부동산을 취득한 후 제3자 명의로 보육시설을 운영한 경우 그 사업에 직접 사용한 것으로 볼 수 있는 지 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2000.5.3. ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지 유치원 시설(대지 569.48㎡, 건축물 연면적 659.7㎡, 이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 취득한데 대하여 구 지방세법(2005.1.5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제107조제1호 및 같은 법 제127조제1항제1호의 규정에 의하여 영유아보육시설을 운영하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위하여 취득·등기하는 부동산으로 보아 취득세와 등록세를 비과세하였으나, 그 후 취득·등기일부터 4년 5개월 동안 종전 설립자 명의로 운영하다가 2004.10.29. 청구인 명의로 설립자 변경인가를 받은 사실을 확인하고, 이를 정당한 사유없이 그 사업에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 그 취득가액(210,000,000원)을 과세표준으로 하여 구 지방세법 제112조제1항 및 같은 법 제131조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 4,200,000원, 농어촌특별세 420,000원, 등록세 6,300,000원, 지방교육세 1,260,000원, 합계 12,180,000원을 2005.4.11. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 이 사건 부동산을 취득한 후 관할 교육청에 사립유치원 설립자 변경인가를 신청하였으나 해당 교육청은 당해 부동산에 대한 근저당권 설정을 이유로 이를 반려하였고, 그 후 청구인은 당해 부동산에 설정된 근저당을 해제하고 변경인가를 받고자 정상적인 노력을 다하였으므로 이에 정당한 사유가 있다 하겠고, 또한, 비영리사업자가 취득 부동산을 그 사업에 직접 사용하는지 여부는 변경인가가 아닌 실제 사용용도에 따라 판단하여야 할 것으로, 청구인 명의로 변경인가를 받지 못한 상태에서 종전 설립자 명의로 보육시설을 운영하였다고는 하나, 이 사건 부동산 취득 이후 계속하여 유치원 용도로 사용하였으므로 그 용도에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 비과세한 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 보육시설을 운영하려고 하는 자가 부동산을 취득한 후 제3자 명의로 보육시설을 운영한 경우 그 사업에 직접 사용한 것으로 볼 수 있는 지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면, 구 지방세법 제107조 본문 및 제1호에서 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니하되, 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다고 규정하고 있고, 같은 법 제127조제1항 본문 및 제1호에서 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니하되, 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기·등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 등록세를 부과한다고 규정하고 있으며, 구 지방세법시행령(2005.1.5. 대통령령 제18669호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제79조제1항 본문 및 제3호에서 법 제107조제1호에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 영유아보육법에 의한 영유아보육시설을 운영하는 자를 말한다고 규정하고 있고, 같은법시행령 제94조제1항에서 법 제127조제1항제1호 본문에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 제79조의 규정에 의한 비영리사업자를 말한다고 규정하고 있으며, 개정 지방세법(법률 제7332호, 2005.1.5) 제272조제5항에서 영유아보육법에 의한 영유아보육시설 및 유아교육법에 의한 유치원을 설치·운영하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 영유아보육시설 및 유치원에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세·도시계획세·공동시설세 및 사업소세를 면제하되, 다만, 부동산 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유없이 당해 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 당해 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우(영유아보육법 제12조 및 유아교육법 제32조의 규정에 의하여 당해 영유아보육시설 및 유치원이 폐쇄되는 경우를 포함한다) 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있고, 구 영유아보육법(2004.12.31. 