농협이 취득한 부동산을 마트로 운영하고 있는 경우 고유업무에 직접 사용하고 있는 것으로 볼 수 있는지 여부(경정)

[주 문] 처분청이 2005.11.7. 청구인에게 부과 고지한 취득세 37,615,850원, 농어촌특별세 3,061,580원, 등록세 56,423,780원, 지방교육세 10,449,770원, 합계 107,550,980원(가산세 포함)을 취득세 27,542,320원, 농어촌특별세 2,241,690원, 등록세 41,313,300원, 지방교육세 7,651,310원, 합계 78,748,620원(가산세 포함)으로 경정한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2003.5.17. 경기도 ○○시 ○○동 719-2번지 소재 ○○○○빌딩 지하동(근린생활시설 지하 비01～비03, 토지 362.81㎡, 건축물 1,689.95㎡, 이하 “이 사건 부동산”이라 한다)을 취득한데 대하여 구 지방세법(2003.12.30. 법률 제7013호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제266조제5항의 규정에 의하여 농업협동조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 보아 취득세와 등록세를 면제하였으나, 그 후 확인결과 이 사건 부동산을 ○○마트로 사용하고 있으므로, 이를 고유업무에 직접 사용하고 있지 아니한 것으로 보아 그 취득가액(1,391,633,983원)을 과세표준으로 구 지방세법 제112조제1항 및 같은 법 제131조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 37,615,850원, 농어촌특별세 3,061,580원, 등록세 56,423,780원, 지방교육세 10,449,770원, 합계 107,550,980원(가산세 포함)을 2005.11.7. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 구 지방세법 제266조제5항에서 규정하고 있는 고유업무라 함은 법령에서 개별적으로 규정하고 있는 업무와 법인등기부등본에 목적사업으로 정하여진 업무를 말하는 것이므로, 농업협동조합의 고유업무에 관하여는 농업협동조합법 제57조에서 규정하고 있는 사업에 관한 규정을 기준으로 판단하여야 할 것으로, 청구인이 운영하는 ○○마트 사업 중 조합원 등 농업인이 생산한 농산물을 소비자에게 직접 판매하는 농산물 매장은 농업협동조합법 제57조제1항제2호 나목에서 규정하고 있는 판매사업으로서, 2005년도 농산물 총매입액(3,272백만원) 중 조합원 등으로부터 매입한 실적이 2,692백만원으로 전체 매입액의 82.3%에 해당되고, 비농업인으로부터 매입한 실적은 580백만원으로 17.7%에 불과하여 농업협동조합법 제58조 및 구 의정부농업협동조합 정관(2005.7.1. 농림부고시 제2005-42호로 개정되기 전의 것, 이하 “구 정관”이라 한다) 제62조제2항에서 규정하고 있는 비농업인의 사업이용량 제한범위인 3분의 1 범위 내에서 운영되고 있으므로 이는 청구인의 고유업무에 직접 사용되고 있다고 보아야 하고, 조합원의 영농과 생활에 필요한 물자를 조합원(준조합원 포함)에게 공급하는 생필품 매장은 농업협동조합법 제57조제2항제2호 가목에서 규정하고 있는 구매사업으로서, 생필품 매장은 국내산 농산물을 구입하는 조합원 및 지역 주민의 쇼핑편의를 도모하기 위하여 필요한 최소한의 비중으로 운영되고 있을 뿐더러 2005년도 전체 매출액 7,877백만원 중 국내산 농·축산물 매출이 4,170백만원으로 52.9%, 생필품 매출액이 3,716백만원으로 47.1%를 차지하고 있으므로, 청구인의 영리사업이라기 보다는 농업인과 조합원의 권익보호를 위한 사업이라 할 것임에도, 처분청이 이 사건 부동산을 고유업무에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 면제한 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 농협이 취득한 부동산을 ○○마트로 운영하고 있는 경우 고유업무에 직접 사용하고 있는 것으로 볼 수 있는지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면, 구 지방세법 제266조제5항에서 농업협동조합법에 의하여 설립된 조합, 수산업협동조합(어촌계를 포함한다), 산림조합(산림계를 포함한다) 및 엽연초생산협동조합(이들 조합의 중앙회를 제외한다)이 고유업무(법령에서 개별적으로 규정하는 업무와 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무를 말한다. 