키지 않고 같은 법 제288조제5항의 사회단체 감면규정에 포함시키고 있는 것으로 보아 지방세법에서는 이는 학교와 명백히 달리 보고 있음을 전제로 하면서 같은 법시행령 제79조제1항의 학교 등 비영리사업자에 대하여는 사업소세를 비과세하도록 되어 있지만 대학의 산학협력단은 관련 법령에서 새롭게 정의된 비영리사업단체임에도 이에 대하여 비과세 대상으로 열거되어 있지 않으므로, 조세법률주의의 원칙상 과세 요건사실이거나 비과세요건사실이거나를 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석이나 유추해석은 허용되지 아니한다(대법원 1998.3.27. 선고, 97누20090 판결)고 하는 대법원 판례취지에 비추어 청구인은 사업소세 비과세대상이 아니라고 봄이 상당하다 할 것이고, 설령, 이 사건 산학협력단을 지방세법 제245조의2제1항제1호의 비영리사업자로 볼 수 있다하더라도 그 단서상에 법인세법 제3조제2항의 수익사업을 하는 경우는 사업소세를 과세대상으로 하도록 되어 있는데, 청구인의 경우, 산학협력촉진법률 제25조 등에 따라 설립된 이 사건 산학협력단은 대학교와 별도로 설립된 법인으로서 독립된 사업자등록증과 회계처리를 하고 있는 사업소임이 틀림없고, 그 사업은 산학협력촉진법률 제27조제1항 및 정관 등에서 산학협력계약의 체결 및 이행, 사업과 관련한 회계의 관리, 지적재산권의 취득 및 관리에 관한 업무 등을 수행하도록 되어 있으며, 2004.4월 교부받은 사업자등록증상에 사업의 종류는 업태를 학교 및 부동산으로, 종목은 산학협력단(연구및개발) 및 임대로 되어 있고, 관련 회계규정상 산학협력단 회계체계는 일반회계(비상업적 산학협력사업) 및 수익사업회계(상업적 산학협력사업)로 구분되고 있어 있으면서 수입금의 형태는 같은 법률제31조제1항에서 국가 등의 보조금, 산학협력계약에 의한 수입금, 산학협력 성과에 의한 수익금 등으로 하고 있는 것들을 종합하여 볼 때, 청구인은 사업서비스업중 연구 및 개발업을 영위하는 사업소로서 수입의 대부분이 국가 등의 보조금 등으로 되어 있다고 청구인은 주장하더라도 회계처리상 수익사업회계가 따로 구분되어 있고, 그 사업도 학교법인출자나 순수한 기부금이외는 대부분 산학협력계약에 의하여 추진되는 점, 법인세법 시행령 제2조제1항제2호에서 학교회계에 귀속된 건물 등의 임대, 산학협력단의 지적재산권관련수익 및 용역연구수익 등 산학협력 계약에 의한 수입 등에 대하여는 수익사업으로 인정하여 과세대상으로 보는 것에 비추어 이 사건 산학협력단이 전혀 수익사업을 하지 않는 사업소라고 보기는 무리가 있다고 할 것이어서 사업소세 과세대상으로 볼 수 있으며, 청구인이 처분청에게 2005.8.10. 제출한 지방세세무조사서에서 종업원수가 50인을 초과하는 달을 인지하고, 이를 현지 및 서면확인절차를 거쳐 50인이 초과하는 달이 13건으로 확정된 이상 처분청에서 이 사건 사업소세를 부과한 처분은 어느 모로 보아도 잘못이 없다고 하겠고, 또한, 청구인은 다른 학교의 산학협력단의 경우 사업소세를 납부한 사실이 없으므로 청구인에게만 사업소세가 부과된 것은 조세형평성에 어긋난다고 주장하나, 산학협력단에 대하여 사업소세과세대상으로 판단된 이상 이것이 사업소세 면세점에 해당하지 않으면 당연히 사업소세를 신고납부하는 것이므로 이에 대한 과세대상 판단여부는 과세관청에서 세무조사에 의하여 할 것이어서 청구인의 주장은 합리적인 이유가 없다고 하겠으며, 한편, 청구인은 처분청에서 세법에서 정한 세무조사절차 등을 제대로 수행하지 않고 이 사건 사업소세를 부과한 처분은 법령에 위배된다고 주장하나, 납세자가 이미 신고납부한 사항에 대하여 그 진위를 확인하고자 할 경우 비로소 현지세무조사절차를 거쳐야 하는 것이지만 사업소세는 사업주인 납세자가 신고납부하는 세목이어서 통상적으로과거 사실관계를 확인하고자 할 경우는 서면조사(소정의 절차를 거치지 않고 하는 현지임의조사 포함)에 의하여도 그 과세대상여부를 판단할 수도 있는 것이어서 이것이 법령에 위배되었다고 보기는 무리가 있다고 할 것일 뿐만 아니라 비록 이러한 조사절차가 세법상 다소 흠이 있다하더라도 이 사건사업소세가 부과제척기간내에 있는 이상 그 기간내에는 항상 직권으로 과세할 수 있는 것이므로 과세대상이 분명하면 그 다툼은 실익이 없다고 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2006. 4. 24. 행 정 자 치 부 장 관 <붙임참조> 종업원할 사업소세 세액산출 내역 (단위: 원, 명) 귀속년월 종업원수 급여총액 사업소세 가산세 세액합계 2004.5 53 100,249,800 501,240 100,240 601,480 2004.6 53 93,248,500 466,240 93,240 559,480 2004.7 51 100,621,100 503,100 100,620 603,720 2004.11 55 114,817,700 574,080 114,810 688,890 2004.12 54 132,006,000 660,030 132,000 792,030 2005.3 54 103,423,980 517,110 103,420 620,530 2005.4 54 105,907,000 529,530 105,900 635,430 2005.5 57 109,482,000 547,410 109,480 656,890 2005.6 57 110,515,000 552,570 110,510 663,080 2005.7 58 115,243,000 576,210 115,240 691,450 2005.8 59 117,645,000 588,220 117,640 705,860 2005.9 77 166,467,200 832,330 166,460 998,790 2005.10 74 156,984,700 784,920 156,840 941,760 계 7,632,990 1,526,400 9,159,390