법률 제7302호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조제4호에서 “보육시설종사자”라 함은 보육시설에서 영유아의 보육, 건강관리 및 보호자와의 상담, 기타 업무를 담당하는 자를 말한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제9조제1항 본문에서 보육시설에는 시설의 장 및 보육교사와 기타 여성부령이 정하는 종사자를 두어야 한다고 규정하고 있고, 구 영유아보육법시행규칙(2005.1.29. 여성부령 제14호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제6조제1항 본문 및 제1호 내지 제4호에서 법 제7조제2항의 규정에 의하여 보육시설의 설치신고를 하고자 하는 자는 별지 제3호서식에 의한 신고서에 법인의 정관 및 등기부등본(법인인 경우에 한한다), 건축물관리대장등본과 시설 및 설비목록(부동산을 임차한 경우에는 임대차계약서를 포함한다), 시설의 구조별 면적이 표시된 평면도, 종사자의 자격을 증명하는 서류를 첨부하여 관할 시장·군수 또는 구청장(자치구의 구청장을 말한다. 이하 같다)에게 제출하여야 한다고 하면서 이 경우 건축물관리대장 또는 시설의 평면도를 관할 시장·군수 또는 구청장이 내부적으로 확인할 수 있는 경우에는 당해서류의 제출을 생략하게 할 수 있다고 규정하고 있으며, 구 초·중등교육법(2001.1.29. 법률 제6400호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조 본문 및 제1호에서 유아교육 및 초·중등교육을 실시하기 위하여 유치원을 둔다고 규정하고 있고, 같은 법 제3조에서 제2조 각호의 학교(이하 “학교”라 한다)는 국가가 설립·경영하는 국립학교, 지방자치단체가 설립·경영하는 공립학교(설립주체에 따라 시립학교·도립학교로 구분할 수 있다), 법인 또는 사인이 설립·경영하는 사립학교로 구분한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제4조제1항 내지 제3호에서 학교를 설립하고자 하는 자는 시설·설비등 대통령령이 정하는 설립기준을 갖추어야 하고, 사립학교를 설립하고자 하는 자는 특별시·광역시 또는 도 교육감(이하 “교육감”이라 한다)의 인가를 받아야 하며, 사립학교를 설립·경영하는 자가 학교를 폐지하거나 대통령령이 정하는 중요사항을 변경하고자 하는 경우에는 교육감의 인가를 받아야 한다고 규정하고 있고, 구 초·중등교육법시행령(2001.1.29. 법률 제6400호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제5조제2항 본문 및 제1호 내지 제3호에서 법 제4조제3항의 규정에 의하여 변경인가를 받고자 하는 사립학교의 설립·경영자는 변경사유, 변경사항, 변경연월일이 기재된 서류를 갖추어 교육감에게 신청하여야 한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제6조제1항 본문 및 제1호 내지 제9호에서 법 제4조제3항의 규정에 의하여 사립유치원의 설립인가를 받고자 하는 자는 목적, 명칭, 위치, 학칙, 경비와 유지방법, 원지·원사와 유원장의 평면도, 개원연월일, 설립자가 법인인 경우에는 등기 및 출연금 등에 관한 서류, 설립자가 사인인 경우에는 경비의 지급 및 변제능력에 관한 서류를 갖추어 교육감에게 신청하여야 한다고 규정하고 있고, 같은 조 제2항에서 제5조제2항의 규정은 사립유치원의 변경인가에 관하여 이를 준용한다고 규정하고 있으며, 구 사립학교법(2000.12.30. 법률 6332호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제28조제2항에서 학교교육에 직접 사용되는 학교법인의 재산중 대통령령이 정하는 것은 이를 매도하거나 담보에 제공할 수 없다고 규정하고 있고, 구 사립학교법시행령(2000.12.30. 대통령령 17085호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제12조제1항 본문 및 제1호 내지 제5호에서 법 제28조제2항의 규정에 의하여 학교법인이 매도하거나 담보에 제공할 수 없는 재산은 당해 학교법인이 설치·경영하는 사립학교의 교육에 직접 사용되는 재산으로서 교지, 교사(강당을 포함한다), 체육장(실내체육장을 포함한다), 실습 또는 연구시설, 기타 교육에 직접 사용되는 시설·설비 및 교재·교구로 한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 2000.5.3. 