민자역사가 취득세 등의 비과세대상이 되는지 여부와 설치비용이 취득세 과세표준에 포함되는지 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2001.10.20.부터 2004.9.21.까지 ○○시 ○○구 ○○가 ○○번지(국유재산, 관리청 건설교통부) 지상에 경부고속철도 ○○역사(연면적 262,184.08㎡, 이하 “이 사건 건축물”이라 한다)를 신축하여 건설교통부장관으로부터 임시사용승인을 받고 취득세 7,158,634,910원 농어촌특별세 715,862,472원을 신고·납부하고, 2005.5.26. 총공사비를 정산하여 총공사비(역사시설 등 공사비 제외)를 479,832,449,873원으로 확정하여 산출한 세액에서 기 납부한 취득세액을 차감한 취득세 2,532,851,950원 농어촌특별세 253,285,190원을2005.5.26. 신고·납부하자 이를 수납하여 징수결정 하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 이 사건 부동산은 사회기반시설에 대한 민간투자법 제4조제3호의 규정에 의하여 국가에 무상으로 귀속되는 조건으로 취득한 부동산으로 지방세법 제106조제2항의 규정에 의거 취득세 등 비과세 대상임에도 처분청에서 취득세 등을 부과한 처분은 부당하며, 또한, 임시 대체시설로 건설한 역대합실 승강장, 임시변경 철도선 등의 공사비는 이 사건 건축물 신축비와는 별개의 사안으로 이러한 시설물은 청구인이 취득할 수 없는 국가시설물이므로 임시 대체시설물 공사비(40,398,518,880원)는 취득세 등 과세표준에서 제외되어야 한다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 민자역사가 취득세 등의 비과세대상이 되는지 여부와 임시 대체시설물로 건설된 임시변경 철도선 등 설치비용이 취득세 과세표준에 포함되는지 여부에 관한 것이라 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제106조제2항에서 국가·지방자치단체 또는 지방자치단체조합에 귀속 또는 기부채납(사회기반시설에 대한 민간투자법 제4조제3호의 규정에 의한 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다)을 조건으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다라고 규정하고 있고, 사회기반시설에 대한 민간투자법 제4조에서 민간투자사업은 다음 각호의 1에 해당하는 방식으로 추진하여야 한다라고 규정하고, 그 제3호에서 사회기반시설의 준공후 일정기간 동안 사업시행자에게 당해 시설의 소유권이 인정되며 그 기간의 만료시 시설소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되는 방식이라고 규정하고 있으며, 국유철도의 운영에 관한 특례법 제30조제1항에서 점용허가를 받은 자는 점용허가기간이 만료되거나 점용을 폐지한 때에는 점용허가된 철도재산을 원상으로 회복하여야 한다. 다만, 철도청장은 원상으로 회복할 수 없거나 원상회복이 부적당하다고 인정되는 경우에는 원상회복의무를 면제할 수 있다라고 규정하고, 그 제3항에서 철도청장은 제1항 단서의 규정에 의하여 원상회복의무가 면제되는 시설물을 국가의 소유로 할 수 있다. 이 경우 그 시설물은 철도청장이 관리한다라고 규정하고 있고, 사회기반시설에 대한 민간투자법 제2조제1호나목 및 오목에서 철도 및 철도시설을 사회기반시설로 규정하고, 철도산업발전기본법 제3조제2호가목에서 철도시설을 철도의 선로, 역시설(물류시설·환승시설 및 편의시설을 포함한다) 및 철도운영을 위한 건축물·건축설비라고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 철도청장과 청구인은 1998.11.18. ○○역세권개발 1단계(민자역사) 사업추진협약(이하 “협약서”라 한다)을 체결하고, 그 제12조제1항에서 출자회사가 설치하는 시설물 중 제11조제2항의 규정에 의한 역무시설과 기타 국유철도사업에 직접 필요로 하는 시설은 준공과 동시에 갑의 소유로 무상귀속시키고, 그 제2항에서 제1항 이외의 시설은 출자회사의 소유로 하며, 그 제4항에서 점유허가기간(30년 이내. 