토지와 지상건축물을 신축한 비용이 토지취득가액으로 볼 수 있는 지 및 개설공사비용도 토지 취득가액으로 볼 수 있는 지 여부(경정)

[주 문] 처분청이 청구인에게 2005.10.13. 부과고지한 취득세 44,741,280원, 농어촌특별세 3,661,850원, 등록세 66,962,130원, 교육세 12,393,730원, 합계 127,758,990원을 취득세 32,566,850원, 농어촌특별세 2,665,430원, 등록세 48,741,230원, 교육세 9,021,300원, 합계 92,994,810원으로 경정한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 건설업체인 청구인이 아파트 진입로 용도로 2004.5.18. ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 토지 502.0㎡(이하 “이 사건 토지”라고 한다.)를 청구인이 소유하고 있는 같은 구 ○○동 149-6번지 토지 465.5㎡와 교환으로 취득한 후 2004.5.25. 이 사건 토지에 대한 법인 장부가액(271,080,000원)으로 취득세 등을 신고 납부하였으나, 2005.8.23. 세무조사 결과 신고취득가액이 법인장부가액보다 과소신고납부한 사실이 확인됨에 따라 그 차액(1,664,482,777원)을 과세표준으로 지방세법 제112조제1항 및 같은 법 제131조 등의 세율을 적용하여 산출한 취득세 44,741,280원, 농어촌특별세 3,661,850원, 등록세 66,962,130원, 교육세 12,393,730원, 합계 127,758,990원(가산세포함)을 2005.10.13. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 ○○시 ○○구 ○○동 소재토지에 아파트건설공사를 신축하고 있던 중 연접되어 사회복지법인 ○○이 어린이집으로 사용하고 있는 이 사건 토지가 아파트단지 진입로용도로 필수불가결하여서 ○○이 지정하는 같은 동 149-6외 3필지 465.5㎡를 매입하여 그 지상에 어린이집을 신축이전해 주기를 요구하므로 이 사건 토지를 취득하는 대신에 이를 수용한 것인바, 처분청에서 세무조사시 법인장부에서 확인한 이 사건 토지와 관련된 기장금액(교환으로 제공되는 청구인소유토지가액, 건설용지계상금액, 외주공사비)에서 외주공사비 중 어린이집 신축비용(811,818,189원)은 실질적으로 어린이집 이주에 따른 보상비로 지급한 것으로 취득가액에서 제외하여야 한다고 하고 있으며, 또한 아파트단지 진입로개설(철거 및 포장 등)공사비용(906,100,000원)도 이 사건 토지와 무관한 것이므로 아파트 공사건설원가에 산입해야 한다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 교환취득한 토지대신에 제공되는 토지와 함께 그 지상건축물을 신축한 비용이 토지취득가액으로 볼 수 있는 지 및 취득한 토지가 아파트단지 진입로에 제공된 경우 그 개설공사비용도 토지 취득가액으로 볼 수 있는 지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면, 지방세법 제104조제8호에서 취득의 정의를 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수, 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성등과 기타 이와 유사한 취득으로서 원시취득, 승계취득 또는 유상무상을 부문한 일체의 취득을 말한다고 하고 있으며, 지방세법 제111조제1항에서 취득세의 과세표준은 취득당시의 가액으로 하지만, 년부로 취득하는 경우에는 년부금액으로 한다고 하고 있고, 그 제2항에서 제1항의 규정에 의한 취득당시의 가액은 취득자가 신고한 가액에 의한다고 하지만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 다음 각호에 정하는 시가표준액에 미달하는 때에는 그 시가표준액에 의한다고 하면서 같은 항제2호에서 제1호외의 건축물과 선박·항공기 그 밖의 과세대상에 대하여는 거래가격, 수입가격, 