창업중소기업이 취득한 토지 일부를 제3자에게 사용토록 하면서 그 지목을 변경한 경우 취득세 등의 면제대상에 해당되는 지 여부(경정)

[주 문] 처분청이 2005.8.17. 청구인에게 부과 고지한 취득세 15,295,920원, 농어촌특별세 1,675,110원, 합계 16,970,930원(가산세 포함)을 취득세 9,733,460원, 농어촌특별세 888,890원, 합계 10,622,350원(가산세 포함)으로 경정한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2004.8.6. 취득한 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 ○○번지외 16필지 임야 18,107㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다) 중 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 ○○번지외 8필지 임야 7,386㎡(이하 “제1토지”라 한다)와 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 ○○번지외 임야 3필지 5,130㎡(이하 “제2토지”라 한다) 및 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 ○○번지외 1필지 임야 210㎡(이하 “제3토지”라 한다)를 창업일(2004.1.29)부터 2년 이내인 2005.6.30. 공장용지와 도로로 지목을 변경한 다음 2005.7.20. 그 지목변경에 따른 취득에 대하여 취득세 감면신청을 하자 구 조세특례제한법(2004.12.31. 법률 제7322호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제120조제3항의 규정에 의한 감면대상에 해당되지 아니한 것으로 보아 그 지목변경으로 인하여 증가한 가액(761,370,482원)을 과세표준으로 구 지방세법(2005.12.31. 법률 제7843호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제112조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 15,295,920원, 농어촌특별세 1,675,110원, 합계 16,970,930원(가산세 포함)을 2005.8.17. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 2004.1.29. 폴리에스터 필름 제조업 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인으로서 2004.6.2. 청구외 이○○과 공장승인 양도·양수계약을 체결하여 청구외 이○○이 2004.2.17. 처분청으로부터 받은 이 사건 토지상의 공장신설 승인사항을 양수한 다음 2004.8.6. 이 사건 토지를 취득하였고, 그 후 2005.3.18. 청구외 이○○에게 제1토지에 대하여 사용승낙을 하였는바, 공장승인 양도·양수계약 체결 당시 청구인 명의로 공장신설변경승인을 신청하지 아니한 것은 이 사건 토지의 취득이 이루어지지 아니하였을 뿐만 아니라 당초 청구외 이○○과 청구외 이○○이 공장신설허가를 받은 사항을 청구인이 모두 사용하려고 하였으나 관계법령의 규정에 의하여 청구인 명의로는 1곳만 건축할 수 있다고 하여 청구인의 업무효율을 높이기 위한 데에 있는 것으로, 청구외 이○○에게 제1토지에 대하여 그 사용을 승낙하였다고는 하나, 이를 다른 목적으로 사용한 사실이 없을 뿐더러 청구인이 공사도급계약 체결, 전기사용계약 체결 등 공장신설에 관한 모든 제반 절차를 진행한 다음 2005.9.2. 처분청에 공장신설 회사와 대표자를 변경하는 공장신설변경승인 신청을 하여 2005.9.7. 공장신설변경 승인을 받았고, 그 후 공장설립을 완료한 사실 등으로 볼 때, 제1토지와 제3토지를 당해 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용한 것으로 볼 수는 없다 할 것임에도 단순히 사용승낙을 하였다는 이유로 다른 목적으로 사용하고 있는 것으로 보아 지목변경에 따른 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 창업중소기업이 취득한 토지 일부를 제3자에게 사용토록 하면서 그 지목을 변경한 경우 취득세 등의 면제대상에 해당되는 지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면, 구 조세특례제한법 제119조제3항 본문 및 제1호에서 창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일(창업벤처중소기업의 경우에는 벤처기업으로 확인받은 날을 말한다. 이하 같다)부터 2년 이내에 취득하는 사업용재산에 관한 등기에 대하여는 등록세를 면제하되, 다만, 등기일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 다른 목적으로 사용하거나 처분(임대를 포함한다)하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다고 규정하고 있고, 같은 법 제120조제3항에서 창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일부터 2년이내에 취득하는 사업용재산에 대하여는 취득세를 면제하되, 다만, 취득일부터 2년이내에 당해 재산을 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 다른 목적으로 사용하거나 처분(임대를 포함한다)하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다고 규정하고 있으며, 구 지방세법 제105조제5항에서 선박·차량과 기계장비의 종류의 변경 또는 토지의 지목을 사실상 변경함으로써 그 가액이 증가한 경우에는 이를 취득으로 한다고 규정하고 있고, 같은 법 제111조제3항에서 건축물을 건축(신축 및 재축을 제외한다) 또는 개수한 경우와 대통령령이 정하는 선박·차량 및 기계장비의 종류변경 또는 토지의 지목을 사실상 변경한 경우에는 그로 인하여 증가한 가액을 각각 과세표준으로 한다고 하면서, 이 경우 제2항의 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 대통령령이 정하는 시가표준액에 미달하는 때에는 그 시가표준액에 의한다고 규정하고 있으며, 구 지방세법시행령(2005.12.31. 