다만 공사기간은 제외한다)이 경과한 후 원상회복의무를 면제한 때에는 제2항의 시설물을 갑(철도청)의 소유로 무상귀속시킨다라고 하고, 그 제14조제1항에서 본 사업의 원활한 시행을 위하여 갑(철도청)의 소유 이외의 타인의 토지가 불가피하게 필요한 경우에는 이를 출자회사의 부담으로 매입하고, 그 제4항에서 제1항의 매입토지 중에서 철도사업을 위하여 갑(철도청)이 매수가 불가피하여 매수 요구하는 부분은 을(청구인)은 출자회사로 하여금 갑(철도청)에게 매각토록 한다라고 하고 있고, 철도청장은 2004.11.9. ○○시 ○○구 ○○가 ○○번지외 4필지에 대한 국유철도재산 점용허가를 하였고, 점용권자는 청구인으로 하고 점용목적은 ○○민자역사 건립 및 운영, 점용허가기간은 2004.9.22.부터 2034.9.21.(30년)까지로 하였으며, 점용료는 출자사업업무처리규정이 정하는 바에 의하여 납부하고, 점용허가조건 제2조에서 시설의 규모 합계 262,184.08㎡, 역무시설 26,427.99㎡, 상업시설 235,756.09㎡로 하고, 제24조에서 원상회복의무 및 면제 ① 점용권자는 점용허가기간이 만료되거나 점용을 폐지한 때에는 점용허가된 철도재산을 원상으로 회복하여야 하며 철도청장의 통보에 따라 시설물의 철거 등 원상회복에 필요한 조치를 하여야 한다 ③ 철도청장은 제1항에 의한 원상회복이 불가능하거나 부적당하다고 인정되는 경우에 점용권자의 신청 또는 직권으로 원상회복의무를 면제할 수 있다. 이 경우 당해 시설물은 국가에 무상으로 귀속된다라고 하였고, 건설교통부장관은 2000.12.30. 경부고속철도 ○○민자역사 건설사업실시계획을 승인하였으며, 건설교통부장관은 2001.12.30. 경부고속철도 ○○민자역사 건설사업실시계획 승인을 고시(건설교통부고시 제2001-339호) 하였고, 청구인은 건설교통부장관으로부터 이 사건 건축물에 대하여 1차로 25,910.83㎡(2003.12.24. 임시사용승인), 역무시설, 지하3층, 지상 5층, 신고가액 4,036,400,000원, 전액 비과세, 2차로 14,025.39㎡(2004.4.2.임시사용승인), 북측 주차장, 신고가액 25,456,700,524원, 취득세509,134,010원, 농어촌특별세 50,913,400원, 3차로 192,747.52㎡(2004.9.21. 임시사용승인), 역무시설: 517.16㎡, 판매 및 영업시설, 영화관 192,230.36㎡로 준공전사용허가를 받았으며, 신고가액은 328,037,538,303원, 취득세 6,640,598,770원, 농어촌특별세 664,059,870원이며, 기타 이 사건 건축물 취득과 관련 청구인의 취득세 신고내역은 가설건축물 등 취득신고(2001년5월, 2001년10월, 2003년1월), 취득세 8,902,130원, 농어촌특별세 890,200원, 이마트 시설공사(대수선) 취득신고(2005년 1월), 신고가액 4,360,603,600원, 취득세 87,212,070원, 농어촌특별세 8,721,200원이고, 건설교통부장관은 2005.4.26. 청구인에게 준공확인필증을 교부하였으며, 청구인은 2005.5.26. 이 사건 건축물의 총공사비(역무시설 등 취득가액은 제외한 가액임)를 정산하여 총공사비를479,832,449,873원으로 확정하여 산출한 세액에서 기 납부한 취득세(1,2,3차 임시사용승인 및 가설건축물 등 신고가액) 7,158,634,910원 농어촌특별세 715,863,470원을 차감한 취득세 2,532,851,950원 농어촌특별세 253,285,190원을 신고·납부하였으며, 국유철도재산점용허가서에서 이 사건 건축물(262,184.08㎡) 중에서 일부(26,427.99㎡, 기 비과세처리)만 역무시설로 구분하고 나머지 건축물은 상업시설로 표시하고, 준공확인필증에서도 이 사건 건축물의 용도를 철도역사와 판매 및 영업시설, 문화집회시설, 업무시설, 근린생활시설로 표시하고 있음이 제출된 취득신고서, 