신축·건조·제조가격 등을 참작하여 정한 기준가격에 종류·구조·용도·경과연수 등 과세대상별 특성을 감안하여 대통령령이 정하는 기준에 따라 지방자치단체의 장이 결정한 가액이라고 하고 있으며, 그 제7항에서 제1항 내지 제5항의 규정에 의한 취득세의 과세표준이 되는 가액, 가격 또는 연부금액의 범위 및 그 적용과 취득시기에 관하여는 대통령령으로 정한다고 하고 있고, 같은 법 제130조제1항에서 부동산·선박·항공기·자동차 및 건설기계에 관한 등록세의 과세표준은 등기·등록당시의 가액으로 한다고 있으며, 그 제2항에서 제1항의 규정에 의한 과세표준은 조례가 정하는 바에 의하여 등기·등록자의 신고에 의한다고 하지만, 신고가 없거나 신고가액이 제111조제2항 각호의 규정에 의한 시가표준액에 미달하는 경우에는 시가표준액을 과세표준으로 한다고 하고 있고, 같은 법 제273조의2에서 사실상 취득가격이 입증되지 아니하는 개인간 유상거래로 부동산을 취득하여 소유권이전등기(토지는 토지와 건물을 통합평가하는 주택의 부속토지를 등기하는 경우에 한한다)를 하는 경우에는 등록세의 100분의 25를 경감한다고 하고 있으며, 같은 법시행령 제80조제1항에서 법 제111조제2항제2호의 규정에 의한 토지 또는 주택외의 과세대상에 대한 시가표준액의 결정은 과세대상별 구체적 특성을 감안한 다음 각호의 방식에 의한다고 하면서 그 제1호에서 건축물은 소득세법 제99조제1항제1호 나목의 규정에 의하여 산정·고시하는 건물신축가격기준액에 건물의 구조별·용도별·위치별 지수 및 건물의 경과연수별 잔존가치율 및 건물의 규모·형태·특수한 부대설비 등의 유무 및 기타 여건에 따른 가감산율을 적용한다고 하고 있고, 소득세법 제99조제1항에서 그 제1호나목의 건물의 기준가액에 대하여는 건물의 신축가격·구조·용도·위치·신축연도 등을 참작하여 매년 1회 이상 국세청장이 산정·고시하는 가액이라고 하고 있으며, 민법 제596조에서 교환은 당사자쌍방이 금전이외의 재산권을 상호이전할 것을 약정함으로써 그 효력이 생긴다고 하고 있고, 같은 법 제597조에서 당사자일방이 전조의 재산권이전과 금전의 보충지급을 약정한 때에는 그 금전에 대하여는 매매대금에 관한 규정을 준용한다고 하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 살펴보면, 2003.9.30. 청구인은 기존 어린이집이 있는 이 사건 토지가 ○○동○○아파트신축공사에 있어서 아파트 단지 진입로용도로 필요하므로 이를 취득하는 대신에 사회복지법인 ○○과 같은 동 149-6번지외 3필지 465.5㎡(2004.4.9. 149-6번지로 합필됨)를 매입하여어린이집을 신축양도하기로 하는 내용의 부동산교환합의를 하였고, 2003.12.30.청구인은 같은 동 552-27번지외 22필지 대지 23,618㎡상에 아파트 8동 65세대 연면적 59,664.324㎡ 민락동현대아파트신축공사에 대하여 주택법 제16조에 의하여 주택건설사업계획을 승인받았으며, 2004.1.9. 청구인과 ○○종합건설(주)는 ○○어린이집 신축공사에 대하여 계약금액을 965,325천원으로, 그 중 내장공사비는 298,675천원으로 하면서 착공일 2004.2.1. 및 준공예정일 2004.5.31.로, ○○동 아파트 진입로개설공사(철거 및 포장 등)에 대하여 계약금액 4억원으로 하면서 착공일 2004.1.26. 및 준공예정일 2004.2.14.로 하는 민간건설공사 표준도급계약을 체결하였고, 2004.4.28. 같은 구 ○○동 ○○번지(같은 해 4.9. 149-16, -20, -23번지 합병) 토지 465.5㎡를 563,050,108원에 취득하였으며, 2004.5.17. 청구인과 사회복지법인 ○○은 교환목적물은 청구인은 이 사건 토지를 취득하고, ○○은 같은 구 ○○동 149번지 토지 465.5㎡ 및 지상 신축건축물(어린이 집)을 취득하는 것으로, 그 부가조건은 어린이집이 신축되면 즉시이사 및 협의된 건축설계도면대로 신축하여야 하고, 감정평가후 양도하는 것으로 하는 부동산교환계약을 체결한 다음 2004.5.18. 