이하 이 장에서 같다)에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(임대용부동산을 제외한다. 이하 이 항에서 같다)에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세 및 종합토지세를 면제하되, 다만, 취득일부터 1년 내에 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있고, 농업협동조합법 제1조에서 이 법은 농업인의 자주적인 협동조직을 바탕으로 농업인의 경제적·사회적·문화적 지위의 향상과 농업의 경쟁력강화를 통하여 농업인의 삶의 질을 높이고 국민경제의 균형있는 발전에 이바지함을 목적으로 한다고 규정하고 있고, 같은 법 제5조제3항에서 조합은 영리 또는 투기를 목적으로 하는 업무를 하여서는 아니된다고 규정하고 있으며, 같은 법 제57조제1항 본문 및 제2호 나목에서 지역농협은 그 목적을 달성하기 위하여 조합원이 생산하는 농산물의 제조·가공·판매·수출 등의 사업의 전부 또는 일부를 행한다고 규정하고 있고, 같은 법 제58조제1항에서 지역농협은 조합원의 이용에 지장이 없는 범위안에서 조합원이 아닌 자에게 그 사업을 이용하게 할 수 있되, 다만 제57조제1항제2호 나목(농업인이 아닌 자의 판매사업을 제외한다)·바목·사목(…)의 사업외의 사업에 대한 비조합원의 이용은 정관이 정하는 바에 따라 이를 제한할 수 있다고 규정하고 있으며, 같은 법 제57조제1항에서 지역농협은 그 목적을 달성하기 위하여 다음 각호의 사업의 전부 또는 일부를 행한다고 규정하면서 그 제2호 가목에서 조합원의 사업과 생활에 필요한 물자의 구입·제조·가공·공급 등의 사업을, 나목에서 조합원이 생산하는 농산물의 제조·가공·판매·수출 등의 사업으로 규정하고 있으며, 같은 법 제58조제1항에서 지역농협은 조합원의 이용에 지장이 없는 범위안에서 조합원이 아닌 자에게 그 사업을 이용하게 할 수 있되, 다만 제57조제1항제2호 나목(농업인이 아닌 자의 판매사업을 제외한다)·바목(…)의 사업외의 사업에 대한 비조합원의 이용은 정관이 정하는 바에 따라 이를 제한할 수 있다고 규정하고 있고, 그 제2항에서 조합원과 동일한 세대에 속하는 자, 다른 조합 또는 다른 조합의 조합원이 지역농협의 사업을 이용하는 경우에는 이를 그 지역농협의 조합원이 이용한 것으로 본다고 규정하고 있으며, 구 정관 제62조제2항에서 1회계연도에 있어서 비조합원(판매사업의 경우는 비농업인)의 사업이용량은 각 사업별로 당해 회계연도 사업량의 3분의 1을 초과할 수 없다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 처분청은 청구인이 이 사건 부동산을 취득한데 대하여 농업협동조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 보아 각각 취득세와 등록세를 면제하였으나, 그 후 청구인이 운영하고 있는 ○○마트를 불특정다수인을 상대로 하는 영리사업으로 보아 면제한 취득세 등을 추징한 사실과 청구인의 연도별 농축산물 총 매입액 중 농업인으로부터의 매입액을 보면 2004년도에는 총 매입액 994,740,306원중 759,169,366원(비율 76.32%)이고, 2005년도에는 총 매입액 3,272,654,125원중 2,565,235,820원(비율 78.38%)인 사실은 제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 이 사건 부동산을 ○○마트로 