기존공장이 있는 토지를 사업시행자로부터 최초로 분양취득한 경우, 취득세 등이 감면대상 해당여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 법인인 청구인이 2004.7.20. 산업단지내의 ○○남도 ○○군 ○○면 ○○리 ○○번지 공장용지 30,770.7㎡(이하 “이 사건 토지”라고 한다.)를 ○○○○관리공단으로부터 취득하여 2004.7.22. 지방세법 제276조제1항에 의한 산업단지안에서 공장용 건축물을 신·증축하는 자가 취득하는 부동산으로 보아 지방세를 감면하였으나, 그 후 세무조사결과 이 사건 토지는 지상에 기존공장용 건축물이 있는 토지를 승계한 토지로 보아 취득세 등의 감면대상에 해당하지 아니하므로 그 취득가액(4,298,040,746원)을 과세표준으로 지방세법 제112조제1항 및 같은 법 제131조제1항 등의 세율을 적용하여 산출한 취득세 85,960,810원, 등록세 128,941,220원, 지방교육세 25,788,240원, 합계 240,690,270원(가산세 포함)을 2005.7.12. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 이 사건 토지를 양도인이 완전히 산업단지관리공단으로부터 취득하지 못한 상태에서 그 지상 공장용 건축물과 함께 취득한 다음 당초 건축물면적 7,927.20㎡에서 5,474.84㎡를 증축하여 총면적 13,402.01㎡가 되었으므로 이 사건 토지는 신증축만 전제로 감면한다는 지방세법 제276조제1항의 규정에 해당하여 감면대상이라고 하고 있고, 또한, 청구인은 이 사건 토지를 양도인이 완전히 취득하지 못한 상태에서 양도받아 산업단지조성사업이 완료후 산업단지관리공단으로부터 분양취득하였으므로 이 사건 토지는 청구인이 최초 취득한 다음 공장용 건축물을 증축한 이상 감면대상이라고 하고 있으며, 예비적 청구로서 이 사건 토지상에 청구인이 취득한 이후 증축한 부분에 대하여는 취득세 등의 감면대상이므로 그 부분에 대한 토지부분도 감면하여 줄 것을 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 산업단지 내에서 기존공장이 있는 토지를 사업시행자로부터 최초로 분양취득한 경우, 취득세 등이 감면대상에 해당하는지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면, 지방세법 제276조제1항에서 산업입지및개발에관한법률에 의하여 지정된 산업단지와 산업집적활성화및공장설립에관한법률에 의한 유치지역 및 산업기술단지지원에관한특례법에 의하여 조성된 산업기술단지안에서 산업용 건축물·연구시설 및 시험생산용 건축물로서 대통령령이 정하는 건축물을 신축하거나 증축하고자 하는 자(공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하고자 하는 자를 포함한다)가 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 그 부동산에 대한 재산세는 당해 납세의무가 최초로 성립되는 날부터 각각 5년간 100분의 50을 경감한다고 하지만, 그 취득일부터 3년내에 정당한 사유없이 산업용 건축물등의 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 산업용 건축물등의 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세·등록세 및 재산세를 추징한다고 하고 있고, 같은 법시행령 제224조의2에서 법 제276조제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 건축물"이라 함은 그 제1호의 산업입지 및 개발에 관한 법률 제2조의 규정에 의한 공장·지식산업·문화산업·정보통신산업·자원비축시설용 건축물 및 이와 직접 관련된 교육·연구·정보처리·유통시설용 건축물을 말한다고 하고 있으며, 산업입지및개발에관한법률 제2조제1호에서 "공장"이라 함은 산업집적활성화및공장설립에관한법률 제2조제1호의 규정에 의한 공장을 말한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 살펴보면, 1990.6.20. 관할관청은 ○○○도 ○○군 ○○면 ○○리 일원에 대하여 ○○○○산업단지조성사업승인고시하였고, 1991.10.24. ○○○○산업단지관리공단은 ○○○도 ○○군 ○○면 ○○리 일원을 대상으로 공업단지개발사업시행자로 관할관청으로부터 지정받았으며, 2002.9.5. 청구인과 ○○○○공업(주)사이에 양수도목적물을 이 사건 토지 및 지상 공장용 건축물로, 양수도 대금을 9,880,000,000원으로, 기타 약정으로 양도인은 양수인이 이 사건 토지를 완전히 취득할 수 있도록 하여야 하고, 그 의무를 불이행하는 것이 객관적으로 인정되는 경우 양도인은 양수인에게 30억원을 지급하여야 한다고 하는 자산양수도계약을 체결하였고, 2002.9.24. 