이 사건 토지를 취득하면서 같은 달 25일 이 사건 토지에 대하여 법인장부인 총계정원장 기장가액(271,080,000원)으로 취득신고 및 납부하였으며, 2004.8.4. 청구인 비용으로 신축한 영유아보육시설인 ○○어린이집(지하1층·지상3층 연면적 1,053.42㎡)에 대하여 사회복지법인 ○○이 사용승인받아 취득하였고(2004.7.28. 위 어린이집신축공사 건축주를 청구인에서 ○○으로 변경함), 2004.8.7. 위 ○○은 위 어린이집에 대하여 신축취득가액(1,265백만원)으로 등록세비과세확인서를 제출하였으며, 그때 첨부된 청구인의 총계정원장(2004.2.1.～8.8.)상에는 1,390,400천원으로 되어있고, 2005.6.9. 처분청의 현지세무조사서에서 청구인의 장부상 청구인 소유토지취득가액 563,050,108원(교환대상토지) 및 건설용지 계상금액 116,594,480원 및 외주공사비(건물신축비용, 진입로개설공사비) 1,717,918,189원으로 조사된 것이 확인되자 2005.10.13. 처분청은 이 사건 취득세 등을 부과고지하였으며, 한편, 청구인이 임의제출한 법인장부인 2004년도 계정별원장(계정과목: 외주비)에서 진입로 개설공사비로 313,000천원(2004.2.10.) 및 593,100천원(11.16)으로, ○○어린이집 신축공사비로 400백만원(2004.4.19.) 및 230백만원(5.24.), 181,818,189원(7.7.)으로 기장된 사실을 제출된 관계 증빙자료를 통해 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 처분청이 세무조사시 확인한 외주공사비(1,717,918,189원) 중 교환상대방에게 토지와 함께 제공한 어린이집의 신축가액(811,818,189원)은 실질적으로 이주에 따른 보상비로서 이 사건 토지의 취득가액이 아니라고 주장하므로 이를 살펴보면, 지방세법 제104조본문제8호에서 취득이란 매매·교환 등과 기타 이와 유사한 취득으로서 원시·승계취득 또는 유·무상을 불문한 일체의 취득이라고 하고 있고, 민법 제596조 및 제597조에서 교환은 당사자쌍방이 금전이외의 재산권을 상호이전할 것을 약정함으로써 그 효력이 생기며, 당사자일방이 재산권이전과 금전의 보충지급을 약정한 때에는 그 금전에 대하여는 매매대금에 관한 규정을 준용한다고 하고 있고, 특히, 법인이 그 소유토지와 타인 토지를 교환하면서 타인의 건축비를 부담하는 경우 법인소유토지의 가액과 그 건축비용의 합계가 교환토지의 취득세과세표준이 된다(내무부 세정 13407-649, 1997.6.18.)고 하고 있는바, 청구인의 경우, 2004.5월 청구인은 사회복지법인 ○○이 영유아보육시설로 사용하고 있는 이 사건 토지를 아파트단지 진입로용으로 취득하는 대신에 교환상대방이 선호하는 같은 구 ○○동 ○○번지 토지 465.5㎡와 양자가 협의된 건축설계도면에 따라 영유아보육시설(○○어린이집)을 신축하여 제공하는 부동산교환계약을 체결한 사실 및 2004.8월 청구인이 건축허가받아 신축한 영유아보육시설을 건축주변경신고를 마친 후 사회복지법인 ○○이 사용승인받아 취득한 것들을 인정하여 볼 때, 주택건설사업에 있어 이 사건 토지가 필수적으로 필요하여 부득이 실제가격이상의 가액으로 평가하여 이에 상응한 건축물공사비를 교환으로 제공되는 토지에 포함되었다하여도 지방세법 제104조제8호 및 민법 제596조 등에서 부동산의 교환을 취득으로 보고 교환부동산이외의 금전 등 보충금도 매매로 보는 이상 달리 볼 것이 아니라할 것이어서 처분청에서 ○○어린이집 신축공사비를 취득가액이 포함한 것은 잘못이 없다고 하겠으나, ○○어린이집에 대한 신축공사비용이 청구인은 2004년도 계정별원장(계정과목: 외주비)상에 같은 해 4.19.에 400,000,000원, 5.24.에 230,000,000원, 7.7.