이 사건 부동산을 취득한 후 2001.4.3. ○○교육청에 사립유치원 설립자 변경 신고를 하였다가 2001.4.9. ○○교육청교육장으로부터 “교육법 제81조제7호, 제83조제1항에 의하면 사인이 설립, 경영하는 유치원도 사립학교의 일종으로 규정되어 있고, 사립학교법 제28조제2항 및 시행령 제12조제1항에 의하면 학교교육에 직접 사용되는 학교법인의 재산중 교지, 교사(강당 포함한다), 체육장, 실습 또는 연구시설 기타 교육에 직접 사용되는 시설 또는 설비로서 교육부장관이 지정한 것 등은 학교법인이 이를 매도하거나 담보로 제공할 수 없다라고 규정되어 있으며, 사립학교법 제51조에 의하면 같은 법 제2조제3항에 규정된 사립학교 경영자에게도 학교법인에 관한 사립학교법 제28조제2항을 준용토록 규정되어 있으므로 관련 서류를 반려하오니 조속히 근저당 설정을 해지 후 설립자 변경신청을 하여 주시기 바랍니다”라는 사유로 사립유치원 설립자 변경 신청자료 반려통보(○○교육청 관리 81140-○○)를 받았고, 그 후 2004.3.2. 이 사건 부동산에 설정된 근저당권설정등기[근저당권설정등기일: 2000.7.22, 근저당권자: 주식회사 ○○은행, 채무자: 서○○(청구인)]를 말소한 다음 2004.10.25. 설립자 변경인가 신청을 하여 2004.10.29. ○○교육청교육장으로부터 설립자 변경인가서(제2004-○○호)를 교부받은 사실은 제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 종전 설립자 명의로 보육시설을 운영하였다고는 하나, 취득 이후 계속하여 유치원으로 사용한 이상, 그 용도에 직접 사용한 것으로 보아야 할 것임에도, 그 용도에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 비과세한 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다고 주장하고 있으므로 이에 관하여 보면, 구 지방세법 제107조제1호, 제127조제1항제1호 및 같은법시행령 제79조제1항제6호, 제94조제1항에서 영유아보육법에 의한 영유아보육시설을 운영하는 자가 그 사업에 사용하기 위하여 취득·등기한 부동산에 관하여는 취득세와 등록세를 비과세하나, 부동산 취득·등기일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 그 해당 부분에 대하여 비과세한 취득세와 등록세를 부과하도록 규정하고 있는바, 이는 영유아보육시설을 운영하는 자가 취득·등기한 부동산을 그 취득·등기일부터 3년 이내에 보육사업에 직접 사용하기만 하면 취득세와 등록세의 비과세가 유지된다는 것이지 취득한 부동산을 취득·등기일 즉시 보육시설로 직접 사용하여 3년간 보육사업에 사용하여야 한다는 의미는 아니라 하겠고, 행정자치부 심사결정례(제2006-27호·28호, 2006.1.23)와 감사원 심사결정례(2005년 감심 제38호, 2005.4.14)에서 보듯이 영유아보육시설을 운영하려고 하는 자가 부동산을 취득·등기하는 경우도 마찬가지라 할 것이나, 다만, 여기에서 “직접 사용”이라 함은 부동산 취득자가 영유아보육시설의 운영자로서 그 취득한 부동산을 보육시설로 사용한다는 것을 의미한다고 보아야 하겠고, “정당한 사유”라 함은 그 취득 부동산을 보육시설 용도에 직접 사용하지 못한 사유가 행정관청의 사용 금지·제한 등 외부적인 사유로 인한 것이거나 또는 내부적으로 부동산을 보육시설 등의 용도에 사용하기 위하여 정상적인 노력을 하였음에도 불구하고 시간적인 여유가 없거나 기타 객관적인 사유로 인하여 부득이 위 용도에 사용할 수 없는 경우를 말하는 것이고, 부동산의 취득자가 그 자체의 자금사정이나 수익상의 문제 등으로 보육시설 용도에 직접 사용하기를 포기한 경우는 이에 포함되지 아니한다 할 것으로, 구 영유아보육법 및 같은법시행령에 따르면 보육시설을 설치·운영하는 자(이하 “운영자”라 함)와 보육시설 종사자를 구분하고 있고, 그 “운영자”는 보육시설을 설치·운영하기 위하여 그 명의로 신고한 자를 일컫는다 하겠으므로, 지방세법상 “영유아보육시설을 운영하는 자”는 영유아보육법상의 “운영자”를 말한다 할 것으로, 취득세 등이 비과세되기 위해서는 부동산 취득자가 보육시설의 “운영자”로서 그 취득한 부동산을 보육시설로 사용하여야 한다는 점에 비추어 보면, 청구인이 종전부터 보육시설로 사용되고 있던 이 사건 부동산을 취득하였다고는 하나 설립자를 청구인 명의로 변경하지 아니한 채 종전 설립자인 청구외 김○○ 명의로 운영한 것은 청구인이 이 사건 부동산을 취득하여 이를 “운영자”로서 보육시설의 운영에 사용하는 경우가 아니어서 “영유아보육시설을 운영하는 자”가 취득·등기한 부동산을 “그 사용목적에 사용”하는 경우에 해당된다고 볼 수는 없다 하겠고(감사원 심사결정례 제2005년 감심 제83호, 2005.8.18), 또한, 구 초·중등교육법 및 같은법시행령에 따르면 법인 또는 사인이 사립유치원을 설립하거나 혹은 설립자를 변경하고자 할 때에는 반드시 관할 교육감으로부터 설립인가 또는 변경인가를 받아야 하고, 구 사립학교법 및 같은법시행령에서 학교교육에 직접 사용되는 학교법인의 재산 중 교지, 교사, 체육장 등은 담보로 제공할 수 없다고 규정되어 있음에도 청구인은 부동산 취득 이후 금융기관에 채무를 이유로 이 사건 부동산을 담보로 제공하였을 뿐만 아니라, 2001.4.3. 사립유치원 설립자 변경신고에 대하여 2001.4.9. ○○교육청교육장이 근저당 설정을 이유로 이를 반려하였음에도 자금시정을 이유로 근저당 설정을 해제하지 아니한 채 유예기간을 경과한 이상, 이에 정당한 사유가 있다고 보기도 어렵다 하겠으므로 처분청이 이 사건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2006. 2. 27. 행 정 자 치 부 장 관