대통령령 제19259호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제82조에서 법 제111조제3항의 규정에 의한 토지의 지목변경으로 인하여 증가한 가액은 토지의 지목이 사실상 변경된 때를 기준으로 하여 지목변경 전의 시가표준액과 지목변경 후의 시가표준액(지목변경 후의 개별공시지가가 결정고시되지 아니한 때에는 지방자치단체의 장이 인근 유사토지의 가액을 기준으로 지가공시및토지등의평가에관한법률 제10조제2항의 규정에 의하여 건설교통부장관이 제공한 토지가격비준표를 사용하여 평가한 가액에 지방자치단체의 장이 결정고시한 과세표준액 적용비율을 곱하여 산정한 가액을 말한다)의 차액으로 하되, 다만, 제82조의2의 규정에 의한 판결문·법인장부에 의하여 지목변경에 소요된 비용이 입증되는 경우에는 그 비용으로 한다고 규정하고 있고, 같은법시행령 제82조의2제1항 본문 및 제2호에서 법 제111조제5항제3호에서 “판결문·법인장부 중 대통령령이 정하는 것”이라 함은 법인이 작성한 원장·보조장·출납전표, 결산서를 말한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 2004.1.29. 폴리에스터 필름 제조업 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인으로서 2004.6월경 청구인의 대표이사인 청구외 이○○과 공장승인 양도·양수계약을 체결하면서 청구외 이○○이 2004.2.17. 처분청으로부터 승인받은 공장신설에 관한 권한 일체를 양수받는 대신 허가상 필요한 서류 및 제반사항을 지원하기로 한 다음 2004.8.9. 이 사건 토지를 취득하였고, 그 후 청구인은 2004.8월경 청구외 ○○종합건설주식회사와 민간건설공사 표준도급계약을, 2004.12.20. 청구외 한국전력공사와 전기사용계약을, 2005.2.21. 청구외 ○○측량살계공사와 살계용역계약을 체결하였으며, 그 후 청구인은 2005.3.18. 청구외 이○○이 쟁점 토지를 공장신설변경승인부지로 사용하는데 이의없이 승낙키로 한 다음 2005.6.30. 쟁점 토지의 지목을 임야에서 공장용지 또는 도로로 변경한 사실과 청구외 이○○은 2005.3.23. 공장용지 면적과 건축면적을 변경하는 내용의 공장신설변경승인을 신청한 후 2005.4.6. 처분청으로부터 공장신설변경승인을 받은 사실 및 그 후 청구인은 2005.9.2. 회사명 및 대표자를 청구인으로 변경하는 내용의 공장신설변경승인을 신청한 다음 2005.9.7. 처분청으로부터 공장신설변경승인을 받은 다음 2005.11.25. 처분청으로부터 건축물 사용승인서를, 2005.12.30. 공장설립완료신고 수리통보를 받은 사실은 제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 제3자와 제1토지에 대한 토지사용승낙서를 작성하였다고는 하나 당해 토지를 다른 용도로 사용한 사실이 없고 그 후 청구인이 제1토지를 공장용 건축물의 부속토지로 사용하고 있으므로 이를 당해 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용한 것으로 볼 수는 없다 할 것임에도 단순히 사용승낙을 하였다는 이유로 지목변경에 따른 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다고 주장하고 있으므로 이에 관하여 보면, 구 조세특례제한법 제120조제3항의 규정에 의하여 창업중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일부터 2년 이내에 취득하는 사업용 재산에 대하여는 취득세를 면제하는 것이므로, 창업중소기업이 당해 사업에 직접 사용하기 위하여 취득한 토지를 당해 목적에 따라 공장용지 등으로 지목변경한 경우에는 지목변경에 따른 취득은 취득세 감면대상에 해당된다 하겠고, 여기에서 “당해 사업에 직접 사용”이라 함은 현실적으로 당해 재산의 사용용도가 당해 사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고, “그 사업에 직접 사용”의 범위는 창업중소기업의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 할 것인바, 청구인의 경우 이 사건 토지 취득 이후 공사도급계약 체결, 전기용역계약 체결, 설계용역계약을 체결하는 등 공장설립에 관한 실질적인 모든 절차를 진행하여 공장을 신설한 다음 처분청으로부터 공장신설변경승인을 받은 사실과 청구인이 작성한 토지사용승낙서상에 청구인은 청구외 이○○이 제1토지를 “공장신설변경승인부지로 사용함에 있어 토지의 소유자로서 하등의 이의없이 승낙합니다”라고 기재되어 있는 것으로 보아 청구인은 당해 토지를 취득·등기한 목적을 포기한 것이 아니라 취득·등기 당시 목적하였던 공장신설 추진과정에서 공장용지 면적과 건축면적의 감소에 따라 공장신설변경승인을 얻기 위한 임시적·일시적 조치로써 당초 취득세 등을 면제한 취지를 벗어난 것이라고는 할 수 없고, 청구외 이○○이 제1토지를 공장신설 이외의 다른 용도로 사용한 사실이 없는 점 등을 종합하여 볼 때, 단지 그 사용을 승낙하였다는 사실만으로 다른 목적으로 사용한 것으로 보아 제1토지에 대하여 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이라 할 것[다만, 제1토지에 포함되어 있는 지목이 도로인 토지의 경우 청구외 (주)○○과 공동으로 사용하고 있으므로 청구인과 청구외 (주)○○ 소유의 공장용 건축물의 연면적으로 안분하여야 함]이나, 제2토지는 청구외 (주)○○ 소유의 공장용 건축물의 부속토지로 사용되고 있으므로 취득세 등의 부과대상이라 하겠고, 제3토지는 청구외 이○○ 등 5인의 공유토지로서 창업중소기업인 청구인이 창업일부터 2년 이내에 취득한 토지가 아니므로 직접 사용여부에 관계없이 지목변경에 따른 취득세의 감면대상에 해당되지 아니한다 할 것이나, 다만 소유자인 청구외 이○○ 등 5인에게 지목변경에 따른 취득세 등을 부과하지 아니하고 청구인에게 부과한 처분은 잘못이라 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2006. 2. 27. 행 정 자 치 부 장 관