대도시외 법인이 대도시내 상가건축물을 신축한 후 그 일부에서 인적·물적 설비를 갖추고 본점 업무를 수행하는 경우 부동산 등록세 처분의 당부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 경기도 ○○시 ○○면 ○○리 206-3번지를 본점소재지로 하여 2000.7.25. 법인을 설립한 후 2002.7.26. 경기도 ○○시 ○○구 ○○동 1148-1번지 토지 1,560㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)를 취득하고, 그 토지상에 지상건축물 14,997.71㎡(이하 “이 사건 건축물”이라 하고, 이 사건 토지를 포함하여 “이 사건 부동산”이라 한다)를 신축·등기한데 대하여 일반세율로 취득세와 등록세 등을 2003.9.22. 신고·납부 하였으나, 2005년도 경기도종합감사에서 청구인이 이 사건 건축물 중 일부(401호와 402호, 이하 “제1건축물”이라 한다)를 사실상 본점으로 사용하고, 일부(112호 등 9개호, 이하 “제2건축물”이라 하며, 제1건축물과 합하여 “이 사건 건축물”이라 한다)는 미분양 상태로서 비어있는 사실을 확인하고, 제1건축물은 취득세가 중과세되는 대도시내 본점 사업용 부동산의 취득에 해당하고 대도시내로의 법인의 본점 전입에 따른 부동산 등기로 보아 이 사건 제1건축물의 취득가액 1,188,246,010원을 과세표준으로 하고지방세법 제112조제3항 및 제138조제1항제3호의 세율을 적용하여 산출한 세액에서 기 납부한 세액을 차감한 취득세 191,960원, 농어촌특별세 16,780원, 등록세 38,224,890원, 지방교육세 7,037,190원 합계 45,470,820원(가산세 포함)을 2005.11.11. 부과고지 하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 상가분양을 목적으로 이 사건 부동산을 신축·취득하였으나 이 사건 건축물은 청구인이 청구외 박○○(○○개발주식회사 대표)과 건물관리계약을 체결하여 이 사건 부동산에 대한 관리를 위탁하였고, 이 사건 제1건축물 중에서 401호는 이 사건 건축물 위탁관리회사인 ○○개발(주)에서 사무실로 임차하여 사용중이고, 402호는 청구인의 직원일부를 파견하여 분양사무실로 사용하고 있으므로 대도시내로의 본점 전입과는 상관이 없는 것임에도 처분청에서 이 사건 제1건축물을 대도시내로의 본점 전입에 따른 부동산등기로 보아 등록세 등을 중과세함은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 대도시외 법인이 대도시내 상가건축물을 신축한 후 그 일부에서 인적·물적 설비를 갖추고 본점 업무를 수행하는 경우 대도시내 본점 전입에 따른 부동산 취득·등기에 해당하는지 여부에 관한 것이라 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면, 지방세법 제112조제3항에서 수도권정비계획법 제6조의 규정에 의한 과밀억제권역안에서 대통령령이 정하는 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산(본점 또는 주사무소용 건축물을 신축 또는 증축하는 경우와 그 부속토지에 한한다)을 취득하는 경우의 취득세율은 제1항의 세율의 100분의 300으로 한다고 규정하고, 동법시행령 제84조의2제3항에서 법 제112조제3항에서 대통령령이 정하는 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산이라 함은 법인의 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산을 말한다고 규정하고 있으며, 지방세법 제138조제1항에서 다음 각 호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다라고 규정하고, 그 제3호에서 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산 등기라고 규정하고, 동법시행령 제102조제2항에서 법 제138조제1항제3호에서 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 설립·설치·전입 이전에 취득하는 부동산 등기를 말한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 이 사건 부동산을 취득·등기한 후 일반세율을 적용하여 산출한 취득세와 등록세 등을 신고·납부 하였으나, 처분청은 경기도 종합감사(2005.4.1.-2005.4.7.)에서 청구인이 법인등기부상 본점 소재지인 경기도 ○○시 ○○읍 ○○리 469-11번지를 폐쇄하고 제1건축물로 청구인의 본점을 사실상 이전한 사실을 확인하여, 이 사건 제1건축물은 지방세법 제112조제3항에 의거 취득세가 중과세되는 대도시내 본점사업용 부동산의 취득에 해당하고, 또한 지방세법 제131조제1항제3호 의거 등록세가 중과세되는 대도시내 본점 전입에 따른 부동산 등기에 해당한다고 보아 그 취득가액에 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 기 납부한 세액을 차감하여 취득세와 등록세 등을 2005.11.11. 부과고지 하였음이 제출된 관계 증빙서류로 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 이 사건 부동산을 상가분양을 목적으로 신축·취득하였으나 이 사건 건축물은 청구인이 청구외 박○○(○○개발주식회사 대표)과 건물관리계약을 체결하여 이 사건 부동산에 대한 관리를 위탁하였고, 이 사건 제1건축물 중에서 401호는 이 사건 건축물 위탁관리회사인 ○○개발(주)에서 사무실로 임차하여 사용중이고, 402호는 청구인의 직원일부를 파견하여 분양사무실로 사용하고 있으므로 대도시내로의 본점 전입과는 상관이 없는 것임에도 처분청에서 이 사건 제1건축물을 대도시내로의 본점 전입에 따른 부동산등기로 보아 등록세 등을 중과세함은 부당하다고 주장하고 있으나, 청구인의 본점소재지인 경기도 ○○시 ○○읍 ○○리 469-11번지에는 “○○건설”이라는 상호만 내걸려 있을 뿐 청구인의 직원이나 비품은 전혀 없이 청구외 손○○이 그 내부를 공인중개사(운○○주민 공인중개사) 사무실로 사용 중이며, 또한 이 사건 제1건축물 우편함에 모두 “○○건설”이란 상호만 붙어 있을 뿐 위탁관리회사(○○개발)의 상호는 전혀 찾아볼 수 없었으며, ○○개발의 사업장소재지는 이 사건 건축물과는 별도의 소재지인 경기도 ○○구 ○○동 1002-7번지 ○○○○오피스텔 205호인 사실이 처분청에서 제출한 청구외 박○○의 사업자등록증에서 확인되고 있으며, 이 사건 제1건축물(401호와 402호)이 서로 연결된 채 401호는 청구인의 사업부·토목부·건축부, 402호는 회장실 및 관리부를 배치하여 제1건축물 전부를 사실상 청구인의 본점으로 사용 중인 사실이 처분청의 세무담당공무원(세무주사보 이○○외 2명)의 2005.4.1. 출장복명서 및 세무담당공무원(세무주사보 이○○외 1명)의 2005.8.16. 출장복명서에서 확인되고 있으므로 이 사건 제1건축물에 청구인의 일부직원만을 파견하여 분양업무를 수행하였다는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다 할 것이므로, 청구인의 경우 대도시외 지역에 본점주소지를 둔 법인이 대도시내 토지를 취득하고 이 사건 건축물을 신축·등기한 후 이 사건 제1건축물로 사실상 본점사무소를 이전한 경우에 해당하므로, 처분청에서 이 사건 제1건축물에 대해 취득세 및 등록세 등을 중과세한 처분은 잘못이 없다고 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2006. 3. 27. 행 정 자 치 부 장 관