사업추진협약서, 관보, 준공확인필증 등 제출된 관계 증빙서류로 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 이 사건 부동산은 사회기반시설에 대한 민간투자법 제4조제3호의 규정에 의하여 국가에 무상으로 귀속되는 조건으로 취득한 부동산으로 지방세법 제106조제2항의 규정에 의거 취득세 등 비과세 대상임에도 처분청에서 취득세 등을 부과한 처분은 부당하며, 또한, 임시 대체시설로 건설한 역대합실 승강장, 임시변경 철도선 등의 공사비는 이 사건 건축물 신축비와는 별개의 사안으로 이러한 시설물은 청구인이 취득할 수 없는 국가시설물이므로 임시 대체시설물 공사비(40,398,518,880원)는 취득세 등 과세표준에서 제외되어야 한다고 주장하고 있으나, 청구인이 취득한 이 사건 부동산이 사회기반시설에 대한 민간투자법 제4조 제3호의 규정에 의한 방식으로 국가에 귀속되는 경우에 해당하는가에 대하여 살펴보면, 청구인과 철도청장이 1998.11.18. 체결한 협약서 제12조제1항 및 제4항에서 이 사건 건축물(역사시설 등 제외)은 청구인 소유로 하되 점유허가기간이 경과한 후 원상회복이 불가능하거나 부적당하다고 인정되는 때에는 점용권자의 신청 또는 직권으로 원상회복의무를 면제하되 이 때 당해 시설물은 국가에 귀속된다는 조건의 계약이 체결되었고, 청구인이 이 사건 건축물을 국유토지 지상에 신축하여 취득하게 된 근거 및 기부채납조건의 근거가 되는 법령은 구 국유철도의 운영에 관한 특례법과 동법에 근거한 철도청장의 국유철도재산의 점용허가라 할 것이며, 사회기반시설에 대한 민간투자법에 의한 사업시행자가 설치하고 국가에 기부채납하는 시설은 철도시설, 도로, 항만 등 주요 국가기반시설이나 국유재산 점용허가에 기하여 설치하는 시설은 상업시설, 업무시설 등으로 시설의 종류에 제한을 두고 있지 아니하고 이 사건 건축물은 상업시설 및 업무시설로 사회기반시설에 대한 민간투자법에 규정하는 사회기반시설에 해당하지 아니하고, 사회기반시설에 대한 민간투자법 제4조제3호의 규정에 의한 사업시행자는 총민간사업비의 범위 내에서 일정기간 동안 당해 시설물을 소유할 수 있도록 규정하여 민간 보유기간 및 수익에 제한을 두고 있으나 이 사건 건축물은 국유재산 점유기간인 30년간의 절대적인 소유권이 보장되는 것으로 민간 보유기간 수익보장 방식 및 국가에 귀속되는 시기가 다르며, 또한 이 사건 건축물은 국가에 귀속되는 부동산이 아니라 원칙적으로 점용허가 기간이 만료된 때에 철거하여야 하나 원상으로 회복할 수 없거나 원상회복이 부적당하다고 인정되는 경우에 한하여 철도청장(현 건설교통부장관)의 허가를 받아 원상회복 의무를 면하고 국가의 결정에 의하여 국유재산이 될 수 있는 것으로 사회기반시설에 대한 민간투자법 제4조제3호에서 규정하는 총민간사업비 회수기간 종료 후 조건없이 국가에 기부채납하는 방식과는 다르다 할 것이므로, 이 사건 건축물은 국유토지 점용허가에 기초하여 신축된 것으로 기부채납을 조건으로 신축한 건축물이 아니므로 지방세법 제106조제2항에서 규정하는 비과세 대상이 되는 부동산으로 볼 수 없다고 하겠고, 다음으로, 임시 대체시설물 공사비가 이 사건 건축물의 취득가액에 포함되는가에 대하여 살펴보면, 이 사건 건축물은 현재 운행중인 철로 위에 신축하여야 하는 관계로 공사진행에 따라 임시역사를 공사가 진행중인 장소 옆으로 수시로 이전하여야 하는 관계로 발생하는 비용으로써 이 사건 건축물 신축장소 및 신축방법의 특수성으로 인하여 이 사건 건축물 신축과 관련하여 필수적으로 소요되는 추가비용으로 이 사건 건축물의 신축에 따른 간접비용이어서 취득세 등의 과세표준에 포함되는 것이므로, 처분청에서 이 사건 부동산에 대해 취득세 등을 비과세하지 아니하고 임시 대체시설물 공사비를 과세표준에 포함하여 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이없다고하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2006. 2. 27. 행 정 자 치 부 장 관