수협이 취득한 부동산을 유예기간 내에 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 면제한 취득세 등을 추징한 처분의 당부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2004.4.9. ○○도 ○○시 ○○2가 122-1번지외 1필지 666.8㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)를 취득한데 대하여 구 지방세법(2005.1.5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제266조제5항의 규정에 의하여 수산업협동조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 보아 취득세와 등록세를 면제하였으나, 2005.6.20. 처분청 세무담당공무원(지방세무주사 서○○외 2인)의 현지확인 결과 유예기간이 경과하도록 방치하고 있으므로, 이를 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 그 취득가액(1,156,400,000원)을 과세표준으로 구 지방세법 제112조제1항 및 같은 법 제131조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 28,398,870원, 농어촌특별세 2,544,080원, 등록세 42,598,300원, 지방교육세 7,825,820원, 합계 81,367,070원(가산세 포함)을 2005.9.9. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 ○○·○○지역 조합원 및 어업인들의 생산 어획물에 대한 적정 어가유지 및 수산물 유통구조 개선을 도모하기 위한 위판장을 신축하기 위하여 이 사건 토지를 취득하였으나, ○○지소 구청사 건물의 매각지연으로 인한 자금사정과 처분청이 당초 어시장태풍피해복구공사 시행에 따른 자재 적재장소로 사용하겠다고 요청한 기간(2004.7.5.～2004.11.1)보다 훨씬 초과하여 점유, 사용함으로써 공사에 착공하지 못함으로써 유예기간(1년)을 넘기게 되었는바, 이는 고유목적에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유가 있었을 뿐만 아니라 처분청의 귀책사유도 가미된 것이라 하겠으므로, 유예기간 내에 이 사건 토지를 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다 할 것임에도, 단지 유예기간을 경과하였다고 하여 처분청이 이 사건 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 수협이 취득한 부동산을 유예기간 내에 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 면제한 취득세 등을 추징한 처분이 적법한 지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면, 구 지방세법 제266조제5항에서 농업협동조합법에 의하여 설립된 조합, 수산업협동조합(어촌계를 포함한다), 산림조합(산림계를 포함한다) 및 엽연초생산협동조합(이들 조합의 중앙회를 제외한다)이 고유업무(법령에서 개별적으로 규정하는 업무와 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무를 말한다. 이하 이 장에서 같다)에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(임대용부동산을 제외한다. 이하 이 항에서 같다)에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세 및 종합토지세를 면제하되, 다만 취득일부터 1년 내에 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 2004.4.9. ○○지소 위판장을 신축하기 위하여 이 사건 토지를 취득하였고, 그 후 처분청은 2004.7.21. 이 사건 토지를 어시장태풍피해복구공사 시행에 따른 자재 적재장소로 임시 사용하고자 한다는 협조를 요청한 사실과 2005.3.2. 청구인은 처분청으로부터 건축허가서를 교부받은 후 2005.10.19.과 2005.11.7. 처분청에 위판장 신축공사 시행을 이유로 공사자재 제거를 요청한 다음 2005.11.10. 착공신고서를 제출한 사실은 제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 이 사건 토지를 유예기간 내에 고유업무에 사용하지 못한 것은 ○○지소 구청사 건물의 매각지연으로 인한 자금사정과 처분청이 당초 요청한 기간보다 훨씬 초과하여 점유, 사용한데에 있으므로 유예기간 내에 사용하지 못한 정당한 사유가 있다 할 것임에도, 단지 유예기간을 경과하였다고 하여 면제한 추징한 처분은 부당하다고 주장하고 있으므로 이에 관하여 보면, 구 지방세법 제266조제5항에서 수산업협동조합이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하되, 취득일부터 1년 내에 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있고, 여기에서 “정당한 사유”라 함은 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 입법취지를 충분히 고려하면서 해당 법인이 영리법인인지 비영리법인인지 여부, 부동산의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는데 걸리는 준비기간의 길고 짧음, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 부동산을 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것(같은 취지의 대법원 판결 95누18314, 1996.3.12)인바, 청구인은 처분청이 이 사건 토지를 공사자재 적재장소로 사용하고 있어 건축공사를 진행하지 못함으로써 유예기간을 경과하였으므로 정당한 사유가 있다고 주장하나, 처분청 ○○과장이 ○○과장에게 이 사건 토지 점유사실 내용조회에 대한 회신공문(하수도과-○○, 2005.7.26)에서 당초 토지사용 협의시 청구인이 필요로 할 시에는 언제라도 제거하는 조건으로 사용승낙을 받은 사항으로 공사자재는 어시장태풍피해복구공사 당시 대부분 사용하였고 잉여자재 일부(플륨관 19개)는 이 사건 토지가 아닌 다른 토지(○○동2가 ○○번지)상에 적치되어 있는 것으로 파악되고 있으며, 어시장태풍피해복구공사와 별도로 어시장 하수도내 폐기물처리용역과 관련하여 폐관을 2004.12.15.까지 적치한 사실이 있다고 회신하고 있음을 볼 때, 위판장 신축공사와 관련한 일련의 절차를 진행하지 못할 만한 사정이 있었다고 보기는 어렵다 하겠고, 청구인은 2004.4.9. 고유업무에 직접 사용하기 위하여 이 사건 토지를 취득하였음에도 유예기간이 종료될 무렵인 2005.3.2. 처분청으로부터 건축허가를 받았을 뿐, 공사자재 적재와 ○○지소 구청사 건물의 매각지연으로 인한 자금사정 등을 이유로 나대지 상태로 계속 방치하고 있다가 유예기간을 훨씬 경과한 2005.11.10. 착공신고서를 제출한 사실로 미루어 보면, 청구인이 이 사건 토지를 고유업무에 직접 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 정당한 사유가 있다고 보기도 어렵다 하겠으므로 처분청이 이 사건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2006. 1. 23. 행 정 자 치 부 장 관