에 181,818,189원, 합계 811,818,189원으로 기장되어 있다고 하고 있고(이하 청구인의 주장금액), 교환상대방인 ○○이 2004.8월 관할관청에게 제출한 등록세비과세확인서상에서 그 신축취득가액이 1,265백만원으로 되어 있는 사실 및 그 확인서의 부속서류인 청구인의 법인장부상 총계정원장의 신축공사비 계정과목에서 신축공사금액이 1,390.4백만원으로 되어 있는 점 및 청구인과 시공업체사이에 체결한 민간표준건설계약서상에 계약금액이 1,265백만원으로 되어 있는 것들이 확인되고 있어서(이하 ○○의 취득신고가액), 양자 중 어느 가액이 정당한 취득가액으로 볼 것인지 여부는 청구인이 제공한 제반서류에 의하여 산출한 ○○의 취득신고가액(1,265백만원)이 청구인의 주장금액(811,818,189원)보다는 공적인 신뢰도를 갖추었다고 보는 것이 합리적이라고 하겠고, 둘째, 아파트단지 진입로개설공사비용(906,100,000원)을 아파트신축건설원가에 계상되어야 한다는 주장에 대하여 살펴보면, 지방세법 제111조제5항제3호, 같은 법시행령 제82조의2제1항제2호 규정에 의하면, 법인이 작성한 원장·보조장·출납전표·결산서와 같은 법인장부에 의하여 과세대상 물건에 대한 사실상의 취득가격이 입증되는 경우에는 취득자의 신고와 관계없이 그 사실상의 취득가격을 취득세 과세표준으로 정하도록 규정하고 있고, 한편, 사실상의 취득가격의 범위에 관하여 규정하고 있는 지방세법시행령 제82조의3제2항에서 취득가격은 과세대상 물건의 취득의 시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용을 말한다고 규정하고 있는 데, 여기서 말하는 '취득가격'에는 과세대상 물건의 취득 시기 이전에 지급원인이 발생 또는 확정된 것으로서 당해 물건 자체의 가격은 물론 그 이외에 실제로 당해 물건 자체의 가격으로 지급되었다고 볼 수 있거나 그에 준하는 취득절차비용도 간접비용으로서 이에 포함된다 할 것이나, 다만 그것이 과세대상 물건이 아닌 다른 물건이나 권리에 관하여 지급된 것이라면 이는 '취득가격'에 포함되지 아니한다 할 것인바(대법원 1996.1.26. 선고 95누4155 판결 참조), 청구인의 경우 2003.9월 청구인은 사회복지법인 ○○과 기존 어린이집이 있는 이 사건 토지가 아파트 단지 진입로용도에 필요하므로 교환상대방이 요구하는 토지 및 지상건축물을 신축하여 양도하는 교환합의를 하였고, 2003.12월 청구인은 주택법 제16조에 의하여 ○○동○○아파트신축공사에 대하여 주택건설사업계획을 승인받았으며, 2004.1월 진입로개설공사를 위하여 시공업체와 건설공사 표준도급계약을 체결하였고, 2004.4월 교환상대방이 요구하는 같은 구 ○○동 ○○번지 토지 465.5㎡를 취득하였으며, 2004.5월 사회복지법인 ○○과 이 사건 토지를 교환으로 취득하는 일련의 과정을 종합하여 볼 때, 이 사건 토지에 견련된 취득가액으로는 교환계약에 따라 이행되는 비용까지라고 보아야 할 것이고, 진입로개설공사에 소요된 제반비용(건축물 철거비용 및 포장비용)은 토지 취득이후 ○○동아파트건설공사에 수반되어 소요되는 비용으로 보아야 함이 상당하다 할 것이므로, 진입로개설공사비용은, 청구인이 주장하는 금액(906.1백만원)과 2004.1월 청구인이 진입로개설공사와 관련한 민간건설공사 표준도급계약상의 계약금액(4억원)이 상위한 점도 있지만, 처분청에서 세무조사시 확인한 외주공사비용(1,717,918,189원)에 ○○어린이집 신축비용 등과 함께 구성되어 있는 점에 비추어 청구인의 주장금액에 대한 진위여부와 관계없이 ○○어린이집 신축비용 등을 공제한 나머지 비용으로 봄이 타당할 것이므로 ○○어린이집 신축비용은 이미 제반 증빙서류에서 1,265백만원으로 입증되고 있으며, 건설용지계정금액(116,594,480원)은 청구인도 그 용도를 인지하지 못하여 토지계정에 포함시킨 이상 이들 금액을 공제하면 그 공제금액이 452,918,189원(이하 “공제금액”이라고 한다.)으로 계산되므로 이는 청구인이 임의로 기장한 장부가액보다는 계약상대방과 실제로 체결한 민간건설공사 표준도급계약서상 금액(4억원)이 신뢰성이 있다할 수 있을 뿐만 아니라 금액면에서 보아도 근접되고 있으므로 청구인의 주장하는 금액보다는 공제금액이 진입로개설공사비용으로 봄이 합리적이라고 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2006. 2. 27. 행 정 자 치 부 장 관