대도시내 부동산을 취득한 후 지점이 설치되어 등록세 등을 중과세한 처분의 당부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구외 (주)○○발효가 2005.1.13. ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 토지상에 지하5층 지상15층 건물(면적:15,059.36㎡, 이하 “이 사건 건물”이라 한다)를 신축하면서 등록세 등을 일반세율로 2005.2.5. 신고·납부하였으나, 이 사건 건물등기는 대도시내 지점설치에 따른 부동산등기로서 등록세 중과세대상에 해당한다고 보아 청구외 (주)○○발효에서 분할된 청구인에게 중과세율로 산출한 세액에서 기 납부한 세액을 차감한 등록세 555,506,800원, 지방교육세 102,449,310원, 합계 657,956,110원(가산세 포함)을 2005.9.5. 부과고지 하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 청구외 (주)○○발효에서 분할된 법인으로서 청구외 (주)○○발효는 1999.8.10. ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지외 1필지 토지 및 건물(이하 “이 사건 종전부동산”이라 한다)을 취득한 후 이 사건 종전부동산을 사업장소재지로 하여 1999.8.7. 임대사업자등록을 하고, 임대차계약서 작성업무는 청구외 (주)○○발효가 직접 수행하면서 부동산임대관련 업무를 청구외 (주)○○Network와 (주)○○커뮤니티에게 위탁하여 처리함에 따라 대도시내 지점이 설치되었으므로, 그로부터 5년이 경과하여 취득한 이 사건 건물 등기는 등록세 중과세 제외대상이라고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 법인이 대도시내 부동산을 취득한 후 5년 이내에 인적·물적설비를 갖춘 지점이 설치되어 등록세 등을 중과세한 처분이 정당한지 여부에 관한 것이라 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제138조제1항 본문 및 제3호에서 수도권정비계획법 제6조 제1항제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(대도시) 내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산 등기에 대하여는 등록세 일반세율의 100분의 300으로 한다라고 규정하고 있으며, 동법시행령 제102조제2항에서는 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입 이전에 취득하는 일체의 부동산등기를 말하며, 그 설립·설치·전입 이후의 부동산 등기라 함은 법인 또는 지점 등이 설립·설치·전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산 등기를 말한다고 규정하고 있으며, 지점 등에 대하여는 동법시행규칙 제55조의2에서 법인세법·부가가치세법 또는 소득세법의 규정에 의하여 등록된 사업장으로서 인적·물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 부동산임대업을 목적으로 이 사건 건물을 본점으로 하여 2005.8.3. 청구외 (주)○○발효에서 분할되어 설립된 법인이며, 청구외 (주)○○발효는 1984.12.31. 식품제조 및 판매업, 부동산 매매 및 임대업 등을 목적으로 경기도 안산시 초지동 650번지에서 설립된 법인으로서 1999.8.7. 업태는 부동산, 종목은 임대로 하는 사업자등록을 하고, 1999.8.10. 이 사건 종전부동산을 취득하였으며, 1999.8.16. 및2000.7.31. 청구외 (주)○○Network 및 청구외 (주)○○와 이 사건 종전부동산에 대한 건물관리 용역계약을 체결하였으며, 그 후 2002.12.23. 이 사건 종전부동산을 멸실하고 2005.1.13. 이 사건 건물을 신축하면서 등록세를 일반세율로 신고·납부하고, 2005.2.21. 이 사건 건물 등기를 하였으며, 2005.6.20. 처분청 세무담당공무원의 출장복명서 및 현장사진에서 이 사건 건물내 지상14층 및 지상15층에 청구외 (주)○○발효의 회장단과 ○○사업팀이 소재하고 있는 것이 확인되고 있으며, 처분청은 이 사건 건물등기는 대도시내 지점설치에 따른 부동산등기로서 등록세 중과세대상에 해당한다고 보아 이 사건 등록세 등을 부과한 사실이 제출된 관계 증빙자료로 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 청구외 (주)○○발효에서 분할된 법인으로서 청구외 (주)○○발효는 1999.8.10. ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지외 1필지 토지 및 건물(이하 “이 사건 종전부동산”이라 한다)을 취득한 후 이 사건 종전부동산을 사업장소재지로 하여 1999.8.7. 임대사업자등록을 하고, 임대차계약서 작성업무는 청구외 (주)○○발효가 직접 수행하면서 부동산임대관련 업무를 청구외 (주)○○Network와 (주)○○에게 위탁하여 처리함에 따라 대도시내 지점이 설치되었으므로, 그로부터 5년이 경과하여 취득한 이 사건 건물 등기는 등록세 중과세 제외대상이라고 주장하고 있으나, 지방세법 제138조제1항제3호와 동법시행령 제102조제2항 및 동법시행규칙 제55조의 2의 각 규정에 의한 등록세 중과세 요건인 지점의 설치에 따른 부동산등기에 있어서 “지점”이라 함은 법인세법·부가가치세법 또는 소득세법의 규정에 의하여 등록된 사업장으로서 그 명칭 여하를 불문하고 인적·물적 설비를 갖추고 계속하여 당해 법인의 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말하고, “인적·물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업을 행하여지는 장소”라 함은 당해 법인의 지휘·감독하에 영업활동 내지 대외적인 거래업무를 처리하기 위한 인원을 상주시키고 이에 필요한 물적 시설을 갖추었으며, 실제로 그러한 활동이 행하여지고 있는 장소를 말한다고 해석함이 상당하다(대법원 99두3188 판결, 1999.5.11. 선고)고 할 것인바, 청구인의 경우 2005.8.3. 청구외 (주)○○발효에서 분할된 법인으로서청구외 (주)○○발효는1999.8.7. 임대사업자등록을 하고1999.8.10. 이 사건 종전부동산을 취득하였으며,대도시외에 소재하고 있던 청구외 (주)○○발효의본점에서 직접 임대차계약을 체결하면서 건물관리업무만을 청구외 (주)○○Network 및 청구외 (주)○○에게 위탁하여 관리하였던 이 사건 종전부동산에서는 인적·물적시설을 갖추고 계속적으로 사업이 행하여지는 지점이 설치되었다고 보기는 어렵다 할 것이고, 청구외 (주)○○발효가2005.1.13. 이 사건 건물을 신축하고 이 사건 건물내에 청구외 (주)○○발효의 임대사업팀이 전입한 날인 2005.1.21.에서야 비로소 인적·물적시설을 갖추어 이 사건 건물에 새로운 지점이 설치되었다고 보아야 할 것이므로 대도시내 지점설치 이후인 2005.2.21. 등기한 이 사건 건물등기는 등록세 중과세대상에 해당된다 할 것이며, 이 사건 건물의 등록세 중과세 납세의무는 법인분할이전에 성립한 것이므로, 처분청에서 이 사건 건물에 대하여 등록세를 중과세하면서 지방세법 제18조제2항의 규정에 의거 청구외 (주)○○발효에서 분할된 청구인을 납세의무자로 하여 등록세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다고 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2006. 2. 27. 행 정 자 치 부 장 관