청구인은 이 사건 자산양수도계약에 대하여 관할관청으로부터 검인받았으며, 2002.9.25. 위 자산양수도계약서상 공장용 건축물 11,194.54㎡(현재 관할관청의 건축물대장상에 공장용 건축물 연면적 13,402.1㎡로 되어 있음)을 취득하였고, 2004.5.8. 관할관청은 ○○지방산업단지관리공단이 ○○○도 ○○군 ○○면 ○○리 일원 사업시행면적 1,742,807.9㎡을 대상으로 시행한 산업단지개발사업(제2-1공구)에 대하여 산업입지및개발에관한법률 제37조 등에 의하여 준공인가필증을 교부하였으며, 2004.7.20. 칠서지방산업단지관리공단과 청구인은 이 사건 토지에 대하여 분양대금 4,256,982,000원에 칠서산업단지용지분양계약을 체결하였고, 그 계약서상 대금불입방법으로는 1991.1.9. 계약금 66,250,000원을, 1991.10.2.부터 2003.3.13.까지 중도금 4,160,632,000원을, 2004.7.20. 잔금 30,100,000원을 각각 지급하는 것으로 기재되어 있었으며, 2004.7.22. 청구인은 이 사건 토지에 대하여 지방세감면신청하고 감면받은 사실을 제출된 관계 증빙자료를 통해 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 이 사건 토지를 양도인이 완전히 취득하지 못한 상태에서 양도받아 산업단지관리공단으로부터 최초로 분양취득한 후 공장용 건축물을 증축한 이상 감면대상이라고 주장하고 있으므로 이를 보면, 지방세법 제276조제1항에서 산업입지및개발에관한법률에 의하여 지정된 산업단지안에서 공장용 건축물을 신·증축하고자 하는 자가 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 등을 면제한다고 하고 있는 바, 위 조항에서 공장용 건축물을 신·증축으로 취득할 때는 바로 관련 세액을 감면하지만 토지인 경우는 신·증축을 목적으로 취득하여야 하는 점이나 토지는 지상물에 부종하는 것, 특히, 건축물이 있는 산업단지내 토지를 취득한 경우라면 당해 토지에 대하여는 취득세 등이 면제되지 아니하나 추후 당해 부지내에 공장용 건축물을 신축하는 경우에는 신축 공장용 건축물에 대한 취득세는 면제되는 것(행정자치부 유권해석 세정과-672, 2004.4.3.)에 비추어 일응 지상에 승계되는 공장용 건축물이 없어야 하는 것이 법문상 또는 감면취지상 합리적이라고 할 수 있는 데, 그렇다면 승계되는 공장용 건축물의 부속 토지도 소유여부를 불문하고 승계된다고 보는 것이 실질과세의 원칙상 상당하다고 할 것으로서, 먼저, 이 사건 토지 일원은 1990.6월부터 관할관청에서 산업단지조성사업으로 승인고시되었고, 1991.10월 위 관리공단은 공업단지개발사업시행자로 지정받았으며, 2004.5월 위 관리공단은 산업입지및개발에관한법률 제37조 등에 의하여 준공인가필증을 교부받은 것을 보면, 사건 토지는 관련 법령상의 산업단지내 토지가 분명하지만, 2002.9월 청구인과 ○○페인트공업(주)사이에 체결한 자산양수도계약서상에 이 사건 토지와 그 지상 공장용 건축물을 98.8억원에 양수도한다고 하는 사실 및 같은 달 25일 공장용 건축물 11,194.54㎡을 취득하고 관련 세액을 납부한 사실, 관련 법령에서 산업단지조성사업이 준공되지 않더라도 공장용 건축물을 신·증축할 수 있는 규정, 이 사건 산업단지조성사업이 이 사건 토지이후에 이루어진 사실, 그리고 2004.7월 위 관리공단과 청구인이 다시 체결한 ○○○○단지용지분양계약서상에 1991.1월에 계약금 66,250천원을, 그 후 2003.3월까지 중도금 4,160,632천원을, 2004.7월에 잔금 30,100천원을 각각 지급하는 것으로 되어 있는 점들에서, 비록 양도인이 이 사건 토지를 위 관리공단으로부터 중도금까지 납부한 상태에서 분양계약을 양도하여 결국 청구인이 취득하였지만, 이 사건 토지상에는 기존 공장용 건축물이 존재해 있을 뿐만 아니라 청구인은 이를 승계한 것이 틀림없는 이상 이 사건 토지가 신·증축을 하기 위하여 취득한 토지라고 보기는 무리가 있다 할 것이고, 한편, 예비적 청구로서 이 사건 토지상에 청구인이 취득한 이후 증축한 부분에 대하여는 취득세 등의 감면대상이므로 그 부분에 대한 토지부분도 감면하여 줄 것을 요구하는 주장은 지방세법 제276조제1항에서 신·증축을 목적으로 취득하는 토지이어야 하는 것이어서 이 사건 토지는 이미 공장용 건축물과 함께 승계된 이상 그 증축된 건축물에 대하여는 관련 세액이 감면된다 할 것이라도 토지는 별도로 증축을 위하여 새로이 취득하지 않았으므로 받아들일 수없다고 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2006. 3. 27. 행 정 자 치 부 장 관