운영하고 있는 것은 농업협동조합법에서 규정하고 있는 구매 및 판매사업에 사용하는 것으로서, 비조합원의 사업이용량이 3분의 1을 초과하지 아니하여 고유업무에 직접 사용하는 것이라 하겠으므로 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다고 주장하고 있으므로 이에 관하여 보면, 구 지방세법 제266조제5항에서 농업협동조합이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다고 규정하고 있고, 여기에서 “고유업무에 직접 사용”이라 함은 부동산의 사용용도가 법령 또는 법인등기부상에 규정된 당해 법인의 공익성을 띤 고유의 목적사업 그 자체에 직접 사용되는 경우만을 말한다 하겠으므로, 조합이 부동산을 취득하고 농업협동조합법에서 개별적으로 규정하는 업무와 법인등기부등본에 목적사업으로 정하여진 업무에 직접 사용한다면 취득세 등의 감면대상에 해당된다고 보아야 하겠고, 농업협동조합법 제5조제3항에서 조합과 중앙회는 영리 또는 투기를 목적으로 하는 업무를 하여서는 아니된다고 규정하고 있으며, 여기에서 말하는 영리 또는 투기목적의 업무라 함은 조합 자체의 이윤획득 또는 잉여금 배당목적의 업무를 말하는 것으로서 이는 구성원인 조합원을 대상으로 하여 조합의 영리목적으로 사업을 해서는 아니되는 것과 조합원과 관계없는 사업경영으로 조합자체의 영리를 도모하는 것을 금지하는 취지라 하겠고, 또한 비조합원이 이용하는 것도 허용되지만 일정사업에 대하여는 정관으로 비조합원의 이용을 제한할 수 있도록 규정하고 있는 것일 뿐이므로, 비조합원의 사업이용량이 전체 이용량의 3분의 1 이내일 경우에 한하여 고유업무에 해당된다 할 것(대법원 판결 92누10630, 1993.5.14)으로, 농업협동조합법 제57조제1항제2호 가목 및 나목에서 지역농협의 목적달성을 위한 사업으로 조합원의 사업과 생활에 필요한 물자의 구매사업과 조합원이 생산하는 농산물의 판매사업을 규정하고 있고, 같은 법 제58조제1항에서 지역농협은 조합원의 이용에 지장이 없는 범위안에서 조합원이 아닌 자에게 그 사업을 이용하게 할 수 있다고 하면서, 제57조제1항제2호 나목(농업인이 아닌 자의 판매사업을 제외한다) 사업외의 사업에 대한 비조합원의 이용은 정관이 정하는 바에 따라 이를 제한할 수 있다고 규정하고 있으며, 구 정관 제63조제2항에서 1회계연도에 있어서 비조합원(판매사업의 경우는 비농업인)의 사업이용량은 각 사업별로 당해 회계연도 사업량의 3분의 1을 초과할 수 없다고 규정하고 있는바, 청구인의 판매사업의 경우 연도별 농축산물 총 매입액에서 차지하는 농업인으로부터의 매입액 비율이 2004년도에 76.32%(총 매입액 994,740,306원 중 759,169,366원), 2005년도에 78.38%(총 매입액 3,272,654,125원 중 2,565,235,820원)로서 비농업인으로부터의 매입액이 농축산물 총 매입액의 3분의 1을 초과하지 아니한 사실이 거래처별 현황, 상품구분별 매입실적 등에서 확인되고 있으므로, 농축산물 등의 판매사업에 사용하고 있는 면적[(건물 452.64㎡, 공용면적 포함), 부속토지 97.17㎡]은 청구인의 고유업무에 직접 사용되고 있다고 보아야 할 것(같은 취지의 행정자치부 심사결정례 제2003-6호, 2003.1.27)이나, 구매사업의 경우 생필품 등의 판매시설은 일반 판매시설과 마찬가지로 조합원·비조합원 구분없이 불특정 다수인을 상대로 영업을 하는 판매시설로서 일반인의 이용에 아무런 제한이 없어 일반 판매사업자의 판매시설과 비교하여 차이가 있다고 볼 수도 없을 뿐더러 비조합원의 사업이용량이 3분의 1을 초과하고 있지 아니함을 입증할 수 있는 증빙자료를 제시하지 못하고 있는 이상, 농업협동조합법에서 규정한 조합원의 사업과 생활을 위한 판매시설로서 고유업무에 사용하는 부동산이라고 인정하기는 어렵다 하겠으므로, 처분청이 구매사업에 이용되고 있는 부분에 대하여 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2006. 3. 27. 행 정 자 치 부 장 관